Browsing by Subject "ail-geeni"

Yersinia enterocolitica on merkittävä bakteeriperäisen suolistotulehduksen aiheuttaja Suomessa. Y. enterocoliticasta esiintyy kuutta eri biotyyppiä (1A, 1B, 2 - 5), joista biotyyppiä 1A pidetään ei-patogeenisena. Biotyypiltä 1A puuttuvat virulenssiplasmidi pYV ja merkittävät kromosomaaliset virulenssigeenit kuten inv ja ail. Y. enterocolitican biotyypin 1A kantoja eristetään kuitenkin säännöllisesti suolistotulehduksen oireista kärsiviltä potilailta. Biotyypin 1A kantojen on myös satunnaisesti havaittu kantavan ail-geeniä. Yersinia kristensenii on ei-patogeenisena pidetty ympäristölaji, jonka ei myöskään kuuluisi kantaa ail-geeniä. Y. enterocolitican biotyypin 1A kantojen ail-geenejä on aiemmin sekvensoitu vain muutamia ja näiden kantojen ailgeeneissä on ollut vain pieniä eroja patogeenisten kantojen ail-geeneihin verrattuna. Tämän tutkimuksen tavoitteena on tutkia ei-patogeenisten ail-positiivisiksi todettujen Y. enterocolitica 1A- ja Y. kristensenii –kantojen ail-geenejä. Olettamuksena oli, että tutkittujen Y. enterocolitica 1A -kantojen ail-geenien sekvenssit ovat lähes identtisiä, mutta että eroja löytyy verrattuna patogeenisten kantojen ail-geeneihin. Y. kristenseniin ja Y. enterocolitican patogeenisten kantojen ail-geenien välillä odotettiin löytyvän selkeitä eroja. Tutkimuksessa tutkittiin 26 jo aiemmin reaaliaikaisella PCR:llä ail-positiiviseksi todettua kantaa, jotka oli eristetty useasta eri lähteestä: lampaasta, villisiasta, kanasta, luonnonvaraisista linnuista, ihmisestä, siasta, salaattisekoituksesta, jyrsijöistä, peurasta ja hirvestä. Kannat tunnistettiin bio- ja serotyypityksen avulla. Kannoista 22 oli Y. enterocolitican biotyppiä 1A ja neljä ympäristölajia Y. kristensenii. Kannoista eristettiin DNA, jota monistettiin ail-geenille spesifisillä alukkeilla. Kannoista 21 lähetettiin sekvensoitavaksi Helsingin yliopiston Biotekniikan instituuttiin. Tutkimuksen kantojen ail-geenien sekvenssejä verrattiin toisiinsa ja tietokannasta (NCBI) valittuihin referenssikantoihin 486 emäsparin pituiselta alueelta. Tutkimuksen kannat jakautuivat ail-geenin sekvenssin perusteella kahteen profiiliin. Profiilit erosivat toisistaan kahden eri kohdassa olevan emäksen verran. Profiilit olivat hyvin samanlaisia Saksassa eristetyn Y. enterocolitican biotyypin 1A kannan ail-geenin kanssa (99,6 – 100 %). Profiilit vastasivat myös melko hyvin korkeapatogeenisen biotyypin 1B kantaan 8081 (99,0 – 99,4 %). Kiinassa eristetystä Y. enterocolitican biotyypin 1A kannasta ja biotyyppien 2 ja 4 kannoista profiilit erosivat selkeämmin (95,5 – 96,3 %). ail-geeniä käytetään yleisesti kohdegeeninä PCR-tutkimuksissa erottamaan patogeenisia kantoja ei-patogeenisista. Niin tämä kuin aikaisemmatkin tutkimukset osoittavat, että ail-geeniä esiintyy satunnaisesti myös ei-patogeenisilla kannoilla. Näin ollen ail-geeniin perustuva patogeenisten kantojen havaitseminen saattaa antaa virheellisiä positiivisia tuloksia. Ei-patogeenisten kantojen ail-geeneistä tarvitaan lisää tutkimusta. Kannoilta tulisi tutkia myös muita virulenssitekijöitä. Olisi myös syytä selvittää onko ei-patogeenisten kantojen ail-geeni toimiva. Kokogenomisekvensointia kyseisille kannoille voitaisiin harkita, jotta myös ail-geenin ympärillä olevat alueet saataisiin sekvensoitua.