Browsing by discipline "Mikrobiologia ja epidemiologia"

Sikojen luonnollisen immuunipuolustuksen tutkiminen on lisääntynyt viime aikoina. Sioista saatavien elinsiirrännäisten mahdollisuudet ovat lisänneet kiinnostusta sian immuunijärjestelmän toimintaa kohtaa ja sian elimistöä on käytetty myös mallina ihmisten sairauksia tutkittaessa. Toisaalta antibioottiresistenssin lisääntyessä on sikojen tehotuotantoon pyrittävä löytämään uusia vaihtoehtoja sairauksien hoitoon ja ehkäisyyn. Luonnollisen immuunipuolustuksen mekanismit saattavat tulevaisuudessa tarjota uusia mahdollisuuksia tautien hoidossa ja vastustuksessa. Elimistön immuunipuolustusjärjestelmä koostuu useista eri osista ja se voidaan jakaa luonnolliseen (innate) ja hankittuun (adaptive) immuunipuolustukseen. Kemialliset tekijät kuten antibakteeriset yhdisteet, hapot ja entsyymit toimivat luonnollisen immuunipuolustuksen osana. Luonnolliseen immuunipuolustukseen kuuluvat solut puolestaan kontrolloivat infektioita ja immuunireaktioita muun muassa fagosytoimalla mikrobeja sekä tappamalla kasvainsoluja. Elimistön normaali mikrobistokin osallistuu puolustukseen estäen haitallisten mikrobien kasvua elimistössä. Luonnollisen immuunipuolustuksen mekanismit aktivoituvat nopeasti ja reagoivat patogeeneihin epäspesifisti toimien siis aina samalla tavalla olipa kyseessä elimistölle jo tuttu tai täysin uusi mikrobi. Maitohappobakteerit ovat yleisin probiootteina käytetty bakteeriryhmä. Probioottien on sioilla tehdyissä kokeissa todettu parantavan eläinten kasvua ja suolistoterveyttä sekä ehkäisevän suolistosairauksia. Probioottikäyttöön tarkoitetuilta bakteereilta vaaditaan monenlaisia ominaisuuksia. Probioottien tulee olla turvallisia isännälle ja niiden tulisi kestää ruuansulatuskanavaan olosuhteita kuten mahalaukun alhaista pH:ta ja ohutsuolen sappihappoja. Lisäksi probiootin tulisi ehkäistä suolistopatogeenien kasvua ja niiden tulisi kestää eläinten lääkinnässä käytettäviä yleisimpiä antibiootteja ja kokkidiostaatteja. Kykyä kiinnittyä suolen epiteelisoluihin pidetään yleensä myös toivottuna ominaisuutena. Probioottikantoja pitäisi olla mahdollista valmistaa suuria määriä teollisesti ja niiden tulisi kestää säilytystä. Tämän lisensiaattityön kokeellisessa osassa oli tarkoitus tutkia, selviytyvätkö tietyt Lactobacillus-kannat elävänä sian ruuansulatuskanavan läpi. Kokeessa käytettiin oliiviperäistä Lactobacillus brevis- (ATCC 8287) maitohappobakteerikantaa, joka ei kuulu sian suoliston normaaliin mikrobistoon sekä kuutta maitohappobakteerikantaa, jotka on alun perin eristetty sian suolistosta tai ulosteesta. Kannat olivat L. amylovorus, L. johnsonii, L. reuteri, L. salivarius, L. reuteri ja L. mucosae. Syöttökokeessa käytettyjä bakteerikantoja on aikaisemmin tutkittu in vitro niiden probioottisten ominaisuuksien osalta. Syöttökokeessa siat jaettiin kolmeen ryhmään, joista yhdelle ryhmälle syötettiin L. brevis-kantaa, yhdelle ryhmälle kuutta sian suolistosta tai ulosteesta eristettyä kantaa seoksena ja yksi ryhmä toimi kontrolliryhmänä. Sioista otettiin ulostenäyte ennen kokeen aloittamista ja kokeen päätyttyä lopetuksen yhteydessä. Tämän lisensiaatintutkielman kokeellisessa osassa etsittiin syöttökantoja pakastetuista ulostenäytteistä. Puhdasviljelmistä eristettiin DNA:ta ja kannoille suoritettiin PCR-reaktio (polymeraasiketjureaktio) syöttökannoille suunnitelluilla alukkeilla. Positiivisen PCR-tuloksen antaneista kannoista osa sekvensoitiin tuloksen varmistamiseksi. Koska positiivisia PCR-tuloksia tuli sekä seosryhmän sikojen ulosteesta eristetyistä kannoista että kontrolliryhmän ulostenäytteiden kannoista eikä kantojen välillä havaittu eroa DNA-sekvensoinnilla, suoritettiin kaikille kannoille lopuksi pulssikenttäelektroforeesiajo (PFGE). PFGE-ajo suoritettiin Eläinlääketieteellisen tiedekunnan elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksella. PFGE:llä kannat saatiin erotettua toisistaan eikä yhtään alkuperäistä syöttökantaa vastaavaa kantaa löydetty ulosteesta eristettyjen kantojen joukosta. Ottaen huomioon sian suoliston mikrobiston monimuotoisuuden ja suolistomikrobien valtavan määrän, tutkittujen puhdasviljelmien määrä oli pieni ja bakteerikantoja olisikin pitänyt tutkia enemmän, jotta voitaisiin varmasti sanoa, selviävätkö syöttökannat elävänä sian ruuansulatuskanavan läpi vai eivät. PFGE:ssä löytyi yhden mutaation verran toisistaan eroavia kantoja, mikä nosti esiin kysymyksen, voivatko syötetyt kannat muuttua ruuansulatuskanavassa ja hankaloittaa siten kantojen löytymistä ulostenäytteistä. Myös syötettyjen bakteerien määrä saattoi olla liian pieni tässä tutkimuksessa, minkä vuoksi syötettyjen kantojen löytäminen ulostenäytteistä oli hankalaa.

Ihosieni-infektio eli dermatofytoosi on kissojen yleisin ihoinfektio. Sen prevalenssista Suomessa ei ole tarkkaa tietoa. Dermatofytoosin aiheuttajista yleisin on Microsporum canis, muita lajeja ovat muun muassa Trichophyton mentagrophytes ja Microsporum gypseum. Oirekuva kissalla on hyvin vaihteleva oireettomista yksilöistä, vähäisestä karvankatkeilusta, hilseilystä tai muutamista paljaista laikuista hyvin laajoihin ja vaikeisiin ihottuma-alueisiin. Diagnoosimetodiksi suositellaan sieniviljelyä. Diagnostisina apuvälineinä voidaan käyttää Woodin lamppua ja karvojen mikroskopointia. Ihosieni tarttuu herkästi ihmisiin ja eläimiin. Sen herkän leviämisen vuoksi hoito ja ennaltaehkäisy ovat aikaavieviä ja vaikeita toteuttaa. Hoitona käytetään systeemisen lääkityksen, paikallishoitojen sekä ympäristön itiösaneerauksen yhdistelmää. M. canis -sientä vastaan on kehitetty rokote, joka ei kuitenkaan torju infektiota vaan lieventää oireita. Sen käyttö on järkevää lähinnä hoitovaiheessa oireiden lieventämiseksi ja siten ympäristön kontaminoitumisen rajoittamiseksi. Tutkimuksessa pyrittiin kartoittamaan suomalaisten kissaloiden ihosieni-infektioprevalenssia. Näytteitä saatiin 210 kissalta 70 kissalasta. Tutkimuksessa löydettiin kaksi positiivista kissaa, joiden näytteistä eristettiin T. mentagrophytes . M. canis -sientä ei todettu. Positiiviset tapaukset saattoivat johtua siitä, että kissat ulkoilivat ulkotarhassa näytteenottohetkellä, sillä uusittaessa näytteenotto myöhemmin syksyllä kissojen lopetettua ulkoilu kaikki kyseisen kissalan kissat todettiin negatiivisiksi. Sieninäytteen pakkaustapa ja säilytystapa todettiin tilastollisesti merkitseviksi tekijöiksi viljelytulokselle: epävarmojen, kontaminanttihomeiden ylikasvusta johtuvien tulosten määrä lisääntyi, kun näyte pakattiin hengittämättömään pakkaukseen lähetyksen ajaksi tai kun näytettä säilytettiin jääkaapissa. Koska kosteus edesauttaa ympäristökontaminanttien kasvua, saattaa jääkaapin kosteus ollakin lämpötilaa tärkeämpi määräävä tekijä kontaminanttien runsaan kasvun taustalla. Säilytyslämpötilan ja -kosteuden vaikutuksia näytteen viljelytulokseen tulisi tutkia tarkemmin. Tämän tiedon valossa Kissaliiton käytäntö panna näytteenottohammasharja suoraan käyttämättömään kirjekuoreen, joka puolestaan pannaan lähetteen kera toiseen kirjekuoreen, on järkevä eikä vaikuta lisäävän epävarmojen vastausten määrää. Tutkimuksen alkuperäinen tarkoitus eli sieniprevalenssin selvittäminen suomalaisissa kissaloissa jäi saavuttamatta, koska tutkimukseen ei osallistunut riittävän monta kissalaa ja koska epäselviä viljelytuloksia oli paljon. Todellinen prevalenssi on välillä 0 - 71 %, kun oletetaan, että epäselvien tulosten joukossa on positiivisia. Luku riippuu epäselvien tulosten tarvittavan määrän valinnasta: kuinka monta epäselvää tulosta tarvitaan, jotta kyseessä olisi positiivinen kissala. Prevalenssin toteamiseksi tarvitaan 200-300 kissalaa. Näytteiden keruun yhteydessä tehtiin kysely, jonka avulla saatiin tietoa suomalaisten kissaloiden tavoista sieni-infektion torjunnan kannalta. Karanteenin tai muiden vastaavien ennaltaehkäisevien toimenpiteiden käyttö suomalaisissa kissaloissa oli vähäistä. Useiden kissaloiden karanteeni- ja muut ennaltaehkäisevät toimenpiteet olisivat kirjallisuuteen perustuen riittämättömät suojaamaan dermatofytoosin leviämiseltä, mikä olisi syytä ottaa huomioon tiedotuksessa, jos suomalaiset kissalakissat halutaan suojella dermatofytoosilta.

Koiran herpesvirus (canid herpesvirus 1, CHV-1) kuuluu alfaherpesviruksiin, kuten esimerkiksi naudan herpesvirus 1 ja 2, useat hevosten herpesvirukset ja kissojen herpesvirus 1. Koiran herpesvirus pystyy tartuttamaan vain koiriin ja villeihin koiraeläimiin, eikä se siten aiheuta infektioita ihmisille tai muille eläimille. Muiden herpesvirusten tapaan se pystyy säilymään isäntäeläimensä elimistössä aiheuttaen latentin eli piilevän infection. Piilevä infektio on yleensä oireeton, mutta viruksen uudelleenaktivoitumisen seurauksena eläin voi erittää tartuntakykyisiä viruksia suun, nenän ja sukupuolielinten eritteissä. Herpesviruksen uudelleenaktivoituminen esimerkiksi tiineyden, korkean populaatiotiheyden tai kuljetuksen aiheuttaman stressin seurauksena tai elimistön immuunipuolustusta heikentävän lääkehoidon takia muodostaakin merkittävän tartuntalähteen. Koiran herpesvirusta tavataan todennäköisesti maailmanlaajuisesti ja se on yhdistetty etenkin vastasyntyneiden pentujen kuolemaan johtavaan sairauteen. Aikuisilla koirilla infektio on usein oireeton tai lievä. Suomessa Elintarviketurvallisuusvirasto Evira on todennut koiran herpesviruksen aiheuttamia infektioita muutamassa pentueessa vuosittain. Varmuudella koiran herpesviruksen aiheuttama tartunta voidaankin todeta vain ruumiinavauksessa. Serologisten testien, kuten virusneutralisaatiotestin tai entsyymivälitteisen immunoabsorbenttimäärityksen (ELISA) avulla voidaan havaita koiran herpesviruksen vasta-aineita ja siten selvittää altistumista virukselle. Tällä hetkellä reaaliaikaista kvantitatiivista polymeraasiketjureaktio- eli PCR- menetelmää pidetään kaikkein herkimpänä menetelmänä koiran herpesviruksen määrittämiseksi. PCR-menetelmä perustuu viruksen nukleiinihappojen osoittamiseen tutkittavasta näytteestä, joten sen avulla pystytään havaitsemaan myös piilevät infektiot. Tämän kirjallisuuskatsauksen tavoitteena on selvittää, mitä nykyään tiedetään koiran herpesviruksen esiintymisestä, tartuntareiteistä sekä sen aiheuttamista sairauksista ja niiden hoidosta. Lisäksi tarkoituksena on perehtyä siihen, miten sen aiheuttamia pentukuolemia voitaisiin ennaltaehkäistä sekä millainen merkitys markkinoilla olevalla koiran herpesvirusrokotteella on tartuntojen torjunnassa. Koska koiran herpesvirus voi aiheuttaa myös aikuisten koirien sairastumisen, tulisi se pitää mielessä myös muissa tilanteissa kuin pentukuolemissa. Koirat liikkuvat tänä päivänä paljon esimerkiksi erilaisissa koiratapahtumissa ja jalostustarkoituksessa niin kotimaassa kuin ulkomailla. Lisäksi elimistön immuunijärjestelmän toimintaan vaikuttavia hoitoja, kuten solunsalpaajia ja sädehoitoa käytetään koirien hoidossa entistä enemmän. Siksi kirjallisuuskatsauksessa on tarkoitus tuoda myös esiin, millaisen riskin koiran herpesvirus aiheuttaa matkusteleville koirille tai tilanteissa, joissa elimistön immuunipuolustus on heikentynyt. Koirien herpesvirusinfektiot ovat huonosti tunnettuja ja niihin liittyy myös vääriä käsityksiä. Kirjallisuuskatsauksen tarkoituksena on koota tietoa koiran herpesviruksesta sekä eläinlääkäreille että koiranomistajille. Koska koiran herpesvirus on laajalle levinnyt ja se kykenee säilymään latenttina elimistössä, on sen hävittäminen käytännössä mahdotonta. Siksi sen tartuntamekanismien ja mahdollisten ennaltaehkäisevien toimenpiteiden tunteminen on erittäin tärkeää koiran herpesviruksen aiheuttamien infektioiden estämiseksi.

Borna-virus on Mononegavirales-lahkon Bornaviridae-heimoon kuuluva RNA-virus, joka aiheuttaa Bornan tautia. Bornan tauti on etenevä, usein kuolemaan johtava aivotulehdus. Tautiin on perinteisesti sairastunut hevosia ja lampaita maantieteellisesti rajoittuneella endeemisellä alueella Keski-Euroopassa. Nykytiedon mukaan Borna-viruksen isäntäeläinkirjo käsittää muitakin eläinlajeja, kuten lintuja, tautitapauksia todetaan eri puolilta maailmaa, ja viruksen on esitetty olevan osallisena myös ihmisten psykiatrisissa sairauksissa eli mahdollisesti zoonoottinen. Suomessa Borna-virusspesifisiä vasta-aineita on löydetty ihmiseltä, hevoselta, kissalta, koiralta ja villijyrsijöiltä. Kokeellisesti Borna-viruksella on saatu infektoitua lukuisia koe-eläimiä erilaisista jyrsijöistä lintuihin ja kädellisiin. Borna-viruksen epidemiologiaa ei tunneta täysin. Avoimia kysymyksiä ovat viruksen maailmanlaajuinen levinneisyys, isäntälajikirjo, leviämistapa ja mahdollisen reservoaarin olemassaolo. Reservoaarin olemassaoloa epäillään, koska Bornan taudin ei ole todettu leviävän helposti eläinyksilöstä toiseen, ja viruskantojen perimät ryhmittyvät sekvenssianalyyseissä maantieteellisesti eivätkä eläinlajin tai eristysvuoden mukaan. Villejä pikkunisäkkäitä pidetään todennäköisimpinä reservoaarilajeina, mitä tukevat vastikään havaitut Borna-virusinfektiot sveitsiläisissä päästäisissä ja suomalaisissa metsä- ja lapinmyyrissä. Metsämyyrä on Suomen yleisimpiin kuuluva nisäkäs. Se kantaa ja levittää tauteja, myös viruszoonooseja. Myyristä löydetyt Borna-virusvasta-aineet herättivät kysymyksen metsämyyrän roolista mahdollisena Borna-viruksen reservoaarina. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää 1) saadaanko metsämyyriä infektoitua kokeellisesti, ja jos saadaan, 2) millä infektioannoksella, ja 3) aiheuttaako infektio oireita ja/tai havaittavia vasta-aineita. Kokeeseen otettiin 15 paritettua metsämyyrää, jotka saivat yhteensä 52 poikasta. Poikaset infektoitiin aivoihin vuorokauden sisällä syntymästä käyttäen Borna-viruskannan He/80 4. rottapasaasista tehtyjä viruslaimennoksia 102, 103 ja 104 ffu. Myyränpoikaset lopetettiin ja elimet preparoitiin kahden, neljän, kuuden tai kahdeksan viikon kuluttua infektiosta. Aivonäytteistä etsittiin Borna-viruksen N-proteiinin geeniä käänteistranskriptio-PCR-menetelmällä ja verinäytteistä Borna-virusspesifisiä IgG-vasta-aineita immunofluoresenssimenetelmällä. Infektoiduista myyränpoikasista 24 prosenttia (10/42) oireili poikkeavasti verrattuna kontrollipoikasiin (n=9). Lähes kaikkien (40/42) infektoitujen myyränpoikasten, muttei yhdenkään verrokkimyyrän, aivonäytteistä monistui Borna-viruksen N-geeniä. Ensimmäiset positiiviset vasta-ainetulokset saatiin neljä viikkoa infektion jälkeen (p.i.), jolloin virusmäärällä 102 ffu havaittiin vasta-aineita 2/3 ryhmän myyristä ja virusmäärällä 103 ffu infektoiduista 1/5 myyristä. Kuusi viikkoa p.i. kaikki 103 ffu virusmäärällä infektoidut myyrät olivat vasta-ainepositiivisia, kun taas suurimmalla virusmäärällä 104 ffu infektoiduista poikasista havaittiin vasta-aineita vain puolella. Kaiken kaikkiaan vain 39 prosentilla infektoiduista poikasista havaittiin vasta-aineita veressä. Tutkimustulokset osoittavat, että myyrät infektoituvat Borna-viruksella, pääasiassa ilman oireita. Vaikka tulokset ovat vasta alustavia, ne tukevat metsämyyrän mahdollista asemaa reservoaarieläinlajina, ja antavat suuntaa luonnonjyrsijöistä saatujen vasta-ainelöydösten tulkintaan.

Lintuinfluenssa on ortomyksoviruksiin kuuluvan A-influenssaviruksen aiheuttama, ympäri maailmaa esiintyvä lintujen infektiotauti. Taudinkuva vaihtelee lievästä sairaudesta jopa 100 % kuolleisuuden aiheuttavaan, helposti leviävään epidemiaan. Lintuinfluenssa kuuluu OIE:n (Office International des Epizooties) luokituksessa A-listan tauteihin. A-influenssavirukset voidaan jakaa 15 alatyyppiin viruksen vaipassa sijaitsevien hemagglutiniini (H) -antigeenien perusteella. Tähän mennessä kaikki HPAI (highly pathogenic avian influenza) -tapaukset ovat olleet H5 tai H7 -alatyyppien aiheuttamia. LPAI (low pathogenic avian influenza) voi mutatoitua HPAI:ksi kierreltyään vähän aikaa populaatiossa. Viruksen luonnollisia isäntiä ovat vesilinnut, kahlaajat ja lokit. Vesilinnut toimivat reservoaarina ja voivat erittää virusta, vaikka niillä ei olisikaan oireita. Siipikarjan suora tai epäsuora kontakti villeihin, muuttaviin vesilintuihin on usein ollut syynä epidemiaan. Lintuinfluenssa voi tarttua myös muun muassa sikoihin ja ihmisiin. Sikaa on pidetty "sekoitusalustana" (engl. "mixing vessel"), jossa ihmisen ja linnun influenssavirukset voisivat järjestyä uudelleen keskenään. Mutaation seurauksena voisi syntyä virus, jolla olisi kyky levitä ihmisestä toiseen ja jossa olisi ihmispopulaatiolle vieraita lintuinfluenssavirus peräisiä antigeeneja. Tämä saattaisi johtaa vakavaan epidemiaan ihmisten keskuudessa, koska ihmisillä ei olisi vasta-aineita eikä rokotteita uutta virusta vastaan. EU:n jäsenvaltioissa toteutettiin vuosina 2002 - 2003 kartoitustutkimus, jonka tarkoituksena oli seuloa lintuinfluenssaviruksen H5 ja H7 -alatyyppien tartuntoja siipikarjassa ja luonnonvaraisissa linnuissa. Suomen luonnonlintukartoitus oli osa tätä syventävien opintojen projektia. Ulostenäytteitä otettiin yhteensä 373 kappaletta, joista 37 % oli vesilinnuista (sisältää 25 tarhattua ankkaa), 11 % kahlaajista ja 32 % lokeista. Näiden ryhmien ikäjakauma oli seuraava: 35 % poikasista tai nuorista ja 64 % aikuisista linnuista. Linnun ikää ei ollut merkitty 1 %:iin näytteistä. 20 % näytteistä oli muista linnuista. Suurin osa näytteistä otettiin kesäkuussa (40 %), toukokuussa (27 %) ja heinäkuussa (19 %). Näytteistä valmistettiin suspensio, jota inkuboitiin 8–10 päivän ikäisissä, hedelmöitetyissä kananmunissa. Sikiöiden elinvoimaisuus tarkistettiin päivittäin. Kaikki viisi päivää inkuboidut ja sitä ennen kuolleet munat jäähdytettiin +4 °C:een ja niistä kerättiin allantoisneste, josta tehtiin HA (hemagglutinaatio) -testi. Yhtään positiivista näytettä ei löytynyt. Suosituksia villilintujen lintuinfluenssakartoitukseen Suomessa: 1) Näytteitä otetaan pääosin vesilinnuista, kahlaajista ja lokeista. 2) Suurin osa näytteistä otetaan nuorista linnuista. 3) Näytteet otetaan ennen syysmuuttoa elokuussa.

Aleutian tauti (AD, Aleutian disease) on parvoviruksiin kuuluvan minkin aleutian tauti -viruksen (AMDV, Aleutian mink disease parvovirus) aiheuttama immunokompleksitauti. Se on yleinen kaikissa minkintuottajamaissa aiheuttaen merkittäviä tuotantotappioita tarhaajille. Aleutian taudin taudinkuva vaihtelee viruskannasta ja isäntätekijöistä riippuen. Viruskantoja esiintyy apatogeenisista voimakkaasti patogeenisiin. Siniharmaaturkkiset aleutian-genotyypin minkit (Mustela vison) ovat alttiimpia tartunnalle ja kehittävät vakavamman tautimuodon. Klassiselle AD:lle tyypillisiä piirteitä ovat pysyvä viremia, plasmasytoosi, hypergammaglobulinemia, korkeat vasta-ainetasot, infektiivisten immunokompleksien muodostuminen, vaskuliitti ja glomerulonefriitti. Minkin aleutian tauti -virusta on tutkittu laajalti viimeisen 30 vuoden aikana, mutta tutkimuksia viruksen fylogeniasta on tehty vähän. Lisäksi suomalaisten AMDV-kantojen molekyyliepidemiologiasta ja patogeenisuudesta ei ole ollut tarkkaa tietoa. Tämän tutkimuksen tavoitteina oli: 1) pystyttää menetelmät DNA:n eristämiseen ja AMDV-NS1 (major non-structural protein) –geenialueen osan monistamiseen sekä tutkia näiden menetelmien avulla suomalaisia AMDV-kantoja eri tiloilta löytyneistä luonnollisesti infektoituneista minkeistä; 2) analysoida kyseisiä viruskantoja erilaisilla fylogeniamenetelmillä ja verrata niitä aikaisemmin julkaistuihin kantoihin; 3) arvioida kantojen mahdollisia infektioreittejä, patogeenisuutta, ajallista ja maantieteellistä jakautumista sekä muunteluastetta. Neljästätoista suomalaisesta minkistä viideltä pohjanmaalaiselta ja pohjois-pohjanmaalaiselta tilalta eristettiin viruksen DNA:ta. Tämän jälkeen DNA:sta monistettiin osa NS1-geenistä semi-nested PCR -menetelmää käyttäen. Näiden 14 AMDV-sekvenssin lisäksi 31 ruotsalaista, 4 suomalaista ja 5 muuta viruksen sekvenssiä haettiin GenBank-tietokannasta. Kyseiset sekvenssit analysoitiin käyttäen useita erilaisia fylogeniaohjelmia, -menetelmiä ja -malleja. Parhaiten puun ratkaisi MEGA-ohjelmalla tehty nukleotidisekvenssiin perustuva juurrettu parsimonia-puu. Fylogeneettinen analyysi viittasi siihen, että eri AMDV-kannat jakautuvat kolmeen ryhmään (I-III). Jokaisessa näistä ryhmistä oli suomalaisia AMDV-kantoja. Yksi ryhmä (II) koostui pelkästään pohjoismaisista kannoista. Ryhmän III muodostivat vanhimmat ja vähemmän muutoksia sisältävät kannat. Näytti siltä, että kaikki AMDV-kannat ovat elinvoimaisia, ja että patogeeniset kannat syntyvät de novo lievästi patogeenisista kannoista ja päinvastoin. Puun perusteella voitiin myös päätellä, että AMDV on tullut Suomeen kahteen - kolmeen eri otteeseen. Suomalaisten AMDV-kantojen tai kaikkien kantojen yhteistä maantieteellistä alkuperää ei pystytty puun perusteella luotettavasti selvittämään. Rekombinaatiota tai kantojen ryvästymistä eristysvuoden perusteella ei todettu. Kuten aikaisemmissa tutkimuksissa, myöskään tässä tutkimuksessa ei löydetty selitystä kantojen patogeenisuuseroille. Tutkimuksessa kuvatut kannat poikkesivat toisistaan nukleotiditasolla 0-14 % ja aminohappotasolla 0-22 %. Tutkimuksessa kuvattiin ensimmäinen AMD-viruksen fylogenia-analyysi Suomessa. Tämä AMDV:n fylogeneettinen puu on myös ensimmäinen AMDV:sta julkaistu nukleotidisekvenssiin perustuva merkkipohjaista menetelmää käyttäen rakennettu ulkoryhmän avulla juurrettu puu. Lisäksi analyysissä oli mukana enemmän viruskantoja kuin aiemmin. Tutkimuksessa pystytetyt viruksen DNA-eristys- ja PCR-menetelmät hyödyttävät myös tulevia tutkimuksia aiheesta. Esimerkiksi uusien sekvenssien kerääminen muista maista, villeistä näätäeläimistä ja freteistä saattaa auttaa muodostamaan tarkempaa kuvaa viruksen sukulaisuussuhteista ja kehityksestä.

Tutkielman tavoitteena on alustavasti selvittää Mycoplasma bovis -tartunnalle altistavat ja tartunnan leviämisen riskitekijät lypsykarjatilalla Suomessa. Tutkielma koostuu kirjallisuuskatsauksesta ja tapaus-verrokkikyselytutkimuksesta. Kirjallisuuskatsauksessa tarkoituksena on M. bovis -tartunnan sekä suomalaisen lypsykarjan järjestelmällinen kuvaaminen. Lisäksi kuvataan tunnetut riskitekijät ja tartunnan vastustamisen toimenpiteet. Kyselytutkimuksessa tarkoituksena on kuvata tapaustilat ja selvittää tapaus- ja kontrollitilojen eroavaisuudet. Kyselytutkimus toimii myös kyselylomakkeen pilottitutkimuksena. M. bovis -bakteeri on maailmalla yleinen naudan taudinaiheuttaja. Sen tärkeimmät taudinaiheutukset ovat vasikoiden hengitystiesairaudet ja lehmien utaretulehdukset. Lisäksi tartunta aiheuttaa mm. korvatulehdusta, niveltulehdusta ja silmätulehdusta. Tartunnan hoito on haastavaa heikon hoitovasteen vuoksi. Tartunta leviää tyypillisimmin tilalta toiselle oireettomien kantajien välityksellä sekä tilatasolla suorien ja epäsuorien kontaktien välityksellä. Tartunta on vaikea saneerata tilalta pois, sillä se säilyy hyvin niin isännässä kuin ympäristössä. Nautataloudelle tartunta aiheuttaa suuria ongelmia mm. lehmien poistojen ja lisääntyneen lääkkeiden käytön vuoksi. Lakisääteisesti M. bovis -tartunta on Suomessa ilmoitettava eläintauti, joten sitä vastustetaan elinkeinon toimin Eläinten terveys ry:n (ETT) ollessa pääasiallinen toimija. Suomessa tartunta todettiin ensimmäisen kerran vuoden 2012 lopulla. Vuoden 2016 alkuun mennessä tartuntaa on todettu yhteensä 57: ltä tilalta, joista suurin osa on vasikkakasvattamoja ja lypsykarjatiloja. Tapaustiloina kyselytutkimuksessa toimi 10 lypsykarjatartuntatilaa ja konrollitiloina 10 vähäriskistä, ETT:n seurantaohjelman A-tason lypsykarjatilaa. Muuttujia verrattiin yksi kerrallaan vastemuuttujiin (tapaus- vs. kontrollitilat). Bonferronikorjattuja tilastollisesti merkitseviä eroja saatiin vain muutamia riittämättömästä otoskoosta johtuen. Tartuntatiloilla bioturvallisuus oli heikompaa kontrollitiloihin verrattuna, mikä osaltaan johtuu jo siitä, että kontrollitlat kuuluivat ns. A-tasolle. Esimerkiksi tartuntatiloilla teurasautonkuljettaja tuli useammin navettaan (p=0,027). Tartuntatiloista useampi oli myös laajennettuja tai peruskorjattuja. Tartuntatiloilla esiintyi enemmän tartuntaan viittaavia tyypillisiä oireita (p=0,033), oireita esiintyi useammalla kuin yhdellä eläinryhmällä ja oireita esiintyi joko yksittäisillä tai useammilla eläimillä (p=0,017). Vasikoiden silmäoireet ja riippuvat korvat antoivat näyttöä tartunnalle (p= 0,033). Eläinliikenne (esim. välitystoiminta, eläinostot) sekä riittämätön bioturvallisuus näyttäisivät olevan Suomessa tärkeimpiä tartunnan leviämisen riskitekijöitä. Keinosiemennyksen merkitystä ei tartunnan leviämiselle vielä tiedetä, mutta se saattaa olla yksi mahdollinen riskitekijä ja vaatii lisätutkimusta. Huomattavaa on kuitenkin, että Suomen tilanteessa leviämisreittejä näyttäisi olevan useita ja eri tartuntatiloilla useat eri tekijät ovat altistaneet tartunnalle. Tartunnan kontrolloinnissa tärkeitä keinoja ovat useiden eri stressitekijöiden poistaminen, eri-ikäisten eläinryhmien ryhmittely ja ryhmien välisten lähikontaktien estäminen sekä eläintiheyden pienentäminen. Tietouden lisääminen on olennaista tartunnan leviämisen estämiseksi ja kontrolloinnin parantamiseksi.

Pohjoismaissa Islantia lukuun ottamatta kerätään lypsylehmien sairaus- ja hoitotiedot kunkin maan omaan järjestelmään. Suomessa Maatalouden Laskentakeskus Oy (MLOY) vastaa tietokannan ylläpidosta. Tietokantojen tiedot ovat paitsi terveyden ja sairauksien seurannan perusta, niitä käytetään myös erilaisiin tutkimustarkoituksiin, kuten epidemiologisiin tutkimuksiin. Lypsykarjan hoitotietojärjestelmät ovat kuitenkin toissijainen tietolähde, jonka etuna on valmis aineisto ja suuri kattavuus populaatiossa, mutta sen käyttö tutkimustarkoituksiin on riippuvainen tiedon laadusta ja edellyttää tietokannan validointia. Tietokannan osuvuutta (accuracy) kuvaavia tunnuslukuja ovat kattavuus (completeness) ja oikeellisuus (correctness). Tämä lisensiaattityö on tehty osana DAHREVA-projektin (Dairy Herd disease Registry Evaluation) toista osatutkimusta, jossa arvioidaan eri Pohjoismaiden sairaus- ja hoitotietojärjestelmien vastaavuutta todellisten sairastapausten kanssa tilalle jääneiden dokumenttien avulla. Lisensiaatintyön tarkoitus on 1) kuvata miten tietojärjestelmiä on eri puolilla maailmaa validoitu ja 2) määrittää terveyskorttien avulla projektin toisen osatutkimuksen tavoitteen mukaisesti Suomen vanhan lypsylehmien tautirekisterin kattavuus ja oikeellisuus. Lypsylehmien sairaustietokannan validointia on tehty Ruotsissa ja Tanskassa sekä vasikoiden osalta Norjassa. Lisäksi Ruotsissa on validoitu lemmikkieläinten ja hevosten vakuutustietokannat sekä hevosten klinikkatietokanta. Lääketieteessä validointeja on tehty useissa maissa useille erilaisille tietokannoille. Tässä tutkimuksessa verrattiin 47 yli 15 lehmän karjan vuosien 2002 - 2008 välisenä aikana poistettujen tai kuolleiden lehmien siemennys- ja terveyskorttien hoitotietoja MLOY:n tietokantaan. Näistä karjoista tutkimukseen osallistui 1786 lehmää, joiden hoitotietoja kertyi 7324 kpl. Järjestelmän kattavuus oli 76 % ja oikeellisuus 84 % tarkasteltaessa täysin vastaavia hoitotietoja, 83 % ja 92 % tarkasteltaessa tietoja, joissa oli vähäisiä ristiriitaisuuksia aineistojen välillä, ja 86 % ja 92 % tarkasteltaessa tietoja, joissa oli ristiriitaisuuksia aineistojen välillä. Aikaisempien validointitutkimusten perusteella kattavuus voidaan arvioida kohtalaiseksi ja oikeellisuus erinomaiseksi.

Tässä tutkimuksessa selvitettiin sairauksien ja ongelmien esiintyvyyttä norjalaisilla metsäkissoilla Suomessa. Ensisijaisena tavoitteena oli kerätä tietoa rodulla esiintyvistä sairauksista, mutta samalla selvitettiin myös kissojen taustatietoja (kissan ja vanhempien rekisteröintitiedot, sukupuoli, ikä, paino, synnyinmaa, vieroitus- ja omistajalle saapumisikä, elinympäristö, ravinto, veriryhmä), perinnöllisten sairauksien (glykogeenin kertymäsairaus tyyppi IV ja hypertrofinen kardiomyopatia) varalta tehtyjä tutkimuksia ja niiden tuloksia, kuolinsyitä ja jalostukseen liittyviä tekijöitä (kasvattajien osuus, pentujen ja pentueiden kissakohtainen määrä, kissan käyttö jalostukseen tulevaisuudessa). Rotukissoilla, kuten norjalaisilla metsäkissoilla, ei ole aiemmin Suomessa tehty terveystietojen kartoitusta tieteellisesti tai yhtä kattavasti kuin tässä tutkimuksessa. Tutkimusta tehdessä ei myöskään ollut tiedossa vastaavanlaisia tutkimuksia ulkomailta. Nollahypoteesina oli, että norjalaisilta metsäkissoilta ei löytyisi mitään sairautta epätavallisen paljon. Tutkimus toteutettiin sähköisen kyselylomakkeen avulla. Tavoitteena oli kerätä 400 kissan terveystiedot. Tietoja kerättiin kolmen kuukauden ajan vuonna 2012 ja niitä saatiin 604 kissalta. Tutkimustulosten perusteella todettiin, että yleisimmät eläinlääkärissä todetut sairaudet ja ongelmat kuuluivat suun ja hampaiden (11,4 %), munuaisten ja virtsateiden (9,6 %) ja sukupuolielinten (6,8 %) sairauksiin ja ongelmiin. Omistajien itse toteamat ongelmat liittyivät useimmin käytöshäiriöihin (35,3 %). Käytöshäiriöiden osuus oli odotettua korkeampi ja joitain sairauksia, kuten korvasairauksia, esiintyi odotettua vähemmän. Saavutettu otoskoko on tilastollisesti riittävä kuvaamaan norjalaisilla metsäkissoilla esiintyvien sairauksien ja ongelmien esiintyvyyttä Suomessa. Useimpien taustatietojen osalta saatiin myös riittävän kattavasti tietoa, jotta tuloksia voidaan yleistää koskemaan koko populaatiota. Kunkin elin- tai ongelmaryhmän osalta on kuvattu yksittäisten sairauksien ja ongelmien jakauma ryhmän sisäisesti, jotta todennäköisimmät ja harvinaisimmat ryhmänsisäiset sairaudet saataisiin selville. Nämä luvut kuvaavat luotettavasti niiden jakaumaa vain tutkimuksen kissoilla. Sama pätee kuolinsyihin. Tämän tutkimuksen tuloksista on apua etenkin norjalaisten metsäkissojen kasvattajille. Tiedostamalla rodun keskeisimmät ongelmat, voidaan niiden ehkäisemiseen kiinnittää huomiota jalostuksessa ja valistaa kissojen omistajia todennäköisimmistä terveysongelmista. Tutkimuksen tuloksia voidaan hyödyntää rodulle rakennettavassa terveystietorekisterissä ja jalostuksen tavoiteohjelmassa. Eläinlääkäreille tulokset antavat tärkeää tietoa mihin ongelmiin rodulla pitäisi erityisesti kiinnittää huomiota. Lisäksi tutkimus edesauttaa ja kannustaa kaikkien suomalaisten kissojen terveystietojen keräystä. Tutkimus on myös ollut osa laajempaa käynnissä olevaa kissojen geenitutkimushanketta Suomessa (Kissojen geenitutkimus 2015).

Reovirukset kuuluvat Reoviridae -heimoon ja Orhtoreovirus –sukuun. Ensimmäiset reovirukset löydettiin ihmisen hengitysteistä ja suolistosta, mutta niiden merkitystä taudinaiheuttajana ei tunnettu. Tästä syystä ne nimettiin sanoilla "respiratory enteric orphan". Sanojen alkukirjaimista muodostuu nimi "reo". Lintujen reoviruksia on löydetty useista lintulajeista. Ne voivat olla mukana aiheuttamassa sairauksia, mutta niitä löytyy yleisesti myös kliinisesti täysin terveistä yksilöstä. Reovirukset aiheuttavat siipikarjalle kinnerjänteen tulehdusta (artriitti) sekä jännetupin tulehdusta (tenosynoviitti). Reovirukset ovat taloudellisesti merkittävä virusryhmä niiden aihettamien tuotantotappioiden vuoksi. Tutkielman tarkoituksena oli perustaa elintarviketurvallisuusvirasto Eviran eläintautivirologian tutkimusyksikköön diagnostinen menetelmä lintujen reovirusten osoittamiseksi. Aihe tuli ajankohtaiseksi, kun teuraslinjoilla havaittiin broilereita, joiden kinnernivelet olivat tulehtuneet ja vihertävät. Monilla todettiin myös akillesjänteen repeämä. Tulehdusoireet muistuttivat paljolti kirjallisuudessa kuvattua artriittia ja tenosynoviittia. Tautia ei ole aiemmin varmuudella todettu siipikarjalla Suomessa. Menetelmäksi valittiin RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) sen herkkyyden ja nopeuden vuoksi. Lisäksi menetelmän etuna on se, ettei se edellytä elävän viruksen löytymistä, vaan viruksen genomin läsnäolo riittää positiiviseen diagnoosiin. Työssä kokeiltiin myös real time RT-PCR:n toimivuutta. Kolmea eri reoviruskantaa käytettiin menetelmän kehityksessä kontrollikantoina. Tutkielman tuloksena luotiin RT-PCR –menetelmä reovirusten toteamiseksi. Näytemateriaalina oli 37 broilerin ja kahden kalkkunan tulehtuneet jänteet ja jännetupet. Niistä eristettiin totaaliRNA ja tehtiin RT-PCR yhdellä tai useammalla kolmesta eri reoviruksille spesifistä alukeparista. Lisäksi jännenäytteitä käytettiin solulinjojen infektioon mahdollisten virusten kasvattamiseksi. Jännenäytteistä reoviruksia ei todettu PCR:llä eikä soluviljelyssä. Se ei kuitenkaan välttämättä tarkoita, että tulehdus ei olisi reovirksen aiheuttama. Jos reovirus on tulehduksen aiheuttaja, sitä ei löytynyt näytteistä todennäköisesti tulehduksen kroonistumisen vuoksi. Tulehduksen alkuvaiheessa otetuista näytteistä virusta saattaisi löytyä paremmin.