Itseohjautuvien autojen kehittyessä niiltä oletetaan turvallisempaa liikennekäyttäytymistä kuin ihmiskuskeilta. Itseohjautuva järjestelmä voi käsitellä tietoa nopeammin kuin ihminen, mutta kun vastassa on onnettomuustilanteiden aiheuttamat moraaliset ongelmat, ei oikeudenmukaisesti toimivaa järjestelmää ole helppo rakentaa.
Moraaliset ongelmat nousevat varsin tärkeäksi kysymykseksi tilanteessa, jossa itseohjautuvan auton tulee päättää mitä tehdä onnettomuuden sattuessa. Kun kyseessä on hengenvaarallinen tilanne, on vaikea ohjelmoida miten auton tulisi toimia. Samoja ongelmia on pohdittu moraalikonekokeen ja ADC-mallin kautta, jonka myötä käyttäjät on laitettu vastaamaan miten itseohjautuvan auton tulisi toimia ongelmatilanteessa. Vastauksia analysoimalla voidaan päätellä, miten inhimillisen moraalikäsittelyn ja intuition voisi ohjelmoida itseohjautuvalle autolle.
Moraaliongelmien lisäksi itseohjautuvassa järjestelmässä löytyy myös teknologisia puutteita, esimerkiksi miten auton ympärillä olevaa ympäristöä pystytään mallintamaan hankalissa sääolosuhteissa, kuten sumussa tai sateessa. Lisäksi itseohjautuvaa teknologiaa kohtaan on huomattu selkeää käyttäjävastarintaa ja ennakkoluuloja, jotka vaikuttavat uuden teknologian käyttöönotossa.
Silti itseohjautuvat järjestelmät ovat kehittyneet paljon viimeisen 20 vuoden sisällä ja monet autonvalmistajat ja tutkimuskeskukset ovat valmiita keksimään ratkaisuja näihin haasteisiin ja kehittämään urbaaneissa olosuhteissa toimivan ja moraalisesti oikein toimivan itseohjautuvan auton.
