Browsing by Subject "bakteeri"

Tässä Pro Gradu -tutkielmassa tarkastellaan hygienian historiaa Suomessa. Infektioiden aiheuttama hengenvaara on radikaalisti vähentynyt, mutta immuunivälitteisistä sairauksista on tullut ihmisten uusi, koko ajan lisääntyvä haitta. Työssä tarkastellaan asiantuntijoiden ilmentämää ihmisen ja mikrobin suhdetta Duodecim-lehdessä. Huomio kiinnitetään tiedon merkitykselle, suhteen rakentumiselle, muutoksille ja seurauksille. Tavoitteena on luoda kokonaiskuvaa siitä, miten ajatukset terveellisen elämän saavuttamisesta mikrobikontekstissa ovat muuttuneet asiantuntijoiden puheessa. Tutkimusstrategiana on tarkastella oppia terveellisestä elämästä kahdella aikakaudella 1890- ja 2010-luvuilla. Tutkimuskysymyksinä on minkälaiseksi asiantuntijat näkevät mikrobien aiheuttaman ongelman, miten ongelmaa selitetään ja miten ongelman nähdään ratkeavan. Ratkaisut kuvaavat asiantuntijoiden tavoitteita ihmisen ja mikrobin suhteelle. Aineistona on Duodecim-lehti. Otantana ovat artikkelit, joissa esiintyy sana mikrobiomi. Tämä rajaa analyysin vuosiin 2009-2017 ja 52 artikkeliin. Tutkimusmenetelmänä on laadullisen tutkimuksen piiriin kuuluva sisällönanalyysi. Yhdistän sekä aineistolähtöistä että teoriaohjaavaa sisällönanalyysia. Teoreettisissa lähtökohdissa aihetta lähestytään asiantuntijuuden, sosiaalisen konstruktionismin ja antroposeenin kautta. Tutkimuskontekstina ovat lääketieteen piirissä esitetyt hygienia- ja biodiversiteettihypoteesit, jotka olettavat immuunivälitteisten sairauksien, kuten astman ja tyypin 1 diabeteksen lisääntymisen liittyvän kaupungistuneeseen länsimaiseen elinympäristöön ja elintapoihin sekä luonnon monimuotoisuuden kaventumiseen. Tutkimuksen perusteella voidaan päätellä, että asiantuntijat nostivat ongelmaksi puheessaan 1890-luvulla tauteja ja kuolemaa aiheuttavat mikrobit. 2010-luvulla ongelmaksi nousivat ihmisen mikrobiston muutokset ja epätasapaino, jotka häiritsevät immuniteettia ja aiheuttavat immuunivälitteisiä sairauksia. Suurin muutos on tapahtunut asiantuntijoiden käsityksessä, että mikrobit eivät ole vain vaarallisia terveydelle vaan jopa hyödyllisiä. Asiantuntijat selittivät ongelmaa 1890-luvulla likaisessa ympäristössä olevalla tartunnan vaaralla. Nykyistä ongelmaa selitetään ympäristön mikrobiniukkuudella. Molemmissa ongelmien keskuksena nähtiin kaupungit. 1890-luvulla saastaiset kaupungit ja 2010- luvulla liian puhtaat kaupungit. Ratkaisuksi nähtiin 1890-luvulla yleinen puhtauden strategia ja 2010-luvulla mikrobiston muokkaus. Mikrobiston muokkauksen käytäntöinä on altistaa ihmistä mikrobeille. Johtopäätöksenä voidaan sanoa, että asiantuntijoiden tavoitteet ihmisen ja mikrobiston suhteelle ovat muuttuneet. Terveellinen elämä nähtiin 1890-luvulla saavutettavan välttämällä kontakteja mikrobien kanssa ja 2010-luvulla vuorovaikuttamalla mikrobien kanssa. Mikrobiston epätasapainon tulevissa ratkaisuyrityksissä on tärkeää kiinnittää huomio mikrobien haitallisuuden ja hyödyllisyyden ristiriitaan. Ristiriitaa ymmärtää paremmin, kun se sijoitetaan historialliseen kontekstiin eli miten ihmisen ja mikrobin suhde on rakentunut ja vaikuttanut ihmisiin viimeisen sadan vuoden aikana.

Fungi play a crucial role in the ecosystem by recycling nutrients and forming mycorrhizal roots with plants. Many of the decomposer and mycorrhizal fungi are Bacidiomycetes. In the sexual reproduction stage, Bacidiomycetes produce fruiting bodies which enable them to produce and disseminate spores allowing fungi to spread to new growing sites. Fruiting bodies have been discovered to contain bacteria which may have a role in differentiation and maintenance of the fruiting body. They might also protect fruiting bodies against animals and diseases, and influence the nutritional value of the fruiting body. There is little knowledge about the amount of bacteria in the fruiting bodies. All previous research has been carried out entirely by cultivation-based methods and it shows that different fungal species contain very different amounts of bacteria. Some fruiting bodies have been shown not to contain easily cultivatable bacteria. The occurrence of archaea in fruiting bodies has not been previously studied and investigation into their function in fungi has only recently begun. In the present work significant amounts of bacterial and archaeal 16S rRNA -gene copies were discovered in the fruiting bodies of three ectomycorrhizal and three decomposer fungi species. This is the first time fruiting bodies have been shown to contain archaea. The occurrence of bacteria and archaea and the abundance of their 16S rRNA -genes in the fruiting bodies were determined using PCR ja quantitative PCR methods. Suillus bovinus and Boletus pinophilus fruiting bodies contained significantly more archaeal than bacterial gene copies. Cantharellus cibarius and Lycoperdon perlatum contained more bacterial than archaeal 16S rRNA -gene copies. In two decomposer fungi fruiting bodies, Agaricus arvensis and Piptoporus betulinus, the abundance of bacterial and archaeal gene copy numbers were equal. Suillus bovinus fruiting bodies had the largest copy number of archaeal 16S rRNA -genes from all species investigated. According to the results obtained in this work, the occurrence of bacteria and archaea might be common in fruiting bodies. The presence of bacteria and archaea in significant amounts in fruiting bodies may indicate their necessity for the development and sustainability of the fruiting body and hence to the whole life cycle of fungi.

Tutkielman tarkoituksena on tunnistaa ja selvittää suolistomikrobien merkitys vieroitusikäisten porsaiden kasvuun. Tutkielmassa selvitetään, kuinka imevien ja vieroitettujen porsaiden suolistomikrobistot eroavat toisistaan, ja kuinka ne muuttuvat vieroituksessa. Kirjallisuuskatsauksen tavoitteena on koota yhteen olemassa olevaa ajankohtaista tietoa suolistomikrobeista porsaiden eri elämänvaiheissa. Tutkielma sisältää alkuperäistutkimuksen, jonka pohjana kirjallisuuskatsaus toimii. Vieroitus on porsaalle aina stressaavaa niin ravitsemuksellisten, sosiaalisten haasteiden kuin ympäristön muutostenkin vuoksi. Vieroituksessa porsaan suoliston rakenne, toiminta ja mikrobiologia muuttuu, mikä muuttaa suoliston tasapainoa. Suolistomikrobien epätasapaino eli dysbioosi kasvattaa riskiä vieroitusripulille. Vieroitusripuli on yleinen ruoansulatuskanavan ongelma, jossa uloste on löysää ja porsaat laihtuvat. Porsaiden vieroitusripuli hidastaa ja heikentää porsaiden kasvua aiheuttaen tuottajalle taloudellisia menetyksiä ja mahdollisesti antibioottien käytön lisääntymistä. Tutkimuksemme hypoteesi on, että tietyissä olosuhteissa vastasyntyneiden porsaiden suolistomikrobisto kehittyy sellaiseksi, joka edistää kasvua ja vähentää patogeenimikrobien kasvua. Toinen hypoteesi on, että tutkimuksessa löydetään eroja peräsuolesta eristetyistä suolistomikrobipopulaatioista porsailta, jotka kasvavat muita nopeammin ja joilla ei ole kliinisiä merkkejä suolistosairauksista. Tutkimuksemme tavoitteena on tuoda tärkeää tietoa porsaiden kasvun parantamisen kehittämiseksi, jotta antibioottien käyttöä voitaisiin vähentää. Tutkimuksessamme oli vertailun vuoksi neljä sikalaa, joista yhdellä oli käytössä ryhmämuotoinen vapaaporsitus, toisessa yksilöllinen vapaaporsitus ja muilla häkkiporsitus. Kultakin tilalta tutkimukseemme kuului kymmenen emakkoa ja niiden naarasporsaat. Tiloilla vierailimme kahdesti ennen ja jälkeen vieroituksen. Näytteenottokerroilla keräsimme tutkimusporsailta ulostenäytteet peräsuolesta vanupuikon avulla minigrip-pussiin ja kuivajäähän jatkokuljetusta ja -tutkimusta varten. Lisäksi punnitsimme porsaat koukku- tai ihmisvaa’an avulla. Toisella näytteenottokerralla valitsimme jokaisesta pahnueesta kaksi suurinta ja pienintä porsasta, täten kultakin tilalta tutkimukseemme kuului noin 40 porsasta, ja yhteensä keräsimme 674 näytettä. Suolistomikrobit uutettiin ulostenäytteistä ja karakterisoitiin Illumina sekvensoinnilla käyttäen 16S rRNA -geeni- amplikointia. Tutkimuksemme tulokset osoittavat, että niiden porsaiden, joilla oli paras päiväkasvu, suolistomikrobisto vakiintui nopeimmin vieroituksen aikana. Tutkimuksemme tulokset vastaavat muiden tutkimusten tuloksia. Hypoteesin mukaista positiivista yhteyttä suolistomikrobiston ja päiväkasvun välillä ei havaittu imevillä porsailla, eikä hyvillä olosuhteilla havaittu olevan merkitsevää eroa suolistomikrobiston kehittymisessä huonompiin olosuhteisiin verrattuna. Tutkimuksemme osoitti, että suolistomikrobiston muutokset liittyvät erityisesti vieroitusvaiheeseen. Se, kuinka kasvua edistävät bakteerit saadaan hyötykäyttöön, ansaitsee lisätutkimusta. Tutkielman liitteinä on perustietoa tutkimuksemme sikaloista ja sioista.

Suussa elää sadoittain eri bakteerilajeja osana suun normaalia mikrobistoa. Suussa tavataan sekä aerobisiin että anaerobisiin bakteereihin kuuluvia lajeja, joista yleisimmät kuuluvat Streptococcus-, Prevotella-, Veillonella- ja Fusobacterium-sukuihin. Eräät suun bakteerilajeista aiheuttavat toisinaan infektioita. Suuhun joudutaan kirurgisten toimenpiteiden yhteydessä asentamaan erilaisia vierasesineitä, jotka suurentavat infektion kehittymisen riskiä. Muualla elimistössä vierasesineinfektioista on löydetty tiettyjä bakteerilajeja, joiden mikrobilääkehoito on osoittautunut hankalaksi eivätkä yleisimmät suun infektioissa käytetyt mikrobilääkkeet kata näitä bakteereja. Vierasesineinfektioista aiemmin tavattuja mikrobilajeja ovat muun muassa Staphylococcus aureus ja Pseudomonas aeruginosa. Tutkimuksessa selvitettiin, löytyykö suun alueen vierasesineinfektioista tyypillisiä vierasesineinfektioissa aiemmin tavattuja bakteereja vai suun normaalin mikrobiston bakteereja. Lisäksi selvitettiin, mitä mikrobilääkkeitä näiden infektioiden hoidossa on käytetty, ja onko käytetty mikrobilääke kattanut todetut mikrobit. Tutkimus oli retrospektiivinen. Tutkimuksessa mukana olleille potilaille oli tehty Helsingin yliopistollisen keskussairaalan (HYKS) Suu- ja leukasairauksien klinikassa Kirurgisessa sairaalassa leikkaussalissa toimenpide luun kiinnitysmateriaalin poisto (EFB40) 1.1.2014-30.6.2015 välisenä aikana. Potilaita oli yhteensä 86. Bakteeriviljelynäytteitä oli otettu 26 potilaalta. Suurimmasta osasta viljelynäytteitä oli löydetty suun normaaliin mikrobistoon kuuluvia bakteerilajeja. Osasta näytteistä löytyi kuitenkin vierasesineinfektioille tyypillisiä ja muita vaikeahoitoisia mikrobeja. Potilaiden saama mikrobilääkehoito osoittautui hyvin vaihtelevaksi, eivätkä käytetyt mikrobilääkkeet kaikkien potilaiden kohdalla kattaneet todettuja löydöksiä. Tutkimuksen perusteella on suositeltavaa ottaa bakteeriviljelynäyte kaikista suun vierasesineinfektioista kohdennetun ja toisaalta riittävän kattavan mikrobilääkehoidon valitsemiseksi.