Browsing by Subject "Campylobacter"

Kampylobakteerit ovat gramnegatiivisia, pääosin mikroaerobisia bakteereja, joita esiintyy monien eläinten suolistossa. Ihmisille kampylobakteerit ovat erityisesti suoliston taudinaiheuttajia ja kampylobakteerit ovatkin yleisimpiä bakteeriperäisiä ihmisten suolistotulehduksen aiheuttajia kehittyneissä maissa, myös Suomessa. Suolistotulehduksen lisäksi kampylobakteerit voivat aiheuttaa ihmisille esimerkiksi Guillain-Barré -hermostosairautta ja pitkäkestoisiakin niveloireita aiheuttavaa reaktiivista niveltulehdusta. Ihmisen tyypillisimmät taudinaiheuttajat kampylobakteereista ovat Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Näistä kahdesta selvästi yleisempi taudinaiheuttaja on C. jejuni. Sekä C. jejuni että C. coli ovat termofiilisiä kampylobakteereja. Kampylobakteeritartunta on yleensä ulosteperäinen ja erityisesti ulosteella saastunut broilerinliha on tärkeä kampylobakterioosin lähde. Maatilojen ympäristössä olevien jyrsijöiden on todettu olevan yksi kampylobakterioosin riskitekijöistä ja kampylobakteereja on havaittu jyrsijälajeilla, esimerkiksi metsähiirillä ja vesimyyrillä. Suomessa jyrsijöiden kantamia kampylobakteereja ei ollut tutkittu ennen tämän tutkielman aloittamista. Päästäisiä koskevia tutkimuksia kampylobakteerien osalta on maailmanlaajuisestikin hyvin vähän. Tutkimusosiossa tutkittiin termofiilisten kampylobakteerien yleisyyttä suomalaisissa pienjyrsijöissä ja päästäisissä. Tutkimuksen hypoteesina oli, että suomalaisista piennisäkkäistä löytyy kampylobakteereja. Tutkimuksessa tutkittiin yhteensä 372 eläintä 12:sta eri lajista, jotka oli pyydystetty 24:ltä paikalta eri puolilta Suomea. Tutkituista eläimistä 342 oli jyrsijöitä ja 40 päästäisiä. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää isäntälajien välisiä eroja kampylobakteerien yleisyyden suhteen sekä esimerkiksi kampylobakteerien yleisyyttä eri puolilla Suomea. 76 metsämyyrää oli pyydetty keväällä ja kesällä vuonna 2017, kun taas vuodelta 2015 oli 82 metsämyyrää. Näitä kahta vuotta verrattiin toisiinsa mahdollisten vuosittaisten kampylobakteerierojen havaitsemiseksi metsämyyrissä. Tutkimus suoritettiin viljelemällä eläinten ulostetta selektiivisille kasvatusmaljoille, joita inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille otollisissa olosuhteissa. Bakteerikasvustoa viljeltiin tämän jälkeen epäselektiivisille maljoille puhdasviljelmiksi, joista tehtiin DNA-eristys. DNA:ta monistettiin PCR-menetelmän avulla ja PCR-tuotteet tutkittiin geelielektroforeesin avulla bakteerilajien tunnistamiseksi. Tulokset olivat hypoteesin mukaiset. Tutkimuksessa todettiin C. jejunia 17,7 %:lla tutkituista eläimistä. Kampylobakteereja havaittiin neljällä jyrsijälajilla: metsähiirillä, punamyyrillä, metsämyyrillä ja peltomyyrillä. Suurinta esiintyvyys oli punamyyrillä, joista 63,6 % oli kampylobakteeripositiivisia. Kaikki tutkitut päästäisnäytteet olivat kampylobakteerinegatiivisia. Metsämyyrillä ja metsähiirillä todettiin paikkakunnan vaikuttavan kampylobakteerien yleisyyteen. Metsämyyrillä oli kampylobakteereja merkittävästi enemmän vuonna 2017 kuin 2015, mikä voi liittyä metsämyyrien vuosittaisiin kannanvaihteluihin. Tutkimustulosten perusteella jyrsijät voivat mahdollisesti toimia kampylobakteerien reservuaarina ja mahdollisesti myös ihmisten kampylobakterioosin lähteenä. Jyrsijät voivat mahdollisesti esimerkiksi tartuttaa ihmisiä tai maatilan eläimiä tai saastuttaa toimintatiloja tai vesilähteitä. Jatkotutkimuksia kuitenkin tarvitaan esimerkiksi selvittämään sitä, ovatko suomalaisten jyrsijöiden kantamat kampylobakteerit ihmiselle patogeenisiä kantoja. Campylobacters are gram negative, mostly microaerobic bacteria that live in the intestines of many animal species. Campylobacters are the most common cause of human bacterial enteritis in developed countries, including Finland. The most common human pathogens of Campylobacter spp. are Campylobacter jejuni and Campylobacter coli. Campylobacter infection happens usually via fecal contamination. Especially contaminated, undercooked broiler meat is an important source of campylobacteriosis. Rodents near farms are noted as a risk factor for campylobacteriosis, and Campylobacter spp. have been detected in some rodent species. Studies regarding campylobacters in shrews are minimal worldwide. In this thesis, the Campylobacter occurrence in Finnish small rodents and shrews was studied. The hypothesis was that Finnish small mammals do carry Campylobacter spp. 342 rodents and 40 shrews from 12 species trapped from 24 locations throughout Finland were studied. The purpose of the study was to detect differences in Campylobacter occurrence between host species and for example to compare the occurrence in different parts of Finland. Possible annual differences in bank voles were studied with 76 animals from 2017 and 82 animals from 2015. The study was performed by cultivating fecal samples to selective agars that were incubated in conditions suitable for thermophilic Campylobacter spp. Bacterial growth was cultivated to non-selective agars for pure growth and DNA isolation was performed. DNA was multiplied using PCR and gel electrophoresis was used to determine the Campylobacter species. The results were consistent with the hypothesis. Four rodent species were Campylobacter positive: yellow-necked mouse, northern red-backed vole, bank vole and field vole. The occurrence was highest in northern red-backed voles, where 63,6 % of the animals were Campylobacter positive. Al thel studied shrews were Campylobacter negative. Bank voles had campylobacters significantly more in 2017 than in 2015, which may relate to the annual population chances in bank voles. According to the results it is possible that rodents could act as Campylobacter reservoir and source of human campylobacteriosis. Rodents could possibly infect humans or farm animals or contaminate estates or water sources. Further studies are needed to determine for example if the campylobacters in Finnish rodents’ strains are pathogenic for humans.

Kampylobakteerit ovat yleisin bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Ne aiheuttavat kuumeista ripulitautia, joka voi kestää jopa viikon. Ihmisten tautitapauksissa yleisimmin esiintyviä lajeja ovat termotolerantit Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Kampylobakteeritartunta saadaan tyypillisimmin saastuneesta elintarvikkeesta tai juomavedestä. Kampylobakteerit ovat zoonoottisia eli ne voivat siirtyä eläimistä ihmisiin ja päinvastoin. Monet eläinlajit kantavat kampylobakteereita oireetta, jonka vuoksi bakteeri voi päätyä elintarvikkeisiin tartunnan saaneen eläimen välityksellä. Kampylobakteereiden esiintyvyyttä on tutkittu laajasti tuotantoeläimillä ja jonkin verran luonnonvaraisilla eläimillä, mutta rottien osalta tutkimustieto on edelleen puutteellista. Kaupunkirotat elävät ihmisasutuksen keskellä ja niillä on potentiaalia levittää erilaisia taudinaiheuttajia ihmisiin. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän tutkielman tavoite oli selvittää, esiintyykö rotilla ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä kampylobakteerikantoja. Tutkimuksen hypoteesina oli, että ainakin osa rotilla esiintyvistä kampylobakteerikannoista on ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä. Tutkimusaineisto oli kerätty Helsingin kaupunkirottaprojektissa, joka on vuodesta 2018 lähtien käynnissä ollut, Tuomas Aivelon johtama monitieteinen tutkimushanke. Aineisto koostui 201 näytteestä, jotka oli kerätty Uudenmaan alueelta pyydetyistä rotista (Rattus norvegicus). Näytteitä oli otettu sekä kuolleista että elävistä eläimistä. Näytteet oli viljelty selektiivisille kasvatusmaljoille, jotka inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille sopivissa olosuhteissa. Kampylobakteereille positiivisista näytteistä oli tehty puhdasviljelmiä, joista bakteerien genominen DNA oli eristetty ja sekvensoitu Illuminalla. Tässä tutkielmassa isolaattien kokogenomisekvenssejä analysoitiin käyttäen vapaasti saatavilla olevia bioinformatiikan työkaluja: Microbial Genomes Atlas Online (MiGa), PubMLST Campylobacter jejuni/coli, ResFinder ja Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Analyyseihin lukeutui lajintunnistus, MLST-tyypitys ja mahdollisten mikrobilääkeresistenssien selvitys. Tutkituista näytteistä oli eristetty 22 kampylobakteeri-isolaattia, joista 18 tunnistettiin Campylobacter jejuni-lajin edustajiksi. Muita neljää isolaattia ei kyetty tunnistamaan luotettavasti, ja ne todennäköisesti edustavat uusia aiemmin kuvaamattomia Campylobacterales-lahkon lajeja. MLST-tyypityksessä havaittiin, että Campylobacter jejuni-kantojen joukossa esiintyi sekvenssityyppejä ST-45 (ST-45 CC), ST-3904 (ST-45 CC), ST-11 (ST-45 CC) ja ST-9477. Lisäksi löydettiin uusi sekvenssityyppi, ST-11770. Näistä erityisesti ST-45 on aikaisemmin ollut yleisin siipikarjalla Suomessa tavattu sekvenssityyppi ja yleinen Suomessa myös ihmisten infektioissa. Mikrobilääkeresistenssiä koskevissa analyyseissa ei havaittu moniresistenssiä tai hankittua resistenssiä yhdelläkään kannalla. Tulokset ovat hypoteesin mukaisia ja osoittavat, että tutkituilla rotilla esiintyy erilaisia kampylobakteereita, joista osalla on potentiaalia tarttua ihmisiin ja tuotantoeläimiin. Rottien merkitystä kampylobakteerin leviämisessä tulisi kuitenkin tutkia vielä lisää ennen kuin voidaan tehdä johtopäätöksiä rottien roolista kampylobakteerin levittäjinä.

Salmonella and Campylobacter are one the most significant enteric bacterial organisms causing foodborne infections world-wide. Domestic Finnish broiler meat is rarely contaminated with Salmonella. Campylobacter contamination rate of domestic broiler meat is 10-30 % in summer months, during the seasonal peak of human campylobacter infections. The human campylobacter infections are usually sporadic and the source of infection remains unknown. Impact of domestic broiler meat on the incidence of these infections is unclear. In several case-control studies performed all over the world, consumption of poultry products and cross-contamination are recorded as risk factors for human Campylobacter infection. If broiler meat is contaminated by Campylobacter or Salmonella, the bacteria most probably contaminate kitchen surfaces in contact with the meat. The previous studies on contamination caused by broiler meat are mainly focused on quantitative transfer rates of the bacteria. In this thesis the kitchen contamination was studied using fluorescent liquid injected in broiler meat packages to document contact of meat or meat juice with the surfaces. The used method provides information on how widely and where the bacteria might spread in the kitchen. The study compared contamination on kitchen surfaces and utensils, caused by whole frozen broilers (25 units) and marinated broiler legs (25 units). The frozen broilers were prepared in a test kitchen, cut into pieces and spiced and cooked in oven pan. Marinated legs were opened from the packages and cooked in oven. After handling of each broiler meat unit, contamination on defined areas of kitchen surface and utensils were documented using ultraviolet light marked surface areas in the kitchen. Handling of marinated broiler legs decrease steps of meat handling in the kitchen. As expected, the cutting board and the spice cupboard remained clean with every marinated broiler leg unit. Correspondingly, those surfaces contaminated in the handling of whole frozen broiler unit. In handling of frozen broilers, meat-contact surfaces (i.e. counter and knife blade) contaminated significantly more often (p<0.001) compared to broiler legs. Dishcloths, commonly indicating the cleanness levels in the kitchen were contaminated also more (p<0,001) after handling of whole broiler units. Through hand-contact of whole broilers, the left trash cupboard with the door handle and the knife handle contaminated more often (p<0,001) than in the handling of marinated broiler legs. The right side trash cupboard contaminated more often (p=0,002) in handling of broiler legs than in the handling of whole broilers. The difference of contamination was not statistically significant between the handle of right-hand side trash cupboard and the water tap (trash bin door handle p=0,347, water tap p=0,101). Our study showed, that handling of whole frozen broiler carcasses cause significantly higher risk of cross-contamination appearing in the kitchen. Marinated broiler legs cause only little contamination on kitchen surfaces and utensils. However, cross-contamination is still possible through hands after handling of these products.

Työn tavoitteena oli selvittää metsästetyn sorsanlihan elintarvikehygieenistä laatua mikrobien kokonaispesäkeluvun ja Escherichia coli -bakteerimäärän avulla, sekä kartoittaa sorsissa esiintyvien elintarvikevälitteisten patogeenien esiintyvyyttä. Kirjallisuuskatsaus tutustuu sinisorsaan lintulajina sekä sorsan metsästykseen yleisellä tasolla. Kokeellisessa osassa tutkittiin metsästettyjen sorsien pintasivelynäytteitä. Ruhonäytteistä todettiin aerobisten bakteerien kokonaismäärän keskiarvo 3,5 log10 pmy/cm2 ja E. colin 1,2 log10 pmy/cm2. Tutkimuksessa eristettiin Listeria monocytogenes bakteeria 13 %:ssa näytteistä ja Yersinia enterocoliticabakteeria 3 %:ssa näytteistä. Näytteistä 9 % oli PCR:llä Campylobakteeri-positiivisia ja kaikki olivat Salmonella negatiivisia. Sorsanlihan hygieeninen laatu osoittautui hyväksi tai kohtalaiseksi. Näytteiden välillä esiintyi vaihtelua. Tutkimus osoittaa, että sorsanliha voi sisältää myös ruokamyrkytyksiä aiheuttavia bakteereja, mistä syystä ruhon käsittelyn ja lihan valmistuksen hyvät hygieniakäytännöt tulisi muistaa sekä ammatti- että kotikeittiöissä.