Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "ympäristömykobakteerit"

Sort by: Order: Results:

  • Mykobakteerien määrittäminen vesijohtoverkon biofilmeistä reaaliaikaisella PCR-menetelmällä 
    Hintsa, Hannamari Helena (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2005)
    Syventävät opinnot tehtiin osana HAIVE-yhteistyöprojektia Helsingin yliopiston Eläinlääketieteellisen tiedekunnan peruseläinlääketieteen laitoksen, Haartman-instituutin virologian yksikön, Tampereen teknillisen korkeakoulun Bio- ja ympäristötekniikan laitoksen, Helsingin veden, Tampereen veden, Turun vesilaitoksen, Raision-Naantalin vesilaitoksen, Hämeenlinnan Seudun Vesi Oy:n, TAVASE Oy:n ja Oulun vesilaitoksen kanssa. HAIVE-projektin mykobakteerisouuden tavoitteena oli kehittää nopea detektointimenetelmä mykobakteerien määrittämiseksi vesijohtoverkon vedestä ja biofilmeistä. Määritykseen käytettiin reaaliaikaikaiseen PCR:ään perustuvaa tekniikkaa. Tämän työn tarkoituksena oli kehitetyn menetelmän käyttöönotto ja menetelmän käyttäjäystävällisyyden arviointi. Lisäksi tavoitteena oli kehittää HAIVE-projektin menetelmää erityisesti DNA:n eristysmenetelmän osalta. Biofilmeissä esiintyvien mykobakteerien havaitsemiseksi käytettiin kvantitatiivisen PCR:n (qPCR) lisäksi perinteisiä viljelymenetelmiä. Tutkimuksessa käytetty kirjallisuudesta sovellettu DNA:n eristysmenetelmä osoittautui tehokkaaksi biofilmien mykobakteerimäärien ollessa suuria mutta ongelmalliseksi silloin kun mykobakteerimäärät olivat vähäisiä. qPCR menetelmä osoittautui nopeaksi ja spesifiseksi menetelmäksi. Työssä tutkituista biofilmeistä ei löydetty mykobakteereita. Tulevaisuudessa DNA:n eristysmenetelmää on kehitettävä edelleen, sillä vesijohtoverkon biofilmeissä mykobakteerimäärät ovat todennäköisesti niin vähäisiä, että monivaiheisen DNA:n eristyksen seurauksena qPCR tulos saattaa olla virheellisesti negatiivinen. Tämän työn perusteella qPCR ei korvaa perinteisiä viljelymenetelmiä silloin kun näytteiden mykobakteerimäärät ovat vähäiset.
  • Ympäristömykobakteerien esiintyminen puhdistamolietteessä 
    Lepistö, Outi (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2001)
    Ympäristöstä peräisin olevien mykobakteerien eristykset ihmisten keuhkoista ovat lisääntyneet länsimaissa huomattavasti. Suomessa löytyy vuosittain n. 400 ympäristömykobakteerin aiheuttamaa humaanimykobakterioosia. Eläinten mykobakteeritartunnat ovat yleisimpiä sioilla; vuosittain teurastamoissa Suomessa löytyy n. 6000 ympäristömykobakteeritartuntaa. Jätevedenpuhdistamoissa syntyneeseen lietteeseen mykobakteereja pääsee ihmisten ja eläinten ulosteista. Aiemmin liete on loppusijoitettu kaatopaikoille, mutta lainsäädännön muuttuessa lietteen loppusijoittaminen kaatopaikalle tulee kielletyksi. Tämän vuoksi lietteen käyttö kompostoituna tulee todennäköisesti lisääntymään maataloudessa ja viherrakentamisessa. Lietteelle on kehitettävä sijoitusvaihtoehtoja, joissa terveysriski on mahdollisimman vähäinen. Puhdistamoliete voi aiheuttaa suoran tai epäsuoran terveysriskin, mikäli lietteenkäsittely jätevedenpuhdistamoissa jää jostain syystä epätäydelliseksi. Lannoitteena käytettävän lietteen ihmisille ja eläimille aiheuttamat terveysriskit tunnetaan huonosti. Mykobakteerien säilymistä lietteen kompostointikäsittelyssä ei tiedetä. Tämän tutkimuksen tarkoitus oli selvittää mykobakteerien säilymistä suomalaisissa kompostointikäsittelyissä Tutkimukseen osallistui 22 puhdistamoa ympäri Suomea, joiden tuottamasta lietteestä otettiin näytteitä käsittelyn eri vaiheissa. Käytetty menetelmä on ensimmäinen julkaistu menetelmä mykobakteerien eristämiselle lietteestä. Esikäsittelyn ja dekontaminaatiokäsittelyn jälkeen näytteet viljeltiin mykobakteeri-selektiivisille maljoille ja putkiin. Mykobakteereiksi epäillyt pesäkkeet puhdistettiin ja värjättiin Ziehl-Neelsen -happovärjäyksellä. Eristetyt kannat pakastettiin ja tunnistetaan lajitasolle saakka 16S rDNA -sekvenoinnilla. Tutkituista näytteistä 88,6% (93 kpl) sisälsi mykobakteereja. Mykobakteerit säilyivät hengissä kaikissa muissa lietteenkäsittelymenetelmissä paitsi niissä, jotka käyttivät termistä kuivausta. Muiden lietteenkäsittelymenetelmien teho mykobakteereiden poistamisessa jäi epävarmaksi. Lisätietoa tarvitaan säilyvien mykobakteerien pitoisuuksista ja lajeista. Työn kirjallisuusosassa on käsitelty mykobakteerien rakennetta, kasvuvaatimuksia sekä taudinaiheutusta ihmisillä ja eläimillä. Puhdistamoiden käyttämät käsittelymenetelmät on esitelty lyhyesti.

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO