Kaloista ja kalatuotteista eristettyjen Clostridium botulinum tyyppi E -kantojen karakterisaatio RAPD-menetelmällä

1990-luvulla Pohjois-Euroopassa lisääntyneet tyyppi E:n aiheuttamat botulismiepidemiat ovat herättäneet kysymyksiä kalojen ja kalatuotteiden turvallisuudesta kuluttajille. Botulismin diagnosointi on perustunut pitkälti potilaan kliinisiin oireisiin ja laboratoriotesteihin. Laboratoriotesteissä on pyritty eristämään bakteerin vegetatiivisia soluja ja itiöitä potilaan ulosteista, sekä löytämään neurotoksiinia potilaan seerumista, ulosteista tai nautitusta ruoasta. C. botulinumilla käytettyjä DNA-perusteisia tyypitysmenetelmiä ovat mm. pulssikenttäanalyysi ja PCR:n eri sovellutukset, kuten rep-PCR sekä RAPD (Random amplified polymorphic DNA). Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kartoittaa RAPD:n soveltuvuus C. botulinum tyyppi E-kantojen tyypitykseen, sekä selvittää kyseisen kannan alatyyppien esiintyvyyttä kaloissa ja kalatuotteissa Suomessa ja sen lähialueilla. Suomen kaloista ja kalatuotteista eristettiin suuri joukko eri alatyyppejä, jotka kuvastavat Suomessa esiintyvän C. botulinum tyyppi E:n suurta geneettistä variaatiota. Alatyypit eivät suosineet tiettyä kalan osaa, kalalajia tai maantieteellistä aluetta, vaan esiintyivät satunnaisesti kaloissa ja kalatuotteissa sekä eri alueilla. Tämän tutkimuksen perusteella alatyypit näyttäisivät olevan kalojen tilapäisiä kontaminantteja. RAPD osoittautui käyttökelpoiseksi tyypitysmenetelmäksi C. botulinum tyyppi E -kannoille. Sillä oli korkea erottelukyky ja tyypittävyys. Tyypitysmenetelmänä RAPD on nopea, helppo suorittaa sekä kustannuksiltaan edullinen. Kalojen prosessointi ei näytä suosivan tiettyjen alatyyppien kontaminaatiota tuotteisiin, mutta pitkälle meneviä johtopäätöksiä ei voida tehdä tämän tutkimuksen perusteella. Asian selvittämiseksi tarvitaan erillisiä kontaminaatiotutkimuksia.