Browsing by Subject "CPE"
Now showing items 1-4 of 4
-
(2023)Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) resist carbapenem class of antibiotics in addition to the other type of antibiotic resistances they usually carry. The blaKPC-3 gene is one of the genes causing the carbapenemase production in bacteria. The aim of this study was to establish the Oxford Nanopore Technologies MinION sequencing method and integrate it with Illumina sequencing into a hybrid assembly for investigating the location of the blaKPC-3 gene in the bacterial genome. We used 14 isolates suspected of plasmid-mediated gene transfer and prepared three libraries using different DNA extraction methods. The contigs from the hybrid assembly sequences were used to annotate the target genes, which were then included in a phylogenetic tree and distance matrix analysis. DNA extraction method had an impact on the amount of data and the length of reads produced in MinION and the Smart DNA prep extraction kit with InnuPure C16 touch extraction device produced the best results. The blaKPC-3 gene was located on plasmids in each isolate, and the similarity of the plasmid sequences indicated that horizontal plasmid-mediated gene transfer has likely occurred between different species. However, the clonal spread cannot be excluded, and further research is needed to confirm these findings.
-
(2023)Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) resist carbapenem class of antibiotics in addition to the other type of antibiotic resistances they usually carry. The blaKPC-3 gene is one of the genes causing the carbapenemase production in bacteria. The aim of this study was to establish the Oxford Nanopore Technologies MinION sequencing method and integrate it with Illumina sequencing into a hybrid assembly for investigating the location of the blaKPC-3 gene in the bacterial genome. We used 14 isolates suspected of plasmid-mediated gene transfer and prepared three libraries using different DNA extraction methods. The contigs from the hybrid assembly sequences were used to annotate the target genes, which were then included in a phylogenetic tree and distance matrix analysis. DNA extraction method had an impact on the amount of data and the length of reads produced in MinION and the Smart DNA prep extraction kit with InnuPure C16 touch extraction device produced the best results. The blaKPC-3 gene was located on plasmids in each isolate, and the similarity of the plasmid sequences indicated that horizontal plasmid-mediated gene transfer has likely occurred between different species. However, the clonal spread cannot be excluded, and further research is needed to confirm these findings.
-
(2019)Tämän lisensiaatintyön tarkoituksena on luoda ajantasainen kirjallisuuskatsaus eläinten karbapeneemeille resistenteistä enterobakteereista. Aihe on ajankohtainen ja tärkeä, sillä mikrobilääkeresistenssin kehittyminen ja leviäminen uhkaavat sekä ihmisten että eläinten terveyttä maailmanlaajuisesti. Karbapeneemit ovat beetalaktaameihin kuuluvia mikrobilääkkeitä ja ne luokitellaan korkean prioriteetin kriittisen tärkeiksi reservimikrobilääkkeiksi. Karbapeneemejä käytetään ihmisillä gram-negatiivisten bakteerien aiheuttamien vakavien infektioiden hoitoon, mutta eläimille karbapeneemien käytöllä ei tiettävästi ole indikaatiota. Karbapenemaasit ovat karbapeneemejä hajottavia entsyymejä. Tässä työssä keskitytään erityisesti karbapenemaasientsyymejä tuottaviin enterobakteereihin, mutta työssä mainitaan myös tutkimuksia, joissa on havaittu ainoastaan herkkyysmäärityksessä bakteerikannan alentunutta herkkyyttä karbapeneemille. Enterobakteerien karbapeneemiresistenssiä alettiin tutkia eläimillä vasta 2000-luvulla. Karbapeneemeille resistentit enterobakteerikannat ovat nykytietämyksen mukaan vielä melko harvinaisia. Karbapenemaaseja on kuitenkin löydetty eläinten enterobakteereilta tähän mennessä lähes kaikista maanosista. Suomessa löydettiin ensimmäinen karbapeneemeille resistentti enterobakteerikanta koiralta vuonna 2015. Työn lähtökohtana ovat maailmalla lisääntyneet karbapeneemiresistenssilöydökset sekä ihmisillä että eläimillä. Vaikka karbapeneemiresistenssiä esiintyy myös muilla kuin enterobakteereilla, valikoituivat enterobakteerit tähän työhön, koska moni enterobakteerilaji kuuluu eläinten suolistomikrobistoon ja toisaalta osa enterobakteereista on patogeeneja. Karbapeneemiresistenssin suhteen tutkituimpia enterobakteerilajeja ovat Escherichia coli ja Klebsiella pneumoniae. Tässä työssä ei käsitellä eläinperäisissä elintarvikkeissa esiintyvää enterobakteerien karbapeneemiresistenssiä, vaikka tutkimusta tästäkin aiheesta on jo tehty. Tässä kirjallisuuskatsauksessa käytetty aineisto edustaa kattavasti nykytietämystä aiheesta. Kirjallisuuden perusteella käy ilmi, että enterobakteerien karbapeneemiresistenssiä on tavattu niin seuraeläimillä, tuotantoeläimillä kuin luonnonvaraisillakin eläimillä. Toistaiseksi esiintyvyys on todennäköisesti pieni, mutta useissa tutkimuksissa tulosten luotettavuuden arviointia hankaloittaa pieni otoskoko tai epäherkkä tutkimusmenetelmä. Tutkimusta etenkin esiintyvyydestä ja resistenssin siirtymisestä eläimen ja ihmisen välillä kaivattaisiin lisää. Koska enterobakteerien karbapeneemiresistenssilöydöksiä on alettu löytää enemmän, tulisi myös karbapeneemiherkkyys testata kliinisten näytteiden mikrobilääkeherkkyyksiä tutkiessa. Resistenssin kehittymisen hillitsemiseksi kliinikoiden tulisi noudattaa ajantasaisia mikrobilääkkeiden käyttösuosituksia. Mikrobilääkeresistenssin leviämisen ehkäisemisessä asianmukaiset hygieniakäytännöt ovat ensiarvoisen tärkeitä. Tämä lisensiaatintyö toimii ajantasaisena koontina eläinten karbapeneemeille resistenteistä ja etenkin karbapenemaaseja tuottavista enterobakteereista ja on hyödyllinen esimerkiksi kliinisessä työssä tai tartuntatautien parissa työskenteleville eläinlääkäreille ja lääkäreille.
-
(2022)Mikrobilääkeresistenssi on merkittävä maailmanlaajuisesti lisääntyvä ongelma, joka uhkaa ihmisten ja eläinten terveyttä kaikkialla maailmassa. Yli puolet maailmalla käytetyistä antibiooteista on käytössä ruoantuotantoon käytettävillä elämillä. Mikrobilääkkeiden säännöllinen käyttö eläintuotannossa kuitenkin lisää bakteerien todennäköisyyttä tulla mikrobilääkkeille vastustuskykyisiksi. Moniresistentit bakteerit aiheuttavat vaikeahoitoisia infektioita ja lisääntynyttä kuolleisuutta mikrobilääkehoitovaihtoehtojen vähentyessä. Aikaisemmissa tutkimuksissa on todettu, että resistenttien mikrobien tutkiminen jätevedestä voisi tarjota nopean ja tehokkaan menetelmän mikrobilääkeresistenssin arvioimiseen. Tähän lisensiaatin tutkielmaan sisältyvän alkuperäistutkimuksen tavoitteena oli kartoittaa Etelä-Afrikan teuraseläinten mikrobilääkeresistenssiprofiilia tutkimalla eteläafrikkalaisten teurastamoiden jätevesissä esiintyviä zoonoottisia mikrobilääkkeille resistenttejä bakteereja. Työssä selvitettiin, mitä nämä bakteerit ovat ja mille mikrobilääkkeille ne ovat resistenttejä. Lisäksi työssä haluttiin selvittää, onko teurastamoiden lattiakaivoista ja jätevesitankeista otetuissa näytteissä eroja, ja miten eri teurastamoilta otetut näytteet eroavat toisistaan. Tutkimusprojekti (SAAW, South African Abattoir Wastewater) toteutettiin yhteistyössä Pretorian yliopiston kanssa. Työssä tutkittiin kuudelta eteläafrikkalaiselta teurastamolta toukokuussa 2022 kerätyt jätevesinäytteet (n=18) ja lattiakaivoista otetut pyyhkäisynäytteet (n=15). Näytteistä etsittiin laajakirjoisia beetalaktamaasientsyymejä (ESBL) tuottavia bakteereja, karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja, metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus - bakteereja, vankomysiiniresistenttejä enterokokkeja sekä Candida auris -hiivasieniä viljelemällä näytteet mikrobilääkeresistenttejä kantoja seuloville maljoille. ESBL-entsyymejä tuottavia kantoja seulovalta maljalta eristettiin Escherichia coli (n=60) - ja Klebsiella pneumoniae (n=24) -bakteereja. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta eristettiin Acinetobacter baumannii (n=16) -, Acinetobacter pittii (n=3) - ja Acinetobacter nosocomialis (n=2) -bakteereja. Tutkimuksessa ei havaittu yhtään S. aureus -bakteeria, vankomysiiniresistenttiä Enterococcus faecalis - tai Enterococcus faecium -bakteeria tai C. auris -hiivasientä. Isolaattien mikrobilääkeresistenssiä tutkittiin kiekkoherkkyys- ja liemilaimennosmenetelmällä. Kaikki ESBL-maljalta eristetyt E. coli - ja K. pneumoniae -kannat osoittautuivat ESBL:n tuottajiksi. Näistä kannoista suurin osa (76,2–100 %) oli resistenttejä kefotaksiimille, keftatsidiimille ja kefepiimille. Vastaavasti 0,0–1,2 % niistä oli resistenttejä kefoksitiinille, meropeneemille, kolistiinille, piperasilliini-tatsobaktaamille ja keftolotsaani-tatsobaktaamille. Tutkimuksessa havaittiin yksittäinen meropeneemiresistentti E. coli -kanta ja yksittäinen kolistiiniresistentti K. pneumoniae -kanta. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta kaikki tunnistetut Acinetobacter -suvun bakteerit olivat herkkiä meropeneemille. Kaikki A. baumannii -kannat olivat herkkiä myös kolistiinille. Tutkimuksen tulokset antavat lupaavia viitteitä jätevesiseurannan soveltuvuudesta zoonoottisten moniresistenttien bakteerien havaitsemiseen teuraseläimistä. On mahdollista, että tulevaisuudessa eläimissä esiintyvät taudinaiheuttajat voitaisiin havaita samasta jätevesinäytteestä sen sijaan, että näytteitä joudutaan ottamaan yksittäisistä eläimistä. Tämä edellyttää sitä, että teurastamolla eläimistä peräisin oleva jätevesi kerääntyisi yhteen samaan paikkaan. Lisätutkimusta kuitenkin tarvitaan esimerkiksi näytteenottopaikan ja näytetyypin optimoimiseksi.
Now showing items 1-4 of 4