Browsing by Subject "sieni"

Fungi play a crucial role in the ecosystem by recycling nutrients and forming mycorrhizal roots with plants. Many of the decomposer and mycorrhizal fungi are Bacidiomycetes. In the sexual reproduction stage, Bacidiomycetes produce fruiting bodies which enable them to produce and disseminate spores allowing fungi to spread to new growing sites. Fruiting bodies have been discovered to contain bacteria which may have a role in differentiation and maintenance of the fruiting body. They might also protect fruiting bodies against animals and diseases, and influence the nutritional value of the fruiting body. There is little knowledge about the amount of bacteria in the fruiting bodies. All previous research has been carried out entirely by cultivation-based methods and it shows that different fungal species contain very different amounts of bacteria. Some fruiting bodies have been shown not to contain easily cultivatable bacteria. The occurrence of archaea in fruiting bodies has not been previously studied and investigation into their function in fungi has only recently begun. In the present work significant amounts of bacterial and archaeal 16S rRNA -gene copies were discovered in the fruiting bodies of three ectomycorrhizal and three decomposer fungi species. This is the first time fruiting bodies have been shown to contain archaea. The occurrence of bacteria and archaea and the abundance of their 16S rRNA -genes in the fruiting bodies were determined using PCR ja quantitative PCR methods. Suillus bovinus and Boletus pinophilus fruiting bodies contained significantly more archaeal than bacterial gene copies. Cantharellus cibarius and Lycoperdon perlatum contained more bacterial than archaeal 16S rRNA -gene copies. In two decomposer fungi fruiting bodies, Agaricus arvensis and Piptoporus betulinus, the abundance of bacterial and archaeal gene copy numbers were equal. Suillus bovinus fruiting bodies had the largest copy number of archaeal 16S rRNA -genes from all species investigated. According to the results obtained in this work, the occurrence of bacteria and archaea might be common in fruiting bodies. The presence of bacteria and archaea in significant amounts in fruiting bodies may indicate their necessity for the development and sustainability of the fruiting body and hence to the whole life cycle of fungi.

Lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli tutkia nautojen abortteja Suomessa. Työ sisältää kirjallisuuskatsauksen ja tutkimusosan. Tutkimusaineistona käytin Eviran Märehtijöiden luomisen syyt -projektin aineistoa. Tutkimuksessa kerättiin abortoituneita sikiöitä Suomessa vuosina 2012 ja 2013. Tutkielmani aineisto kattoi 534 abortoitunutta sikiötä tai vuorokauden sisällä syntymästä kuollutta vasikkaa. Sikiöt tutkittiin patologisin, histologisin ja mikrobiologisin menetelmin Evirassa. Lisensiaatin tutkielmaani varten kokosin aineiston ja kartoitin aineistosta tiineyden keskeytymisten lukumäärät, taudinaiheuttajat ja karjanomistajilta kootut taustatiedot. Tavoitteena oli saada kuva nautojen aborttitilanteesta ja aborttien syistä Suomessa tällä hetkellä. Samalla kartoitettiin uuden Suomeen saapuneen viruksen, schmallenberg-viruksen, aiheuttamia abortteja. Vertasin karjanomistajien lähetteissä antamia taustatietoja aborttitietoihin, ja tutkin, löytyisikö taustatietojen avulla yhdistäviä tai selittäviä tekijöitä aborteille. Noin puolet nautojen aborteista jää ilman diagnoosia. Selvitin tässä tutkielmassa myös ilman diagnoosia jääneiden tapausten taustatiedot mahdollisten niitä yhdistävien tekijöiden varalta. Tutkimuksessa ilmeni, että 33 %:ssa aborteista oli infektiivinen tausta. 17 %:ssa tapauksista abortin syy oli ei-infektiivinen, kuten esimerkiksi sikiön lymfooma, struuma tai lihasrappeuma. 50 %:ssa tapauksista taudinaiheuttajaa tai mitään muutakaan selvää syytä ei löytynyt. Infektiivisistä aborteista bakteerit aiheuttivat 57 %, virukset 14 % sekä sienet ja alkueläimet (Neospora caninum) joitakin abortteja. Bakteereista yleisimpiä olivat Trueperella pyogenes, Ureaplasma diversum sekä Listeria monocytogenes. Schmallenberg-virus oli ainoa aineistossa todettu virus. Schmallenbergin aiheuttamia tyypillisiä muutoksia sikiössä olivat raajojen lihasten ja luuston epämuodostumat, kuten raajojen ankyloosi (nivelen jäykistymä) ja artrogrypoosi (usean nivelen virheasento ja jäykistymä) ja lihasten atrofia (surkastuminen). Jonkin verran eroavaisuuksia aborttiryhmien kesken löytyi karjanomistajien taustatietojen pohjalta. T. pyogenes aiheutti eniten abortteja parsinavetoissa. Schmallenberg ja listeria aiheuttivat puolestaan abortteja useammin pihatoissa kuin parsinavetoissa. Virus- ja sieniabortteja esiintyi eniten kylmäpihatoissa. Neospora-abortteja oli eniten pienillä tiloilla. Kaksostiineydet ja pilaantuminen selittävät osan ilman diagnoosia jääneistä aborteista. Taustatietojen perusteella ilman diagnoosia jääneiden aborttien ryhmä ei erotu muista aborteista. Lypsykarjatilojen abortit jäivät useammin ilman diagnoosia kuin emolehmätilojen abortit. Päätelminä voidaan todeta, että Suomen aborttitilanne on hyvä. Tarttuvia aborttien aiheuttajia tutkimuksessa todettiin vain yksi, schmallenberg-virus. Virusaborttien määrä on kansainvälisesti arvioiden pieni. Schmallenberg-viruksen esiintymistä pihatoissa selittää varmastikin hyönteisvektorien helppo pääsy pihattoon. Yleisimmät aborttien aiheuttajat olivat kuitenkin naudan normaalissa elinympäristössä ja naudan elimistössä eläviä opportunistisia bakteereja, kuten T. pyogenes. Aborttien ehkäisyssä on olennaista huolehtia nautojen hyvästä perusterveydenhuollosta, etteivät opportunistiset bakteeri saisi jalansijaa. Tutkielmassani pohdin vielä aborttien tutkimista ja diagnosointia. Karjanomistajien lähetteissä kirjaamia tietoja käyttämällä ei yksinään voida tutkia taustalla vaikuttavia tekijöitä. Tilakäynti olisi luotettavampi tapa tutkia abortoineen naudan pito-olosuhteita. Tutkimus on aina suhteutettava aborttiongelman laajuuteen. Abortteja esiintyy karjassa aina jonkin verran. Tärkeintä on tutkia asiaa silloin, kun aborttien määrä nousee yli viiteen prosenttiin tiineyksistä.