Browsing by Subject "MLST"
Now showing items 1-4 of 4
-
(2019)The Master's thesis was completed as part of the joint project (Haittaeläin) by the Finnish Food Authority (Ruokavirasto) and Natural Resources Institute Finland (Luke). In the project, rodents and shrews caught on farm premises were investigated for zoonotic bacterial pathogens. This thesis covers the thermophilic cam-pylobacter findings in the caught pests in autumn 2017.Rodents and shrews caught on farm premises were investigated for zoonotic bacterial pathogens. This thesis deals with the result of thermophilic campylobac-ters isolated from the pests in the autumn 2017. Thermophilic campylobacters (Campylobacter jejuni ja Cam-pylobacter coli) cause gastroenteritis called campylobacteriosis in humans, which is one of the most common cause for human gastroenteritis in the world. The literature review discusses the characteristics of thermo-philic campylobacters and their epidemiology, which focused on aspects of a public health and risk factors for campylobacteriosis and the major sources of campylobacters. Moreover, a current knowledge of campylo-bacters’ occurrence in rodents and shrews were summarized in the literature review. The presence of thermophilic campylobacters was investigated from 227 pooled samples, which comprised of a total of 442 intestinal samples collected from 12 different species. Three species (yellow-necked mouse, house mouse and bank vole) covered 81,3 % of all caught pests. The numbers of caught pests were not signif-icantly different between the farms when compared to a geographical position (south or north) or a type of farm (pig or cattle). The numbers of captured yellow-necked mice were significantly higher in farms in the south. Especially, yellow-necked mice and bank voles were detected to be campylobacter positive. Other campylobacter positive species were harvest mice, rats, field voles and southern voles. A total of 93 samples were detected as campylobacter positive and all of them were identified as C. jejuni. There was not signifi-cant difference on the numbers of campylobacter positive samples between the farms when compared the geographical position or the type of farm. 46 isolates of all 96 campylobacter positive samples were selected for a whole genome sequencing. After the raw read data was assembled, the contigs were analysed with MLST and cgMLST typing schemes by Ridom SeqSphere+. 41 isolates contained 14 new sequence types (STs). Instead, 5 isolates contained previously described STs: ST-1304, ST-2219 and ST-4791. According to MLST typing isolates obtained from voles differed from isolates from mice and rats. Moreover, cgMLST typing supported the conclusion. In the cgMLST typing scheme vole’s isolates were found to have more missing loci than isolates from mice or rats. Therefore, all isolates from voles, apart from two bank vole isolates belonging to ST-1304, contained less than 90 % loci compared to a reference genome. Furthermore, these same isolates were poorly identified in MALDI TOF analysis unlike other isolates. One interpretation to the difference between isolates could be that isolates from voles belong to a new C. jejuni subspecies.
-
(2022)Kampylobakteerit ovat yleisin bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Ne aiheuttavat kuumeista ripulitautia, joka voi kestää jopa viikon. Ihmisten tautitapauksissa yleisimmin esiintyviä lajeja ovat termotolerantit Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Kampylobakteeritartunta saadaan tyypillisimmin saastuneesta elintarvikkeesta tai juomavedestä. Kampylobakteerit ovat zoonoottisia eli ne voivat siirtyä eläimistä ihmisiin ja päinvastoin. Monet eläinlajit kantavat kampylobakteereita oireetta, jonka vuoksi bakteeri voi päätyä elintarvikkeisiin tartunnan saaneen eläimen välityksellä. Kampylobakteereiden esiintyvyyttä on tutkittu laajasti tuotantoeläimillä ja jonkin verran luonnonvaraisilla eläimillä, mutta rottien osalta tutkimustieto on edelleen puutteellista. Kaupunkirotat elävät ihmisasutuksen keskellä ja niillä on potentiaalia levittää erilaisia taudinaiheuttajia ihmisiin. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän tutkielman tavoite oli selvittää, esiintyykö rotilla ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä kampylobakteerikantoja. Tutkimuksen hypoteesina oli, että ainakin osa rotilla esiintyvistä kampylobakteerikannoista on ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä. Tutkimusaineisto oli kerätty Helsingin kaupunkirottaprojektissa, joka on vuodesta 2018 lähtien käynnissä ollut, Tuomas Aivelon johtama monitieteinen tutkimushanke. Aineisto koostui 201 näytteestä, jotka oli kerätty Uudenmaan alueelta pyydetyistä rotista (Rattus norvegicus). Näytteitä oli otettu sekä kuolleista että elävistä eläimistä. Näytteet oli viljelty selektiivisille kasvatusmaljoille, jotka inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille sopivissa olosuhteissa. Kampylobakteereille positiivisista näytteistä oli tehty puhdasviljelmiä, joista bakteerien genominen DNA oli eristetty ja sekvensoitu Illuminalla. Tässä tutkielmassa isolaattien kokogenomisekvenssejä analysoitiin käyttäen vapaasti saatavilla olevia bioinformatiikan työkaluja: Microbial Genomes Atlas Online (MiGa), PubMLST Campylobacter jejuni/coli, ResFinder ja Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Analyyseihin lukeutui lajintunnistus, MLST-tyypitys ja mahdollisten mikrobilääkeresistenssien selvitys. Tutkituista näytteistä oli eristetty 22 kampylobakteeri-isolaattia, joista 18 tunnistettiin Campylobacter jejuni-lajin edustajiksi. Muita neljää isolaattia ei kyetty tunnistamaan luotettavasti, ja ne todennäköisesti edustavat uusia aiemmin kuvaamattomia Campylobacterales-lahkon lajeja. MLST-tyypityksessä havaittiin, että Campylobacter jejuni-kantojen joukossa esiintyi sekvenssityyppejä ST-45 (ST-45 CC), ST-3904 (ST-45 CC), ST-11 (ST-45 CC) ja ST-9477. Lisäksi löydettiin uusi sekvenssityyppi, ST-11770. Näistä erityisesti ST-45 on aikaisemmin ollut yleisin siipikarjalla Suomessa tavattu sekvenssityyppi ja yleinen Suomessa myös ihmisten infektioissa. Mikrobilääkeresistenssiä koskevissa analyyseissa ei havaittu moniresistenssiä tai hankittua resistenssiä yhdelläkään kannalla. Tulokset ovat hypoteesin mukaisia ja osoittavat, että tutkituilla rotilla esiintyy erilaisia kampylobakteereita, joista osalla on potentiaalia tarttua ihmisiin ja tuotantoeläimiin. Rottien merkitystä kampylobakteerin leviämisessä tulisi kuitenkin tutkia vielä lisää ennen kuin voidaan tehdä johtopäätöksiä rottien roolista kampylobakteerin levittäjinä.
-
(2022)Kampylobakteerit ovat yleisin bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja maailmanlaajuisesti. Ne aiheuttavat kuumeista ripulitautia, joka voi kestää jopa viikon. Ihmisten tautitapauksissa yleisimmin esiintyviä lajeja ovat termotolerantit Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Kampylobakteeritartunta saadaan tyypillisimmin saastuneesta elintarvikkeesta tai juomavedestä. Kampylobakteerit ovat zoonoottisia eli ne voivat siirtyä eläimistä ihmisiin ja päinvastoin. Monet eläinlajit kantavat kampylobakteereita oireetta, jonka vuoksi bakteeri voi päätyä elintarvikkeisiin tartunnan saaneen eläimen välityksellä. Kampylobakteereiden esiintyvyyttä on tutkittu laajasti tuotantoeläimillä ja jonkin verran luonnonvaraisilla eläimillä, mutta rottien osalta tutkimustieto on edelleen puutteellista. Kaupunkirotat elävät ihmisasutuksen keskellä ja niillä on potentiaalia levittää erilaisia taudinaiheuttajia ihmisiin. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän tutkielman tavoite oli selvittää, esiintyykö rotilla ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä kampylobakteerikantoja. Tutkimuksen hypoteesina oli, että ainakin osa rotilla esiintyvistä kampylobakteerikannoista on ihmisten terveyden kannalta merkityksellisiä. Tutkimusaineisto oli kerätty Helsingin kaupunkirottaprojektissa, joka on vuodesta 2018 lähtien käynnissä ollut, Tuomas Aivelon johtama monitieteinen tutkimushanke. Aineisto koostui 201 näytteestä, jotka oli kerätty Uudenmaan alueelta pyydetyistä rotista (Rattus norvegicus). Näytteitä oli otettu sekä kuolleista että elävistä eläimistä. Näytteet oli viljelty selektiivisille kasvatusmaljoille, jotka inkuboitiin termofiilisille kampylobakteereille sopivissa olosuhteissa. Kampylobakteereille positiivisista näytteistä oli tehty puhdasviljelmiä, joista bakteerien genominen DNA oli eristetty ja sekvensoitu Illuminalla. Tässä tutkielmassa isolaattien kokogenomisekvenssejä analysoitiin käyttäen vapaasti saatavilla olevia bioinformatiikan työkaluja: Microbial Genomes Atlas Online (MiGa), PubMLST Campylobacter jejuni/coli, ResFinder ja Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Analyyseihin lukeutui lajintunnistus, MLST-tyypitys ja mahdollisten mikrobilääkeresistenssien selvitys. Tutkituista näytteistä oli eristetty 22 kampylobakteeri-isolaattia, joista 18 tunnistettiin Campylobacter jejuni-lajin edustajiksi. Muita neljää isolaattia ei kyetty tunnistamaan luotettavasti, ja ne todennäköisesti edustavat uusia aiemmin kuvaamattomia Campylobacterales-lahkon lajeja. MLST-tyypityksessä havaittiin, että Campylobacter jejuni-kantojen joukossa esiintyi sekvenssityyppejä ST-45 (ST-45 CC), ST-3904 (ST-45 CC), ST-11 (ST-45 CC) ja ST-9477. Lisäksi löydettiin uusi sekvenssityyppi, ST-11770. Näistä erityisesti ST-45 on aikaisemmin ollut yleisin siipikarjalla Suomessa tavattu sekvenssityyppi ja yleinen Suomessa myös ihmisten infektioissa. Mikrobilääkeresistenssiä koskevissa analyyseissa ei havaittu moniresistenssiä tai hankittua resistenssiä yhdelläkään kannalla. Tulokset ovat hypoteesin mukaisia ja osoittavat, että tutkituilla rotilla esiintyy erilaisia kampylobakteereita, joista osalla on potentiaalia tarttua ihmisiin ja tuotantoeläimiin. Rottien merkitystä kampylobakteerin leviämisessä tulisi kuitenkin tutkia vielä lisää ennen kuin voidaan tehdä johtopäätöksiä rottien roolista kampylobakteerin levittäjinä.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2017)Viime vuosina Yersinia enterocolitican bioserotyypin 2/O:9 esiintyminen on lisääntynyt Euroopassa. Bioserotyyppi 4/O:3 on pitkään ollut yleisin ihmisten yersinioosia aiheuttava kanta, mutta myös bioserotyypin 2/O:9 on todettu olevan patogeeninen ihmisille. Bioserotyypin kantoja on eristetty sioista, lampaista ja naudoista, mutta ne eivät pääosin aiheuta tautia eläimillä. Suomessa tätä bioserotyyppiä on erittäin harvoin eristetty eläimistä. Y. enterocolitican tunnistus on pitkään tapahtunut pääosin bio- ja serotyypityksen avulla. Näiden menetelmien heikkous on kuitenkin herkkyys ympäristön vaikutuksille. Multilocus sequence typing (MLST) – menetelmän avulla bakteereita voidaan tunnistaa sekvensoimalla bakteerin ylläpitogeenejä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tutkia eri lähteistä peräisin olevia Y. enterocolitica - kantoja MLST-menetelmällä, joka perustuu seitsemään ylläpitogeeniin (Hall ym. 2015), ja tämän avulla vertailla suomalaisten ja eurooppalaisten kantojen eroavaisuuksia. Lisäksi tavoitteena oli pystyttää toimiva seitsemään ylläpitogeeniin perustuva Yersinia MLST-menetelmä Elintarvikehygienian- ja ympäristöterveyden osastolle. Yhteensä tutkittiin 10 Y. enterocolitica –kantaa, joiden oletettiin alustavien bioserotyypitystulosten perusteella kuuluvan biotyppiin 2 ja serotyyppiin O:9. Suomalaiset kannat oli eristetty lampaiden (4/10), myyrän (1/10) ja ihmisen ulosteesta (1/10). Suomalaisia kantoja verrattiin Sveitsissä ja Saksassa eristettyihin kantoihin, jotka oli eristetty sian nielurisasta (1/10), villisian nielurisasta (1/10) ja ihmisen ulosteesta (2/10). Kantojen puhtaus varmistettiin veri- ja selektiivilevyllä, ja tyypitettiin kaupallisella testillä sekä bio- ja serotyypitysmenetelmillä. MLST-menetelmää varten tutkittavien kantojen DNA eristettiin kaupallisella menetelmällä ja lisäksi DNA:n laatu ja määrä optimoitiin. Kannoista monistettiin MLST-karakterisointia varten PCR:n avulla seitsemän ylläpitogeeniä (aarf, dfp, galR, glnS, hemA, rfaE ja speA). Ennen tutkimusta, PCR-ajo optimoitiin kaikille geeneille. Saadut PCR-tuoteet sekvensoitiin ja sekvenssejä vertailtiin Yersinia MLST-tietokantaan sekä aiempiin tutkittuihin sekvenssityyppeihin. Kaikkien suomalaisista lampaista eristettyjen kantojen MLST-sekvenssityypit muistuttivat toisiaan. Yksi ulkomaalaisista kannoista osoittautui tyypityksessä bioserotyypiksi 1A/O:5, joka näkyi myös poikkeavana MLST-sekvenssityyppinä. Suomalaisesta myyrästä eristetty kanta muistutti profiililtaan lampaista eristettyjen kantojen MLST-tyyppejä. Pääosin kaikki yhdeksän bioserotyypin 2/O:9 kantaa muistuttivat huomattavasti toisiaan. Eroavaisuudet olivat pääosin ihmisistä eristettyjen kantojen välillä. Myös MLST-profiilit vastasivat tietokannan O:9 -serotyypin kantoja. Seitsemästä tutkitusta geeneistä geenin rfaE osalta emme saaneet luotettavia tuloksia. Geenin galR kohdalla saimme laadukasta sekvenssiä vain yhteen suuntaan sekvensoidessa. Muiden geenien kohdalla MLSTmenetelmän pystyttäminen onnistui odotetusti. Suomesta eläimistä eristettyjen kantojen profiilit olivat hyvin samankaltaisia, viitaten niiden olevan läheistä alkuperää. Tämä on tärkeä tekijä selvitettäessä bioserotyypin leviämisreittejä Suomessa. Villieläinten on epäilty olevan bioserotyypin 2/O:9 reservuaari. Tutkimuksemme lampaiden, villisian ja myyrän samankaltaiset MLST-profiilit tukevat tätä hypoteesia edelleen. Tuloksia arvioitaessa tulee myös huomioida MLST-menetelmän mahdollinen heikko kyky erottaa geneettisesti läheisiä kantoja.
Now showing items 1-4 of 4