Browsing by Subject "Bakteerit"
Now showing items 1-4 of 4
-
(2016)Bakteereita ja eukaryootteja esiintyy erittäin runsaasti jätevedessä, jossa ne voivat muodostaa fyysisiä vuorovaikutuksia toistensa kanssa. Fyysisiä vuorovaikutuksia bakteerien ja eukaryoottien välille voi muodostua symbioosien tai saalis-saalistaja suhteen välityksellä. Bakteerit ja eukaryootit osallistuvat myös jäteveden puhdistusprosesseihin, joten näillä molemmilla on iso merkitys puhdistusprosessissa. EpicPCR-menetelmän avulla voidaan tutkia isoja mikrobipopulaatioita sekvensoimalla genomin alueita suuresta määrästä yksittäisiä soluja. Aiemmin menetelmää on käytetty selvittämään sulfaatin pelkistämiseen osallistuvien bakteerien fylogeneettista diversiteettiä järven sedimenteissä. Tämän työn tarkoituksena oli tutkia bakteerien ja eukaryoottien fyysisiä vuorovaikutuksia jätevedessä käyttäen apuna epicPCR-menetelmää. Tutkimuksessa yhdistettiin tiiviissä fyysisessä yhteydessä olleen bakteerin 16S rRNA- ja eukaryootin 18S rRNA -geeni. Samalla selvitettiin miten epicPCR-menetelmä soveltuu käytettäväksi kahden fylogeneettisen 16S rRNA- ja 18S rRNA -geenin yhdistämiseen ja miten jätevesi soveltuu näytteeksi. Tulosten perusteella pohdittiin millaisia voisivat olla bakteerien ja eukaryoottien fyysiset vuorovaikutukset ja mitä ne merkitsevät kummallekin osapuolelle. Fyysisiä yhteisvaikutuksia tutkittiin käyttämällä yksinkertaiseen teknologiaan perustuvaa epicPCR-menetelmää ja sekvensointi suoritettiin Illumina MiSeq -menetelmällä. Sekvenssien käsittely ja analyysi tehtiin käyttäen Unixin Bash -komentorivikieltä ja R-ohjelmointikieltä CSC:n Taito-laskentaklusterilla käyttäen apuna Qiime-työkalupakettia. Tulosten perusteella bakteerien ja eukaryoottien välillä havaittiin fyysisiä yhteyksiä, jotka jakaantuivat kahdella eri tavalla. Jätevedestä löytyi eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden useamman bakteeriryhmän kanssa ja eukaryoottiryhmiä, jotka muodostivat yhteyden vain tietyn bakteeriryhmän kanssa. Saalistukseen pystyvät eukaryoottiryhmät muodostivat yhteyksiä useamman bakteeriryhmän kanssa kuten myös määrällisesti enemmän kuin fotosynteettiset eukaryoottiryhmät.
-
(2020)Suusyövän tärkeimmät riskitekijät tunnetaan hyvin ja merkittävä osa suusyövistä olisikin ehkäistävissä ainoastaan elämäntapamuutoksilla. Suuontelossa esiintyvien bakteerien yhteyttä suusyöpään on tutkittu paljon ja tulokset ovat vakuuttavia. Suusyöpäpotilailla korostuvilla bakteerilajeilla on todettu olevan lukuisia ominaisuuksia, mitkä voivat edesauttaa syövän syntyä ja kehitystä. Selvää kausaliteettia bakteerien ja suusyövän välillä ei kuitenkaan olla kyetty määrittämään. Osa syynä tähän on tutkimusmenetelmien erilaisuus, mistä johtuen tutkimustuloksia on vaikea vertailla keskenään. Jos kausaliteetti voitaisiin määrittää, tietoa voisi käyttää hyödyksi suusyövän ehkäisyssä, diagnostiikassa ja hoidossa. Tutkielmassani käyn läpi joukon tutkimuksia, joissa on tutkittu suusyövän ja bakteerien välistä yhteyttä. Käytettyjä tutkimusmenetelmiä ovat ihmiseltä otetut biopsia-, sylki- ja pyyhkäisynäytteet, ihmisen erilaisten solulinjojen viljelmät sekä koe-eläinmalli (hiiri). Yleisesti tutkimuksissa käytettyjä menetelmiä ovat olleet bakteerien perimäaineksen eristäminen, 16S ribosomaalisen RNA:n monistaminen PCR:llä, sekvensointi ja sekvenssien haku erilaisista tietokannoista. Paljon käytettyjä menetelmiä ovat olleet myös immunohistokemialliset- ja värjäysmenetelmät. Tutkimustuloksissa on havaittu mikrobiomin erilaisuus terveiltä verrokeilta ja suusyöpäpotilailta otettujen näytteiden välillä. Suusyöpäpotilaiden näytteissä ovat korostuneet esimerkiksi Fusobacterium-, Pseudomonas-, Campylobacter- ja Prevotella-lajit. Soluviljelmissä ja koeeläinmallissa on havaittu Porphyromonas gingivalis- ja Fusobacterium nucleatum-infektion kiihdyttävän syövän kehitystä.
-
(2020)Suusyövän tärkeimmät riskitekijät tunnetaan hyvin ja merkittävä osa suusyövistä olisikin ehkäistävissä ainoastaan elämäntapamuutoksilla. Suuontelossa esiintyvien bakteerien yhteyttä suusyöpään on tutkittu paljon ja tulokset ovat vakuuttavia. Suusyöpäpotilailla korostuvilla bakteerilajeilla on todettu olevan lukuisia ominaisuuksia, mitkä voivat edesauttaa syövän syntyä ja kehitystä. Selvää kausaliteettia bakteerien ja suusyövän välillä ei kuitenkaan olla kyetty määrittämään. Osa syynä tähän on tutkimusmenetelmien erilaisuus, mistä johtuen tutkimustuloksia on vaikea vertailla keskenään. Jos kausaliteetti voitaisiin määrittää, tietoa voisi käyttää hyödyksi suusyövän ehkäisyssä, diagnostiikassa ja hoidossa. Tutkielmassani käyn läpi joukon tutkimuksia, joissa on tutkittu suusyövän ja bakteerien välistä yhteyttä. Käytettyjä tutkimusmenetelmiä ovat ihmiseltä otetut biopsia-, sylki- ja pyyhkäisynäytteet, ihmisen erilaisten solulinjojen viljelmät sekä koe-eläinmalli (hiiri). Yleisesti tutkimuksissa käytettyjä menetelmiä ovat olleet bakteerien perimäaineksen eristäminen, 16S ribosomaalisen RNA:n monistaminen PCR:llä, sekvensointi ja sekvenssien haku erilaisista tietokannoista. Paljon käytettyjä menetelmiä ovat olleet myös immunohistokemialliset- ja värjäysmenetelmät. Tutkimustuloksissa on havaittu mikrobiomin erilaisuus terveiltä verrokeilta ja suusyöpäpotilailta otettujen näytteiden välillä. Suusyöpäpotilaiden näytteissä ovat korostuneet esimerkiksi Fusobacterium-, Pseudomonas-, Campylobacter- ja Prevotella-lajit. Soluviljelmissä ja koeeläinmallissa on havaittu Porphyromonas gingivalis- ja Fusobacterium nucleatum-infektion kiihdyttävän syövän kehitystä
-
(2015)The Baltic Sea is one of the most extensive oxygen-depleted (hypoxic) areas. The hypoxic areas in the Baltic Sea are becoming more common due to climate change and anthropogenic eutrophication. The influence of hypoxia on sediment communities is in general well known, but the impact of different degrees of hypoxic stress on the functions of benthic microbial communities is less studied. Although the impact of microbes on benthic ecosystem functioning can be significant, the changes caused by hypoxia disturbed microbial communities are not well known. These changes can affect other organisms and environment globally because microbes influence nutrient and element cycles. Also some microbial species produce toxic hydrogen sulfide (H2S) in anaerobic conditions. This study investigated sandy sediments taken from the Baltic Sea whose organism communities were artificially disturbed by covering sediment plots with oxygen impermeable plastic sheets. Covering induced artificially hypoxia (< 2 ml O2 l-1) of different durations for 0, 3, 7 and 48 days. This thesis concentrated studying the bacterial communities of the disturbed sediments. Change in bacterial community was observed by terminal restriction fragment length polymorphism analysis (T-RFLP). The aim was find out how bacterial community composition and diversity changed in sediments influenced by increasing hypoxic disturbance. The conducted observations indicated how changes within the bacterial community can influence other organisms and environment. Results obtained by permutational ANOVA testing indicated that bacterial community composition, especially bacterial biodiversity, was influenced by artificially induced hypoxia lasting 48 days. A slight decrease in bacterial diversity was seen already after 7 days hypoxia. Overall bacterial community was more resistant to disturbance than animal fauna, which has been studied in parallel research (Villnäs ym. 2012). H2S-producing deltaproteobacteria (e.g. Desulfatiferula, Desulfovibrio and Desulfofustis) were observed in sediments which were disturbed the longest, which explains the H2S production detected in chemical data of the parallel study. This may have caused a decrease in macrofauna. Amounts of sulfate-reducing bacteria correlated with increases in ammonium and silicate, which may increase both eutrophication and anoxia in an aquatic system. Results indicated that bacterial community was disturbed due to increasing hypoxia, and changes in the bacterial community correlated with changes in chemical parameters. Observations suggest that changes in the composition of a bacterial community may influence an entire ecosystem. The composition of microbial communities should be taken into account when studying the impact of environmental disturbances on various ecosystems.
Now showing items 1-4 of 4