Yersinia enterocolitica -kantojen pulssikenttätyyppien erot sikaloiden välillä

Yersinia enterocoliticaa esiintyy laajasti ympäristössä sekä luonnonvaraisissa eläimissä ja kotieläimissä. Y. enterocolitican bioserotyypeistä 4/O:3 aiheuttaa yleisimmin ihmisen yersinioosin. Bioserotyyppiä 4/O:3 esiintyy runsaasti kliinisesti terveiden sikojen tonsilloissa, joista se voi teurastuksen yhteydessä levitä elintarvikkeeksi käytettäviin ruhon osiin muodostaen elintarvikehygieenisen riskin. Yleisin lähde ruokaperäiseen Y. enterocolitica (4/O:3) -tartuntaan onkin raaka tai huonosti kypsennetty sianliha. Y. enterocolitica -tartuntojen epidemiologisissa tutkimuksissa bakteerikantoja on tarpeen genotyypittää bio- ja serotyypityksen lisäksi. Tämän hetken suositusmenetelmä Y. enterocolitica -kantojen genotyypitykseen on pulssikenttäelektroforeesi (PFGE), jossa bakteerin koko DNA pilkotaan agaroosigeelissä spesifisesti pilkkovalla restriktioentsyymillä ja syntyneet DNA-fragmentit ajetaan suunnaltaan ja kestoltaan vaihtelevassa sähkökentässä. Ajogeelit kuvataan ja kannoille määritellään PFGE-tyypit kuvissa näkyvien DNA-vyöhykkeistä muodostuvien sormenjälkien perusteella. Tässä tutkimuksessa tyypitettiin PFGE:lla luonnonmukaisesti ja tavanomaisesti kasvatettujen sikojen tonsilloista eristettyjä Y. enterocolitica -kantoja ja vertailtiin niiden PFGE-tyyppejä eri tilojen välillä. Tutkimus oli osa Elintarvike- ja ympäristöhygienian laitoksen ja Eläinlääkintä- ja elintarviketutkimuslaitoksen (EELA) yhteistä projektia "Riskinarviointi sianlihan luomutuotannon elintarviketurvallisuusriskeistä: patogeeniset Yersiniat ja Listeria monocytogenes". PFGE-tyyppien vertailua sikaloiden välillä ei ole aikaisemmin tehty. Y. enterocolitica -isolaatteja oli yhteensä 186 kpl, ja ne oli eristetty tiloilta kerätyistä sikojen tonsillanäytteistä aikavälillä syksy 2003, talvi 2005. Isolaatit genotyypitettiin PFGE:lla. Digestiossa käytettiin restriktioentsyyminä NotI:tä. Kantojen sukulaisuutta verrattiin saatujen sormenjälkikuvioiden perusteella. Löydetyt PFGE-tyypit nimettiin samalla tavalla kuin aikaisemmissa suomalaisissa tutkimuksissa. Tässä tutkimuksessa Y. enterocolitica -kantojen yleisimmät PFGE-tyypit olivat NB1 ja NA1, joiden prevalenssit olivat 35 % ja 32 %. NA4-tyypin prevalenssi oli yhdellä tavanomaisella tilalla 89 % ja muilla tiloilla 0 %. PFGE-tyypit olivat kautta linjan sormenjäljiltään hyvin samantapaisia, ja niiden tilaspesifisyys oli vähäistä. Saadut tulokset vastasivat hyvin aikaisemmissa tutkimuksessa saatuja tuloksia yleisimpien sikojen tonsilloissa esiintyvien PFGE-tyyppien osalta.