| dc.date.accessioned |
2016-06-09T09:52:26Z |
|
| dc.date.available |
2016-12-31T22:00:36Z |
|
| dc.date.issued |
2016-06-09 |
|
| dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/123456789/7419 |
|
| dc.title |
Evaluation of real-time RT-PCR for diagnostic use in detection of Puumala virus |
en |
| ethesis.discipline |
Virology |
en |
| ethesis.discipline |
Virologia |
fi |
| ethesis.discipline |
Virologi |
sv |
| ethesis.discipline.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/77c08efb-e59f-4260-adcc-43f389de9caf |
|
| ethesis.faculty |
Medicinska fakulteten |
sv |
| ethesis.faculty |
Lääketieteellinen tiedekunta |
fi |
| ethesis.faculty |
Faculty of Medicine |
en |
| ethesis.faculty.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/a4d5aaa2-b5aa-41a7-ba4c-e5e0df7a902d |
|
| ethesis.university.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/50ae46d8-7ba9-4821-877c-c994c78b0d97 |
|
| ethesis.university |
Helsingfors universitet |
sv |
| ethesis.university |
University of Helsinki |
en |
| ethesis.university |
Helsingin yliopisto |
fi |
| dct.creator |
Niskanen, Silja |
|
| dct.creator |
Jääskeläinen, Anne |
|
| dct.creator |
Sironen, Tarja |
|
| dct.creator |
Vapalahti, Olli |
|
| dct.issued |
2016 |
|
| dct.language.ISO639-2 |
eng |
|
| dct.abstract |
Myyräkuume on Puumala-viruksen aiheuttama munuaisoireinen verenvuotokuume, jonka oirekuva vaihtelee lievästä vakavaan. Puumala-virus kuuluu jyrsijöiden, hyönteissyöjien ja lepakoiden levittämiin hantaviruksiin, jotka aiheuttavat munuaisoireista verenvuotokuumetta Euroopassa ja Aasiassa ja hantavirus-sydän-keuhko-oireyhtymää Amerikan mantereella. Puumala on Euroopan yleisin hantavirus ja sitä tavataan Pohjois-, Keski- ja Itä-Euroopassa ja Venäjällä. Sen kantajana toimii metsämyyrä (Myodes glareolus), jonka kannan vaihteluita myyräkuumeinsidenssi seuraa ollen noin 560–3800 vuosittain. Suomalaisista noin 5 % on Puumala-seropositiivisia, joskin luku on jopa 11 % Itä-Suomessa.
Myyräkuumeen itämisaika on noin kahdesta neljään viikkoa. Tauti alkaa äkillisesti kuumeella ja päänsäryllä, joita seuraavat vatsa- ja selkäkivut, pahoinvointi ja oliguria. Taudin alussa noin kolmasosalla esiintyy myopiaa, joka on patognomonista myyräkuumeelle. Verenkuvassa näkyvät kohonnut CRP ja leukosyytit sekä trombosytopenia. 0,1 % potilaista menehtyy ja kuolinsyynä on useimmiten verenvuotoshokki tai aivolisäkkeen verenvuoto. 5 % potilaista päätyy dialyysiin ja jotkut kärsivät useamman vuoden ajan taudin sairastamisen jälkeen kohonneista verenpainearvoista.
Myyräkuumeen laboratoriodiagnostiikka perustuu tällä hetkellä IgM-luokan vasta-aineiden osoittamiseen verestä. Potilaat serokonvertoituvat jo taudin ensimmäisinä päivänä, joten serologia on varsin käyttökelpoinen diagnostisena menetelmänä. Halusimme kuitenkin selvittää, onko myyräkuumetta mahdollista diagnosoida reaaliaikaisella PCR-testillä, joka osoittaisi Puumala-viruksen RNA:ta ja viremian potilaan verestä jo aivan taudin alkuvaiheessa.
Keräsimme yhteensä 238 seeruminäytettä, jotka oli lähetetty HUSLAB-laboratorioon eri sairaaloista ja terveyskeskuksista rutiininomaista myyräkuumediagnostiikkaa varten. Lisäksi tutkittiin muille hantaviruksille positiiviset näytteet (Saaremaa, Tula, Tobografov, Dobrava ja Hantaan) sekä 20 negatiivista kontrollinäytettä. Näytteet tutkittiin rutiininomaisen IgM-testin lisäksi sekä kehittämällämme reaaliaikaisella qRT-PCR-menetelmällä (PUUV-qRT-PCR) että kaksivaiheisella RT-nested-PCR-menetelmällä, josta positiiviset näytteet lähetettiin eteenpäin sekvensoitaviksi. qRT-PCR-menetelmässä standardinäytteenä toimi Sotkamo-kannan RNA:n S-juoste.
Diagnostiikassa positiivisiksi osoittautui 31 näytettä. Näistä 30 oli positiivisia serologisella menetelmällä. Yksi näyte jäi siis positiiviseksi ainoastaan PUUV-qRT-PCR:ssä. 30 IgM-positiivisesta näytteestä 28 oli positiivisia PUUV-qRT-PCR-menetelmällä. Diagnostinen sensitiivisyys oli 93.3% (95% CI: 77.93%-99.18%). Tutkimme positiivisen näytteen antaneiden potilaiden tiedot HUSLAB:n potilastietokannasta. Kävi ilmi, että vasta-ainenegatiivisesta, PUUV-qRT-PCR-positiivisen näytteen antaneesta potilaasta oli otettu näyte jo aivan taudin alkuvaiheissa, jolloin viremia on korkealla tasolla, mutta IgM-luokan vasta-aineet eivät ole vielä nousseet. Kyseisestä potilaasta otettiin vielä myöhemmin toinen näyte, joka oli positiivinen sekä IgM-testillä että PUUV-qRT-PCR-menetelmällä. Kaksi PUUV-qRT-PCR-menetelmällä negatiiviseksi jäänyttä IgM-positiivista potilasta oli puolestaan tutkittu 1-2 viikkoa oireiden alusta, jolloin viremia oli jo näin ollen ehtinyt laskea. Kaksivaiheisella RT-nested-PCR-menetelmällä tutkittuna 25 näytteestä oli osoitettavissa Puumala-viruksen RNA:ta. Nämä näytteet sekvensoitiin ja kannat järjestettiin fylogeeniseen puuhun eri suomalaisten kantojen oheen, mikä osoitti PCR-menetelmän löytävän varsin laajasti suomalaisia Puumala-viruskantoja.
Negatiiviset kontrollinäytteet ja muille hantaviruksille positiiviset näytteet jäivät PCR-menetelmillä negatiivisiksi, joten menetelmän spesifisyys oli 100 %.
Reaaliaikainen qRT-PCR-testi osoittautui sekä herkäksi että tarkaksi ja voisi toimia diagnostiikassa täydentävänä tutkimuksena serologisten menetelmien ohella. Se voisi joissain tapauksissa osittaa taudin jo ennen vasta-aineiden ilmaantumista. Haasteita viruksen RNA:n osoittamiselle diagnostiikassa asettaa Puumalan varsin suuri geneettinen varianssi. Todennäköisesti testimme on varsin spesifinen suomalaisille kannoille, mutta tutkimuksia erilaisilla Puumala-kannoilla tarvitaan vielä. Vastaavia tuloksia on saatu kahdessa ruotsalaistutkimuksessa, jossa reaaliaikainen PCR-testi osoittautui herkäksi ja tarkaksi, mutta varsin spesifiseksi ruotsalaisille kannoille. |
fi |
| dct.subject |
Real-time qRT-PCR |
en |
| dct.subject |
Nephropathia Epidemica |
|
| dct.subject |
Puumala virus |
fi |
| dct.language |
en |
|
| ethesis.language.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/languages/eng |
|
| ethesis.language |
English |
en |
| ethesis.language |
englanti |
fi |
| ethesis.language |
engelska |
sv |
| ethesis.supervisor |
Sironen, Tarja |
|
| ethesis.thesistype |
pro gradu-avhandlingar |
sv |
| ethesis.thesistype |
pro gradu -tutkielmat |
fi |
| ethesis.thesistype |
master's thesis |
en |
| ethesis.thesistype.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/thesistypes/mastersthesis |
|
| dct.identifier.ethesis |
E-thesisID:015c00e7-de51-44a3-a746-caa6a5937d33 |
|
| ethesis.degreeprogram |
Lääketieteen koulutusohjelma |
fi |
| ethesis.degreeprogram |
Medical curriculum |
en |
| ethesis.degreeprogram |
Medicinska utbildningsprogrammet |
sv |
| ethesis.degreeprogram.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/767842ad-05d0-4813-84df-c487f341f1ca |
|
| ethesis-internal.timestamp.reviewStep |
2016-05-16 07:20:21:828 |
|
| dct.identifier.urn |
URN:NBN:fi:hulib-201606092275 |
|
| dc.type.dcmitype |
Text |
|
| dct.alternative |
Reaaliaikaisen RT-PCR:n käyttö myyräkuumeen diagnostiikassa |
fi |
