Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "resistenssiseuranta"

Sort by: Order: Results:

  • Moniresistentit taudinaiheuttajat jätevesissä 
    Tyni, Olga (2021)
    Mikrobilääkeresistenssi on globaali kansanterveydellinen uhka. Mikrobilääkeresistenssin leviämisen ehkäisemisessä tärkeää on resistenssiseuranta, joka tuottaa tietoa resistenttien mikrobien ja resistenssigeenien esiintymisestä. Seurannalla saatavan datan perusteella voidaan kohdentaa resistenssin leviämistä hillitseviä toimenpiteitä. Jätevedet ovat kiinnostava kohde resistenssiseurannalle, sillä jätevesiin päätyy mikrobeja suuresta, pääosin terveestä väestöstä. Tämä alkuperäistutkimuksen sisältävä lisensiaatintyö on osa Helsingin yliopiston, Tampereen yliopiston ja Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen kolmivuotista (2020–2023) WastPan-hanketta, jota rahoittaa Suomen Akatemia. Hanke kehittää jätevesiseurantaa pandemioiden varautumistyökaluna. Työn tavoitteena on alustavasti selvittää, löytyykö jätevesistä ihmisten infektioille tyypillisiä moniresistenttejä mikrobeja. Lisäksi selvitetään käytettyjen menetelmien toimivuutta jätevedestä eristettyjen mikrobien tutkimisessa. Työssä tutkittiin kymmenen suomalaisen kaupungin jätevedenpuhdistamoilta helmi-, huhti- ja toukokuussa 2021 kerättyjen jätevesinäytteiden sisältämiä karbapenemaasi- ja ESBL-entsyymejä tuottavia bakteereja, metislliiniresistenttejä Staphylococcus aureus -bakteereja sekä Candida auris -hiivasieniä. Näytteet viljeltiin mikrobilääkeresistenttejä kantoja seuloville maljoille, joilta eristettiin Citrobacter freundii- (n=24), Klebsiella pneumoniae- (n=15), Escherichia coli- (n=11), Enterobacter cloacae- (n=3), A. baumannii- (n=3) ja S. aureus (n=2) -bakteereja. ESBL-entsyymejä tuottavia kantoja seulovalta maljalta eristettiin E. coli -bakteereja (n=77), joista kuitenkin vain 10 % (2/20) osoittautui kiekkoherkkyysmäärityksessä ESBL-tuottajiksi. Tutkimuksessa selektiivisiltä maljoilta eristettiin myös herkkiä A. baumannii ja C. freundii -isolaatteja. C. auris -hiivasienen (n=2) lajintunnistukseen ei työssä saatu varmuutta. Isolaattien mikrobilääkeresistenssiä tutkittiin kiekkoherkkyys- ja liemilaimennosmenetelmillä. Resistenssigeenejä tutkittiin polymeraasiketjureaktiolla (PCR). Kokogenomisekvensoinnilla (WGS) tutkittiin karbapenemaaseja koodaavia geenejä sekä sekvenssityyppejä. Tutkimuksessa eristettiin tunnetusti kliinisiä infektioita aiheuttavia moniresistenttejä sekvenssityyppejä, kuten K. pneumoniae ST512 ja ST307, jotka ovat aiheuttaneet tartuntaryppäitä Suomessa. Jätevesistä eristettiin myös kansainvälisiä, usein patogeenisia sekvenssityyppejä, kuten ST410-E. coli ja ST252-E. cloacae. Tutkimuksessa 46 % (n=18) bakteereista, joilla oli karbapenemaasigeeni, kantoivat KPC-3-karbapenemaasia koodaavaa geeniä. Toisiksi yleisin oli blaKPC-2 (18 %, n=7). PCR- ja WGS-menetelmillä saatiin toisistaan poikkeavia tuloksia karbapenemaasigeeneistä. WGS:llä ei tunnistettu yhtäkään blaIMP- tai blaVIM-geeniä, joita PCR:llä löydettiin 35 %:lta (n=14) ja 8 %:lta (n=3) karbapenemaasia tuottavista bakteereista. Toisaalta WGS:llä pystyttiin tunnistamaan karbapenemaasigeenejä, kuten blaGES-5, joita ei ollut mukana PCR-protokollassa. Tutkimuksen tulokset ovat alustava näyttö siitä, että jätevesiseurannalla voidaan tunnistaa jätevedestä kliinisiä infektioita aiheuttavia resistenttejä mikrobeja. Jätevesistä löydettiin myös mikrobeja, jotka voivat mahdollisesti aiheuttaa infektioita Suomessa tulevaisuudessa. Pitkäaikaista jätevesiseurantaa tarvitaan, jotta saadaan kattavaa tietoa resistenttien mikrobien ja resistenssigeenien esiintymisestä ja leviämisestä jätevesissä, sekä niiden yhteydestä ihmisten kliinisiin infektioihin. Toimivalla jätevesiseurannalla voidaan mahdollisesti tunnistaa tulevia epidemioita.
  • Moniresistentit zoonoottiset bakteerit eteläafrikkalaisten teurastamoiden jätevesissä 
    Kymäläinen, Amanda (2022)
    Mikrobilääkeresistenssi on merkittävä maailmanlaajuisesti lisääntyvä ongelma, joka uhkaa ihmisten ja eläinten terveyttä kaikkialla maailmassa. Yli puolet maailmalla käytetyistä antibiooteista on käytössä ruoantuotantoon käytettävillä elämillä. Mikrobilääkkeiden säännöllinen käyttö eläintuotannossa kuitenkin lisää bakteerien todennäköisyyttä tulla mikrobilääkkeille vastustuskykyisiksi. Moniresistentit bakteerit aiheuttavat vaikeahoitoisia infektioita ja lisääntynyttä kuolleisuutta mikrobilääkehoitovaihtoehtojen vähentyessä. Aikaisemmissa tutkimuksissa on todettu, että resistenttien mikrobien tutkiminen jätevedestä voisi tarjota nopean ja tehokkaan menetelmän mikrobilääkeresistenssin arvioimiseen. Tähän lisensiaatin tutkielmaan sisältyvän alkuperäistutkimuksen tavoitteena oli kartoittaa Etelä-Afrikan teuraseläinten mikrobilääkeresistenssiprofiilia tutkimalla eteläafrikkalaisten teurastamoiden jätevesissä esiintyviä zoonoottisia mikrobilääkkeille resistenttejä bakteereja. Työssä selvitettiin, mitä nämä bakteerit ovat ja mille mikrobilääkkeille ne ovat resistenttejä. Lisäksi työssä haluttiin selvittää, onko teurastamoiden lattiakaivoista ja jätevesitankeista otetuissa näytteissä eroja, ja miten eri teurastamoilta otetut näytteet eroavat toisistaan. Tutkimusprojekti (SAAW, South African Abattoir Wastewater) toteutettiin yhteistyössä Pretorian yliopiston kanssa. Työssä tutkittiin kuudelta eteläafrikkalaiselta teurastamolta toukokuussa 2022 kerätyt jätevesinäytteet (n=18) ja lattiakaivoista otetut pyyhkäisynäytteet (n=15). Näytteistä etsittiin laajakirjoisia beetalaktamaasientsyymejä (ESBL) tuottavia bakteereja, karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja, metisilliiniresistenttejä Staphylococcus aureus - bakteereja, vankomysiiniresistenttejä enterokokkeja sekä Candida auris -hiivasieniä viljelemällä näytteet mikrobilääkeresistenttejä kantoja seuloville maljoille. ESBL-entsyymejä tuottavia kantoja seulovalta maljalta eristettiin Escherichia coli (n=60) - ja Klebsiella pneumoniae (n=24) -bakteereja. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta eristettiin Acinetobacter baumannii (n=16) -, Acinetobacter pittii (n=3) - ja Acinetobacter nosocomialis (n=2) -bakteereja. Tutkimuksessa ei havaittu yhtään S. aureus -bakteeria, vankomysiiniresistenttiä Enterococcus faecalis - tai Enterococcus faecium -bakteeria tai C. auris -hiivasientä. Isolaattien mikrobilääkeresistenssiä tutkittiin kiekkoherkkyys- ja liemilaimennosmenetelmällä. Kaikki ESBL-maljalta eristetyt E. coli - ja K. pneumoniae -kannat osoittautuivat ESBL:n tuottajiksi. Näistä kannoista suurin osa (76,2–100 %) oli resistenttejä kefotaksiimille, keftatsidiimille ja kefepiimille. Vastaavasti 0,0–1,2 % niistä oli resistenttejä kefoksitiinille, meropeneemille, kolistiinille, piperasilliini-tatsobaktaamille ja keftolotsaani-tatsobaktaamille. Tutkimuksessa havaittiin yksittäinen meropeneemiresistentti E. coli -kanta ja yksittäinen kolistiiniresistentti K. pneumoniae -kanta. Karbapenemaaseja tuottavia enterobakteereja seulovalta maljalta kaikki tunnistetut Acinetobacter -suvun bakteerit olivat herkkiä meropeneemille. Kaikki A. baumannii -kannat olivat herkkiä myös kolistiinille. Tutkimuksen tulokset antavat lupaavia viitteitä jätevesiseurannan soveltuvuudesta zoonoottisten moniresistenttien bakteerien havaitsemiseen teuraseläimistä. On mahdollista, että tulevaisuudessa eläimissä esiintyvät taudinaiheuttajat voitaisiin havaita samasta jätevesinäytteestä sen sijaan, että näytteitä joudutaan ottamaan yksittäisistä eläimistä. Tämä edellyttää sitä, että teurastamolla eläimistä peräisin oleva jätevesi kerääntyisi yhteen samaan paikkaan. Lisätutkimusta kuitenkin tarvitaan esimerkiksi näytteenottopaikan ja näytetyypin optimoimiseksi.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO