Browsing by Subject "virus"

The thesis assesses ethical problems pertaining to a scenario of a mandatory vaccination program against SARS-CoV-2 (“Covid-19”) in Finland, as the epidemic situation stood in the early 2022. The initial research question is whether this kind of a program would be ethically justifiable. The conclusion to this question is reached by describing the epidemic situation, presenting basic ethical norms of public healthcare, and making a synthetizing ethical analysis on their basis. The concluding answer no comes as the result of analyzing the Finnish scenario from the perspectives of eight criteria of ethical justification that would need to be adequately met in order for a mandatory vaccination program to be an ethically sound public health measure. The eight criteria are formed by examining literature of public health ethics and vaccination ethics as well as strong ethical arguments in favor and against mandatory vaccinations, and by combining a ground of shared prerequisites guiding ethical considerations on the topic. The analysis reveals numerous ethical problems present in the Finnish scenario. The mere existence of so many unsolved issues makes the potential mandatory Covid-19 vaccination program an unethical option. The thesis calls for better public discussion on public health ethics, so that the ethical imperatives of protecting public health security and protecting individual bodily autonomy are realized also in emergency situations.

Raspberry is prone to virus infections but diversity and occurrence of different raspberry viruses in Finland is still largely unknown. The purpose of this thesis work was to reveal which viruses are troubling raspberry varieties that are part of Finnish raspberry genetic resources and have been maintained in vivo on the field. The study also examines and compares siRNA diagnostics to traditional PCR method in detection of raspberry viruses. PCR, cloning, and traditional Sanger sequencing are used to get more detailed information of the virus strains, and scratch the surface of phylogenetic diversity of raspberry viruses that were detected in this study. siRNA detection of was accurate and effective with Black raspberry necrosis virus (BRNV), Raspberry bushy dwarf virus (RBDV) and Rubus yellow net virus (RYNV), but VirusDetect program couldn’t find Raspberry vein chlorosis virus (RVCV) that was positive in Velvet analysis and molecular diagnostics. Sequencing and phylogenetic analysis revealed RYNV strain that was like Canadian isolate (KF241951.1). Many new Badnavirus-like sequences were detected, but possible integration of Badnaviruses into raspberry genome was not excluded in this study. BRNV isolates were closely related to previously detected Finnish BRNV isolates. RVCV isolates grouped to three clades where RVCV from sample 21 was the most similar to formerly sequenced Scottish isolate (FN812699.2). Multiple viral infections were detected in one sample amongst these raspberry varieties, which may indicate different kinds of virus-virus interactions. The most important finding of this study was that RYNV and RVCV are present in Finland. Secondly all the detected raspberry viruses are genetically diverse and multiple infections of detected virus species are common.

Global warming affects permafrost in the Arctic regions, where melting organic carbon storages will increasingly contribute to the emission of greenhouse gases. Little is known about tundra soil microbial communities, but Acidobacteria and viruses seem to have important roles there. Here, for the first time, we isolated five Acidobacteria infecting viruses from Kilpisjärvi tundra soils using host strains previously isolated from the same area. Three viruses were isolated on Edaphobacter sp. X5P2, one on Edaphobacter sp. M8UP27, and one on Granulicella sp. X4BP1. The viruses had circular double-stranded DNA genomes 63,196–308,711 bp in length and 51–58% GC content. From 108 to 348 putative ORFs were predicted, 54–72% of which were sequences unique to each virus. Annotations indicated that all five phages most likely have tailed virions. The diversity of viruses present in the studied soils was estimated with the metagenome analysis. Only 0.1% (627) of all assembled metagenomic contigs were phage-positive. The gene-sharing network analysis showed approximately genus-level clustering between the virus isolates and a few metagenomic viral contigs, but overall, all (except one) viral contigs clustered only with each other, not with any known viruses from the NCBI database. No taxonomical assignments could be done for the metagenomic viral contigs, highlighting overall undersampling of soil viruses. Further detailed studies on virus-host interactions are needed to understand the impact of viruses on host abundance and metabolism in Arctic soils, as well as the microbial input into biogeochemical cycles.

Lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli tutkia nautojen abortteja Suomessa. Työ sisältää kirjallisuuskatsauksen ja tutkimusosan. Tutkimusaineistona käytin Eviran Märehtijöiden luomisen syyt -projektin aineistoa. Tutkimuksessa kerättiin abortoituneita sikiöitä Suomessa vuosina 2012 ja 2013. Tutkielmani aineisto kattoi 534 abortoitunutta sikiötä tai vuorokauden sisällä syntymästä kuollutta vasikkaa. Sikiöt tutkittiin patologisin, histologisin ja mikrobiologisin menetelmin Evirassa. Lisensiaatin tutkielmaani varten kokosin aineiston ja kartoitin aineistosta tiineyden keskeytymisten lukumäärät, taudinaiheuttajat ja karjanomistajilta kootut taustatiedot. Tavoitteena oli saada kuva nautojen aborttitilanteesta ja aborttien syistä Suomessa tällä hetkellä. Samalla kartoitettiin uuden Suomeen saapuneen viruksen, schmallenberg-viruksen, aiheuttamia abortteja. Vertasin karjanomistajien lähetteissä antamia taustatietoja aborttitietoihin, ja tutkin, löytyisikö taustatietojen avulla yhdistäviä tai selittäviä tekijöitä aborteille. Noin puolet nautojen aborteista jää ilman diagnoosia. Selvitin tässä tutkielmassa myös ilman diagnoosia jääneiden tapausten taustatiedot mahdollisten niitä yhdistävien tekijöiden varalta. Tutkimuksessa ilmeni, että 33 %:ssa aborteista oli infektiivinen tausta. 17 %:ssa tapauksista abortin syy oli ei-infektiivinen, kuten esimerkiksi sikiön lymfooma, struuma tai lihasrappeuma. 50 %:ssa tapauksista taudinaiheuttajaa tai mitään muutakaan selvää syytä ei löytynyt. Infektiivisistä aborteista bakteerit aiheuttivat 57 %, virukset 14 % sekä sienet ja alkueläimet (Neospora caninum) joitakin abortteja. Bakteereista yleisimpiä olivat Trueperella pyogenes, Ureaplasma diversum sekä Listeria monocytogenes. Schmallenberg-virus oli ainoa aineistossa todettu virus. Schmallenbergin aiheuttamia tyypillisiä muutoksia sikiössä olivat raajojen lihasten ja luuston epämuodostumat, kuten raajojen ankyloosi (nivelen jäykistymä) ja artrogrypoosi (usean nivelen virheasento ja jäykistymä) ja lihasten atrofia (surkastuminen). Jonkin verran eroavaisuuksia aborttiryhmien kesken löytyi karjanomistajien taustatietojen pohjalta. T. pyogenes aiheutti eniten abortteja parsinavetoissa. Schmallenberg ja listeria aiheuttivat puolestaan abortteja useammin pihatoissa kuin parsinavetoissa. Virus- ja sieniabortteja esiintyi eniten kylmäpihatoissa. Neospora-abortteja oli eniten pienillä tiloilla. Kaksostiineydet ja pilaantuminen selittävät osan ilman diagnoosia jääneistä aborteista. Taustatietojen perusteella ilman diagnoosia jääneiden aborttien ryhmä ei erotu muista aborteista. Lypsykarjatilojen abortit jäivät useammin ilman diagnoosia kuin emolehmätilojen abortit. Päätelminä voidaan todeta, että Suomen aborttitilanne on hyvä. Tarttuvia aborttien aiheuttajia tutkimuksessa todettiin vain yksi, schmallenberg-virus. Virusaborttien määrä on kansainvälisesti arvioiden pieni. Schmallenberg-viruksen esiintymistä pihatoissa selittää varmastikin hyönteisvektorien helppo pääsy pihattoon. Yleisimmät aborttien aiheuttajat olivat kuitenkin naudan normaalissa elinympäristössä ja naudan elimistössä eläviä opportunistisia bakteereja, kuten T. pyogenes. Aborttien ehkäisyssä on olennaista huolehtia nautojen hyvästä perusterveydenhuollosta, etteivät opportunistiset bakteeri saisi jalansijaa. Tutkielmassani pohdin vielä aborttien tutkimista ja diagnosointia. Karjanomistajien lähetteissä kirjaamia tietoja käyttämällä ei yksinään voida tutkia taustalla vaikuttavia tekijöitä. Tilakäynti olisi luotettavampi tapa tutkia abortoineen naudan pito-olosuhteita. Tutkimus on aina suhteutettava aborttiongelman laajuuteen. Abortteja esiintyy karjassa aina jonkin verran. Tärkeintä on tutkia asiaa silloin, kun aborttien määrä nousee yli viiteen prosenttiin tiineyksistä.

Zoonoottiset eli eläinten ja ihmisten välillä siirtyvät taudinaiheuttajat ovat työterveysriski eläinten kanssa työskenteleville henkilöille, kuten eläinlääkäreille. Zoonoottisiin viruksiin kuuluu muun muassa jyrsijä- ja hyönteissyöjävälitteisiä rainbo- (rodent-and-insectivore-borne) viruksiksikin kutsuttuja viruksia, joita kantavat nimensä mukaisesti useat jyrsijät (Rodentia) sekä hyönteisiä syövät piennisäkäslajit (ent. Insectivora). Suomessakin esiintyviä rainboviruksia ovat ortopoxviruksiin kuuluva lehmärokkovirus, ortohantaviruksiin kuuluva puumalavirus, nisäkkäiden arenaviruksiin (Mammarenavirus) kuuluva lymfosyyttinen koriomeningiittimammarenavirus (LCMV) sekä nisäkkäiden ortobornavirukset. Tämän alkuperäistutkimuksen sisältävän lisensiaatintutkielman kirjallisuuskatsaukseen on koottu tietoa eläinlääkäreiden zoonoosiriskeistä Suomessa sekä edellä mainittujen piennisäkäsvälitteisten zoonoottisten virusinfektioiden epidemiologiasta ja diagnostiikasta. Tutkielman tutkimusosuudessa selvitettiin tilastollisen analyysin avulla eri tekijöiden yhteyttä ortopox-, puumala-, LCM- ja bornavirusvasta-aineiden esiintymiseen Suomessa laillistetuilla eläinlääkäreillä verrattuna kontrolliryhmään. Aineistona käytettiin aiemmissa yhteyksissä kerättyjä esitietoja ja vasta-ainetuloksia eläinlääkäreiltä sekä kontrolliryhmältä. Pääkohderyhmän eli eläinlääkärien esitiedot ja seeruminäytteet oli kerätty vuonna 2009 Eläinlääkäripäivillä ja kontrolliryhmässä oli eläinlääkäripäivien osallistujia sekä HUSLAB:ille vuosina 2009 ja 2013 seeruminäytteet antaneita henkilöitä. Kaikki seeruminäytteet oli tutkittu käyttäen epäsuoraa immunofluoresenssivärjäystä (IFA). Hypoteesina oli, että riski altistua tarkastelluille patogeeneille olisi suurempi eläinlääkäreillä. Ortopox-, puumala-, LCM- ja bornavirusvasta-aineiden esiintyvyydet koko aineistossa olivat 28,9 %, 7,5 %, 1,8 % ja 0,6 %. Eläinlääkäreillä vastaavat esiintyvyydet olivat 38,6 %, 9,5 %, 1,9 % ja 1,0 %. Ortopoxvirusvasta-aineita löytyi todennäköisemmin Suomessa laillistetuilta eläinlääkäreiltä, miehiltä sekä vuonna 1979 tai aiemmin syntyneiltä. Suomessa laillistettu eläinlääkäri oli muita todennäköisemmin ortopoxseropositiivinen riippumatta iästä tai sukupuolesta. Sen sijaan puumala-, LCM- ja bornavirusten vasta-ainepositiivisuudelle ei löydetty tilastollisesti merkitseviä riskitekijöitä. Hypoteesi, että eläinlääkäreillä on suurempi riski olla ortopoxvirusseropositiivisia toteutui, mutta puumala-, LCM- ja bornavirusten vasta-aineiden löytymisen ja ammatin välillä ei havaittu yhteyttä. LCM- ja bornavirusten tuloksiin vaikutti todennäköisesti niiden alhaiset seroprevalenssit tutkitussa aineistossa. Ortopoxvirusvasta-aineita löytyi selvästi useammalta ennen vuotta 1980 syntyneeltä osallistujalta kuin tätä nuoremmilta. Tämä on todennäköisesti seurausta isorokkorokotusten aikaansaamista ristireagoivista vasta-aineista, mikä oli ennustettavissa. Aineistossa on kuitenkin myös rokotusten lopettamisen jälkeen syntyneitä seropositiivisia henkilöitä (seroprevalenssi 2,0 %). Nämä tartunnat selittyvät altistumisella itse taudinaiheuttajalle. Ortopoxvirukset voivat aiheuttaa kliinistä sairautta myös ihmisillä. Koska tämän tutkimuksen tulosten perusteella Suomessa laillistetut eläinlääkärit altistuivat ortopoxviruksille todennäköisemmin kuin muut osallistujat, vaikuttaa siltä, että ortopoxvirukset ovat työterveysriski Suomessa laillistetuille eläinlääkäreille. Mahdollinen saatu rokotus tulee kuitenkin huomioida ja mahdollisesti suurempi riski koskeekin nimenomaan isorokkoa vastaan rokottamattomia Suomessa laillistettuja eläinlääkäreitä.