Browsing by Subject "viljely"

Kampylobakteerit ovat teollisuusmaissa tavallisimpia diagnosoituja bakteeriperäisen gastroenteriitin aiheuttajia. C. jejuni aiheuttaa noin 90-95 % infektioista ja C. coli tavallisesti 5-10 %. Suomessa sairastuu vuosittain noin 3000 henkilöä kampylobakterioosiin. Infektioiden määrä on vähäinen talvella ja keväällä, jolloin suurin osa tapauksista on ulkomaista alkuperää. Kesäkuukausien aikana kampylobakteeri-infektioiden määrä kasvaa ja tapauksista jopa puolet voi olla kotimaista alkuperää. Yleensä tapaukset ovat yksittäisiä ja epidemioita esiintyy harvoin. Tartuntalähteistä tärkeimpinä pidetään saastunutta juomavettä ja broilerinlihaa. Perinteiset kampylobakteerien tunnistamismenetelmät ruokanäytteistä ovat aikaa vieviä ja hankalia. Ne sisältävät näytteen esirikastuksen, viljelyn selektiivisille alustoille sekä biokemiallisen varmistuksen. Viime vuosina kampylobakteerien tunnistamiseen tarkoitetut nopeat menetelmät, kuten nukleiinihappohybridisaatio, PCR (polymerase chain reaction) ja ELISA (enzyme-linked immuno-sorbent assay) ovat kehittyneet. Näiden pikamenetelmien kehitys avaa uusia mahdollisuuksia mm. teollisuudelle elintarvikevalvontaan. Opinnäytetyössä verrataan EiaFoss-ELISA-kampylobakteerimenetelmää, viljelymenetelmää ja PCR-analyysia C. jejunin ja C. colin toteamiseen ja tunnistamiseen broilertuotteista. EiaFoss-ELISA-menetelmä on kvalitatiivinen määritysmenetelmä C. jejunin ja C. colin tunnistamiseen elintarvikkeista (rikastus 46 h + täysin automatisoitu analyysi 2 h). ELISA-analyysi perustuu "sandwich"-tekniikkaan, jossa kaksi erilaista polyklonaalista vasta-ainetta ovat kampylobakteeriantigeeneja vastaan. Viljelymenetelmä sisältää näytteen rikastuksen, viljelyn CCDA-maljalle (valikoiva kampylobakteerialusta ilman verta), maljojen inkuboinnin mikroaerofiilisissä olosuhteissa, tyypillisten pesäkkeiden jatkoviljelyn ja biokemiallisen varmistuksen. Valittu PCR-menetelmä sisältää rikasteliemen esikäsittelyn BDC (Buoyant Density Sentrifugation) menetelmällä, joka erottelee ominaispainoon perustuen bakteerit ja PCR-inhibittorit rikasteliemestä ja konsentroi bakteerit, sekä C. jejuni spesifisen PCR-analyysin. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 105 tuotetta, joista 60 siipikarjatuotetta oli valittu juuri menetelmien vertailuun. Vaihtelut kaikkien kolmen menetelmän tuloksissa olivat vähäisiä. EiaFoss-positiivisia oli 13, PCR-positiivisia 10 ja viljely-positiivisia näytteitä 10. Varmaksi positiiviseksi tulokseksi määriteltiin sellainen näyte, joka antoi kahdella tai kaikilla kolmella menetelmällä positiivisen tuloksen. Näin ollen varmojen positiivisten määrä oli 12, joista 11 kyseessä oli C. jejuni ja yhdessä C. coli. Sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmissä väärien negatiivisten tulosten osuus oli 1,7 % näytteistä. Viljelymenetelmän väärät negatiiviset (3,3 %) johtuivat todennäköisesti valitusta pitkästä rikastusajasta, eivätkä siksi anna täysin oikeaa kuvaa kampylobakteereiden tunnistamisesta viljelemällä. EiaFoss-menetelmällä esiintyi vääriä positiivisia tuloksia (viljely- ja PCR-negatiivisia) 3,3 %. Viljely- ja BDC-PCR-menetelmissä ei esiintynyt vääriä positiivisia. Tämän perusteella sekä EiaFoss- että BDC-PCR-menetelmät osoittautuivat helpoiksi ja luotettaviksi pikamenetelmiksi tunnistaa kampylobakteerit broilernäytteistä.

Ihosieni-infektio eli dermatofytoosi on kissojen yleisin ihoinfektio. Sen prevalenssista Suomessa ei ole tarkkaa tietoa. Dermatofytoosin aiheuttajista yleisin on Microsporum canis, muita lajeja ovat muun muassa Trichophyton mentagrophytes ja Microsporum gypseum. Oirekuva kissalla on hyvin vaihteleva oireettomista yksilöistä, vähäisestä karvankatkeilusta, hilseilystä tai muutamista paljaista laikuista hyvin laajoihin ja vaikeisiin ihottuma-alueisiin. Diagnoosimetodiksi suositellaan sieniviljelyä. Diagnostisina apuvälineinä voidaan käyttää Woodin lamppua ja karvojen mikroskopointia. Ihosieni tarttuu herkästi ihmisiin ja eläimiin. Sen herkän leviämisen vuoksi hoito ja ennaltaehkäisy ovat aikaavieviä ja vaikeita toteuttaa. Hoitona käytetään systeemisen lääkityksen, paikallishoitojen sekä ympäristön itiösaneerauksen yhdistelmää. M. canis -sientä vastaan on kehitetty rokote, joka ei kuitenkaan torju infektiota vaan lieventää oireita. Sen käyttö on järkevää lähinnä hoitovaiheessa oireiden lieventämiseksi ja siten ympäristön kontaminoitumisen rajoittamiseksi. Tutkimuksessa pyrittiin kartoittamaan suomalaisten kissaloiden ihosieni-infektioprevalenssia. Näytteitä saatiin 210 kissalta 70 kissalasta. Tutkimuksessa löydettiin kaksi positiivista kissaa, joiden näytteistä eristettiin T. mentagrophytes . M. canis -sientä ei todettu. Positiiviset tapaukset saattoivat johtua siitä, että kissat ulkoilivat ulkotarhassa näytteenottohetkellä, sillä uusittaessa näytteenotto myöhemmin syksyllä kissojen lopetettua ulkoilu kaikki kyseisen kissalan kissat todettiin negatiivisiksi. Sieninäytteen pakkaustapa ja säilytystapa todettiin tilastollisesti merkitseviksi tekijöiksi viljelytulokselle: epävarmojen, kontaminanttihomeiden ylikasvusta johtuvien tulosten määrä lisääntyi, kun näyte pakattiin hengittämättömään pakkaukseen lähetyksen ajaksi tai kun näytettä säilytettiin jääkaapissa. Koska kosteus edesauttaa ympäristökontaminanttien kasvua, saattaa jääkaapin kosteus ollakin lämpötilaa tärkeämpi määräävä tekijä kontaminanttien runsaan kasvun taustalla. Säilytyslämpötilan ja -kosteuden vaikutuksia näytteen viljelytulokseen tulisi tutkia tarkemmin. Tämän tiedon valossa Kissaliiton käytäntö panna näytteenottohammasharja suoraan käyttämättömään kirjekuoreen, joka puolestaan pannaan lähetteen kera toiseen kirjekuoreen, on järkevä eikä vaikuta lisäävän epävarmojen vastausten määrää. Tutkimuksen alkuperäinen tarkoitus eli sieniprevalenssin selvittäminen suomalaisissa kissaloissa jäi saavuttamatta, koska tutkimukseen ei osallistunut riittävän monta kissalaa ja koska epäselviä viljelytuloksia oli paljon. Todellinen prevalenssi on välillä 0 - 71 %, kun oletetaan, että epäselvien tulosten joukossa on positiivisia. Luku riippuu epäselvien tulosten tarvittavan määrän valinnasta: kuinka monta epäselvää tulosta tarvitaan, jotta kyseessä olisi positiivinen kissala. Prevalenssin toteamiseksi tarvitaan 200-300 kissalaa. Näytteiden keruun yhteydessä tehtiin kysely, jonka avulla saatiin tietoa suomalaisten kissaloiden tavoista sieni-infektion torjunnan kannalta. Karanteenin tai muiden vastaavien ennaltaehkäisevien toimenpiteiden käyttö suomalaisissa kissaloissa oli vähäistä. Useiden kissaloiden karanteeni- ja muut ennaltaehkäisevät toimenpiteet olisivat kirjallisuuteen perustuen riittämättömät suojaamaan dermatofytoosin leviämiseltä, mikä olisi syytä ottaa huomioon tiedotuksessa, jos suomalaiset kissalakissat halutaan suojella dermatofytoosilta.

In this master´s thesis the quantity of the greenhouse gas (GHG) emissions produced by food supply chain was studied. Also results from life cycle studies related to GHG emissions of bread, flour and some other food material were collected. In the experimental study the carbon footprints (GHG emissions, CO2 equivalents) of wheat and rye breads were calculated. Industrial scale production, Finnish grown wheat and rye, and simplified bread recipes were used as starting points. The life cycle calculations included cultivation, milling and baking phases and also consumer´s action. The amounts of GHG emissions for these phases were obtained from previous studies and the information reported by food enterprises and organizations. The cultivation of wheat and rye were studied separately, but the milling and baking processes were considered similar. The data were collected from two mills and seven bakeries and included details from energy and water consumption and the amount of organic waste and waste water produced. The emissions associated with the production of salt, baker´s yeast, vegetable fat, sugar and packaging material were also included. For consumer´s, there were two scenarios, one included transportation of bread from grocery by car, and 10 % wastage. The other included also toasting of the bread. It was calculated that the carbon footprint of bread was 1400-1500 g of CO2-equivalents/ kg bread. The cultivation´s share was 40 %, the mill´s share was 2 %, the bakery´s share was 45 % and the consumer´s share was 13 %. When the toasting of bread was included, this action alone resulted approximately 180 g more GHG emissions. There was a small difference between the carbon footprint of rye and wheat bread. The difference results mainly from differences in recipes of breads. There are not yet uniform standards to calculate the carbon footprint. Therefore a lot of generalizations and assumptions had to be made in the calculations. Nonetheless the carbon footprint obtained in this study is of the same magnitude as recently obtained in other studies performed in Europe.