Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "biofilmit"

Sort by: Order: Results:

  • Talvitie, Salla (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2014)
    Bakteerit voivat kasvaa plantonisesti eli vapaana nesteessä tai ne voivat kasvaa kiinnittyneenä elolliseen tai elottomaan alustaan. Alustassaan kasvavia mikrobiyhteisöjä kutsutaan biofilmeiksi. Yli 99,9 % bakteereista kasvaa biofilmeissä. Biofilmi muodostuu mikrobeista, joita voi olla yhtä tai useampaa lajia. Bakteerit tuottavat ympärilleen soluväliainetta, joka koostuu erilaisista ekstrasellulaarisista polymeerisistä materiaaleista (EPS) kuten polysakkarideista, proteiineista ja DNA:sta. Biofilmit ovat huomattava ongelma ihmis- ja eläinlääketieteessä, sillä ne ovat osallisena noin 80 %:ssa kaikista ihmisten mikrobiologisissa infektioissa. Biofilmeissä kasvavat bakteerit ovat 10–1000 kertaa resistentimpiä kuin planktoniset bakteerit. Biofilmien resistenssimekanismeja ovat muun muassa heterogeenisyys (monimuotoisuus), lisääntynyt mutaationopeus, antimikrobisia aineita ulospumppaavat pumput ja hidas kasvunopeus. Biofilmit on yhdistetty moniin vaikeasti parannettaviin infektioihin. Eläimillä ne ovat osallisina muun muassa haava- ja vierasesineinfektioiden, osteomyeliitin (luuydintulehdus), utaretulehduksen, keuhkotulehdusten ja monien muiden sairauksien taudinaiheutuksessa. Biofilmien diagnosointi on haastavaa, sillä perinteisillä osoitus- ja hoitomenetelmillä ei saavuteta hyviä tuloksia. Biofilmien diagnosointiin voidaan käyttää mikroskopointia, erilaisia värjäyksiä, viljelymenetelmiä ja DNA-pohjaisia menetelmiä. Näissä kaikissa on omat hyvät ja huonot puolensa. Biofilmien hoito on vaikeaa. Sen vuoksi on tärkeää kyetä ehkäisemään niiden muodostumista. Tärkein keino niiden ehkäisyssä on käyttää hoitotoimenpiteissä aseptisia menetelmiä, jolloin bakteerit eivät pääse kolonisoitumaan. Joskus voidaan käyttää antibiootteja biofilmien muodostuksen ehkäisyyn, sillä planktoniset bakteerit ovat herkkiä antibiooteille toisin kuin biofilmissä kasvavat bakteerit. Antibioottien ehkäisevä käyttö voi kuitenkin suosia resistenttien bakteerikantojen kehittymistä. Vierasesineinfektioiden ehkäisyssä voidaan käyttää erilaisilla antimikrobisilla aineilla päällystettyjä vierasesineitä. Antibiootit eivät ole tehokas keino hoitaa biofilmejä. Niiden hoitoon voidaan käyttää mekaanista poistoa, lääkehunajaa tai erilaisia fysikaalisia menetelmiä kuten ultraääntä
  • Toivanen, Laura (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2009)
    Listeria monocytogenes is an important food-borne pathogen. It is a gram-positive bacterium, which multiplies in both aerobic and anaerobic conditions at a wide temperature area. It can grow in vacuum and modified atmosphere packages in refrigerated temperatures causing food hygienic risk. Listeria monocytogenes can cause life-threatening infection particularly in individuals who are immunocompromised, pregnant and elderly. The disease is divided into invasive and non-invasive form. The disease manifests typically with septicaemia, meningitis and gastroenteritis in non-invasive form. L. monocytogenes exists widely in the environment such as soil and water. It can find its way from the environment to the food processing plants and cause so called persistent contamination in the plant. The persistent contamination is a sum of many factors. Bacterial adhesion, acid and heat tolerance, the failure of disinfection, the adaptation of bacteria to sanitizing agents, complex processing machines and the existence of compartmentalization has its own role. Listeria monocytogenes strains can be divided into persistent and non-persistent strains. The persistent strains adhere to stainless steel surfaces faster than non-persistent strains. After the adhesion bacteria produce exopolysaccarides around themselves creating a biofilm. There are several methods to investigate biofilms. These methods can be divided into direct and indirect methods. In direct methods the biofilm is observed directly with microscope. The indirect methods are often colorimetric in other words the adherent bacteria are stained and the amount of colour is measured to estimate the amount of biofilm. The aim of the study was to set up a microtiter plate method to examine the adhesion of L. monocytogenes. At the same time the adhesion of persistent and non-persistent L. monocytogenes strains was compared. There were 20 L. monocytogenes strains that were isolated from food processing plants. The test was repeated 2 or 3 times. In the method which was used in this study the strain was incubated in the suspension in the microtiter plate. The adhered cells were stained and then the colour was dissolved. The optical density of the suspension was measured. The higher the optical density of the suspension was, the more there were adhered bacteria. Part of the studied strains had statistically significant difference in the adhesion. However most of the strains did not have a significant difference in adhesion. There was not statistically significant difference in the adhesion of persistent and non-persistent strains. The microtiter plate method proved to be a practical method to examine the biofilm of L. monocytogenes but its repeatability should still be improved. Differences in the adhesion of strains were observed with the method. Many strains can be examined at the same time with the method. The method is also easily modified to different research conditions.
  • Hintsa, Hannamari Helena (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)
    Syventävät opinnot tehtiin osana HAIVE-yhteistyöprojektia Helsingin yliopiston Eläinlääketieteellisen tiedekunnan peruseläinlääketieteen laitoksen, Haartman-instituutin virologian yksikön, Tampereen teknillisen korkeakoulun Bio- ja ympäristötekniikan laitoksen, Helsingin veden, Tampereen veden, Turun vesilaitoksen, Raision-Naantalin vesilaitoksen, Hämeenlinnan Seudun Vesi Oy:n, TAVASE Oy:n ja Oulun vesilaitoksen kanssa. HAIVE-projektin mykobakteerisouuden tavoitteena oli kehittää nopea detektointimenetelmä mykobakteerien määrittämiseksi vesijohtoverkon vedestä ja biofilmeistä. Määritykseen käytettiin reaaliaikaikaiseen PCR:ään perustuvaa tekniikkaa. Tämän työn tarkoituksena oli kehitetyn menetelmän käyttöönotto ja menetelmän käyttäjäystävällisyyden arviointi. Lisäksi tavoitteena oli kehittää HAIVE-projektin menetelmää erityisesti DNA:n eristysmenetelmän osalta. Biofilmeissä esiintyvien mykobakteerien havaitsemiseksi käytettiin kvantitatiivisen PCR:n (qPCR) lisäksi perinteisiä viljelymenetelmiä. Tutkimuksessa käytetty kirjallisuudesta sovellettu DNA:n eristysmenetelmä osoittautui tehokkaaksi biofilmien mykobakteerimäärien ollessa suuria mutta ongelmalliseksi silloin kun mykobakteerimäärät olivat vähäisiä. qPCR menetelmä osoittautui nopeaksi ja spesifiseksi menetelmäksi. Työssä tutkituista biofilmeistä ei löydetty mykobakteereita. Tulevaisuudessa DNA:n eristysmenetelmää on kehitettävä edelleen, sillä vesijohtoverkon biofilmeissä mykobakteerimäärät ovat todennäköisesti niin vähäisiä, että monivaiheisen DNA:n eristyksen seurauksena qPCR tulos saattaa olla virheellisesti negatiivinen. Tämän työn perusteella qPCR ei korvaa perinteisiä viljelymenetelmiä silloin kun näytteiden mykobakteerimäärät ovat vähäiset.