Characterisation of somatic mutations and mutational signatures in endometrial polyps by whole exome sequencing
| Title: | Characterisation of somatic mutations and mutational signatures in endometrial polyps by whole exome sequencing |
| Author(s): | Reinikka, Siiri |
| Contributor: | University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences |
| Degree program: | Master's Programme in Genetics and Molecular Biosciences |
| Specialisation: | Genetics and Genomics |
| Language: | English |
| Acceptance year: | 2020 |
| Abstract: |
Kohdun limakalvon polyypit ovat yksi yleisimmistä hyvälaatuisista kohdun kasvaimista, ja niitä esiintyy noin 10% aikuisista naisista. Vaikka kohdun
polyypit ovat yleisiä, niiden syntymekanismia ja geneettistä taustaa ei vielä tarkoin tiedetä. Tämän Pro Gradu –tutkielman tavoite on tutkia kohdun
polyyppien somaattisia mutaatioita sekä mutaationaalisia signatuureja, jotka osaltaan vaikuttavat polyyppien syntyyn.
Tämä Pro Gradu –tutkielma tehtiin käyttäen 23:n kohdun polyypin eksomisekvenssejä ja 18:sta vastaavaa normaalia verinäytettä.
Signatuurianalyysi tehtiin käyttäen kahta eri ohjlemaa, MutationalPatterns ja SigProfiler.
Polyyppien todettiin omaavan vaihteleva määrä somaattisia mutaatioita, joista suurin osa esiintyi matalalla alleelifraktiolla. Yhteensä 43% (10/23)
polyypeistä todettiin kantavan yhdestä neljään mutaatiota, jotka osuvat niin kutsuttuihin syöpägeeneihin, kuten PIK3CA 17% (4/23), KRAS 13%
(3/23) ja ERBB1 9% (2/23). Tästä huolimatta syöpään yhdistetyt signatuurit eivät huomattavasti vaikuta polyyppien somaattiseen
mutaatioprofiiliin. Vastaavasti kuitenkin huomattava osa polyyppien somaattisista mutaatioista vastaa uutta, T>G mutaatioita aiheuttavaa
”signatuuri B:tä”. Tämän tutkielman tulokset viittaavat siihen, että kohdun limakalvon polyyppien syntyyn voivat vaikuttaa niin somaattiset
syöpään liitetyt geenimuutokset, kuin myös uusi signatuuri B. Signatuuri B:n validoiminen, sitä aiheuttavan tekijän löytäminen, sekä polyyppien
geneettisen taustan määrittäminen vaativat kuitenkin vielä laajempaa tutkimusta.
Endometrial polyps are one of the most common benign uterine lesions, affecting approximately 10% of all adult women. While endometrial
polyps have a high prevalence, their molecular pathogenesis and genetic background are largely undefined. Accordingly, the aim of this thesis
was to characterize the somatic mutational landscape of endometrial polyps – to identify mutations in cancer-associated genes, and to identify
mutational signatures contributing towards the somatic mutational spectrum.
The present study was conducted using whole exome sequencing of 23 endometrial polyps and 18 matching normal blood samples. Mutational
signature analysis was conducted using MutationalPatterns and SigProfiler.
Endometrial polyps were found to carry varying number of somatic mutations in their exomes, most of them present at a low allelic fraction.
Moreover, 43% (10/23) of the polyps were identified to carry one to four cancer-associated mutations, including mutations in genes such as
PIK3CA 17% (4/23), KRAS 13% (3/23) and ERBB1 9% (2/23), which are well-established cancer driver genes. Cancer-associated mutational
signatures do not have a notable contribution towards the somatic mutational spectrum of endometrial polyps. However, a novel signature,
‘signature B’, characterized by T>G mutations, was found to affect a subset of polyp samples. To conclude, the whole exome sequencing of
endometrial polyps revealed several mutations in cancer-associated genes and a novel mutational signature, which may contribute to the
development of these benign tumours. However, further research is required to confirm and validate the novel signature, and to define the
genetic alterations leading to the polyp pathogenesis.
|
| Keyword(s): | endometrial polyps benign tumours mutational signatures genetics bioinformatics |
Files in this item
| Files | Size | Format | View |
|---|---|---|---|
| Reinikka_Siiri_pro_gradu_2020.pdf | 3.498Mb |