Browsing by Subject "STEC"
Now showing items 1-4 of 4
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2016)Työn tarkoituksena on kuvata fasaanien kasvatusta, metsästystä ja käyttöä erityisesti Suomessa ja esittää olemassa olevaa tutkimustietoa zoonoottisten bakteerien esiintymistä fasaaneissa eri puolilla maailmaa. Työn kokeellisessa osuudessa selvitetään laboratorioanalyysein zoonoottisten bakteerien esiintymistä suomalaisissa tarhassa kasvatetuissa fasaaneissa. Tutkimus tuo esille uutta tietoa, koska Suomessa tapahtuvasta fasaanien kasvatuksesta ja lintujen tai kasvatustilojen lukumäärästä ei ole julkaistua ajantasaista tietoa saatavilla. Fasaanien kasvatukseen ja tarhaukseen ei myöskään ole virallista ohjetta. Patogeenisten bakteerien esiintyvyydestä ssuomalaisten fasaanien suolistossa ei ole aiempaa tutkimustietoa saatavilla. Zoonoottisten bakteerien kantajina fasaanit voivat aiheuttaa potentiaalisen riskin ympäristön kontaminoitumiselle ja ihmisten tautitartunnoille. Kokeet tehtiin fasaanien ulostenäytteistä, jotka otettiin 100 luonnosta metsästetyn tarhakasvatetun fasaanin suolistosta. Näytteistä tutkittiin yleisimpien elintarvikevälitteisten patogeenisten bakteerien esiintymistä. Tutkimuksen kohteena olivat shigatoksiinigeeniä (stx) kantava eli stx-positiivinen Escherichia coli -bakteeri (STEC), Salmonella spp. -bakteerit, Listeria spp. -bakteerit, Campylobacter spp. -bakteerit ja Yersinia spp. -bakteerit. Fasaanien ulostenäytteistä Salmonella- ja Yersinia-bakteerit osoitettiin sekä viljely- että reaaliaikaisella PCR-menetelmällä, Campylobacter- ja Listeria-bakteerit määritettiin vain viljelymenetelmällä ja STEC vain reaaliaikaisella polymeraasiketjureaktio eli PCR-menetelmällä. Näytteissä todettiin Salmonella spp. -, stx1-positiivisia Escherichia coli (STEC)-, Campylobacter jejuni -, Listeria monocytogenes -, Yersinia enterocolitica - ja Yersinia pseudotuberculosis -bakteereita. Eniten näytteissä esiintyi Campylobacter jejuni - ja Listeria monocytogenes -bakteereita, joiden esiintyvyys oli 10 %. Yersinia-suvun ail-positiivisia eli taudinaiheuttamiskykyisiä bakteereita todettiin 6 % näytteistä. Salmonella spp. -bakteerien prevalenssi oli 4 % ja stx1-positiivisten STEC-bakteerien 3 %. Tässä tutkimuksessa suomalaisten tarhassa kasvatettujen fasaanien ulostenäytteissä todettiin esiintyvän kaikkia tutkittuja zoonoottisia elintarvikevälitteisiä bakteerisukuja tai niiden DNA:ta (PCRmenetelmä). Koska fasaanin lihaa käytetään ihmisravinnoksi omaan käyttöön ja sitä voidaan myydä tarkastamattomana eteenpäin, on patogeenien kulkeutuminen ihmiseen ja zoonoottisen infektion puhkeaminen teoriassa mahdollista. Jatkotutkimuksia voitaisi tehdä fasaanien kanssa työskentelevien altistumisen ja sairastuvuuden selvittämiseksi ympäristön kontaminaation ja muiden eläinlajien tautiriskien kartoittamiseksi.
-
(2019)Lisensiaatintutkielmani sisältää kirjallisuuskatsauksen kissojen raakaruokintaan liittyen ja alkuperäistutkimuksen. Tutkimuksessa pyrittiin selvittämään ihmisille tavallisimpien mahasuolitulehduksia aiheuttavien bakteerien esiintyvyyttä kissoille soveltuvassa raakaruoassa. Tämän lisäksi tutkittiin kahden raakaruokaa syövän kissan ulosteita tavoitteena selvittää erittyvätkö mahdollisesti ruoassa esiintyvät tautia aiheuttavat bakteerit kissojen ulosteeseen. Aihe valittiin, koska lemmikkien raakaruokintaa ei ole vielä kovin paljon Suomessa tutkittu, varsinkaan kissojen kohdalla. Lemmikkien raakaruoan mikrobiologista laatua on tutkittu ulkomailla, missä suurin huoli on tavallisesti ollut salmonella. Suomalaisessa raa’assa lihassa salmonellan esiintyminen on kuitenkin erittäin vähäistä. Suomessa tavallisimmat ihmisille tautia aiheuttavat elintarvikevälitteiset bakteerit ovat Campylobacter spp., Yersinia enterocolitica, Y. pseudotuberculosis, shiga-toksiinia tuottava Escherichia coli eli STEC ja salmonella. Hypoteeseja oli kolme erillistä. Ensimmäisen mukaan oletettiin, että lemmikkien raakaruoasta löytyisi jonkin verran tautia aiheuttavia bakteereita. Toisen perusteella odotettiin yleisimpien löytöjen olevan Y. enterocolitica ja kampylobakteerit. Kolmas hypoteesi oli, että sisäkissan ulosteesta ei juuri löytyisi tautia aiheuttavia bakteereita. Tutkimuksen aikana kerättiin vuoden aikana 48 raakaruokanäytettä ja 73 ulostenäytettä. Ulostenäytteitä kerättiin kahdelta eri kissalta, joista toiselta koko tutkimuksen ajan ja toiselta vain viimeisen puolen vuoden ajan. Näytteet sekoitettiin puskuroituun peptoniveteen ja viljeltiin selektiivisille agareille. Peptonivesiseokset inkuboitiin yön ylitse +37 °C:ssa. Inkuboiduista seoksista tehtiin säilytys 20 % glyserolin kanssa -70 °C ja PCR-ajoa varten DNA-eristys ZR Fecal DNA MiniPrepTM -menetelmää (Zymo Research, USA) käyttäen. Peptonivesiseokset säilöttiin tutkimuksen ajan 4 °C:ssa. PCR-positiiviset näytteet viljeltiin uudelleen selektiiviselle maljoille esirikastetuista seoksista. Tutkituista ruokanäytteistä 42 % sisälsi jotain tutkittua tautia aiheuttavaa bakteeria. Ulostenäytteistä 84 % sisälsi jotain tutkittua bakteeria PCR-tulosten perusteella. Ulostenäytteistä yhteensä 74% oli kampylobakteeripositiivisia, vaikka ruokanäytteet eivät olleet. Ruokanäytteistä saadut PCR-positiiviset näytteet eivät kasvaneet agarmaljoilla lainkaan. Ulostenäytteistä kaksi PCRpositiivista Y. enterocolitica löydöstä kasvoi myös agarmaljoilla. Nämä olivat biotyyppiä 4 ja kaupallisella vasta-aineella tehdyllä testillä serotyyppiä O:3. Kummankin kissanulosteesta eristettiin Campylobacter helveticus. Tulosten perusteella voidaan vetää johtopäätös, että raakaruokinnassa on riskejä lemmikkien ja ihmisten terveydelle. Riskit ovat suuret erityisesti ihmisille, joiden immuunijärjestelmän toiminta ei ole normaalia. Hypoteesit olivat osittain oikein, mutta esimerkiksi ulosteessa esiintyvien tautia aiheuttavien kampylobakteerien korkea esiintyvyys oli yllätys. Tutkimuksen toinen tavoite, mikä oli selvittää siirtyvätkö ruoan patogeenit kissojen ulosteeseen, ei välttämättä onnistunut näytteenottosuunnitelman takia. Näytteitä olisi pitänyt ottaa pidemmän aikaa raakaruoan syöttämisen jälkeen ja tutkia kissat etukäteen, etteivät ne eritä mitään bakteeria valmiiksi ulosteeseensa.
-
(2020)Shigatoksiinia tuottavat Escherichia coli (STEC) -bakteerit aiheuttavat ihmisille ruokamyrkytyksiä. Ruokamyrkytysten yleisimpinä oireina esiintyy eriasteista ripulia, vakavimmissa tapauksissa veriripulia ja hemolyyttis-ureemista oireyhtymää (HUS), joka voi edetessään johtaa munuaishäiriöön. STEC-bakteerien merkittävimpänä reservoaarina toimivat naudat, joista bakteerit voivat päätyä elintarvikkeisiin ulostekontaminaation välityksellä. Naudanlihan lisäksi riskeinä toimivat esimerkiksi kuumentamaton raakamaito sekä saastuneet kasvikset. STEC-bakteerien diagnosointi perustuu vielä useimmiten tunnetuimman O157:H7-serotyypin diagnosointiin eivätkä nykyiset menetelmät sellaisenaan riitä kattamaan kaikkien STEC-bakteerien tunnistusta. STEC-bakteerien diagnosoinnissa näytteistä yhtenä suurimmista haasteista ovat PCR-positiiviset ja maljanegatiiviset tulokset, jolloin shigatoksiinia koodavan stx-geenin läsnäolon merkitys näytteessä jää epäselväksi. Tämän tutkielman alkuperäistutkimuksen tarkoituksena on parantaa STEC-bakteerien diagnostiikkaa selvittämällä I) diagnostiselta kannalta STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila II) STEC-bakteerien kasvu kolmella eri agarmaljalla ja lisäksi tutkimuksen tarkoituksena on osoittaa III) suomalaisten ruokakauppojen naudan jauhelihojen stx-positiivisuus. Hypoteesina on, että I) STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila on 37 °C II) vain harva jauhelihanäyte on stx-positiivinen III) vain harva PCR-positiivinen näyte tuottaa maljapositiivisen tuloksen. Lämpötila- ja agarmaljatutkimukseen valittiin 25 bakteerikantaa, joista osa oli kansainvälisiä referenssikantoja. Lämpötilatutkimus suoritettiin bakteerisuspension sameutta mittaavalla Bioscreen C -laitteella. Mittausajo kesti 24 tuntia ja se suoritettiin neljässä lämpötilassa: 30 °C, 37 °C, 42 °C ja 44 °C. Kantojen kasvua tutkittiin kolmella agarmaljalla: CHROMagar™ STEC, kefiksiimi-telluriitti sorbitoli MacConkey (CT-SMAC) ja sorbitoli MacConkey (SMAC). Agarmaljoja inkuboitiin 37 °C:n ja 42 °C:n lämpötiloissa. Tutkimukseen valitut naudan jauhelihat (n=70) olivat peräisin suomalaisista ruokakaupoista. Näytteistä 60 rikastettiin 37 °C:n lämpötilassa ja loput 10 näytettä rikastettiin 42 °C:n lämpötilassa. Lihanäytteiden stx-positiivisuutta tutkittiin reaaliaikaisella PCR:llä. Lämpötilatutkimuksessa havaittiin eroja neljän tutkitun lämpötilan välillä. Hypoteesista poiketen 37 °C:n ja 42 °C:n optisen tiheyden (OD) arvoissa ei esiintynyt merkitsevää eroa, jolloin korkeamman 42 °C:n rikastuslämpötilan käyttö STEC-bakteerien diagnostiikassa on mahdollista. Korkeampi lämpötila voi toimia selektiivisenä tekijänä kilpaileville bakteereille, jolloin STEC-bakteerit saataisiin näytteestä paremmin esiin. Selektiivisempi CHROMagar™ STEC -malja inhiboi joidenkin tutkittujen kantojen kasvua, jolloin diagnostiikkaa voi tukea selektiivisen ja ei-selektiivisen agarin rinnakkaiskäyttö. Korkeamman rikastuslämpötilan käyttö tuotti parempia tuloksia STEC-bakteerien diagnosoinnissa jauhelihanäytteistä verrattuna 37 °C:n rikastuslämpötilaan. Alemmassa 37 °C:een rikastuslämpötilassa ei saatu eristettyä maljalta yhtäkään STEC-bakteeria ja 42 °C:n lämpötilassa maljalta saatiin eristettyä kuusi kahdeksasta (75 %) PCR-positiivisesta näytteestä. Alemmassa 37 °C:n lämpötilassa tutkituista näytteistä 28 % oli stx-positiivisia eli Suomessa myynnissä olevissa naudan jauhelihoissa esiintyy stx-positiivisuutta.
-
(2020)Shigatoksiinia tuottavat Escherichia coli (STEC) -bakteerit aiheuttavat ihmisille ruokamyrkytyksiä. Ruokamyrkytysten yleisimpinä oireina esiintyy eriasteista ripulia, vakavimmissa tapauksissa veriripulia ja hemolyyttis-ureemista oireyhtymää (HUS), joka voi edetessään johtaa munuaishäiriöön. STEC-bakteerien merkittävimpänä reservoaarina toimivat naudat, joista bakteerit voivat päätyä elintarvikkeisiin ulostekontaminaation välityksellä. Naudanlihan lisäksi riskeinä toimivat esimerkiksi kuumentamaton raakamaito sekä saastuneet kasvikset. STEC-bakteerien diagnosointi perustuu vielä useimmiten tunnetuimman O157:H7-serotyypin diagnosointiin eivätkä nykyiset menetelmät sellaisenaan riitä kattamaan kaikkien STEC-bakteerien tunnistusta. STEC-bakteerien diagnosoinnissa näytteistä yhtenä suurimmista haasteista ovat PCR-positiiviset ja maljanegatiiviset tulokset, jolloin shigatoksiinia koodavan stx-geenin läsnäolon merkitys näytteessä jää epäselväksi. Tämän tutkielman alkuperäistutkimuksen tarkoituksena on parantaa STEC-bakteerien diagnostiikkaa selvittämällä I) diagnostiselta kannalta STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila II) STEC-bakteerien kasvu kolmella eri agarmaljalla ja lisäksi tutkimuksen tarkoituksena on osoittaa III) suomalaisten ruokakauppojen naudan jauhelihojen stx-positiivisuus. Hypoteesina on, että I) STEC-bakteereille otollinen kasvulämpötila on 37 °C II) vain harva jauhelihanäyte on stx-positiivinen III) vain harva PCR-positiivinen näyte tuottaa maljapositiivisen tuloksen. Lämpötila- ja agarmaljatutkimukseen valittiin 25 bakteerikantaa, joista osa oli kansainvälisiä referenssikantoja. Lämpötilatutkimus suoritettiin bakteerisuspension sameutta mittaavalla Bioscreen C -laitteella. Mittausajo kesti 24 tuntia ja se suoritettiin neljässä lämpötilassa: 30 °C, 37 °C, 42 °C ja 44 °C. Kantojen kasvua tutkittiin kolmella agarmaljalla: CHROMagar™ STEC, kefiksiimi-telluriitti sorbitoli MacConkey (CT-SMAC) ja sorbitoli MacConkey (SMAC). Agarmaljoja inkuboitiin 37 °C:n ja 42 °C:n lämpötiloissa. Tutkimukseen valitut naudan jauhelihat (n=70) olivat peräisin suomalaisista ruokakaupoista. Näytteistä 60 rikastettiin 37 °C:n lämpötilassa ja loput 10 näytettä rikastettiin 42 °C:n lämpötilassa. Lihanäytteiden stx-positiivisuutta tutkittiin reaaliaikaisella PCR:llä. Lämpötilatutkimuksessa havaittiin eroja neljän tutkitun lämpötilan välillä. Hypoteesista poiketen 37 °C:n ja 42 °C:n optisen tiheyden (OD) arvoissa ei esiintynyt merkitsevää eroa, jolloin korkeamman 42 °C:n rikastuslämpötilan käyttö STEC-bakteerien diagnostiikassa on mahdollista. Korkeampi lämpötila voi toimia selektiivisenä tekijänä kilpaileville bakteereille, jolloin STEC-bakteerit saataisiin näytteestä paremmin esiin. Selektiivisempi CHROMagar™ STEC -malja inhiboi joidenkin tutkittujen kantojen kasvua, jolloin diagnostiikkaa voi tukea selektiivisen ja ei-selektiivisen agarin rinnakkaiskäyttö. Korkeamman rikastuslämpötilan käyttö tuotti parempia tuloksia STEC-bakteerien diagnosoinnissa jauhelihanäytteistä verrattuna 37 °C:n rikastuslämpötilaan. Alemmassa 37 °C:een rikastuslämpötilassa ei saatu eristettyä maljalta yhtäkään STEC-bakteeria ja 42 °C:n lämpötilassa maljalta saatiin eristettyä kuusi kahdeksasta (75 %) PCR-positiivisesta näytteestä. Alemmassa 37 °C:n lämpötilassa tutkituista näytteistä 28 % oli stx-positiivisia eli Suomessa myynnissä olevissa naudan jauhelihoissa esiintyy stx-positiivisuutta.
Now showing items 1-4 of 4