Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Lasten rotavirus P- ja G-tyyppien esiintyminen vuosina 2005-2007 Suomessa

Show simple item record

dc.date.accessioned 2008-02-29T11:11:32Z en
dc.date.accessioned 2009-09-01T08:02:27Z und
dc.date.accessioned 2018-07-30T07:41:19Z
dc.date.available 2008-02-29T11:11:32Z en
dc.date.available 2009-09-01T08:02:27Z und
dc.date.available 2018-07-30T07:41:19Z
dc.date.issued 2007-06
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/1975/7877
dc.description Vain tiivistelmä (pdf). Koko työ lainattavissa Viikin tiedekirjastosta. fi
dc.publisher University of Helsinki en
dc.publisher Helsingin yliopisto fi
dc.publisher Helsingfors universitet sv
dc.title Lasten rotavirus P- ja G-tyyppien esiintyminen vuosina 2005-2007 Suomessa fi
ethesis.discipline Food and Environmental Virology en
ethesis.discipline Elintarvike- ja ympäristövirologia fi
ethesis.discipline Livsmedels- och miljövirologi sv
ethesis.department Institutionen för livsmedel och miljöhygien sv
ethesis.department Department of Food and Environmental Hygiene en
ethesis.department Elintarvike- ja ympäristöhygienian laitos fi
ethesis.faculty Faculty of Veterinary Medicine en
ethesis.faculty Veterinärmedicinska fakulteten sv
ethesis.faculty Eläinlääketieteellinen tiedekunta fi
ethesis.faculty.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/f3d16a17-630c-43fb-86ad-031dba66d6a9
ethesis.university.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/50ae46d8-7ba9-4821-877c-c994c78b0d97
ethesis.university Helsingfors universitet sv
ethesis.university University of Helsinki en
ethesis.university Helsingin yliopisto fi
dct.creator Lahikainen, Elina
dct.issued 2007
dct.language.ISO639-2 fin
dct.abstract Rotaviruses are double-stranded RNA-viruses. They are members of the family Reoviridae and are the cause of severe gastroenteritis in young humans and animals. Primary infection is the most severe and reinfections usually produce only mild symptoms. Worldwide about 600 000 children die every year from rotavirus infection, and this figure represents about 5 % of all deaths in children younger than five years. Virtually all children will be infected by the time they reach one year of age. Because primary infection is so severe, rotavirus vaccines have been developed. Surveillance studies are needed to monitor the vaccine impact on circulating viral strains. It is important to know whether some strains disappear and new strains, possibly from animals, emerge. This rotavirus genotyping study is part of a long-term European surveillance study, which tries to define and monitor rotavirus types circulating in Europe. Proteins VP4, VP6 and VP7 are the primary antigens of rotaviruses. Rotavirus is classified into serogroups A-G based on inner layer protein VP6. Group A-C rotaviruses are human pathogenes. Most human rotavirus diseases are caused by group A rotavirus. The group A rotaviruses are further classified into G and P types based on the outer layer proteins VP4 and VP7. 15 G and 14 P types have been identified in humans. In this study we established G and P types for 200 rotavirus samples by using nested-PCR. Materials consisted of stool samples originated from HUSLAB virology department and Kuopio University Hospital. Rotavirus positive stool samples taken from children during years 2005-2007. RNA was extracted from stool suspensions and it was translated to DNA and amplified by nested-PCR. As first step RNA was transcripted to cDNA by reverse transcription. cDNA was amplified from gene segment areas that code for VP4 and VP7 proteins. As second step these PCR-products were amplified using G and P type-specific primers. Final PCR products were G and P typed by using agarose electrophoresis. We find that most common G types in 2005-2007 were G1 and G9; other G types was also found. Most common P type was P[8], which constituted 90 % of all viruses. The most common G and P combinations were G1P[8] and G9P[8]. In epidemic season 2006-2007 the most common G types in Helsinki were G1 and G9. In Kuopio predominant stains were G2 and G9. The most common G and P combinations in epidemic season 2006-2007 were G1P[8] and G9P[8] in Helsinki and G9P[8] and G2P[4] in Kuopio. In recent years the most common G types in Europe have been G1-G4 and G9. Finnish genotype distribution is mainly congruent with G and P types in other European countries. en
dct.abstract Rotavirus on Reoviridae-heimoon kuuluva kaksisäikeinen RNA-virus, joka aiheuttaa ripulia erityisesti nuorilla eläimillä ja ihmisillä. Rotavirusripuli on kliinisesti vakava tauti sen aiheuttaessa elimistön voimakkaan kuivumisen. Ensimmäinen infektio on vakavin, jonka jälkeen toistuvat reinfektiot jäävät yleensä lieviksi. Maailmanlaajuisesti rotavirus tappaa vuosittain noin 600 000 lasta eli se aiheuttaa 5 % kaikista alle viisivuotiaiden lasten kuolemista. Suurin osa lapsista sairastaa rotavirusinfektion yhden vuoden ikään mennessä. Koska primääri rotavirusinfektio on vakava tauti, sitä vastaan on kehitetty rokotteita. Jotta rokotteista saadaan kehitettyä tehokkaita, on tiedettävä mitä rotavirustyyppejä esiintyy. Rotavirustyyppien tutkiminen ennen ja jälkeen rokottamisen yleistymisen auttaa selvittämään, muuttuuko virusten genotyyppijakauma. Tärkeää on myös tietää, katoavatko jotkin rotavirustyypit rokotusten avulla ja tuleeko niiden tilalle uusia tyyppejä, mahdollisesti eläinpuolelta. Tässä esiteltävä rotavirusten tyypitystyö on osa monivuotista eurooppalaista tutkimusta, jonka tavoitteena on selvittää ja monitoroida Euroopassa kiertäviä rotavirustyyppejä. Proteiinit VP4, VP6 ja VP7 ovat rotaviruksen immunologisesti tärkeimmät antigeenit. Rotavirukset on jaoteltu ryhmiin A-G sisäkuoren VP6-proteiinin mukaan. Ryhmät A-C ovat humaanipatogeenejä. Suurin osa ihmisten rotavirusinfektioista on ryhmän A aiheuttamia. A-ryhmä jaetaan viruksen pinnan VP4- ja VP7-proteiinien mukaan P- ja G-tyyppeihin. Ihmisiltä on identifioitu 15 G ja 14 P-tyyppiä. Tässä tutkimuksessa määritettiin 200 rotavirusnäytteen G- ja P-tyypit geenimonistusta käyttäen. Materiaalina oli HUSLAB virologian osastolta ja Kuopion yliopistollisesta sairaalasta saatuja vuosien 2005–2007 rotaviruspositiivisia lasten ulostenäytteitä. Näytteistä saostettiin RNA, se käännettiin DNA:ksi ja monistettiin nested PCR-testillä. Ensimmäisessä vaiheessa RNA:sta muodostettiin vastinDNA:ta ja siitä monistettiin VP4- ja VP7-proteiineja koodaavien geenien alueelta sekvenssijaksot. Toisessa vaiheessa näitä PCR-tuotteita käyttäen monistettiin G- ja P- tyypeille spesifisillä alukkeilla lyhyempiä, eri pituisia jaksoja. Lopulliset PCR-tuotteet ajettiin agaroosigeelielektroforeesissa, jossa G- ja P-tyypit määritettiin tuotteiden pituuksien perusteella. Tämän tutkimuksen mukaan vuosien 2005–2007 yleisimmät G-tyypit olivat G1 ja G9. Muutamia muita G-tyyppejä löytyi harvinaisena. Yleisin P-tyyppi oli P[8], edustaen 90 % aineistosta. Runsaimmin esiintyi yhdistelmiä G1P[8] ja G9P[8]. Epidemiakaudella 2006–2007 Helsingissä yleisimmät G-tyypit olivat G1 ja G9. Kuopiossa vallitsevat G-tyypit olivat G2 ja G9. Yleisimmät G/P yhdistelmät epidemiakaudella 2006–2007 olivat Helsingissä G1P[8] ja G9P[8] sekä Kuopiossa G9P[8] ja G2P[4]. Viime vuosina Euroopassa yleisimmät G- tyypit ovat olleet G1-G4 ja G9. Suomen genotyyppijakautuma on siten pääpiirteissään yhteneväinen muiden Euroopan maiden G- ja P-tyyppien kanssa. fi
dct.language fi
ethesis.language.URI http://data.hulib.helsinki.fi/id/languages/fin
ethesis.language Finnish en
ethesis.language suomi fi
ethesis.language finska sv
ethesis.thesistype Tutkielma (Eläinlääketieteen lisensiaatti) fi
dct.identifier.urn URN:NBN:fi-fe201801151794
dc.type.dcmitype Text
dct.alternative Rotavirus P- and G-types in Finnish children in 2005-2007 en
dc.identifier.laitoskoodi E9000
dct.subject.ysa rotavirus fi
dct.subject.ysa genotyyppi fi
dc.format.content abstractOnly

Files in this item

Files Size Format View
Lahikainen_Elina_tiivistelmat.pdf 19.82Kb PDF

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record