Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Title

Sort by: Order: Results:

  • Vanhanen, Sonja (2021)
    Ympäristöön sopeutuminen on laaja käsite, joka pitää sisällään sekä pitkällä aikavälillä tapahtuvan evolutiivisen sopeutumisen että yksilöissä lyhyellä aikavälillä tapahtuvan fenotyypin sopeutumisen. Evolutiivisessa sopeutumisessa keskeisenä mekanismina toimivan luonnonvalinnan on havaittu olevan monille opiskelijoille haastava käsite ymmärtää, ja siihen tiedetään liittyvän paljon virhekäsityksiä. Kuitenkin suomalaisten opiskelijoiden virhekäsityksiä ja ymmärrystä aiheesta on tutkittu vain vähän. Tässä tutkimuksessa selvitettiin suomalaisten peruskoulun yhdeksäsluokkalaisten osaamista liittyen eläinten sopeutumiseen ja evoluution mekanismeihin. Lisäksi tutkimuksessa tarkasteltiin erilaisten tekijöiden, kuten oppikirjasarjan ja oppilaan luontoharrastuneisuuden, yhteyksiä aiheen osaamiseen. Tutkimusaineisto (N=90) kerättiin sähköisen kyselylomakkeen avulla. Tutkimukseen osallistui yhdeksäsluokkalaisia neljästä eri koulusta. Kyselylomake koostui sekä monivalintatehtävistä että avoimista kysymyksistä, ja aineisto analysoitiin kvantitatiivisia sekä kvalitatiivisia menetelmiä käyttäen. Kvantitatiivisessa analyysissä vastaajien kokonais- ja tehtäväkohtaisia pisteitä vertailtiin eri ryhmien, kuten eri sukupuolten ja eri kirjasarjoja käyttäneiden, välillä. Lisäksi tarkasteltiin mm. luontoharrastusten ja biologian arvosanan yhteyksiä kyselyssä menestymiseen. Kvalitatiivisessa analyysissä avoimen tehtävän vastauksista eriteltiin oppilaiden virhekäsityksiä luonnonvalinnasta, ja virhekäsitykset luokiteltiin vakavuuden perusteella eri tasoihin. Vain pieni osa yhdeksäsluokkalaisista menestyi evoluutiota ja sopeutumista koskevassa kyselyssä hyvin ja osasi vastata luonnonvalinnan mekanismeja koskevaan avoimeen kysymykseen tieteellisen käsityksen mukaisesti. Suurella osalla tutkittavista havaittiin vakavan tason virhekäsityksiä luonnonvalinnan mekanismeista. Luonnonvalinnan eri osa-alueista oppilaat ymmärsivät heikoiten populaation muutoksen, muuntelun alkuperän ja lajiutumisen. Fysiologiseen sopeutumiseen liittyvissä tehtävissä oppilaat suoriutuivat hieman paremmin kuin evolutiivista sopeutumista koskevissa tehtävissä. Oppilaan viimeisimmän biologian arvosanan ja kyselyssä menestymisen välillä havaittiin positiivinen riippuvuus. Tulosten perusteella opetussuunnitelman keskeiset, evoluutiota koskevat tavoitteet eivät näytä toteutuvan kuin harvojen oppilaiden kohdalla, ja siten peruskoulun evoluutio-opetusta olisi yhä syytä kehittää. Saatuja tietoja evoluution ymmärtämisen ongelmakohdista ja yleisimmistä virhekäsityksistä voidaan hyödyntää opetuksen kehittämisessä. Jatkossa olisi tärkeää kehittää evoluutio-opetukseen uusia, erilaisia opetusmenetelmiä sekä selvittää niiden toimivuutta tämän haastavan aiheen oppimisessa.
  • Ahlblad, Niklas (2021)
    The infection mechanisms between cold-active bacteria and their respective bacteriophages are currently relatively unknown and undocumented. Shewanella sp. 4 is a cold-active bacterium that was recently isolated from Baltic Sea ice along with bacteriophage isolate 1/4. Little is known about this particular isolate, although many Shewanella species have important environmental roles incl. carbon cycling, and they have also been associated with the spoilage of fishery products and bioremediation. Previous studies have shown that an infection caused by bacteriophages may lead to significant changes in transfer RNA (tRNA) modifications in the host cell. Commonly, tRNA modification levels may be altered as a response to different stressors, to which viral infections belong as well. Bacteriophages may take advantage of tRNA modifications during the infection of their host, as changes in tRNA modifications lead to much faster response than affecting only the transcription and translation machineries. Here, the infection cycle and changes in tRNA modifications in Shewanella sp. 4 were investigated, along with using a more defined growth media and comparing it to previously conducted characterization. A multitude of methods were applied, such as transmission electron microscopy and mass spectrometry, to observe both the infection mechanisms and changes in tRNA modifications over the course of the infection. I found that the infection cycle of the phage-host pair is predictable and consistent with previously conducted research, lasting 3 hours until cell lysis. Plaque assay and SDS-PAGE showed the release of virions 2-3 h post-infection (p.i.), and the production of viral proteins within cells starting from 100 min p.i. An intriguing periodic change in cell turbidity was also observed already before cell lysis. Furthermore, the tRNA modifications m1A, m5U, m6t6A, and Cm undergo statistically significant changes or display high variance during the course of the infection when comparing infected and uninfected cells. These may affect tRNA structural stability, translational accuracy, and cleavage in the host cell, showing possible importance during the infection. Understanding the fundamentals of the infection mechanisms involved in this bacterium-bacteriophage pair gives further insight into their role in the Baltic Sea ecosystem. This is especially relevant for establishing Shewanella as a potential laboratory model for studying molecular mechanisms that further cold-active metabolism.
  • Syrjänen, Aino (2023)
    Human-induced nutrient enrichment has led to eutrophication, which is globally a severe environmental problem in aquatic ecosystems. Eutrophication has a variety of deteriorating effects on marine ecosystems in the form of e.g., cyanobacterial blooms, bottom water hypoxia and anoxia, as well as increased fish and benthos mortality. The Baltic Sea is especially prone to eutrophication due to the combined effects of restricted water exchange and extensive nutrient loads. Nutrient enrichment reinforces primary production which further enhances organic matter remineralisation in the sediment – water interface, leading to oxygen depletion in the bottom waters. Decreased oxygen concentrations on the seafloor can lead to the release of phosphorus bound to reducible iron oxides. The so-called ‘vicious circle’ of internal loading is formed through the further enhanced nutrient release from the sediments into the water column due to the reduced bottom water conditions resulting from increased supply of organic matter into the system. However, the processes controlling phosphorus transport from land to sea through the ‘coastal filter’ remain poorly understood. In this study, sediments from Paimionlahti estuary were examined for phosphorus content and bulk elemental composition. Sedimentary phosphorus contents were determined through chemical extractions. The extracted fractions of phosphorus (P) include Fe oxide bound P (Fe-P), authigenic apatite P (Ca-P I), detrital apatite P (Ca-P II), and organic P (org-P). The fraction of Fe-P dominated in the upper sediment layers in most sites, whereas more unreactive fractions associated with P burial remained constant through sediment depth. The generally unreactive forms of P illustrated increasing trends towards open sea areas, partly explained by changes in the overall sediment composition as well as by potential differences in environmental conditions among sampling sites. The highest amounts of Fe-P were recorded in sites with the highest sediment accumulation. The results demonstrate that P from rivers is transformed and processed in the coastal zone, delaying its transport to the open sea.
  • Leino, Sara (2023)
    The above-ground surfaces of plants (the phyllosphere) are inhabited by a diverse variety of microbes that interact with the host plant affecting its health and growth. One of the predominant factors influencing the composition and formation of the phyllosphere microbial community is the species and genotype of the plant. In my thesis, I investigated whether three different Rubus species (R. arcticus, R. saxatilis, and R. chamaemorus) form similar phyllosphere microbial communities, and whether the genotype of the host plant has more impact on the community composition than the microbiota that the plants are exposed to. I also tested how different microbiota treatments would affect Rubus plant growth. The experiment was conducted with micropropagated plants of the three aforementioned Rubus species. The plants were treated with different microbiota collected from the leaves of wild plants of the three Rubus species and the growth of the plants was observed. The phyllosphere fungal and bacterial communities of the plants were sequenced from leaf samples and analyzed to inspect the overall diversity and difference of the communities (using Kruskal-Wallis test and PERMANOVA) and to identify possible core microbes within the Rubus species’ phyllosphere communities. I found that Rubus phyllosphere microbiota was dominated by bacteria classes Alphaproteobacteria and Gammaproteobacteria, and fungal classes Eurotiomycetes, Sordariomycetes, Agaricomycetes, and Dothideomycetes. The host plant genotype had more significance on the composition of phyllosphere microbiota than the origin of the microbiota. The different microbiota treatments had no significant effect on the plant leaf growth. My thesis shows how host plant genotype influences the shaping of the phyllosphere communities as well as how transferable the microbial communities are between species from the same genus. Understanding of the phyllosphere microbiota can have potential applications in the promotion of plant health and fitness.
  • Lönnberg, Kerstin (2015)
    The purpose of this thesis was to explore the relationships between phytoplankton biomass in lake Pääjärvi and environmental factors. These factors were divided into two categories: external phosphorus loading (total phosphorus, PO4 and organic phosphorus) and thermal conditions (Schmidt stability, heat volume and parent thermocline depth). The data sets at my disposal spanned the years 1994-2010 and contained phytoplankton observations, measurements of lake water temperature and measurements of phosphorus loading from the main rivers and streams flowing into lake Pääjärvi. Heat volume and stability were calculated based on the provided temperature data using a macro for Microsoft Office. The same data were used to calculate parent thermocline depth using LakeAnalyzer. The main statistical analysis performed on these data sets was Redundancy Analysis (RDA) in Canoco for Windows. The data were divided into three different periods: June, July-August and September-October. Each period was examined separately. In addition to total phytoplankton biomass, phytoplankton main groups and selected diatom and flagellate taxa were also examined in relation to the environmental factors. Heat volume proved statistically significant in June in the analysis of total biomass and the main groups and in September-October in the analysis of selected diatom taxa. A statistically significant relationship between PO4 loading and phytoplankton biomass was only detected for Peridinium sp, Rhodomonas lacustris and Mallomonas caudata for July-August. The lack of significance for phosphorus loading in the other contexts may in part be attributed to the distances between the phytoplankton sampling location and the loading measurement sites. The loading would have to drift some time in the lake to traverse these distances before it would come into contact with the measured phytoplankton. During that time, the loading would be susceptible to variations in weather or hydrological conditions as well as susceptible to uptake by other organisms. This may be the reason, or a contributing reason, why phosphorus loading was not significant for most of the contexts explored. However, since phosphorus loading was significant in at least one context, it clearly exerts some influence on the phytoplankton in Pääjärvi. The greater significance for heat volume could be attributed to the cumulative nature of the variable as well as the lack of spatial distance between the temperature sampling distance and phytoplankton sampling location.
  • Pehkonen, Teresa (2010)
    Biologisesti aktiivisilla oligosakkarideilla on vaikutuksia kasvin kasvuun ja kehittymiseen. Tietyn tyyppiset oligosakkaridit voivat myös indusoida puolustusreaktion valikoivasti oligosakkaridista riippuen. Useat biologisesti aktiiviset oligosakkaridit on löydetty kasvien soluseinää keinotekoisesti hajottamalla. Pro gradu -tutkielman tarkoituksena oli karakterisoida kuusen (Picea abies) solukkolinjan A3/85 solususpensiokasvatukseen erittämiä oligosakkarideja. Kuusisolukko A3/85 on otollinen kandidaatti tutkimukseen, sillä sen on todettu erittävän solunulkoista ligniiniä suspensioliuokseen. Oligosakkarideja karakterisoitiin yhden ja neljän vuorokauden kasvatuksista. Alustan sokeripitoisuutta alennettiin neljän vuorokauden kasvatuksissa karakterisoinnin helpottamiseksi. Oligosakkaridien pitoisuudet voivat olla hyvin alhaisia, joten solujen tuottamia yhdisteitä seurattiin myös radioaktiivisen D-[U-14C]-glukoosin avulla. Kasvien soluseinässä yleiset glukuronihappo, galakturonihappo, ksyloosi, arabinoosi ja apioosi valmistetaan glukoosi-6-fosfaatista, joko myo-inositolihapetusreitin tai sokerihapetusreitin kautta. Lisäksi tutkittiin, muuttuuko radioaktiivisen leiman jakautuminen näytteissä, kun kasvatusliuoksessa on tai ei ole myo-inositolia. Kasvatusliuos fraktioitiin geelisuodatuskromatografialla. Fraktioiden sisältämät yhdisteet eroteltiin paperikromatografialla ja värjättiin hopeanitraatilla, aniliinivetyftalaatilla tai ninhydriinillä. Hopeanitraatti on hyödyllinen monosakkaridien, oligosakkaridien ja alditolien värjäyksessä. Radioaktiivisuuden kertymistä yhdisteisiin seurattiin nestetuikelaskimella ja autoradiografialla. Paperikromatografialla erotelluista yhdisteistä valittiin mielenkiintoiseksi koetut yhdisteet, jotka eristettiin preparatiivisella paperikromatografialla. Eristetyille yhdisteille tehtiin happohydrolysointi, borohydridikäsittely tai entsymaattinen Driselaasi -käsittely. Happohydrolysointi avaa sokeriyksiköiden väliset glykosidiset sidokset. Natriumborohydridipelkistys muuttaa oligosakkaridiketjun pelkistävän sokerin sokerialkoholiksi ja Driselaasi -käsittely avaa isoprimeveroosin Xyl-α-(1 –> 6)-Glc -sidosta lukuun ottamatta muut glykosidiset sidokset. 14C-leima on jakautunut myo-inositolin kanssa kasvatetun näytteen fraktioinnissa vahvemmin suurimolekyylisiin yhdisteisiin, kun taas ilman myo-inositolia kasvatetussa näytteessä suurin aktiivisuus D-[U-14C]-glukoosin jälkeen on trisakkaridien alueella. Suspensioliuoksista analysoitiin useita oligosakkarideja polymerisaatioasteella 1-4. Analysoiduista yhdisteistä kolme sisälsivät ksyloosia, jota solut voivat syntetoida joko myo-inositolin hapetusreitin tai glukoosin hapetusreitin kautta. Myo-inositolin puuttuminen alustasta lisäsi näiden leimattujen yhdisteiden pitoisuutta. Alustan myo-inositoli ei ole radioaktiivista, joten myo-inositolihapetusreitin kautta valmistetut monosakkaridit eivät näy autoradiografiassa. Vaikuttaisi siis siltä, että myo-inositolihapetusreitti on aktiivinen ainakin, jos solukolle tarjotaan myo-inositolia. Lisätty myo-inositoli vähentää sokerihapetusreitin aktiivisuutta. Työn aikana onnistuttiin eristämään ja osittain tunnistamaan useita kuusen suspensioliuoksen yhdisteitä. Myo-inositolihapetusreitti todettiin aktiiviseksi solukkokasvatuksessa, kun ravintoalustassa on myo-inositolia.
  • Smalén, Mirjami (2012)
    Valtaosa maapallon eliölajeista odottaa yhä tieteellistä kuvausta. Perinteisten menetelmien soveltaminen miljoonien nimeämättömien lajien kuvaamiseen on kuitenkin hidasta ja edellyttää enemmän taksonomista työvoimaa, kuin mitä todellisuudessa lienee koskaan saatavilla. Uutena ongelmana morfologisin menetelmin kuvattujen lajien sisältä on yhä enenevässä määrin paljastunut jopa useita piileviä eli kryptisiä lajeja, jotka eroavat merkittävästi muilta kuin ulkoisilta ominaisuuksiltaan. Ratkaisuksi näihin haasteisiin on ehdotettu DNA-taksonomiaa; lyhyiden, vakioitujen DNA-sekvenssien käyttöä uusien lajien tunnistamiseksi ja kryptisten lajien erottamiseksi. Tähän tarkoitukseen soveltuvaksi alueeksi eläimille on osoittautunut osa sytokromi c oksidaasi I (COI) -geeniä. Tutkielmassani tarkastelen DNA-taksonomian soveltuvuutta vastikään kuvatun, ulkoisin tuntomerkein vaikeasti eroteltavan lajiparin Aphodius fimetarius (pihalantiainen) ja Aphodius pedellus (salalantiainen) lajinmääritykseen. Kysyn: Onko näiden kromosomituntomerkein erotettujen lajien tunnistaminen mahdollista COI -geenin sekvenssierojen avulla? Voiko lajit tunnistaa aiemmin esitetyin ulkoisin tuntomerkein? Mikä on tutkimuslajien maailmanlaajuinen levinneisyys? Kumpi lajeista esiintyy Suomessa, ja millainen on tämän lajin geneettinen populaatiorakenne? Selvittääkseni tutkimieni lantakuoriaisyksilöiden lajin käytin kahta geneettistä menetelmää: kromosomipreparaatteja ja COI-geenin sekvenssejä, sekä vähäisiin ulkoisiin tuntomerkkeihin perustuvaa määrityskaavaa. Selvitykseni salalantiaisen esiintymisestä Suomessa perustui kahteen koko maan kattavaan lantakuoriaisaineistoon, sekä itse Etelä- ja Länsi-Suomesta keräämääni aineistoon. Käytössäni oli myös museonäytteitä maailmalta, sekä GenBankissa julkaistuja COIsekvenssejä. COI-sekvensseissä havaitsemani erot jakoivat aineiston kahdeksi toisistaan merkittävästi eroavaksi lajiksi: lajien välillä oli 8,1 % ero emäsjärjestyksessä, mutta lajien sisältä löytyi vain vähän muuntelua (0,2–0,7 %). Sekvenssituntomerkit erottelivat salalantiaisen ja pihalantiaisen samoiksi lajeiksi kuin aiemmin kuvatut kromosomituntomerkit. Määrityskaava sijoitti yli puolet yksilöistä samoihin ryhmiin kuin sekvenssitkin, mutta monilla yksilöillä oli kummankin lajin tuntomerkkejä. Kehittämäni DNA-lajitunnisteet osoittivat, että Suomessa esiintyy tutkituista lajeista vain salalantiainen, ei pihalantiainen. COI-tuntomerkein tunnistin salalantiaisen ensimmäisenä täysin varmana havaintona myös Pohjois-Amerikasta sekä Nepalista. Suomessa tavatuista salalantiaisen 27 COI-haplotyypistä yksi on yleinen ja laajalle levinnyt, muut harvinaisempia jalevinneisyydeltään paikallisia. Suomalaisen haplotyyppiverkoston tähtimäinen muoto viittaa siihen, että salalantiainen olisi vastikään nopeasti levittäytynyt uusille alueille. Kokonaisuudessaan tulokset osoittivat DNA-lajitunnisteet tarkaksi työkaluksi piha- ja salalantiaisen erottelemiseksi. DNA-tuntomerkkien toimivuus perustuu siihen, että lajien välinen sekvenssivaihtelu on merkittävästi lajinsisäistä vaihtelua runsaampaa. Soveltamalla uutta tunnistustyökalua laajaan aineistoon osoitin yhden maamme yleisimmän kovakuoriaisen kuuluvan eri lajiin kuin aiemmin on oletettu, ja tämän lajin olevan maailmalla laajalle levinnyt. Ilman COIsekvenssien tarjoamaa erottelukykyä morfologiset tuntomerkit eivät olisi riittäneet asian selvittämiseen. Tulevaisuudessa olisi kiinnostavaa solveltaa kehittämiäni tuntomerkkejä näiden lajien maailmanlaajuisen levinneisyyden entistä tarkempaan selvittämiseen. Vertailu kotimaiseen museoaineistoon voisi valaista, onko pihalantiainen kuitenkin joskus asuttanut maatamme ja kenties joutunut väistymään nopeasti levittäytyvän sisarlajinsa tieltä. Tähän lajitunnisteet tarjoavat nopean ja varman keinon.
  • Rinne, Hanna (2019)
    The purpose of the study was to find out what environmental effects would soil remediation in a waste treatment centre in Southern Finland have. Of particular interest were the cross-impacts caused by remediation, because there are both uncertainties and work-phases that cause environmental effects perse associated with remediation activities. Using a method derived from life-cycle assessment environmental effects of bioremediation with composting, vapour extraction and landfilling of slightly contaminated soil were examined. The method used was a qualitative life-cycle management method, that has been designed to address the contaminated soil remediation life-cycle assessments. The results highlight the many phases of remediation activities requiring transport and machinery and environmental effects caused by these, and on the other hand the risks associated with landfilling. The method used was not able to find many differences in the environmental effects of composting and vapour extraction. The risk of toxic contaminants to air was evaluated higher in vapour extraction than in composting and results mainly from the qualities of soil that is suitable for remediation with vapour extraction. The evaluation of the environmental impacts of landfilling of contaminated soil is associated with difficulties of assessing risk over a prolonged time frame. The possibility to reduce the consumption of virgi n soil and transport could make composting and vapour extraction superior to landfilling as remediation options. According to the results contaminated soil should be remediated with a suitable treatment option first, and then be utilised as backfilling or landfill structure. The uncertainties and need of further study are associated with the qualitative and subjective nature of the method used and the comparing of the results of different life-cycle assessments. It would be beneficial to study further the quantitative secondary and tertiary environmental effects of the remediation options.
  • Immonen, Peter (2020)
    Maaperän fysikaaliset, kemialliset ja biologiset ominaisuudet tarjoavat lukuisia ekosysteemipalveluja, joista erityisesti haitallisten yhdisteiden, mukaan lukien hiilidioksidin, sidonta on saanut paljon huomiota ilmastonmuutosta hillitsevän potentiaalinsa tähden. Orgaanisten ja epäorgaanisten yhdisteiden varastointi on tärkeää etenkin kaupungeissa, jotka kuuluvat suurimpiin kasvihuonekaasujen päästölähteisiin. Kaupunkien vihermaat kuuluvat tehokkaimpiin sitojiin runsaiden orgaanisen aineen varantojensa ansiosta, minkä lisäksi ne tuottavat useita muita paikallisia ekosysteemipalveluja sekä toimivat virkistysalueina. Vihermaat vähenevät kuitenkin jatkuvan rakentamisen vuoksi, kun niitä peitetään esimerkiksi asfaltilla ja mukulakivillä, minkä seurauksena myös pinnoitetun kaupunkimaaperän merkitystä on alettu tutkia. Selvitysten mukaan pinnoitettu maa on hiili- ja typpivarannoiltaan selkeästi pinnoittamattomia vihermaita niukempi, mikä johtuu fyysisen esteen rajoittavasta vaikutuksesta kaasujenvaihtoon ja veden läpäisyyn. Lisäksi hiilen (C) ja typen (N) sidonnassa ja ravinnekierrossa olennainen pintamaa poistetaan ja korvataan C:n ja N:n osalta niukemmalla rakennusmaalla. On tärkeää selvittää, kuinka nämä muutokset vaikuttavat kaupunkimaaperän kykyyn sitoa ilmakehän hiiltä ja haitallisia yhdisteitä ja ylläpitää ainekiertoja. Tutkimuksessani tarkastelin pinnoitetun kaupunkimaan ominaisuuksia Helsingissä, sillä Suomen kaltaisilla kylmillä alueilla tutkimukseen perustuvaa tietoa ei käytännössä ole. Tätä varten keräsin maanäytteen 11 katutyöojasta kahdelta eri syvyydeltä rakennusmaasta. Näytteistä mitattiin kokonaishiili ja –typpi, hiilen ja typen suhdeluku (C/N), orgaanisen aineen määrä, kosteusprosentti, pH, maahengitys ja tiheys (engl. bulk density). Vertailin maan ominaisuuksia syvyyksien, pinnoitetun ja pinnoittamattoman maan sekä kylmien ja lämpimämpien alueiden välillä, minkä lisäksi laskin tulosten perusteella pinnoitetun ja pinnoittamattoman maan C- ja N-varastot Helsingin keskustassa sekä pinnoitteen osuuden maa-alasta. Aikaisempien tutkimusten perusteella laadin 3 hypoteesia: 1) Pinnoitetun maan C- ja N-pitoisuudet ovat selkeästi pienempiä pinnoittamattomaan maahan nähden. 2) Pinnoitetussa maassa C- ja N-pitoisuuksien erot kahden syvyyden välillä ovat tasaisemmat kuin pinnoittamattomassa maassa, sillä C- ja N-rikas pintamaa on vaihdettu niukempaan rakennusmaahan ja pinnoite estää karikkeen tuomaa C:tä ja N:ä kulkeutumasta ja keskittymästä pintamaahan. 3) Kylmillä alueilla pinnoitteen aiheuttama C- ja N-hävikki on suurempi kuin lämpimämmillä alueilla paksumman rakennusmaakerroksen vuoksi. Odotusten mukaisesti 1) pinnoitetun maan C- ja N-pitoisuudet olivat pienemmät kuin pinnoittamattomassa maassa, 2) pinnoitetun maan C- ja N-pitoisuudet pysyivät tasaisina eri syvyyksillä verrattuna pinnoittamattomaan maahan ja 3) Helsingin C- ja N-hävikki on suurempi verrattuna aiempiin tutkimustuloksiin lämpimämmistä maista. Kaikkien kolmen tarkastelukohdan tulokset ovat yhdistettävissä maanvaihdon ja pinnoituksen aiheuttamiin muutoksiin. Muidenkin muuttujien tulokset vastasivat kirjallisuuden luomia ennakkokäsityksiä. Helsingin C- ja N-varastot ovat myös huomattavasti pienentyneet pinnoitteen lisäännyttyä, mikä heikentää kaupungistuneiden alueiden ekosysteemipalvelupotentiaalia. Tulokset vahvistavat oletuksia pinnoitteen tuomista muutoksista maaperän sitomiskykyyn sekä yleisesti että verrattaessa kylmiä ja lämpimämpiä alueita keskenään.
  • Pietikäinen, Tia-Marie (2021)
    Ihmisten aiheuttama ympäristönmuutos nähdään nykyään joka puolella maailmassa. Haitallisimmat ihmisperäiset vaikutukset ovat elinympäristöjen heikkeneminen, häviäminen ja pirstoutuminen. Muutokset eliöiden ympäristössä vaikuttaa väistämättä niiden elinympäristönvalintaan. Monien eliölajien ohella myös lepakoiden on havaittu herkistyneen ympäristön muutoksen, erityisesti vanhojen metsien häviämisen, vaikutuksille. Tästä syystä ne toimivatkin oivina tutkimuskohteina ympäristönmuutoksen vaikutusten selvittämisessä. Tutkimuksessa selvitin Suomessa yleisesti tavatun lepakkolajin, pohjanlepakon (Eptesicus nilssonii), elinympäristönvalintaa ihmisen muokkaamassa ympäristössä sekä luonnontilaisessa ympäristössä. Tutkimuksessa otettiin huomioon erilaiset ympäristömuuttujat mutta myös kauden sisäinen vaihtelu aktiivisuudessa eri kuukausien välillä. Tutkimusalueeksi rajattiin koko pääkaupunkiseudun kattava 400 km2 kokoinen alue, joka kattoi osan Helsingistä, Vantaasta sekä Espoosta. Koko tutkimusalue jaettiin viiteen ympäristöluokkaan: vanha metsä, talousmetsä, maatalousalue, esikaupunkialue ja kaupunkialue, joiden jokaisen oli tarkoitus edustaa erilaista ihmisperäistä ympäristönmuutosta. Tutkimuksessa oletettiin, että ympäristöluokista esikaupunki olisi ollut eniten käytetty ympäristöluokka ja kaupunki sen sijaan vähiten käytetty. Lepakoiden aktiivisuuden seuranta toteutettiin bioakustista ääniaineistoa keräämällä AudioMoth-passiividetektoreja käyttäen. Tutkimuksen tilastoanalyysit koostuivat kahdesta pääanalyysistä: spatiotemporaalinen analyysi sekä ympäristöanalyysi. Analyyseillä pyrittiin selvittämään pohjanlepakon riippuvuutta habitaatista sekä erilaisista ympäristömuuttujista. Spatiotemporaalisessa analyysissä aktiivisuudessa havaittiin eroja ympäristöluokkien ja kuukausien välillä. Ympäristöluokista vanhoissa suojelluissa metsissä aktiivisuus oli kaikkein suurinta. Lepakkoaktiivisuus oli korkeimmillaan elokuussa. Ympäristöanalyysiin valituista ympäristömuuttujista rakennusten lukumäärä, lehtipuiden latvuspeittävyys ja etäisyys vesistöön vaikuttivat pohjanlepakon aktiivisuuteen eniten. Tulokset viittaavat siihen, että pohjanlepakko kykenee käyttämään hyvinkin moninaisia elinympäristöjä, mutta hieman vaihtelevalla intensiteetillä. Kuitenkin vähintään yhtä merkittävä, ellei jopa merkittävin aktiivisuuteen vaikuttava tekijä oli oletettavasti kauden sisäinen vaihtelu ympäristössä sekä pohjanlepakon käyttäytymisessä. Tulosten perusteella vanhoja suojeltuja metsiä voidaan pitää tärkeimpänä elinympäristönä pohjanlepakolle. Sen sijaan esikaupunkialueet voitaisiin alhaisen aktiivisuuden perusteella nähdä vähiten sopivaksi elinympäristöksi pohjanlepakon kannalta. Vaikka tulokset vahvistavat käsitystä siitä, että pohjanlepakko kykenee esiintymään myös alueilla, joissa ihmisperäinen häiriö on vahvasti läsnä korostavat ne lepakoiden kannalta tärkeiden habitaattien, kuten vanhojen suojeltujen metsien, säilyttämisen merkitystä.
  • Aittamäki, Anne (2020)
    Rakkohauru (Fucus vesiculosus) on ruskeisiin leviin kuuluva makrolevä, joka kasvaa Atlantin valtameressä laajalla alueella Grönlannista Portugaliin asti. Rakkohauru on valtamerissä vuorovesivyöhykkeen laji, joka sietää laajaa suolaisuuden ja lämpötilan vaihtelua. Itämeressä rakkohauru kasvaa kilpailun vähäisyyden vuoksi sublitoraalissa vyöhykkeessä jopa kymmenen metrin syvyyteen asti ja on tärkeä elinympäristöjä muodostava laji. Rakkohaurua pidetään useimmiten kovien pohjien lajina, joka kiinnittyy alustaansa tyvilevyn avulla. Rakkohaurusta tunnetaan kuitenkin myös toinen tyyppi, joka elää pehmeillä hiekkapohjilla tai suistoalueilla eikä ole kiinnittynyt tyvilevyllä pohjaan. Tässä työssä selvitettiin, ovatko kiinnittyneet ja vapaana elävät rakkohaurut geneettisesti erilaisia, mistä vapaana kasvavat yksilöt ovat peräisin ja voivatko ne lisääntyä itsenäisesti. Suomen ja Ruotsin rannikoilta kerättiin kymmenestä eri paikasta sekä vapaana kasvavia että kiinnittyneitä rakkohaurunäytteitä, joita verrattiin toisiinsa. Keräyspaikat sijaitsivat yhden, muutaman tai satojen kilometrien päässä toisistaan. Kerätyistä näytteistä eristettiin viisi DNA-mikrosatelliittimarkkeria, joiden perusteella tehtiin geneettiset analyysit. Tutkimustuloksista selvisi, että Suomen ja Ruotsin rakkohaurupopulaatioiden välillä ei ollut tilastollisesti merkittävää geneettistä eroa eivätkä populaatioiden väliset geneettiset erot riippuneet niiden välisestä etäisyydestä. Niinpä kysymykseen siitä, mistä vapaana kasvavat populaatiot ovat lähtöisin, ei saatu vastausta. Sen sijaan vapaana kasvavat ja kiinnittyneet rakkohaurun muodot erosivat toisistaan geneettisesti. Tämä viittaa siihen, että vapaana kasvavat populaatiot lisääntyvät ainakin osittain itsenäisesti. On mahdollista, että tämä johtaa ajan kuluessa vapaana kasvavien ja kiinnittyneiden rakkohaurun muotojen kehittymiseen omiksi lajeikseen, mutta tällä hetkellä se ei vaikuta kovin todennäköiseltä. Koska tutkitut populaatiot olivat pieniä ja käytettyjen mikrosatelliittien määrä vähäinen, lisätutkimukset ovat tarpeen tulosten luotettavuuden varmistamiseksi.
  • Tuominen, Adele (2020)
    Tekstiiliteollisuudessa käytetään merkittäviä määriä kemikaaleja, joista osa on ympäristölle ja terveydelle haitallisia. Tekstiiliteollisuuskehityksen kasvaessa ja kulutuskäytäntöjen kiihtyessä pois heitettävän tekstiilin määrä lisääntyy. Samalla haitalliset kemikaalit vapautuvat saastuttamaan ihmistä ja ympäristöä. Tämä käy ilmi aiemmasta tutkimuksesta, vaikka poistotekstiilien ympärillä tehty tutkimus on muutoin vähäistä. Tämä tutkimus tehdään yritysyhteistyössä Lounais-Suomen Jätehuolto Oy:n kanssa määrittämään poistotekstiilien lajittelutyön yhteydessä ilmeneviä terveysvaikutuksia ja sovellettavia testimenetelmiä yrityksen tarpeisiin. Tutkielman tavoitteena oli ensisijaisesti selvittää kemikaalien, pölyn ja homeen terveysvaikutukset ja ne testimenetelmät, joita tulisi terveysvaikutusten vähentämiseksi tehdä. Muiden tutkimuskysymysten osalta tarkoituksena oli selvittää poistotekstiilien sisältämät merkittävimmät haitalliset kemikaalit ja niiden enimmäisraja-arvot. Näitä tutkittiin tutkimuksen teoreettisessa viitekehyksessä. Tutkimuksessa käytettiin laadullista tutkimussuuntausta ja sen menetelmiä. Aineiston keruumenetelmänä oli asiantuntijahaastattelu, jossa tietoja kerättiin puolistrukturoidun kysymyksenasettelun kautta neljältä asiantuntijataholta: Turun ammattikorkeakoululta, Terveyden- ja hyvinvoinninlaitokselta, Työterveyslaitokselta ja Aalto-yliopistolta. Haastattelut toteutettiin puhelinhaastatteluina. Aineistoa analysoitiin temaattisen sisällönanalyysin avulla, jossa aineisto luokiteltiin tutkimuksen kannalta merkittävimpiin teemoihin. Saatuja tuloksia verrattiin olemassa olevaan tutkimuskirjallisuuteen. Hengitystievälitteinen altistuminen yksistään pölylle nähtiin merkittävimmäksi terveysriskiksi laitosolosuhteissa. Kemikaalien, pölyn ja homeen aiheuttamien terveysvaikutusten vähentämiseksi soveltuvimpina testimenetelminä nähtiin erilaisten keräävien menetelmien käyttö ja biomonitorointi. On selvää, että poistotekstiilit sisältävät ihmisen terveydelle ja ympäristölle haitallisia kemikaaleja, pölyä ja homeita. Testimenetelmiä hyödyntämällä voidaan terveysriskejä paikantaa ja niiden osuutta työperäisessä altistumisessa vähentää. Tutkimustulosten tieteellisen luotettavuuden lisäämiseksi on suositeltavaa, että laitoksella otetaan käyttöön kokeelliset testausmenetelmät.
  • Seppälä, Päivi (2020)
    In reductive dehalogenation, halogenated compounds act as electron acceptors in respiration or cometabolic reactions. The halogen atom is removed and usually replaced with hydrogen. Polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) are persistent and toxic compounds, which have been extensively used as flame retardants. Even after bans and use restrictions, they are released to the environment from products manufactured earlier. PBDEs have been found ubiquitously in the environment. In anaerobic conditions like in sediments, they can be degraded through reductive dehalogenation. While remediating contaminated sediments, knowledge is needed about factors affecting the degradation of PBDEs. In the present work, anaerobic debromination of two PBDEs, BDE-47 and BDE-209 in sediment was investigated in microcosms. Sediment samples were taken from the estuary of the Kymijoki River from the Baltic, and from two sites in Lake Kernaalanjärvi, one representing clean and the other contaminated sediment. In addition to sampling site, the effect of incubation temperature on the degradation rate and products was investigated with different treatments, and possible abiotic degradation was examined with autoclaved controls. The samples were analyzed with gas chromatograph with electron capture detector (GC-µECD). The amounts of Dehalococcoides and total bacteria as 16S rRNA gene copies were determined with qPCR. Hypotheses were that debromination is faster in contaminated sediments, in warmer temperature, and in the microcosms with more bacteria of the genus Dehalococcoides. The half-time of BDE-47 varied from 173 to 7701 weeks, and that of BDE-209 from 28 to 173 weeks. The debromination rate could not be explained with sampling sites or incubation temperature, but the degradation of BDE-47 was significantly slower in autoclaved microcosms. In the microcosms where BDE-47 was removed most, the main debromination product was BDE-8. In the microcosms with sediment from the clean site of Lake Kernaalanjärvi, the amount of BDE-47 did not decrease. Obviously, bacteria capable of degrading it are not abundant in sites with little or no previous contamination with organohalogens. The removal of BDE-209 in autoclaved microcosms is probably explained with abiotic degradation or adsorption so that the compound is not extractable. At the end of incubation, there were more total bacteria in the microcosms with BDE-47 than those with BDE-209. The proportion of Dehalococcoides was greater in the microcosms with BDE-209, those incubated in room temperature, and those not autoclaved. Debromination was faster in the microcosms with more total bacteria in the beginning or Dehalococcoides at the end. BDE-47 proved to be more persistent than in the literature reviewed. The hypotheses about the effect of the incubation temperature and the contamination of the sediment did not reach statistical significance, but the importance of Dehalococcoides for debromination was established according to the hypothesis.
  • Tiusanen, Mikko (2015)
    Ihmistoiminta muuttaa elinympäristöjä maailmanlaajuisesti. Vaikutukset näkyvät niin yksittäisten lajien populaatioissa, lajien välisissä vuorovaikutuksissa kuin kokonaisten ekosysteemien toiminnassakin. Monimutkaisuutensa ja vaikean havainnoitavuutensa takia lajien väliset vuorovaikutukset ja erityisesti niiden yhteys ekosysteemien toimintaan tunnetaan osin huonosti. Ympäristömuutoksista ilmaston lämpeneminen vaikuttaa erityisen voimakkaasti arktisella alueella. Muuttuva ja yksinkertainen arktinen eliöyhteisö tarjoaakin loistavan malliekosysteemin lajien välisten vuorovaikutusten havainnoimiselle ja niiden rakenteen mallintamiselle. Tässä tutkielmassa selvitän pölyttäjäyhteisön rakennetta ja toimintaa yhden kasvilajin, lapinvuokon Dryas octopetala × integrifolia, pölytyksessä. Lapinvuokko on runsain kukkakasvi monilla pohjoisilla alueilla, ja sitä voidaankin pitää avainlajina paikallisissa pölytysyhteisöissä. Liittääkseni pölyttäjäyhteisön rakenteen lapinvuokon siementuotannon onnistumiseen havainnoin lapinvuokon pölyttäjäyhteisön vaihtelua tilassa ja ajassa. Tähän käytin kukanmuotoisia liimapahvista valmistettuja pyydyksiä. Tein liimakukkapyyntejä 21 koealalla Zackenbergin laaksossa Grönlannissa. Tutkin koealoilla lisäksi lapinvuokon siementuotantoa. Tutkimuksessani havaitsin, että lapinvuokon kukinnan ajoittumisessa on suurta alueellista vaihtelua. Ensimmäiset kukat puhkeavat heti pälvien ilmestyessä ja viimeisten yksilöiden kukinta alkaa vasta juuri ennen ensilumia. Myös lapinvuokon siementuotannon onnistuminen vaihtelee paljon (12,7 - 52,7 % kukista) alueellisesti. Alueellinen vaihtelu siementuotannon onnistumisessa johtuu osittain ympäristöolosuhteista, mutta myös pölyttäjäyhteisöllä on selvä vaikutuksensa. Lapinvuokolla tapahtuu itse- ja tuulipölytystä (8,6 % onnistuneesta siementuotannosta), mutta pölyttäjien läsnä ollessa siementuotanto on moninkertainen (33,7 %). Tutkimusalueellani Zackenbergissa maailmanlaajuisesti tärkeimmät pölyttäjät, mesipistiäiset, puuttuvat lähes tyystin. Runsaimpien pölyttäjien paikan ovat vallanneet kärpäset erityisen runsaslukuisten sukaskärpästen johdolla. Havaintojeni perusteella sukaskärpästen runsaus selittääkin parhaiten lapinvuokon siementuotannon onnistumista. Kesän edetessä havaitsin pölyttäjäyhteisön kasvavan huomattavasti sekä yksilö- että lajimäärältään. Pölyttäjäyhteisön runsastuminen kasvukauden edetessä antaa olettaa, että lapinvuokon pölytys voi parantua ainakin lyhyellä aikavälillä. Ilmaston lämmetessä pölyttäjien esiintymisen on havaittu liukuvan aikaisemmaksi kasvien kukintaa nopeammin. Näin ollen aikaisin kukkivat kasvit kohtaavat yhä enemmän pölyttäjiä ja myöhäisimmätkin kasvit onnistuvat tuottamaan siemeniä ennen syksyä, kun niiden kukinta siirtyy absoluuttisesti aikaisemmaksi. Toisaalta sukaskärpästen määrän on havaittu vähenevän ilmaston lämmetessä. Tutkimukseni pohjalta sukaskärpäset ovat lapinvuokon tärkeimpiä pölyttäjiä, ja jos niiden väheneminen jatkuu, on lapinvuokon pölytys Zackenbergissa uhattuna. Kaiken kaikkiaan tutkimukseni viittaa siihen, että lapinvuokon pölytys voi lyhyellä aikavälillä parantua, mutta pitkällä aikavälillä muutokset pölyttäjäyhteisössä uhkaavat lapinvuokon pölytyksen onnistumista. Lapinvuokko on arktisen alueen tärkeimpiä kasveja niin pölyttäjien kuin monien muidenkin hyönteisten ravintona. Siten muutokset sen menestyksessä heijastunevat koko pölyttäjien ja kukkakasvien muodostamaan yhteisöön.
  • Mäkelä, Mikko (2021)
    Ilmastonmuutos koettelee ankarimmin planeettamme pohjoisia alueita. Näiden alueiden eliöyhteisöt ovat ennestään erityisen herkkiä ympäristön muutoksille. Vaikka arktisen ympäristön fysikaaliset muutokset ovat jo monin paikoin nähtävillä, ovat tiedot näiden muutosten vaikutuksista alueen eliöyhteisöihin ja ekologisiin vuorovaikutussuhteisiin edelleen hyvin puutteelliset. Pohjoisten keväiden aikaistuminen altistaa yhteisöt fenologiselle irtautumiselle, jossa läheisessä ekologisessa vuorovaikutuksessa olevat lajit ajautuvat esiintymisaikojensa suhteen erilleen. Pölyttäjähyönteisen sekä pölytettävän kukkakasvin tapauksessa tästä voi olla seurauksena pölytystehon väheneminen. Tämän ja ilmastomuutoksen muiden seurausten ennustamiseksi käytetään usein nk. ajan ja tilan rinnastus –menetelmää. Menetelmän oletuksena on, että eliöt reagoivat ympäristötekijöihin samalla tavalla, tapahtuivatpa ne sitten ajallisesti tai paikallisesti. Selvittääkseni, onko arktisella alueella havaittavissa fenologista irtautumista, tarkastelen lapinvuokon sekä lajin pölyttäjäyhteisöön kuuluvan 14 hyönteisheimon fenologiaa Koillis-Grönlannissa. Tarkastellakseni, miten ilmaston vaihtelu vuosien välillä kuvastuu hyönteisaktiviteetin ajoittumiseen ja lajiryhmien väliseen vaihteluun, hyödynnän kahdenkymmenen vuoden aikasarjaa (jatkossa: aikasarja-aineisto). Selvittääkseni, miten ilmaston vaihtelu tilassa heijastuu paikallisiin eroihin pölyttäjäaktiviteetin fenologiaan, seuraan hyönteisaktiviteetin ajoittumisen yhden kasvukauden aikana maaston eri osissa (jatkossa: tila-aineisto). Molemmista aineistoista selvitän, mikä ympäristötekijä määrittää voimakkaimmin pölyttäjäyhteisön fenologiaa, keskittyen lumenlähtöpäivään ja lämpösummaan. Lopuksi arvioin, kuinka hyvin ajallinen ja paikallinen ulottuvuus vastaavat toisiaan. Näin pyrin selvittämään sitä, kuinka käyttökelpoinen ajan ja tilan rinnastus –menetelmä on pohjoisten pölyttäjäyhteisöjen tutkimuksessa. Totesin lumenlähtöpäivän selittävän lapinvuokon pölyttäjäyhteisön fenologiaa kokonaisuutena parhaiten. Tämä pätee sekä tila- että aikasarja-aineistossa. Lumenlähtöpäivän ja lämpösumman vaihdellessa eri lajiryhmien ajoitus muuttuu eri tavoin. Muutokset tilassa ja ajassa olivat lapinvuokon tärkeimpien pölyttäjäryhmien kohdalla suhteellisen yhteneväiset, mutta eräiden muiden ryhmien (esim. kukkakärpästen) kohdalla ja samalla koko yhteisön tasolla ennusteet olivat heikompia. Tulokseni osoittavat, että ilmaston vaihdellessa arktisissa yhteisöissä on nähtävissä fenologista irtautumista. Yhteisön sisällä eri lajiryhmät reagoivat sekä lumenlähtöpäivään että lämpösummaan eri tavoin. Tämä altistaa yhteisöjä fenologiselle irtautumiselle ympäristön edelleen muuttuessa. Pölyttäjäfenologiaa tutkittaessa ajan ja tilan rinnastus -menetelmä näyttää toimivan hyvin lapinvuokon ja tämän kasvilajin tärkeimpien pölyttäjäheimojen kohdalla. Koko yhteisön tasolla rinnastuksen ennusteet ovat kuitenkin puutteelliset, sillä joidenkin ryhmien ennusteet eroavat toisistaan merkittävästi sekä ajassa että tilassa. Tulevaisuudessa tulisikin selvittää tarkemmin sitä, kuinka nyt havaittu pölyttäjäyhteisön fenologinen epäyhtenäisyys heijastuu lajien välisiin vuorovaikutussuhteisiin eri trofiatasojen välillä.
  • Gkini, Vasiliki (2021)
    Gliomas are the most common malignant brain tumours. The most aggressive and lethal type of glioma is glioblastoma. It has a dismal prognosis, and, despite aggressive treatment, the average patient survival is 1-2 years. Although glioblastoma has a heavy impact on individuals and their families, as well as on healthcare systems, our current lack of mechanistic knowledge hinders the development of improved treatments and diagnostics. Recent studies showed that glutaminolysis, a metabolic pathway utilizing glutamine to produce α-ketoglutarate, is promoted in tumour cells, suggesting a significant role of α-ketoglutarate concentration in tumour progression. Therefore, I hypothesise that reduction of α-ketoglutarate concentration in glioblastoma might suppress glioblastoma aggressiveness. To address this hypothesis, I focus on another metabolic pathway controlling α-ketoglutarate concentration, namely the GABA metabolism. Here, I show that the expression of ABAT and GAD1, which encode rate-limiting enzymes of the GABA metabolism, is associated with the lower-grade of glioma and a better prognosis for patients. Interestingly the expression of ABAT and GAD1 negatively correlates with the expression of CD109, a glioma stemness marker. Furthermore, suppression of glioblastoma stemness by CD109 silencing induces ABAT and GAD1 expression. Taken together these results suggest that the upregulation of the GABA metabolism reduces glioblastoma stemness and proliferation. In future, I am planning to examine the effect of ABAT and GAD1 overexpression and knockdown on glioblastoma stemness and proliferation, as well as the underlying molecular mechanisms to understand how the GABA metabolism suppresses the glioblastoma progression.
  • Neiro, Jakke (2019)
    In recent years, the two-spotted field cricket Gryllus bimaculatus has emerged as a central model for studies on insect development, regeneration and physiology. At the moment, G.bimaculatus has the most extensive molecular toolkit within the Exopterygota, making it the foremost model for evolutionary developmental biology and comparative physiology within the field of entomology. However, the postembryonic development of G. bimaculatus has received considerably less attention than embryonic development. In this thesis, I have studied the postembryonic development of G. bimaculatus to better understand the evolution and physiology of the understudied Exopterygota. My thesis encompasses five parts: postembryonic morphology, wing development, appendage regeneration, allometry, and growth. The postembryonic stages, the nymphal stages, have never been properly characterised in G. bimaculatus. By following postembryonic development daily at 30 C, 8 nymphal stages (instars) were identified. Size, coloration, sclerotisation of the thorax, and morphology of the wings, the hind tibia and the ovipositor were useful characters in distinguishing the stages. The Dpp/BMP signalling pathway patterns the wing venation in the endopterygotan insects Drosophila melanogaster and Athaliae rosae, but nothing is virtually known about wing development in exopterygotan insects. The wings and the wing venation pattern in different nymphal stages of G. bimaculatus were studied using the hydrogen peroxide clearing protocol along with both brightfield and fluorescence microscopy, while the role of the Dpp/BMP signalling pathway was studied using immunohistochemistry (IHC), in situ hybridisation (ISH), and RNA interference (RNAi). The longitudinal veins are patterned in the 3rd and 4th nymphal stages, while the secondary veins in the 8th stage. The IHC and ISH experiments displayed only non-specific staining, while the RNAi experiments did not produce any change in the phenotype, possibly because of molecular redundancy. The nymphal legs of G. bimaculatus are known to be highly regenerative, and the Dpp/BMP signalling pathway has been shown to provide positional information in leg regeneration. However, nothing is known about the regeneration of the other appendages in G. bimaculatus. Antennae and cerci were amputated in different nymphal stages, and the degree of final regeneration depended on the nymphal stage. RNAi experiments did not produce any change in the phenotype, possibly because of molecular redundancy. The interrelationship between static, ontogenetic and evolutionary allometry in insects is poorly understood. The allometry of hind femur length with respect to body length has been shown to be negative in Orthoptera (i.e. evolutionary allometry), but nothing is known about corresponding ontogenetic and static allometry. By measuring hind femur length and body length in G. bimaculatus in different nymphal stages, the ontogenetic allometry was determined to be slightly positive or isometric, while the static allometries of different stages tended to be negative but highly variable. This may indicate that allometric relationships constrain development in the microevolutionary perspective, but are nevertheless evolvable in a macroevolutionary perspective of millions of years. The growth conditions and rearing of crickets and other insects have been widely reported, but the shape of the growth curve itself has been less investigated. The exponential, the von Bertalanffy (VBGF), the West, Brown and Enquist (WBE), and the dynamic energy budget (DBE) models have been proposed as continuous models for insect growth. These models were t to growth data from G. bimaculatus and the DBE and was shown to be optimal with parameter values α=0 and pAm = 0.69. The insects have been thought to follow Dyar's law, i.e. that the growth ratio or moulting increment (MI) is constant throughout development, although numerous other competing moulting models have been devised for the crustaceans. By fitting different moulting models to head width data from G. bimaculatus, the log-linear model (Mauchline's model) turned out to explain the MI the best. Lastly, the oxygen-dependent induction of moulting (ODIM) model has been proposed to explain moulting patterns in insects, but the model has never been applied to exopterygotan taxa. By fitting the ODIM model to growth data from G. bimaculatus, the model could predict moulting mass but not instar durations, probably because of high postembryonic plasticity in G. bimaculatus.
  • Zhuang, Yuan (2018)
    Mitochondrial dysfunction is involved in many neurodegenerative diseases, including Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD), amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and Huntington's disease (HD). Most of the mitochondrial disorders lack effective treatments so far. One of the important defects of mitochondrial dysfunction is the blockade of mitochondrial respiratory chain. An alternative oxidase (AOX), originated from Ciona intestinalis, has been found to counteract this defect by providing a bypath of the mitochondrial respiratory chain in plants, drosophila, mice and human cultured cells. Therefore, we suggest that AOX might be a promising tool for curing neurodegenerative diseases from the aspect of alleviating mitochondrial defects. An engineered mouse model has been created to express the Ciona intestinalis AOX ubiquitously in the whole animal. Our study aims at investigating the expression and function of AOX in the transgenic mouse brain and exploring therapeutic potential of AOX in human diseases. AFG3l2 gene encodes a subunit of m-AAA metalloprotease, which is involved in mitochondrial protein quality control process. Mutations in the AFG3L2 is known to be related to spinocerebellar ataxias 28 (SCA28), a neurodegenerative disease resulting from cerebellar damage. Loss of AFG3L2 gene causes OPA1 protein cleavage and mitochondrial fragmentation which are easily detected. Thus, we propose an in vitro neurodegenerative disease model generated by knocking down of AFG3L2 in target cells. We used western blotting to detect the expression level of AOX in the brain and primary neuro-glia cells of the transgenic mice, finding that the AOX protein reduces in the brain along with age. Antimycin A treatment on neuro-glia cells demonstrated the function of AOX in transgenic pups. However, the respiratory activity caused by AOX also decreases with the mice age. In addition, we constructed a lentiviral vector with DNA recombinant technology to express AOX in U2OS cells. To examine the function of AOX under disease condition, we established an in vitro neurodegenerative disease model by knocking down the AFG3L2 gene of U2OS cells with siRNA, and infected the cells with AOX lentivirus. By comparing the immunostaining images of wild-type and AOX infected cells, we saw a significant difference in the degree of mitochondrial fragmentation between these cells. Nevertheless, the cleavage pattern of OPA1 protein, which is mainly responsible for mitochondrial fragmentation, remains unchanged whether AOX is present in the cell or not. In conclusion, our study first investigated the expression and function of AOX in the brain of this transgenic mouse model. And we established a lentivirus vector to apply AOX gene to human cells, testing the therapeutic function of AOX in a neurodegenerative disease model in vitro. Moreover, the mitochondrial fragmentation of the disease model is alleviated by AOX despite of OPA1 cleavage, indicating that the mitochondrial phenotype caused by loss of AFG3L2 is not only due to OPA1 cleavage, but also related to respiratory defects. This highlights the possibility to rescue the mitochondrial morphological changes from new aspects.
  • Korvenmaa, Päivi (2020)
    Female breast cancer incidence rate has been growing world-wide and it is the most common cancer in women. In the battle against the breast cancer mortality, early detection is the strongest tool. This is the reason why national mammography screening programs are widely established for selected age groups, usually for women between 50 to 70 years old. Although it is well established that these programs save lives, mammography screening is not feasible to apply to younger and/or older groups due to increasing radiation load as well as economically. There is a room for a non-invasive, easy and cost-effective breast imaging modality, which could be used for all age groups e.g. in connection with regular health checks. In this theses breast cancer as a disease and its present clinical diagnostic tools are presented. As a possible new pre-diagnostic tool, infrared imaging combined with modern analytical and machine learning tools, is introduced. Also, preliminary results of an on-going study are presented, which encourage to continue the development.