Browsing by Subject "evaluointi"

The sequencing methods used to study the genome of organisms have become cheaper, resulting in a significant increase in the amount of genomic data available. Knowing the nucleic acid sequence of the DNA does not tell much about an organism. Not without first annotating the genome, which means searching for the locations of genes and defining their products. The programs used for annotation make mistakes and their results must be evaluated in various ways. The vast amount of genomic data encourages fast production of new annotations and this can increase human made errors. Some annotation programs use gene databases, so the number of wrongly annotated genes they contain may increase in the future if the quality control of annotations is not improved. This study examines correlation between selected quality measures and the quality of annotations. The quality metrics used can be divided into two basic types, the first one is based on the basic structures of genes and the second one on comparing the protein product of a gene against a protein database. The study assumes that comparison to a reference is a reliable way to assess the quality of annotations. The comparison is made at genome, exon and nucleotide levels. A single value describing the comparison is calculated at each level. For each gene aligned with a reference gene, sensitivity and specificity are calculated and used to make f-score at the nucleotide level. Four different versions of the wild strawberry (Fragaria vesca) genome and their six annotations were used as data. They were downloaded from the Genome Database for Rosacaea, which is a genome database specializing in rose plants. The correlation coefficients calculated from quality metrics and f-scores were in several cases small but reliable because the p-value was minimal. Correlation coefficients were higher when quality metrics based on protein homology were examined. The correlation coefficient calculated from the mean of the structure-based quality metrics and the f-score received lower values if the studied annotation had a high f-score value. These results detailed in this paper support the view that the selected structure-based quality metrics are not suitable for evaluation of high-grade annotations. They might possibly be used in automated detection of poor-quality annotations. Quality metrics based on protein homology appeared to be promising subjects for further research.

Tässä tutkielmassa tarkastellaan blogikirjoitusten lukijapaikkoja ja kommentoijien suhtautumista niihin. Lukijapaikka on tekstiin rajautuva vastaanottajan tila, jota rajaavat tekstin vastaanottajaan suuntautuvat oletukset. Tutkielman aineistona on 12 blogikirjoitusta kommentteineen. Kuusi tekstiä on peräisin yksityishenkilön kirjoittamasta opetusalan blogista ja kuusi institutionaalisesta opetusalan blogista. Tutkielmassa tarkastellaan, millaisia lukijapaikkoja näiden kahden blogin blogikirjoituksiin hahmottuu. Lukijapaikka on monitasoinen käsite, ja sitä tarkastellaan muun muassa blogikirjoitusten esisopimusten, tekstiin muotoutuvien sisä- ja ulkoryhmien, puhuttelujen sekä direktiivien kautta. Lisäksi tutkielmassa tarkastellaan, kuinka blogikirjoitusten kommenteissa suhtaudutaan pohjatekstin lukijapaikkojen rajauksiin: Millaisiin lukijapaikkojen rajauksiin otetaan kantaa? Millaisin keinoin? Tutkielmassa kommentit on jaoteltu kolmeen kategoriaan: 1) Kommentissa tuetaan tekstin lukijapaikkojen rajauksia 2) Kommentissa kyseenalaistetaan jokin pohjatekstiin hahmottuva lukijapaikka 3) Kommentissa ei oteta kantaa tekstin lukijapaikkoihin. Tämän jaottelun pohjalta tarkastellaan eri kategorioille tyypillisiä kielenpiirteitä sekä sitä, millaiset lukijapaikan rajaukset kirvoittavat kunkin kategorian kommentteja. Keskeisiksi tarkastelun kohteiksi nousevat evaluointi, suhtautumisen ja kohteliaisuuden keinot, persoonailmausten vaihtelu, oman kokemuksen käyttäminen argumenttina sekä moniäänisyyteen suuntautumisen tavat eli dialoginen laajentaminen tai supistaminen. Tutkielmassa osoitetaan, että eri kategorioiden kommenteissa käytössä ovat osin erilaiset kielelliset keinot. Lisäksi havaitaan, että blogikirjoituksen lukijapaikan rajauksen tavat vaikuttavat siihen, millaista kommentointia kirjoitus verkossa kirvoittaa. Ristiriitaisia, tiukkaan rajattuja tai kielteiseksi hahmottuvia lukijapaikkaa kyseenalaistetaan aineistossa eniten. Löyhärajaisia tai neutraaleja lukijapaikkoja ja blogikirjoituksessa ylläpidettyä etäkohteliaisuutta taas seuraa objektiivisuuteen pyrkivä kommentointi. Sen sijaan blogikirjoituksen aiheella ei tässä aineistossa ole yhtä havaittavaa vaikutusta siihen, millaisia kommentteja tekstit saavat.

Tutkielma tarkastelee facebookin Klikinsäästäjä-sivulla julkaistuissa klikkiotsikoissa esiintyviä kielellisiä piirteitä. Klikkiotsikko on otsikko, jolle ei löydy sisällöstä katetta ja/tai joka jättää jotain olennaista kertomatta lukijalle. Tavoitteena on vastata seuraaviin tutkimuskysymyksiin: Millä kielellisillä keinoilla lukijaa houkutellaan klikkaamaan Klikinsäästäjä-sivuilla julkaistuja otsikoita? Millaisia eteenpäin viittaavia keinoja otsikoissa käytetään? Miten direktiivejä ja kysymyksiä on käytetty? Millaisia leksikaalisen semantiikan keinoja hyödynnetään? Miten liioittelu ja väärien mielikuvien syntyminen toimivat klikkiotsikoinnin keinoina? Aineistona on 300 Klikinsäästäjä-sivulla julkaistua klikkiotsikkoa niiden oheen liitettyine saateteksteineen. Analyysissa hyödynnetään referentiaalisuuden ja leksikaalisen semantiikan teorioita sekä intersubjektiivista näkökulmaa kieleen. Keskeisiä termejä ovat muun muassa deiktisyys, referentiaalisuus, katafora, intersubjektiivisuus ja kiertoilmaisut. Lisäksi käsitellään evaluointia ja sensationalismia klikkiotsikoissa ja saateteksteissä. Klikkiotsikoinnissa käytettyjä eteenpäin viittaavia keinoja ovat yleisimmästä alkaen demonstratiivipronominit, proadverbit, yleissubstantiivit, pakollisen argumentin puuttuminen, kesken loppuvat otsikot ja persoonapronominit. Lisäksi otsikoihin vuorovaikutteisuutta luovat kysymykset toimivat eteenpäin viittaavina silloin, kun tulevan uutistekstin oletetaan vastaavan esitettyyn kysymykseen ja direktiivit silloin, kun ne kehottavat lukijaa suoraan katsomaan kuvia tai lukemaan jutun. Leksikaalisen semantiikan keinoista klikkiotsikointi hyödyntää polysemiaa, homonymiaa, yläkäsitteitä ja kiertoilmauksia. Niiden käyttö tekee otsikon ilmauksesta semanttisesti sumean tai johtaa tulkitsemaan sanan merkityksen erilaiseksi kuin puhuja on sen tarkoittanut. Lisäksi klikkiotsikoihin voi syntyä erilaisista syistä väärinymmärryksen mahdollisuus tai ne voivat luvata enemmän kuin uutisteksti voi tarjota. Yleisimmin käytetyt ja helpoiten tunnistettavat klikkiotsikoinnin keinot ovat demonstratiivipronominit, proadverbit ja kysymykset. Internet-otsikointia ja klikkiotsikointia on kuitenkin toistaiseksi tutkittu niin vähän, että jatkotutkimus laajemmasta aineistosta olisi tarpeen.

Tutkielmassa tarkastellaan vaaliuutistekstien rakennetta, ja sen tavoitteena on tunnistaa keinoja, joiden avulla tekstistä syntyy koherentti kokonaisuus. Tutkielma käsittelee myös sitä, miten koherenssin tekstin tekijät vaikuttavat lukijan tekemään tulkintaan. Lisäksi eritellään kielellisiä keinoja, joiden avulla viestin lähettäjä välittää omaa asennoitumistaan käsiteltyyn asiaan. Tutkimuksessa hyödynnetään retorisen rakenteen teoriaa, jonka mukaisesti vaaliuutisten rakennetta on analysoitu lause lauseelta. Analyysi kattaa kuusi vaaliuutista, joista jokainen on analysoitu lause kerrallaan edeten kohti tekstin kokonaisrakenteen tulkintaa. Lauseiden, virkkeiden ja myös tekstin osien väliltä on tunnistettu erilaisia keskinäisiä vaikutussuhteita, jotka muodostavat koherentin lukukokemuksen ja jotka ohjaavat lukijaa tekemissään tulkinnoissa. Retorisen rakenteen teoria jaottelee tekstin osien väliset suhteet sisältö- ja esitystapasuhteiksi sekä moniytimisiksi suhteiksi. Tutkielma esittelee vaaliuutisteksteissä esiintyvät keskeisimmät sidostyypit ja tarkastelee niiden vaikutusta tekstin tulkintaan. Koherenssia rakentavia koheesion keinoja tarkastellaan tutkimuksessa tekstin osien muodostamien sidosten kautta. Tarkastelun kohteena on se, miten erilaiset koheesion keinot (toisto, semanttiset merkityssuhteet, pro-sanat, konjunktiot ja konnektiivit) synnyttävät erilaisia retorisia sidoksia yhdistämiensä tekstin osien välille. Tutkielma esittelee lekseemejä sekä kieliopillisia keinoja, jotka useimmiten esiintyvät tietynlaisten sidosten yhteydessä. Sidosten luokittelu retoristen rakenteen teorian keinoin ei ole aina yksiselitteistä, joten analyysia on syvennetty tarvittaessa liittyvyysmallin avulla. Analyysin asennoitumiseen kohdistuvassa tarkastelussa hyödynnetään evaluoinnin viitekehystä, asennoitumisen lähestymistapaa sekä suhtautumisen teoriaa. Näiden avulla tarkastellaan kielellisiä ja kieliopillisia keinoja, jotka vaikuttavat lukijan tekstistä tekemään tulkintaan. Toisinaan asennoitumista välittävät keinot ovat eksplisiittisiä ja viestin välittäjä selvästi osoittaa pyrkivänsä vaikuttamaan lukijaan. Joskus keinot ovat implisiittisempiä ja niiden vaikutus tulkintaan saattaa jäädä vastaanottajalta huomaamatta. Uutistekstin tavoitteena on olla neutraalia, joten tutkielma nostaa esiin koko joukon kielellisiä keinoja, jotka haastavat neutraaliutta. Tällaisia voivat olla vaikkapa tekstin osia yhdistävät konnektiivit tai arvolatauksen sisältäviä hyvä-huono–akselilla asioita jaottelevia adjektiiveja.