Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Evaluation of real-time RT-PCR for diagnostic use in detection of Puumala virus

Show simple item record

dc.date.accessioned 2016-06-09T09:52:26Z
dc.date.available 2016-12-31T22:00:36Z
dc.date.issued 2016-06-09
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/123456789/7419
dc.title Evaluation of real-time RT-PCR for diagnostic use in detection of Puumala virus en
ethesis.discipline Virology en
ethesis.discipline Virologia fi
ethesis.discipline Virologi sv
ethesis.discipline.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/77c08efb-e59f-4260-adcc-43f389de9caf
ethesis.faculty Medicinska fakulteten sv
ethesis.faculty Lääketieteellinen tiedekunta fi
ethesis.faculty Faculty of Medicine en
ethesis.faculty.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/a4d5aaa2-b5aa-41a7-ba4c-e5e0df7a902d
ethesis.university.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/50ae46d8-7ba9-4821-877c-c994c78b0d97
ethesis.university Helsingfors universitet sv
ethesis.university University of Helsinki en
ethesis.university Helsingin yliopisto fi
dct.creator Niskanen, Silja
dct.creator Jääskeläinen, Anne
dct.creator Sironen, Tarja
dct.creator Vapalahti, Olli
dct.issued 2016
dct.language.ISO639-2 eng
dct.abstract Myyräkuume on Puumala-viruksen aiheuttama munuaisoireinen verenvuotokuume, jonka oirekuva vaihtelee lievästä vakavaan. Puumala-virus kuuluu jyrsijöiden, hyönteissyöjien ja lepakoiden levittämiin hantaviruksiin, jotka aiheuttavat munuaisoireista verenvuotokuumetta Euroopassa ja Aasiassa ja hantavirus-sydän-keuhko-oireyhtymää Amerikan mantereella. Puumala on Euroopan yleisin hantavirus ja sitä tavataan Pohjois-, Keski- ja Itä-Euroopassa ja Venäjällä. Sen kantajana toimii metsämyyrä (Myodes glareolus), jonka kannan vaihteluita myyräkuumeinsidenssi seuraa ollen noin 560–3800 vuosittain. Suomalaisista noin 5 % on Puumala-seropositiivisia, joskin luku on jopa 11 % Itä-Suomessa. Myyräkuumeen itämisaika on noin kahdesta neljään viikkoa. Tauti alkaa äkillisesti kuumeella ja päänsäryllä, joita seuraavat vatsa- ja selkäkivut, pahoinvointi ja oliguria. Taudin alussa noin kolmasosalla esiintyy myopiaa, joka on patognomonista myyräkuumeelle. Verenkuvassa näkyvät kohonnut CRP ja leukosyytit sekä trombosytopenia. 0,1 % potilaista menehtyy ja kuolinsyynä on useimmiten verenvuotoshokki tai aivolisäkkeen verenvuoto. 5 % potilaista päätyy dialyysiin ja jotkut kärsivät useamman vuoden ajan taudin sairastamisen jälkeen kohonneista verenpainearvoista. Myyräkuumeen laboratoriodiagnostiikka perustuu tällä hetkellä IgM-luokan vasta-aineiden osoittamiseen verestä. Potilaat serokonvertoituvat jo taudin ensimmäisinä päivänä, joten serologia on varsin käyttökelpoinen diagnostisena menetelmänä. Halusimme kuitenkin selvittää, onko myyräkuumetta mahdollista diagnosoida reaaliaikaisella PCR-testillä, joka osoittaisi Puumala-viruksen RNA:ta ja viremian potilaan verestä jo aivan taudin alkuvaiheessa. Keräsimme yhteensä 238 seeruminäytettä, jotka oli lähetetty HUSLAB-laboratorioon eri sairaaloista ja terveyskeskuksista rutiininomaista myyräkuumediagnostiikkaa varten. Lisäksi tutkittiin muille hantaviruksille positiiviset näytteet (Saaremaa, Tula, Tobografov, Dobrava ja Hantaan) sekä 20 negatiivista kontrollinäytettä. Näytteet tutkittiin rutiininomaisen IgM-testin lisäksi sekä kehittämällämme reaaliaikaisella qRT-PCR-menetelmällä (PUUV-qRT-PCR) että kaksivaiheisella RT-nested-PCR-menetelmällä, josta positiiviset näytteet lähetettiin eteenpäin sekvensoitaviksi. qRT-PCR-menetelmässä standardinäytteenä toimi Sotkamo-kannan RNA:n S-juoste. Diagnostiikassa positiivisiksi osoittautui 31 näytettä. Näistä 30 oli positiivisia serologisella menetelmällä. Yksi näyte jäi siis positiiviseksi ainoastaan PUUV-qRT-PCR:ssä. 30 IgM-positiivisesta näytteestä 28 oli positiivisia PUUV-qRT-PCR-menetelmällä. Diagnostinen sensitiivisyys oli 93.3% (95% CI: 77.93%-99.18%). Tutkimme positiivisen näytteen antaneiden potilaiden tiedot HUSLAB:n potilastietokannasta. Kävi ilmi, että vasta-ainenegatiivisesta, PUUV-qRT-PCR-positiivisen näytteen antaneesta potilaasta oli otettu näyte jo aivan taudin alkuvaiheissa, jolloin viremia on korkealla tasolla, mutta IgM-luokan vasta-aineet eivät ole vielä nousseet. Kyseisestä potilaasta otettiin vielä myöhemmin toinen näyte, joka oli positiivinen sekä IgM-testillä että PUUV-qRT-PCR-menetelmällä. Kaksi PUUV-qRT-PCR-menetelmällä negatiiviseksi jäänyttä IgM-positiivista potilasta oli puolestaan tutkittu 1-2 viikkoa oireiden alusta, jolloin viremia oli jo näin ollen ehtinyt laskea. Kaksivaiheisella RT-nested-PCR-menetelmällä tutkittuna 25 näytteestä oli osoitettavissa Puumala-viruksen RNA:ta. Nämä näytteet sekvensoitiin ja kannat järjestettiin fylogeeniseen puuhun eri suomalaisten kantojen oheen, mikä osoitti PCR-menetelmän löytävän varsin laajasti suomalaisia Puumala-viruskantoja. Negatiiviset kontrollinäytteet ja muille hantaviruksille positiiviset näytteet jäivät PCR-menetelmillä negatiivisiksi, joten menetelmän spesifisyys oli 100 %. Reaaliaikainen qRT-PCR-testi osoittautui sekä herkäksi että tarkaksi ja voisi toimia diagnostiikassa täydentävänä tutkimuksena serologisten menetelmien ohella. Se voisi joissain tapauksissa osittaa taudin jo ennen vasta-aineiden ilmaantumista. Haasteita viruksen RNA:n osoittamiselle diagnostiikassa asettaa Puumalan varsin suuri geneettinen varianssi. Todennäköisesti testimme on varsin spesifinen suomalaisille kannoille, mutta tutkimuksia erilaisilla Puumala-kannoilla tarvitaan vielä. Vastaavia tuloksia on saatu kahdessa ruotsalaistutkimuksessa, jossa reaaliaikainen PCR-testi osoittautui herkäksi ja tarkaksi, mutta varsin spesifiseksi ruotsalaisille kannoille. fi
dct.subject Real-time qRT-PCR en
dct.subject Nephropathia Epidemica
dct.subject Puumala virus fi
dct.language en
ethesis.language.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/languages/eng
ethesis.language English en
ethesis.language englanti fi
ethesis.language engelska sv
ethesis.supervisor Sironen, Tarja
ethesis.thesistype pro gradu-avhandlingar sv
ethesis.thesistype pro gradu -tutkielmat fi
ethesis.thesistype master's thesis en
ethesis.thesistype.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/thesistypes/mastersthesis
dct.identifier.ethesis E-thesisID:015c00e7-de51-44a3-a746-caa6a5937d33
ethesis.degreeprogram Lääketieteen koulutusohjelma fi
ethesis.degreeprogram Medical curriculum en
ethesis.degreeprogram Medicinska utbildningsprogrammet sv
ethesis.degreeprogram.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/767842ad-05d0-4813-84df-c487f341f1ca
ethesis-internal.timestamp.reviewStep 2016-05-16 07:20:21:828
dct.identifier.urn URN:NBN:fi:hulib-201606092275
dc.type.dcmitype Text
dct.alternative Reaaliaikaisen RT-PCR:n käyttö myyräkuumeen diagnostiikassa fi

Files in this item

Files Size Format View
Artikkeli-tiivistelmä-Silja.pdf 712.1Kb PDF

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record