Browsing by Subject "nested-PCR"

Toxoplasma gondii on solunsisäinen alkueläin, jota esiintyy käytännössä kaikkialla maailmassa. Toksoplasman pääisäntinä toimivat kissaeläimet ja väli-isäntinään se voi hyödyntää lähes kaikkia tasalämpöisiä eläimiä. Se kykenee käyttämään parateenisina isäntinä myös vaihtolämpöisiä eläimiä kuten nilviäisiä. Parateenista isäntää loinen ei varsinaisesti infektoi eikä se lisäänny parateenisen isännänelimistössä, mutta tällainen isäntä voi edesauttaa loisen leviämistä. Pääisännissä muodostuu loisen suvullisen lisääntymisen johdosta ookystia, jotka leviävät runsaissa määrin ulosteen mukana ympäristöön. Sekä pää- että väli-isännissä loinen voi muodostaa kudoskystia, joiden kautta se voi levitä eteenpäin isännän tullessa syödyksi. Toxoplasma gondii on zoonoottinen loinen, ja se voi aiheuttaa vakaviakin seurauksia erityisesti raskaana oleville naisille sekä ihmisille, joiden immuunipuolustus on heikentynyt. Ihmisille tartuntalähteenä voivat toimia muiden muassa kotikissat sekä riittämättömästi kypsennetty liha. Ilveksiä havaitaan nykyisin ihmisasutuksen läheisyydessä, joten loisen on mahdollista levitä myös kotikissojen ja luonnonvaraisten eläinten välillä. Niin ikään metsästettyjen ilvesten käsittely voi altistaa ihmisen loistartunnalle. Lisensiaatin tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta sekä kokeellisesta osuudesta. Kirjallisuuskatsaus käsittelee Toxoplasma gondii -alkueläintä, ilvestä (Lynx lynx) sen pääisäntänä sekä diagnostiikassa yleisimmin käytettyjä menetelmiä. Kokeellisessa osuudessa hyödynnettiin nested-PCR-menetelmää, jolla voidaan havaita T. gondii:n perimän esiintyminen näytteessä. Näytteinä tutkimuksessa oli 21 Suomessa metsästetyn ilveksen sydäntä. Kyseiset ilvekset oli aiemmin todettu serologisin menetelmin positiivisiksi T. gondii:n osalta. Käytetyllä nested-PCR-menetelmällä ei tässä tutkimuksessa havaittu toksoplasman perimää yhdenkään ilveksen sydänlihaksessa. Loinen voi muodostaa kudoskystia useisiin kudoksiin, joten pelkän sydämen tutkimisella ei todennäköisesti saada oikeaa kuvaa kudoskystien esiintymisestä yksilössä.

Vedenalaisen arkeologisen puun hajoaminen eroaa merkittävästi maanpäällisestä puusta. Vähähappiset tai hapettomat olosuhteet ja suolapitoisuus inhiboivat kantasienten kaltaisten tehokkaiden puunhajottajien kasvua vedenalaisissa ympäristöissä. Tällöin merkittävimmiksi puunhajottajiksi nousevat bakteerit. Työssä kartoitettiin Vrouw Maria hylyn kannelta nostetun tammipuupalan mikrobidiversiteettiä prokaryoottien osalta. Tutkimuksessa monistettiin prokaryoottien 16S rDNA:ta nested-PCR-menetelmällä kolmesta eri puun syvyydestä. Sekvensoinnin ja fylogeneettisten analyysien avulla selvitettiin puusta monistettujen 16S rDNA-geenien alkuperä, ja pyrittiin kirjallisuuden avulla selvittämään kyseessä olevien organismien funktioita. Vedenalaisen arkeologisen puun mikrobidiversiteetin määrittäminen puun syvyysgradientin mukaan oli uusi lähtökohta aiempiin tutkimuksiin verrattaessa. Tässä työssä pystyttiin osoittamaan mikrobidiversiteetin kapeneminen ja yhteisöjen jäsenten metabolisten ominaisuuksien muutos syvemmälle puussa mentäessä. Puun pintakerroksesta löydettiin odotetusti lähinnä raudan ja rikin kiertoihin osallistuvia ja hajonnutta puumateriaalia käyttäviä bakteereita. Syvemmälle puussa mentäessä alkoi löydettyjen bakteerien lähisukulaisilta nousta esiin kykyjä hajottaa erilaisia kompleksisempia hiilivetyjä. Läheltä tutkitun puupalan ydintä löydettiin asidobakteereihin kuuluva bakteeri, jonka lähimmät sukulaiset osoittautuivat sellulolyyttisiksi. Arkkeja ei löydetty yhdestäkään tutkitusta syvyydestä. Tutkimuksessa saatujen tulosten perusteella kyseinen tammipuupala on altistunut melkein läpikotaisin selluloosaa hajottavien bakteerien toiminnalle, vaikka silmämääräisesti tarkasteltuna puun kunto syvemmissä kerroksissa vaikutti hyvältä. Näitä tuloksia ei kuitenkaan voida yleistää koko hylyn kattaviksi, sillä olosuhteet hylyn kannen ja pohjasedimentin läheisyydessä olevien rungon osien välillä voivat erota suuresti.