Browsing by Subject "PCR"
Now showing items 1-20 of 41
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2002)Aeromonas-bakteerit ovat gram-negatiivisia, sauvamaisia ja fakultatiivisia anaerobisia bakteereita. Tällä hetkellä tunnetaan jo 16 tai 17 Aeromonas-lajia (genospecies=GS tai hybridization/homology group=HG), mutta aeromonaksille ei ole olemassa yleisesti hyväksyttyä luokittelua. Taksonomia muuttuu jatkuvasti uusien tutkimusten ja tunnistamismenetelmien perusteella. Nykyään luokittelussa yleisesti käytetyt hybridisaatioryhmät ovat toisinaan ristiriidassa perinteisten biokemiallisten ja fysiologisten ominaisuuksien perusteella luokiteltujen lajien kanssa. HSP60 (heat shock protein 60, GroEL tai Cpn60) on yleinen ja konservoitunut lämpösokkiproteiini, jota esiintyy kaikissa mikrobeissa. Tämän vuoksi HSP60-geenifragmentin polymorfiaa on käytetty apuna eri bakteerisukujen ja -lajien taksonomian tutkimisessa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää eri Aeromonas-lajien tunnistamiseen sopiva menetelmä, joka perustuu HSP60-geenin polymorfiaan, jota tutkitaan restriktiofragmenttien pituuspolymorfian (RFLP) avulla. Ensin monistettiin polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla osa HSP60-geenistä 76 Aeromonas-kannalta (HG 1 - HG 12 ja HG 16). Geenifragmenttien pilkkomista kokeiltiin useilla restriktioentsyymeillä. Parhaiten eri lajit erotteleviksi entsyymeiksi osoittautuivat HhaI ja MboI, joilla pilkottiin kaikki monistuneet HSP60-geenifragmentit. RFLP:llä saadut fragmentit kuvattiin UV-valossa ja analysoitiin Bionumerics-ohjelmalla. Lopuksi analyysituloksia tulkittiin visuaalisesti. Tutkimus osoitti, että nyt kehitetty Aeromonas-lajien tunnistamismenetelmä onnistuu tutkituista 13 genotyypistä erottelemaan toisistaan kahdeksan genotyyppiä: A. hydrophila (HG 1), A. bestiarum (HG 2), A. caviae (HG 4), A. veronii (HG 8/10 ja 10), A. jandaei (HG 9), A. sp. HG 11, A. schubertii (HG 12) ja A. encheleia (HG 16). Aeromonasten tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla on nopea ja luotettava menetelmä, jonka kehittämistä kaikkien tunnettujen Aeromonas-lajien tunnistamiseksi kannattaa jatkaa.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)Clostridium perfringens on Gram-positiivinen, anaerobinen, itiöitä muodostava sauvabakteeri. Sitä esiintyy yleisesti ihmisten ja eläinten suolistossa sekä maaperässä. C. perfringens on yksi merkittävimmistä ruokamyrkystä aiheuttavista bakteereista. Sen aiheuttamat ruokamyrkytykset liittyvät yleensä joukkoruokailussa tarjotuun liharuokaan. Kaikkia C. perfringensin aiheuttamia ruokamyrkytyksiä ei diagnosoida, koska terveillä ihmisillä oireet menevät ohi muutamassa päivässä ilman hoitoa. Tyypillisimmin oireisiin kuuluu ripuli ja pahoinvointi, harvemmin oksentelu ja kuume. Ruokamyrkytyksen aiheuttaa C. perfringensin tyyppi A:n enterotoksiiniposiitiviset kannat. Eläinperäisistä C. perfringens-kannoista vain pienellä osalla on enterotoksiinia koodaava cpe-geeni. Enterotoksiinigeenin pystyy osoittamaan PCR-tekniikallaC. perfringensin varastona eli reservuaarina on pidetty eläimiä, koska sen aiheuttamiin ruokamyrkytyksiin liittyy liha tai lihatuotteet. Esiintyminen eri eläinlajeilla on vaihdellut paljon tutkimuksesta toiseen. C. perfringensin esiintymistä on tutkittu sekä uloste- että lihanäytteistä. C. perfringensin esiintymistä suomalaisissa tuotantoeläimissä ei ole tutkittu. Tämä tutkimus on osa elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksen C. perfringensin epidemiologiaa selvittävää tutkimusprojektia. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää esiintyykö broilerin ulosteessa enterotoksiinipositiivisia kantoja, sekä tutkia vaikuttaako 15 minuuttia kestävä kuumennus 70 °C:ssa ja 100 °C:ssa cpe-positiivisten kantojen esiintymiseen. Tutkimuksen kohteeksi valitsimme broilerin ulosteen, koska kirjallisuudessa C. perfringensin prevalenssi on ollut suurin broilerilla. C. perfringens eristettiin ja varmistettiin pohjoismaisen elintarvikkeiden metodiikkakomitean eli PEMK:n menetelmäehdotuksen mukaan, joka on tehty C. perfringensin määrittämiselle elintarvikkeista. Eristettyjen kantojen enterotoksiinisuus tutkittiin PCR-menetelmällä kahdella alukeparilla. Jokaisessa 11 tutkitussa broilerin ulostenäytteessä kasvoi C. perfringensiä. C. perfringens-kantoja eristettiin 161 kappaletta. Jokainen eristetty kanta oli molemmilla alukepareilla enterotoksiininegatiivinen. Kuumennuksen vaikutusta enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintymiseen ei pystytty arvioimaan.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)Kampylobakteerit ovat teollisuusmaissa tavallisimpia diagnosoituja bakteeriperäisen gastroenteriitin aiheuttajia. C. jejuni aiheuttaa noin 90-95 % infektioista ja C. coli tavallisesti 5-10 %. Suomessa sairastuu vuosittain noin 3000 henkilöä kampylobakterioosiin. Infektioiden määrä on vähäinen talvella ja keväällä, jolloin suurin osa tapauksista on ulkomaista alkuperää. Kesäkuukausien aikana kampylobakteeri-infektioiden määrä kasvaa ja tapauksista jopa puolet voi olla kotimaista alkuperää. Yleensä tapaukset ovat yksittäisiä ja epidemioita esiintyy harvoin. Tartuntalähteistä tärkeimpinä pidetään saastunutta juomavettä ja broilerinlihaa. Perinteiset kampylobakteerien tunnistamismenetelmät ruokanäytteistä ovat aikaa vieviä ja hankalia. Ne sisältävät näytteen esirikastuksen, viljelyn selektiivisille alustoille sekä biokemiallisen varmistuksen. Viime vuosina kampylobakteerien tunnistamiseen tarkoitetut nopeat menetelmät, kuten nukleiinihappohybridisaatio, PCR (polymerase chain reaction) ja ELISA (enzyme-linked immuno-sorbent assay) ovat kehittyneet. Näiden pikamenetelmien kehitys avaa uusia mahdollisuuksia mm. teollisuudelle elintarvikevalvontaan. Opinnäytetyössä verrataan EiaFoss-ELISA-kampylobakteerimenetelmää, viljelymenetelmää ja PCR-analyysia C. jejunin ja C. colin toteamiseen ja tunnistamiseen broilertuotteista. EiaFoss-ELISA-menetelmä on kvalitatiivinen määritysmenetelmä C. jejunin ja C. colin tunnistamiseen elintarvikkeista (rikastus 46 h + täysin automatisoitu analyysi 2 h). ELISA-analyysi perustuu "sandwich"-tekniikkaan, jossa kaksi erilaista polyklonaalista vasta-ainetta ovat kampylobakteeriantigeeneja vastaan. Viljelymenetelmä sisältää näytteen rikastuksen, viljelyn CCDA-maljalle (valikoiva kampylobakteerialusta ilman verta), maljojen inkuboinnin mikroaerofiilisissä olosuhteissa, tyypillisten pesäkkeiden jatkoviljelyn ja biokemiallisen varmistuksen. Valittu PCR-menetelmä sisältää rikasteliemen esikäsittelyn BDC (Buoyant Density Sentrifugation) menetelmällä, joka erottelee ominaispainoon perustuen bakteerit ja PCR-inhibittorit rikasteliemestä ja konsentroi bakteerit, sekä C. jejuni spesifisen PCR-analyysin. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 105 tuotetta, joista 60 siipikarjatuotetta oli valittu juuri menetelmien vertailuun. Vaihtelut kaikkien kolmen menetelmän tuloksissa olivat vähäisiä. EiaFoss-positiivisia oli 13, PCR-positiivisia 10 ja viljely-positiivisia näytteitä 10. Varmaksi positiiviseksi tulokseksi määriteltiin sellainen näyte, joka antoi kahdella tai kaikilla kolmella menetelmällä positiivisen tuloksen. Näin ollen varmojen positiivisten määrä oli 12, joista 11 kyseessä oli C. jejuni ja yhdessä C. coli. Sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmissä väärien negatiivisten tulosten osuus oli 1,7 % näytteistä. Viljelymenetelmän väärät negatiiviset (3,3 %) johtuivat todennäköisesti valitusta pitkästä rikastusajasta, eivätkä siksi anna täysin oikeaa kuvaa kampylobakteereiden tunnistamisesta viljelemällä. EiaFoss-menetelmällä esiintyi vääriä positiivisia tuloksia (viljely- ja PCR-negatiivisia) 3,3 %. Viljely- ja BDC-PCR-menetelmissä ei esiintynyt vääriä positiivisia. Tämän perusteella sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmät osoittautuivat helpoiksi ja luotettaviksi pikamenetelmiksi tunnistaa kampylobakteerit broilernäytteistä.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2008)Clostridium botulinum is group of anaerobic rod shaped soil bacteria which causes serious food poisonings. It produces spores that can be found worldwide. The group is very heterogenic but the common thing to all C. botulinum bacteria is that they produce strong neurotoxin that causes paralysis and death. Human pathogens are C. botulinum types A, B, E, and F. Types C and D cause disease in animals. Aim of this study was to evaluate the prevalence of C. botulinum type A, B, E, and F spores in Finnish beef using multiplex PCR method. 53 samples of beef were processed in 2 separate pathways. Therefore 106 samples examined to search for C. botulinum types A B E and F with multiplex PCR. Process included sample pre-processes to eliminate PCR inhibitory substances and to concentrate C. botulinum cells. Results of the study were inconclusive. None of the beef samples were positive but the inoculated positive controls were working only half of the time in both pre-process pathways.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)Clostridium botulinum on anaerobinen, gram-positiivinen, itiöivä sauvabakteeri, jota esiintyy maailmanlaajuisesti maaperässä, meressä ja meren sedimenteissä. Se tuottaa maailman voimakkainta myrkkyä, botulinumneurotoksiinia (BoNT), joka aiheuttaa botulismina tunnetun velttohalvauksen estämällä asetyylikoliini -välittäjäaineen vapautumisen hermolihasliitoksen synapsiraossa. BoNT on n.150 kDa:n pituinen polypeptidiketju, joka koostuu disulfidisillalla yhdistetystä raskas- ja kevytketjusta. C. botulinum jaetaan kuuteen serotyyppiin A-F, joista C ja D aiheuttavat botulismia vain eläimillä. Linnut, turkiseläimet ja hevoset ovat herkimpiä C-tyypin toksiinille ja naudat ja pikkumärehtijät D-tyypille. Tyypit voidaan jakaa mikrobiologisten ominaisuuksiensa mukaan myös kolmeen ryhmään I-III. C- ja D- tyyppi muodostavat III-ryhmän, jolle on ominaista, että sen toksiinintuottogeeni sijaitsee bakteriofaagissa, toisin kuin muilla ryhmillä, joilla geeni kuuluu bakteerin kromosomiin. Bakteriofaagit ovat bakteerien loisviruksia, joita löytyy kaikkialta ympäristöstämme. Niillä on säännöllinen, usein kuusikulmainen pää ja tupellinen häntä. C- ja D-tyypin faagit sisältävät kaksijuonteista DNA:ta, jossa myös BoNT-geeni sijaitsee. Infektoidessaan bakteerin faagi siirtää DNA:nsa häntää pitkin bakteerin solulimaan. C- ja D-tyypin faagin suhde isäntäsoluunsa on pseudolysogeeninen, mikä tarkoittaa sitä, että faagi pystyy vaihdellen integroitumaan ja irrottautumaan bakteerin kromosomista. Integroiduttuaan kromosomiin faagi-DNA on lysogeenisessa syklissä eli se toimii osana isäntäsolun kromosomia ja periytyy sen mukana solun jälkeläisille. Irrottautuessaan kromosomista faagi-DNA joutuu solulimassa lyyttiseen sykliin, jossa se solun toimintaan puuttumatta monistaa itseään ja rakentaa päitä ja häntiä käyttöönsä. Lopulta uudet faagit rikkovat solun purkautuessaan siitä ulos. C- ja D-tyypit ovat toksigeenisiä ainoastaan infektoiduttuaan faagilla ja menettävät toksiinintuottokykynsä, jos faagi-DNA irrottautuu kromosomista. Faagityypistä riippuu, tuottaako solu C1- vai D-tyypin toksiinia. Kaikki faagit eivät kuitenkaan pysty infektoimaan kaikkia C- ja D-tyypin kantoja antigeenisista ja morfologisista eroista johtuen. Faagin menetykseen johtavia seikkoja ei tarkalleen tiedetä, mutta kasvulle epäedulliset ympäristöolot ja sarjasiirrostukset vähentävät kantojen toksigeenisyyttä. UV-säteilyllä ja erilaisilla kemiallisilla käsittelyillä faagit saadaan irtoamaan keinotekoisesti. Neurotoksiinit syntetisoidaan ei-toksisten proteiinien kanssa osana suurempia, erikokoisia toksiinikomplekseja. Proteiinit osallistuvat BoNT:n suojaamiseen ja kiinnittymiseen. Kompleksin rakentamisesta vastaa kuusi geeniä, joita koodataan kolmessa rykelmässä kahteen eri suuntaan. Osalla proteiineista on hemagglutinaatioaktiivisuutta, jonka mukaan HA-geenit on nimetty. Diagnostiikassa hiirikokeet ovat paljolti väistyneet uusien menetelmien tieltä, vaikka ne ovatkin yhä ainoa varma keino todeta toksiinin aktiivisuus. Immunologisista menetelmistä ELISA:a on paljon hyödynnetty C- ja D-tyypeillä. Detektioon on käytetty PCR:ää, mutta modernimpien geeniteknisten tyypitysmenetelmien osalta ei ole vielä julkaistuja tutkimustuloksia C- ja D-tyypeiltä. Sen sijaan ihmisbotulismia aiheuttavia tyyppejä on paljon tutkittu mm. ribotyypityksellä, PFGE:llä ja AFLP:llä.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2003)Clostridium botulinum on gram-positiivinen itiöllinen anaerobinen sauvabakteeri. Epäsuotuisissa kasvuolosuhteissa bakteeri tuottaa lämpökestävän itiön. Bakteerin itiöitä esiintyy yleisesti maaperässä ja vesistöjen sedimenteissä. Clostridium botulinumin vegetatiivisten solujen tuottama toksiini on yksi vahvimmista myrkyistä ja se voi sairastuttaa sekä ihmisiä että eläimiä. Hevonen on erittäin herkkä botulinumtoksiinille. Maailmalla on raportoitu useita tapauksia, joissa pilaantunutta rehua syöneet hevoset ovat sairastuneet ja kuolleet myrkyn aiheuttamiin halvausoireisiin. Myös Suomessa on raportoitu botulismiepäilyjä, jotka ovat liittyneet pilaantuneen säilörehun syöttämiseen. Tässä tutkimuksessa selvitettiin C. botulinum tyyppien A, B, E ja F itiöiden mahdollista esiintymistä hevosen ulosteessa laidunkaudella. Työni liittyy osana tutkimukseen, jossa selvitetään C. botulinumin itiöiden esiintyvyyttä hunajassa. Mehiläisten tiedetään käyttävän vettä pesän lämmönsäätelyyn ja omaksi ravinnokseen. Tarvitsemansa veden mehiläiset hakevat lantaloista ja lantakasoista ja näin ollen on mahdollista, että hevosen uloste voisi toimia mahdollisena kontaminaatiolähteenä. Suomessa ei ole aikaisemmin tutkittu C. botulinumin itiöiden esiintymistä hevosen ulosteessa. Näytteet kerättiin eläinlääkäreiden ja eläinlääketieteen kandidaattien avustuksella sadalta hevoselta eri puolilta Suomea. Näytteenottotiloilla eläinlääkäri täytti hevosen omistajan tai tallinpitäjän avustuksella kyselykaavakkeen, jonka avulla selvitettiin mm. hevosten ruokintaa, vedensaantia ja laidunolosuhteita. C. botulinumin detektio tehtiin rikastuksen jälkeen multiplex-PCR –menetelmällä. Itiöiden määrä määritettiin MPN (Most Probable Number) –menetelmää käyttäen. Näytteistä punnittiin 1 g:n erissä kymmenen putken sarjat, joista positiivisen tuloksen antaneiden putkien lukumäärästä MPN-luku laskettiin. Käytetyllä menetelmällä hevosen ulostenäytteistä havaittiin C. botulinumin suhteen positiivisiksi 16 (16%) näytettä. Kaikki positiiviset näytteet sisälsivät tyypin B itiöitä. Tulos on sopusoinnussa elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksella meneillään olevan tutkimuksen kanssa, jossa C. botulinum tyyppiä B todettiin esiintyvän Suomen maaperässä. Ulostenäytteistä löydettyjen itiöiden määrä vaihteli 11-69 kpl itiöitä/100 g näytettä keskiarvon ollessa 28 itiötä/100 g näytettä. Kyselytutkimuksen aineisto analysoitiin c2 –testin avulla. Kysyttyjen muuttujien suhteen ei havaittu tilastollisesti merkittäviä eroja positiivisten ja negatiivisten hevosten välillä (p>0,05). Tämän tutkimuksen perusteella hevosen uloste voi toimia mahdollisena kontaminaatiolähteenä hunajassa esiintyville C. botulinumin itiöille.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2002)Clostridium botulinum on gram-positiivinen, anaerobinen bakteeri, jota esiintyy maaperässä ja vesistöjen sedimenteissä maailmanlaajuisesti. Epäsuotuisissa olosuhteissa se tuottaa kestävän itiön. Ympäristön itiöt voivat kontaminoida sekä elintarvikkeita että eläinten rehuja. C. botulinumin tuottama botulinumtoksiini on yksi vahvimmista tunnetuista myrkyistä ja se sairastuttaa niin ihmisiä kuin eläimiäkin. Myös nauta on botulinumtoksiinille herkkä. Maailmalla on raportoitu useita tapauksia, joissa karja on sairastunut ja menehtynyt botulismin aiheuttamiin halvausoireisiin. Suomessa on ollut naudan botulismiepäilyjä, mutta tapauksia ei ole raportoitu. Yleisesti tapaukset liittyvät pilaantuneen säilörehun syöttämiseen. Osalta sairastuneista naudoista on pystytty eristämään C. botulinumin itiöitä tai toksiinia ruoansulatuskanavasta tai ulosteesta. Tässä työssä tutkittiin C. botulinum -itiöiden mahdollista esiintymistä naudan ulosteessa laidunkaudella. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää onko naudan uloste mahdollinen kontaminaatiolähde hunajassa esiintyville C. botulinumin itiöille. Mehiläiset käyttävät vettä sekä pesän lämmönsäätelyyn että omaksi ravinnokseen. Lantaloiden vedestä ne saavat tarvitsemiaan kivennäisaineita. Suomessa ei ole aikaisemmin tutkittu C. botulinumin itiöiden esiintymistä naudan ulosteessa. Näytteet kerättiin keinosiementäjien avustuksella sadalta eri naudalta eri puolilta Suomea. Näytteenottotiloilla karjanhoitaja täytti kyselykaavakkeen, jonka avulla selvitettiin mm. nautojen ruokintaa, vedensaantia ja laidunolosuhteita. C. botulinumin detektio tehtiin rikastuksen jälkeen multiplex-PCR-menetelmällä. Itiöiden määrä määritettiin MPN (Most Probable Number) -menetelmää käyttäen. Näytteistä punnittiin 1 g:n erissä kymmenen putken sarjat, joista positiivisen tuloksen antaneiden putkien lukumäärästä MPN-luku laskettiin. Käytetyllä menetelmällä naudan ulostenäytteistä todettiin C. botulinumin suhteen positiiviseksi kaksi (2 %) näytettä. Niiden itiöiden määrä oli vähäinen, ka. 11 kpl itiöitä/ 100 g näytettä. Vähäisen itiöiden esiintyvyyden takia tulosta ei voida käsitellä tilastollisesti ja siten ei voida sanoa onko positiivisten eläinten esiintymisellä alueellista vaihtelua. Tutkimuksen perusteella voidaan olettaa, että uloste ei olisi merkittävä hunajan kontaminaatiolähde.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 1999)Clostridium perfringes tyyppi A on yleinen ruokamyrkytyksien aiheuttaja etenkin joukkoruokailuihin liittyvissä tapauksissa. Riskitekijöinä on mm. hidas jäähdytys, pitkät tarjoiluajat ja uudelleen lämmitys. Ruokamyrkytyksiä aiheuttavat C. perfringens -kannat tuottavat enterotoksiinia (CPE), jota vapautuu sporulaation yhteydessä ohutsuolessa. Enterotoksiini on n. 35 kDa:n kokoinen polypeptidiketju, jonka tuotantoa koodaa yksi geeni, cpe. Geeni voi sijaita joko bakteerin kromosomissa tai plasmidissa. Ruokamyrkytystapauksista eristetyissä kannoissa sen on todettu sijaitsevan kromosomissa. Geenin olemassaolo voidaan todeta PCR-tekniikalla. PCR eli polymeraasiketjureaktio on reaktio, jossa DNA:ta monistetaan tunnettujen alukkeiden ja polymeraasientsyymin avulla. Reaktiossa on kolme vaihetta (avautuminen, kiinnittyminen ja pidentäminen), jotka muodostavat yhden syklin. Toistamalla sykliä tuotteen määrä kasvaa eksponentiaalisesti. Tutkimuksen kohteena oli 47 elintarvikkeista eristettyä C. perfringens -kantaa, joiden cpe-positiivisuutta tutkittiin PCR-tekniikalla. Tutkimuksessa käytettiin kahta eri PCR-ohjelmaa (CPE 1 ja CPE 2) ja kahta alukeparia (CPE 1 / 2 ja CPE 3 / 4). Saadut tuotteet analysoitiin agaroosigeelielektroforeesilla. Tutkituista kannoista kaksi oli cpe-positiivisia. Muut kannat olivat negatiivisia. Positiivisten kantojen osuus oli 4 % kokonaismäärästä, mikä tukee aikaisempien tutkimusten tuloksia siitä, että vain osalla C. perfringens -kannoista on cpe-geeni.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)Clostridium perfringens on ruokamyrkytystä aiheuttava anaerobi, itiöitä muodostava bakteeri, jota esiintyy yleisesti maaperässä, jätevesissä sekä ihmisten ja eläinten suolistossa. Bakteeri tuottaa yhteensä ainakin 16 virulenssitekijää, mm. 12 eri toksiinia. C. perfringens jaetaan viiteen tyyppiin (A-E) tuottamiensa neljän päätöksiinin perusteella. Eri bakteerityypit aiheuttavat ihmisillä ja eläimillä hyvin erilaisia sairauksia, kuten kaasukuoliota ja nekroottista enteriittiä. C. perfringens-enterotoksiini (CPE) aiheuttaa ihmisellä tyyppi A ruokamyrkytyksen. Ruokamyrkytys liittyy usein joukkoruokailuun, jossa suuria määriä ruokaa valmistetaan kerralla ruuan jäähdytyksen kestäessä liian kauan, tarjoiluajan ollessa pitkän tai uudelleen kuumennoksen ollessa riittämätöntä. Näissä oloissa suhteellisen lämmönkestävä C. perfingens pääsee lisääntymään. Ruokamyrkytyksen oireet, ripuli ja vatsakivut, aiheutuvat enterotoksiinin vapautuessa ohutsuolessa sporuloituvista bakteerisoluista ja vaurioittaessa suolen epiteelisoluja. Ruokamyrkytys on usein yhteydessä liharuokiin, joten ruokamyrkytystä aiheuttavien C. perfringensin reservuaarina on pidetty eläimiä. Kuitenkin vain pienellä osalla eläinperäisistä C. perfringens –kannoista on enterotoksiinin muodostusta koodaava cpe-geeni. Tehdyissä tutkimuksissa enterotoksiinipositiivisten C .perfringensien määrät vaihtelevat eläinlajista toiseen ja tutkimuksesta toiseen. Vielä on epäselvää, mistä enterotoksiinipositiiviset C. perfringensit joutuvat ruokaan. Tämä tutkimus on osa elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksen projektia, jossa selvitetään C. perfringensin epidemiologiaa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää esiintyykö naudan ulosteessa enterotoksiinipositiivisia C. perfringens –kantoja ja tutkia, vaikuttaako lämpökäsittely 100°C:ssa 15 minuuttia cpe-geenin esiintyvyyteen. C. perfringens –kannat eristettiin ulostenäytteistä modifioidun PEMK:n (Pohjoismainen elintarvikkeiden metodiikkakomitea) menetelmäehdotuksen mukaisesti. Cpe-geenin esiintyminen tutkittiin PCR-menetelmällä. C. perfringensiä oli naudan ulostenäytteissä 41 %:lla. Kantoja saatiin eristettyä 77 kappaletta. Yhtään cpe-geenin suhteen positiivista bakteerikantaa ei löytynyt. Tulokset ovat yhteneviä aikaisempien tutkimustulosten kanssa. Kuumennuskäsittelyn vaikutusta enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintyvyyteen ei pystytty arvioimaan.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2000)Clostridium perfringens on gram-positiivinen, itiöitä muodostava, anaerobinen sauvabakteeri. Se on yleinen maaperässä ja ihmisten ja eläinten suolistossa. C. perfringens on yksi yleisimpiä ruokamyrkytyksen aiheuttajia maailmassa. Clostridium-sukuun kuuluu muitakin ihmisille ja eläimille vahingollisia bakteereja, jotka ovat yleisiä maaperässä. Näitä ovat mm. Clostridium botulinum ja Clostridium tetani. Ruokamyrkytyksen oireet ovat yleensä lievät, siksi kaikkia tapauksia ei edes raportoida. Oireisiin kuuluu tavallisesti ripuli, vatsakipu, ja harvemmin kuume ja oksentelu. Ruokamyrkytys liittyy usein joukkoruokailuun, missä ruokaa ei ole kuumennettu kunnolla. Yleensä kyseessä on liharuoka. Ruokamyrkytyksen aiheuttaa C. perfringensin tuottama enterotoksiini. Enterotoksiinia koodaa cpe-geeni, jota on todettu vain pienellä osalla kannoista. Enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintymistä on määritetty eläinten ulosteista ja lihasta, joissa sen esiintyminen on vaihdellut, mutta maaperästä ei ole juuri tehty tutkimuksia. Tämä tutkimus on osa elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksen tutkimusprojektia, joka selvittää C. perfringensin epidemiologiaa. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, kuinka paljon maaperässä esiintyy enterotoksiinipositiivisia C. perfringens –kantoja, sekä vaikuttaako 15 minuuttia kestävä kuumennus 100 oC lämpötilassa enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintymiseen. C. perfringensin eristämiseen ja varmistamiseen käytettiin Pohjoismaisen elintarvikkeiden metodiikkakomitean menetelmäehdotusta C. perfringensin määrittämiseen elintarvikkeista. Enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintyminen tutkittiin PCR-menetelmällä. Tutkituista maanäytteistä (71) 88,7 % oli C. perfringensiä. Kantoja eristettiin 187 kappaletta, joista kuumennettuja oli kolme. Yhdestä näytteestä löytyi kaksi enterotoksiinipositiivista kantaa. Samasta näytteestä eristettiin myös kaksi negatiivista kantaa. Kuumennuksen vaikutusta enterotoksiinipositiivisten kantojen esiintymiseen ei pystytty arvioimaan, sillä kuumennetuista näytteistä ei löytynyt yhtään positiivista.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2012)Kaikki Cryptosporidium-sukuun kuuluvat alkueläimet ovat solunsisäisiä parasiitteja, jotka voivat infektoida yli 150 nisäkäslajin lisäksi myös lintuja, matelijoita, sammakkoeläimiä ja kaloja. Kryptosporideja esiintyy kaikkialla maailmassa. Tutkituin Cryptosporidium-laji on Cryptosporidium parvum, joka on varsinkin nuorten vasikoiden parasiitti. Muita naudoilla esiintyviä kryptosporidilajeja ovat Cryptosporidium bovis, Cryptosporidium ryanae ja Cryptosporidium andersoni. Kryptosporidioosiksi kutsutaan Cryptosporidium-alkueläimen aiheuttamaa tautia, jonka tyypillisin oire on itsestään rajoittuva lievä ripuli. Kryptosporidioosi diagnosoidaan etsimällä Cryptosporidium-alkueläimen ookystamuotoja ulostenäytteistä. Yleisimmin käytössä oleva menetelmä on joko värjättyjen tai värjäämättömien näytteiden mikroskopointi. Cryptospordium-alkueläimiä voidaan tutkia suoraan ulostenäytteistä, mutta yleensä näytteet konsentroidaan ennen varsinaista diagnosointia. Konsentrointimenetelmillä pyritään kasvattamaan ulostenäytteiden ookystien määrää suhteessa näytetilavuuteen, jolloin niiden havaitseminen helpottuu. Konsentrointi tapahtuu käyttämällä apuna erilaisia sentrifugointi- ja flotaatiomenetelmiä sekä tietyn tiheyden omaavia suola- tai sokeriliuoksia. Kryptosporideille on viime vuosina kehitetty myös useita polymeraasiketjureaktioon (PCR) perustuvia molekylaarisia tunnistusmenetelmiä. Tutkimuksen tarkoituksena oli verrata keskenään Cryptosporidium-alkueläinten diagnostiikassa käytettäviä analyysimenetelmiä sekä kartoittaa kryptosporidien esiintymistä vasikoilla. Ulostenäytteet kerättiin vasikoiden kolmivaihekasvattamosta, jossa vasikat olivat keskimäärin alle kuukauden ikäisiä. 64 näytettä sisälsivät riittävästi ulostetta, jotta ne voitiin hyväksyä tutkimukseen. Tutkimuksen kokeellisessa osassa tarkasteltiin kolmea yleisimmin käytössä olevaa kryptosporidien konsentrointimenetelmää, jotka olivat natriumkloridiflotaatio, sokeriflotaatio ja formaliini-etyyliasetaattimenetelmä. Cryptosporidium-ookystien havaitsemiseen konsentroiduista ulostenäytteistä käytettiin sekä Ziehl-Neelsen värjäysmenetelmää että polymeraasiketjureaktiota (PCR). Kahdeksan kryptosporidien suhteen positiivista ulostenäytettä tyypitettiin DNA-sekvensoinnin avulla, jotta saatiin tietoa Suomessa esiintyvien Cryptosporidium-lajien prevalensseista. Analysoiduista 64 ulostenäytteestä 19 (29,7 %) oli PCR-menetelmällä kryptosporidien suhteen positiivisia. DNA-sekvensointiin valituista kahdeksasta näytteestä seitsemän oli genotyypiltään C. bovis ja yksi C. ryanae. Verratuista Cryptosporidium-alkueläinten diagnostiikassa käytettävistä menetelmistä Ziehl-Neelsen värjäys sopii varsinkin kliinisten näytteiden analysointiin, jotka sisältävät paljon ookystia. PCR-menetelmää kannattaa käyttää näytteille, joiden ookystamäärä on vähäinen tai joiden parasitologinen status halutaan selvittää laji- tai genotyyppitasolle asti. Tämän tutkimuksen perusteella kryptosporidien diagnostiikassa käytettävistä konsentrointimenetelmistä toimivin on natriumkloridiflotaatio, ja se voidaan ongelmitta yhdistää joko PCR-menetelmään tai Ziehl-Neelsen-värjäykseen.
-
(2023)Dietamoeba fragilis is a very common human intestinal parasite in the world and also in Finland. D. fragilis causes dientamoebiasis in humans, and symptoms of infection may vary from mild bowel symptoms to prolonged diarrhoea and weight loss. Some of the infected patients are completely asymptomatic. Despite its prevalence, insufficient data exist on the life cycle and host organisms of D. fragilis. Interestingly, D. fragilis has been found in dogs in a few studies. Thus, more research is needed on the role of household pets as part of the parasite’s life cycle and choice of host organism. Comprehensive study on the role of dogs in the life cycle of D. fragilis is warranted. The purpose of this thesis was to design a study on the role of dogs in the D. fragilis parasite life cycle “The presence of Dientamoeba fragilis parasites and multiresistant ESBL-bacteria in dog owners and their pets”, to present research methods and to apply research permit from the ethics committee. The aim of the study is to analyze the prevalence of D. fragilis in dogs in Finland and the role of the dog in the spread of D. fragilis parasite within humans. In addition to D. fragilis, the study combines collection of samples for ESBL bacteria analyses, but this thesis focuses only on the part of study D. fragilis. Two different real-time PCR methods are tested in this project: an in-house method and an Amplidiag® Stool Parasites method, out of which Amplidiag® Stool Parasites method is selected to be used in the study. In the thesis documents for the ethics committee's referral are written and ethical permit to conduct the study from the HUS ethics committee is applied. A favourable opinion will allow a comprehensive study of dogs and humans to be carried out. Ethics permit is need to recruit participants for research on the basis of a laboratory-confirmed D. fragilis -discovery. The committee confirms that the study is ethically acceptable. During the thesis project, the committee gave the study a conditional favourable decision. The implementation of the study will start in the spring of 2023, when the final assent is received.
-
(2023)Dietamoeba fragilis is a very common human intestinal parasite in the world and also in Finland. D. fragilis causes dientamoebiasis in humans, and symptoms of infection may vary from mild bowel symptoms to prolonged diarrhoea and weight loss. Some of the infected patients are completely asymptomatic. Despite its prevalence, insufficient data exist on the life cycle and host organisms of D. fragilis. Interestingly, D. fragilis has been found in dogs in a few studies. Thus, more research is needed on the role of household pets as part of the parasite’s life cycle and choice of host organism. Comprehensive study on the role of dogs in the life cycle of D. fragilis is warranted. The purpose of this thesis was to design a study on the role of dogs in the D. fragilis parasite life cycle “The presence of Dientamoeba fragilis parasites and multiresistant ESBL-bacteria in dog owners and their pets”, to present research methods and to apply research permit from the ethics committee. The aim of the study is to analyze the prevalence of D. fragilis in dogs in Finland and the role of the dog in the spread of D. fragilis parasite within humans. In addition to D. fragilis, the study combines collection of samples for ESBL bacteria analyses, but this thesis focuses only on the part of study D. fragilis. Two different real-time PCR methods are tested in this project: an in-house method and an Amplidiag® Stool Parasites method, out of which Amplidiag® Stool Parasites method is selected to be used in the study. In the thesis documents for the ethics committee's referral are written and ethical permit to conduct the study from the HUS ethics committee is applied. A favourable opinion will allow a comprehensive study of dogs and humans to be carried out. Ethics permit is need to recruit participants for research on the basis of a laboratory-confirmed D. fragilis -discovery. The committee confirms that the study is ethically acceptable. During the thesis project, the committee gave the study a conditional favourable decision. The implementation of the study will start in the spring of 2023, when the final assent is received.
-
(2014)Enterococci is a group of gram positive bacteria part of human intestinal flora. While generally harmless, several species of the group are known to cause severe infections in humans, including bloodstream infections leading to sepsis. Since Enterococci are naturally resistant to many antibiotics, the use of glycopeptides, considered a”last resort” drugs, is common in treatment of enterococcal infections. In recent years, however, the emergence of glycopeptide resistant Enterococci (GRE) has been an increasing concern for clinics and microbiology laboratories around the world, creating a need for fast and accurate screening tests differentiating the glycopeptide resistant Enterococcus strains from the non-resistant ones. In this study, a combined PCR and microarray hybridization based method for identification of the clinically most prevalent GRE was established as a part of commercial sepsis diagnostic test called Prove-it™ Sepsis. Already identifying the most common Enterococcus species (E.faecium and E.faecalis), the detection of glycopeptide resistance causing ligase genes vanA and vanB and species level identification of intrinsically glycopeptide resistant E.gallinarum and E.casseliflavus were added as part of the the test. Primers were designed for sequencing vanA and vanB genes and multiple strains, provided by a Finnish clinical laboratory Huslab, were sequenced. Sequence regions unique to these genes were identified according to sequence alignment data containing the sequenced gene regions and other relevant sequences found in public sequence databases. Based on these data, primers were designed for the amplification of the selected gene regions. For identification of the amplified gene regions, a set of hybridization probes were designed and printed on microarray. In addition, probes for identifying E.casseliflavus and E.gallinarum were designed based on sequence aligment data gathered from Mobidiag Ltd. private biobank. The identification of these species was based on topoisomerase encoding gyrB gene amplified by the Prove-it™ Sepsis broad range PCR. Several primers for the amplification of vanA and vanB genes were designed and one primer pair for each was selected to be integrated to the Prove-it™ Sepsis multiplex-PCR. Similarily, multiple hybridization probes were designed for detecting vanA, vanB, E.casseliflavus and E. gallinarum. Four probes for each target gene region were selected to be integrated to the commercial test. With this modified test, 12 pure culture samples of clinical origin were tested and the results were compared to the ones provided by the laboratory of clinical microbiology of Hôspital de bicêtre (Paris, France). Results provided by the modified PCR and microarray test were identical to the reference results in 11 out of 12 cases.
-
(2018)Tutkimuksen kohteena on suomalainen suku, jossa esiintyy hampaiden kovakudosten perinnöllinen kehityshäiriö. Aikaisemmissa tutkimuksissa kehityshäiriön aiheuttava mutaatio on paikallistettu kromosomiin 15, ja kahden näytteen eksomisekvensoinnilla on löydetty useita mahdollisia mutaatioita. Tähän tutkimukseen on valittu näistä mutaatioista seitsemän tarkempaa tutkimista varten. Tutkittavaksi valitut mutaatiot sijaitsevat geeneissä OTUD7A, SPTBN5 (2 mutaatiota), PLA2G4F, FLJ27352, PRTG ja IGDCC4. Tarkoituksena on selvittää, esiintyvätkö ne kaikilla sairailla suvun jäsenillä ja voivatko ne olla kehityshäiriön taustalla. Aluksi tutkittavaksi valittiin neljä suvun jäsentä, joilla on todettu hampaiden kehityshäiriö. Heidän DNA-näytteilleen tehtiin polymeraasiketjureaktio (PCR), geelielektroforeesi ja sekvensointi. Kaksi etsityistä mutaatioista löytyi kaikilta näiltä henkilöiltä, ja ne sijaitsivat geeneissä IGDCC4 ja PRTG. Seuraavassa vaiheessa PRTG- ja IGDCC-geenien mutaatioita etsittiin laajemmalta joukolta suvun jäseniä. Tutkittavia näytteitä oli yhteensä 15. Näytteistä kahdeksan oli sairailta suvun jäseniltä, yksi oletetusti sairaalta ja kuusi terveiltä. Geenin IGDCC4 mutaatio löytyi kahdeksalta sairaalta heterotsygoottisena, mutta ei mahdollisesti sairaalta suvun jäseneltä. Lisäksi se löytyi yhdeltä terveeltä. Näin ollen tämä mutaatio ei ole kehityshäiriön taustalla. Geenin PRTG mutaatio löytyi kaikilta sairailta heterotsygoottisena eikä sitä löytynyt yhdeltäkään terveeltä, joten periaatteessa tämä voisi olla kehityshäiriön taustalla. Se aiheuttaa missense-mutaation, joka muuttaa valiinin leusiiniksi. Uusimpien tietokantojen mukaan sen yleisyys erityisesti Suomessa on kuitenkin jopa 0,015, joten on epätodennäköistä, että tämäkään mutaatio ainakaan yksin aiheuttaisi tutkimuksen kohteena olevan hampaiden kovakudosten kehityshäiriön. Tutkimuksen kohteena olevan kehityshäiriön aiheuttavan mutaation selvittämiseksi tarvitaan siis jatkotutkimuksia. (217 sanaa)
-
(2014)Hepatitis C virus (HCV) is a globally significant blood-borne agent causing liver diseases. HCV has infected over 170 million people worldwide and it has become a significant causative agent of chronic liver inflammation also in Finland. HCV is a very diverse group of viruses that is divided into genotypes 1–7 as well as subtypes. HCV infection can be treated with antiviral drugs, and the drug of choice as well as treatment success are determined by the HCV genotype that the patient is carrying. The aim of this study was to develop a new, sequencing based HCV genotyping method for the Laboratory of the Hospital District of Helsinki and Uusimaa (HUSLAB), at the Department of Virology and Immunology. The focus of the study was to establish a steady and robust genotyping method that would be suitable for the workflow in clinical diagnostics. The samples used in this study had been previously analysed in regular HCV genotyping diagnostics at HUSLAB. The genomic regions chosen for amplification with several different primer options were 5’UTR, core/E1 and NS5B. 5’UTR turned out to be the only suitable option for the diagnostic workflow. The amplification products were sequenced using Sanger method. Amplification of the whole HCV genome in several different reaction conditions for 454 deep sequencing was also attempted to obtain information about possible mixed infections and drug resistance changes in the genome. In this study, a new HCV genotyping method based on Sanger sequencing of the 5’UTR region was successfully established. The method is robust, stable and suitable for the use in clinical diagnostics. The established HCV genotyping method is the first entirely sequencing-based method in clinical viral diagnostics in Finland. The secondary aim, amplification of the whole HCV genome using a method suitable for the workflow of clinical diagnostics was not achieved. Given the demands and restrictions of the workflow of clinical diagnostics we can conclude that routine HCV genotyping with deep sequencing methods is for the present not yet possible.
-
(2020)Capnocytophaga canimorsus, Capnocytophaga cynodegmi ja Capnocytophaga canis -lajit ovat zoonoottisia. Ne voivat aiheuttaa ihmisille vaarallisia infektioita, mitkä pahimmillaan johtavat verenmyrkytykseen, jopa kuolemaan. Imuunipuutteisille ihmisille Capnocytophaga-suvun bakteerien aiheuttamat infektiot ovat erityisen suuri riski. Capnocytophaga-tartunnat saadaan usein eläinten syljen välityksellä, esimerkiksi puremahaavoista. Ihmisten terveyden ja eläinlääkäreiden työturvallisuuden vuoksi Capnocytophaga-suvun bakteerien esiintyminen eri eläinlajeilla ja niihin liittyvät riskit on tärkeä tuntea ja tunnistaa. Toistaiseksi Capnocytophaga-suvun bakteerien esiintymisestä hevosilla löytyy vain yksi hollantilainen tutkimus. Tutkielman tutkimusosuuden tavoitteena on selvittää polymeraasiketjureaktio (PCR) -menetelmällä, esiintyykö suomalaisilla hevosilla suun limakalvolla zoonoottisia Capnocytophaga-suvun bakteereita. Hypoteesina on, että niiden esiintyvyys hevosilla on 5 prosenttia. Hypoteesia tukee se, että aiemmin hevosilta on löydetty Capnocytophaga-suvun bakteereita suun limakalvolta. Toistaiseksi hevosen normaalimikrobistosta on vähän suomenkielistä materiaalia. Kirjallisuuskatsauksen tavoitteena on luoda suomenkielinen katsaus tämänhetkiseen tietoon hevosen normaalimikrobistosta, ja sen koostumukseen vaikuttavista tekijöistä. Kirjallisuuskatsauksessa käsitellään hevosen ruoansulatuskanavan, ulosteen, hengitysteiden, ihon, vaginan ja silmän normaalimikrobistoa sekä varsan suoliston mikrobiston kehitystä. On tärkeää tuntea, mitä hevosen normaalimikrobistoon kuuluu, ennen kuin tehdään johtopäätöksiä normaalimikrobiston muutosten aiheuttajista, muutosten seurauksista ja muuttuneen mikrobiston mahdollisesta yhteydestä sairauksiin. Tässä tutkimuksessa kerättiin 151 näytettä ja esitiedot ratsuhevosilta (62 tammaa, 89 ruunaa, 2 oria) kuudelta tallilta EteläSuomesta. Esitietolomakkeessa kysyttiin hevosen ikää, rotua, sukupuolta, kosketuskontaktia muihin hevosiin, ravintoa, laidunnusta ja ulkomaankontakteja. Lisäksi kahdelta koiralta otettiin näytteet näytteenotto- ja PCR menetelmän toimivuuden testaamiseksi. Näytteet kerättiin sivelemällä hevosten yläleuan ientä näytetikuilla. Zoonoottiset Capnocytophaga-bakteerilajit tunnistettiin näytteistä PCR menetelmällä, jossa käytettiin 16S rRNA -geeniin sitoutuvia alukkeita. PCR-ajon jälkeen tuotteiden monistuminen todettiin agaroosigeelielektroforeesilla. Hevosnäytteet olivat PCR negatiivisia eli Capnocytophaga-suvun zoonoottisia lajeja ei löytynyt. Koiranäytteet olivat PCR-positiivisia, mikä kertoo näytteenoton ja PCR menetelmän toimivuudesta. Tämän tutkimuksen tulos on ristiriidassa hollantilaisen tutkimuksen kanssa, jossa löydettiin Capnocytophaga-suvun bakteerilajeja hevosilta. Yksi selittävä tekijä voi olla tutkimusmenetelmien erot. Tämän tutkimuksen perusteella ei voida tehdä johtopäätöksiä siitä, esiintyykö suomalaisten hevosten suun limakalvolla zoonoottisia Capnocytophaga-suvun lajeja, vaan aihe vaatii lisää tutkimusta. Käytetty tutkimismenetelmä ei välttämättä toimi hyvin hevosilla, vaikka se toimii koirilla. Mikäli Capnosytophaga-suvun bakteerien esiintyvyys hevosilla on alle oletetun, otoskoon tulisi olla suurempi, jotta olisi todennäköistä löytää positiivisia näytteitä. Capnocytophaga-suvun bakteerit kuuluvat Bacteroidetespääjaksoon. Aiemmissa tutkimuksissa Bacteroidetes-pääjakson bakteereita on havaittu enemmän hevosen ikenen alla kuin suun limakalvolla. Näin ollen Capnocytophaga-suvun bakteereita voisi myös löytyä hevosen ikenen alaisesta mikrobistosta
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2015)Toxoplasma gondii on solunsisäinen alkueläin, jota esiintyy käytännössä kaikkialla maailmassa. Toksoplasman pääisäntinä toimivat kissaeläimet ja väli-isäntinään se voi hyödyntää lähes kaikkia tasalämpöisiä eläimiä. Se kykenee käyttämään parateenisina isäntinä myös vaihtolämpöisiä eläimiä kuten nilviäisiä. Parateenista isäntää loinen ei varsinaisesti infektoi eikä se lisäänny parateenisen isännänelimistössä, mutta tällainen isäntä voi edesauttaa loisen leviämistä. Pääisännissä muodostuu loisen suvullisen lisääntymisen johdosta ookystia, jotka leviävät runsaissa määrin ulosteen mukana ympäristöön. Sekä pää- että väli-isännissä loinen voi muodostaa kudoskystia, joiden kautta se voi levitä eteenpäin isännän tullessa syödyksi. Toxoplasma gondii on zoonoottinen loinen, ja se voi aiheuttaa vakaviakin seurauksia erityisesti raskaana oleville naisille sekä ihmisille, joiden immuunipuolustus on heikentynyt. Ihmisille tartuntalähteenä voivat toimia muiden muassa kotikissat sekä riittämättömästi kypsennetty liha. Ilveksiä havaitaan nykyisin ihmisasutuksen läheisyydessä, joten loisen on mahdollista levitä myös kotikissojen ja luonnonvaraisten eläinten välillä. Niin ikään metsästettyjen ilvesten käsittely voi altistaa ihmisen loistartunnalle. Lisensiaatin tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta sekä kokeellisesta osuudesta. Kirjallisuuskatsaus käsittelee Toxoplasma gondii -alkueläintä, ilvestä (Lynx lynx) sen pääisäntänä sekä diagnostiikassa yleisimmin käytettyjä menetelmiä. Kokeellisessa osuudessa hyödynnettiin nested-PCR-menetelmää, jolla voidaan havaita T. gondii:n perimän esiintyminen näytteessä. Näytteinä tutkimuksessa oli 21 Suomessa metsästetyn ilveksen sydäntä. Kyseiset ilvekset oli aiemmin todettu serologisin menetelmin positiivisiksi T. gondii:n osalta. Käytetyllä nested-PCR-menetelmällä ei tässä tutkimuksessa havaittu toksoplasman perimää yhdenkään ilveksen sydänlihaksessa. Loinen voi muodostaa kudoskystia useisiin kudoksiin, joten pelkän sydämen tutkimisella ei todennäköisesti saada oikeaa kuvaa kudoskystien esiintymisestä yksilössä.
-
(2019)Chicory (Cichorium intybus) is a biennial or perennial plant belonging to Asteraceae family grown worldwide for its roots, but also for its leaves. Chicory has been utilized as a food crop, but also because of its medicinal properties, for at least two millennia. The aim of the Master's thesis was to produce hair root and cell cultures from chicory, and to evaluate the antimicrobial and antioxidant properties of extracts made from them. Hair root infection is caused by the soil-borne bacterium Agrobacterium rhizogenes, which transfers its own DNA into the genome of the plant and causes the plant to produce opines which the bacteria uses as a nutrient source. Hairy root infection causes the plants to grow excessive amount of lateral roots and at the same time increases the formation of secondary metabolites. Hairy roots can be grown on a solid or liquid medium without added plant hormones, and this phenomenon is utilized in a number of biotechnological applications. The successful initiation of hair roots requires suitable conditions and components, but once these are clear the process itself is quite simple. Wounded explants are infected with either a liquid bacterial suspension or by direct transfer of bacterial growth. After infection bacterial growth is eliminated with the use of antibiotics. Hairy roots are initially identified by morphological traits and verified by detecting rol genes with the use of PRC. Plant cell suspension cultures are produced from explants with the help of auxin and cytokinin in suitable proportions. As with hairy root cultures, plant cell suspension cultures can be harnessed to produce various molecules of economic benefit. Bioactivity of plant extracts can be studied by a variety of different methods. DPPH and antimicrobial assays were used to investigate the bioactivity of hairy root and cell suspension cultures produced for the study. The DPPH assay is used to measure radical scavenging properties of samples, by comparing the results to a reference antioxidant such as for example Trolox, which is a synthetic vitamin-E. Methanol extracts of hairy roots, cell suspension cultures, and natural roots were assayed for their antioxidant properties with the DPPH assay. Hot water extracts of hairy root and cell suspension cultures were tested against VTT-E70045 Staphylococcus aureus strain for antimicrobial properties. The results of the study showed that especially the antioxidant properties of chicory hair roots differ greatly from natural roots and cell suspension cultures. The radical scavenging properties of hairy root extracts were up to 45 times more potent than of extracts made from natural root and cell suspension cultures. The results of the antimicrobial experiment showed that all extracts from hair root and cell suspension cultures had bacteriostatic properties. One hairy root clone 2R5 clearly had antimicrobial effects, and it would be interesting to do a more thorough assessment to find out which compounds are responsible for this.
-
(2023)Verensiirtoja tarvitaan monissa erilaisissa tilanteissa, kuten akuutissa verenhukassa, leikkauksissa ja sairauksien hoidoissa. Verivalmisteiden laajan käytön takia, on tärkeää varmistaa veriturvatoiminnalla niiden laatu sekä turvallisuus. Olennainen osa verivalmisteiden laadunvalvontaa on seuloa veren välityksellä leviäviä taudinaiheuttajia. Suomessa veren välityksellä leviävien tautien leviämisen riski on lähes olematon tarkan laadunhallinnan ansioista. Verenluovutusajankohtana oireettomat taudit aiheuttavat kuitenkin riskin laadunhallinnalle. Koska krooninen Chlamydia pneumoniae -infektio voi olla oireeton, on tärkeää tutkia taudin kykyä levitä verivalmisteiden välityksellä. Tätä ennen on kuitenkin tutkittava, löytyykö verivalmisteista edes kyseistä bakteeria. C. pneumoniae on gram-negatiivinen solunsisäinen bakteeri, joka aiheuttaa ihmisillä erilaisia akuutteja hengitystieinfektioita, kuten keuhkokuumetta, nielutulehdusta ja sinuiittiä. Vaikka suurin osa tartunnoista on oireettomia tai lieväoireisia, voi infektio muuttua hoitamattomana krooniseksi. Akuutissa infektiossa C. pneumoniae infektoi pääasiassa keuhkojen epiteelisoluja sekä alveolaarisia makrofageja. Infektion pitkittyessä bakteeri voi levitä muihin elimistön soluihin valkosolujen välityksellä. Tämä bakteerin kyky aiheuttaa kroonista infektiota sen muuttuessa persistenttiin muotoon tekee bakteerista hyvin menestyvän. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, kuinka paljon C. pneumoniae -bakteeria esiintyy suomalaisessa luovutusveressä. C. pneumoniae -bakteerin DNA:n tunnistamiseen kokoverestä käytettiin kolmea eri PCR-menetelmää: kvantitatiivista PCR:ää, sisäkkäistä PCR:ää ja digitaalista pisara PCR:ää. Työn ensimmäinen vaihe oli suunnitella ja optimoida nämä kolme PCR-menetelmää. Menetelmien pystyttämisen jälkeen 40 verinäytettä tutkittiin kyseisillä PCR-menetelmillä. Lisäksi samoista verinäytteistä määritettiin C. pneumoniae spesifisen vasta-aineen, immunoglobuliini G:n, määrät ELISA-immunomäärityksellä. Verinäytteitä tutkittaessa C. pneumoniae -bakteerin esiintyvyys suomalaisessa luovutusveressä oli hyvin pieni. Vain kahden näytteen (2/40) epäiltiin olevan mahdollisesti positiivisia, sillä nämä antoivat mahdollisia positiivisia tunnistuksia vähintään kahdessa PCR-ajossa. C. pneumoniae spesifisten IgG vasta-aineiden esiintyvyys oli suurempi; näytteistä 50 % oli igG positiivisia. IgG vasta-aineiden esiintyvyyden ei todettu korreloivan iän tai sukupuolen kanssa. Aiemmissa tutkimuksia C. pneumoniae -bakteerin esiintyvyys luovutusveressä on vaihdellut 7–46 %:n välillä. Bakteerin esiintyvyyden jäädessä hyvin alhaiseksi on mahdollista, että PCR-menetelmien detektioherkkyys ei riittänyt tässä tutkimuksessa tunnistamaan toistettavasti mahdollisia positiivisia näytteitä. Näin ollen PCR-menetelmien lisäoptimointi olisi tarpeen.
Now showing items 1-20 of 41