Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Kissan ulosteen viromi

Show simple item record

dc.date.accessioned 2019-04-26T11:44:40Z
dc.date.available 2019-04-26T11:44:40Z
dc.date.issued 2019-04-26
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/123456789/23016
dc.title Kissan ulosteen viromi fi
ethesis.faculty Eläinlääketieteellinen tiedekunta fi
ethesis.faculty Faculty of Veterinary Medicine en
ethesis.faculty Veterinärmedicinska fakulteten sv
ethesis.faculty.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/f3d16a17-630c-43fb-86ad-031dba66d6a9
ethesis.university.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/50ae46d8-7ba9-4821-877c-c994c78b0d97
ethesis.university Helsingin yliopisto fi
ethesis.university University of Helsinki en
ethesis.university Helsingfors universitet sv
dct.creator Järvinen, Salla-Mari
dct.issued 2019
dct.language.ISO639-2 fin
dct.abstract Kissoilla esiintyy monia ruoansulatuskanavan viruksia. Taudinaiheuttajasta riippuen osa tartunnoista voivat olla täysin oireettomia, mutta myös kuolemaan johtavia tartuntoja esiintyy. Ihmiselle tautiriskin voi aiheuttaa esimerkiksi kissojen rotavirukset. Uuden sukupolven sekvensointimenetelmiä (Next-generation sequencing, NGS) käyttämällä voidaan sekvensoida viruksen koko perimä eli genomi nopeasti yhdellä kerralla. NGS:ää käytettäessä sekvensointi voidaan tehdä ilman ennakkotietoja ja täten löytää myös aiemmin tuntemattomia viruksia. Suomalaisten kissojen virusten esiintyvyydestä ei ole aikaisemmin tehty kattavia tutkimuksia. Työn tavoitteena oli tutkia, mitä viruksia löytyy terveiden ja ripuloivien kissojen ulosteista Suomessa. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 15 kpl kissojen ulostenäytteitä, joista yhdeksän oli eläinsuojeluyhdistyksen kissaa ja kuusi lemmikkikissaa. Kahdeksalla kissalla oli esiintynyt ruoansulatuskanavan oireita. Työhön kuului nukleiinihappojen eristys kissojen ulosteista. Esikäsittelyn avulla pyrittiin poistamaan ulosteesta bakteerit, jonka jälkeen näytteistä tehtiin kirjasto, joka sekvensoitiin Illumina Miseq-laitteistolla. Data analysoitiin bioinformatiikan avulla, johon kuului muun muassa huonolaatuisten sekvenssien poisto ja yhdistelmäsekvenssien eli contigien koostaminen lyhyistä sekvensseistä. Contigit käännettiin aminohapposekvenssiksi, joille etsittiin vastaavaa sekvenssiä geenipankista. Löydettyjen virusten nimet perustuivat geenipankkisekvenssien nimiin. Näytteistä löydettiin yhteensä kuusi virusta, joista kaksi esiintyi samalla kissalla. Yhdestä näytteestä löydettiin täysi vastaavuus kissan panleukopenia virukseen (FPV). Kissa oli saanut yhden rokotuksen ennen näytteiden keräämistä eikä kissalla ollut minkäänlaisia oireita. Löydetty virus ei ollut täysin identtinen rokotekantojen virusten kanssa, mutta ero ei ollut suuri. Taustalla voi olla luonnollinen tartunta tai esimerkiksi heikentyneen immuunivasteen aiheuttama rokotekannan pitkäaikainen replikoituminen. Yhdestä näytteestä löydettiin circovirukseen vastaavaa sekvenssiä ja lisäksi tunnistamaton virus, jonka sekvenssi vastasi myös circovirusta. Circovirusten tiedetään aiheuttavan ruoansulatuskanavaoireita, mutta kissoilta ei ole aiemmin todettu tartuntoja. Löydetty virus voi olla aiemmin tunnistamaton kissojen oma circovirus, mutta lisätutkimuksia tulisi tehdä asian varmentamiseksi. Viruksen yhteys ripuliin on myös epäselvä. Muut löydetyt virukset olivat todennäköisesti peräisin ruoasta tai esimerkiksi RNA-eristyskolumnista. Ulosteista löytyneiden virusten määrä oli pieni eikä suuria johtopäätöksiä pystytä tekemään näytteiden vähäisen lukumäärän vuoksi. Kuitenkin ulkomailla tehdyissä ulosteen viromia selvittävissä tutkimuksissa vastaavilla kissamäärillä on löydetty huomattavasti enemmän viruksia kuin tässä tutkimuksessa. Tulevaisuudessa suuremmalla kissamäärällä tehty tutkimus vertaillen eroavaisuuksia maantieteellisesti sekä sisä- ja ulkokissojen välillä, antaisi luotettavampaa dataa Suomen tilanteesta. NGS:n käyttäminen ulosteen viromin selvittämiseksi vaikuttaisi olevan käyttökelpoinen tutkimusmenetelmä. fi
dct.subject uuden sukupolven sekvensointi fi
dct.subject NGS fi
dct.subject uloste fi
dct.subject kissa fi
dct.subject viromi fi
dct.subject metagenomiikka fi
dct.language fi
ethesis.language.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/languages/fin
ethesis.language suomi fi
ethesis.language Finnish en
ethesis.language finska sv
ethesis.supervisor Smura, Teemu
ethesis.thesistype pro gradu -tutkielmat fi
ethesis.thesistype master's thesis en
ethesis.thesistype pro gradu-avhandlingar sv
ethesis.thesistype.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/thesistypes/mastersthesis
dct.identifier.ethesis E-thesisID:9065eb24-1e54-4fd3-9c2d-725f4546745a
personal.identifier lib und
ethesis.principalprofessor Vapalahti, Olli
dct.identifier.urn URN:NBN:fi:hulib-201904261786
dc.type.dcmitype Text
ethesis.mastersdegreeprogram Eläinlääketieteen lisensiaatin koulutusohjelma fi
ethesis.mastersdegreeprogram Degree programme in veterinary medicine en
ethesis.mastersdegreeprogram Utbildningsprogrammet i veterinärmedicin sv
ethesis.mastersdegreeprogram.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/MH90_001
ethesis.department.primary http://data.hulib.helsinki.fi/id/ela-1
ethesis.department.primary Eläinlääketieteellisten biotieteiden osasto fi
ethesis.department.primary Department of Veterinary Biosciences en
ethesis.department.primary Avdelningen för veterinärmedicinska biovetenskaper sv
ethesis.department.secondary http://data.hulib.helsinki.fi/id/ela-1
ethesis.department.secondary Eläinlääketieteellisten biotieteiden osasto fi
ethesis.department.secondary Department of Veterinary Biosciences en
ethesis.department.secondary Avdelningen för veterinärmedicinska biovetenskaper sv

Files in this item

Files Size Format View
Järvinen SallaMari Kissan ulosteen viromi.pdf 486.2Kb PDF

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record