Browsing by Subject "mikrobiologia"

Lisensiaatin tutkielman tavoitteena oli kehittää 24-tunnin ruoankäyttöhaastattelumenetelmä soveltumaan mikrobiologisessa riskinarvioinnissa hyödynnettävien altistumistietojen keräämiseen. Tutkielman osana tehtiin Eviran riskinarvioinnin tutkimusyksikössä myös 19 haastateltavan pilottitutkimus, jonka avulla kehitetyn menetelmän toimivuutta arvioitiin. Tutkimus on osa Elintarviketurvallisuusviraston ja Helsingin yliopiston Altistus kemiallisille ja mikrobiologisille elintarvikevaaroille eli BIKE-projektia, jossa kehitetään menetelmää kemiallisten ja mikrobiologisten riskien arviontiin. Mikrobiologista riskinarviointia tarvitaan, jotta elintarvikkeisiin liittyviä suosituksia ja lainsäädäntöä laadittessa voidaan huomioida mikrobiologiset riskit terveydelle. Mikrobiologisen riskinarvioinnin tulee olla mahdollisimman laadukasta, jotta suosituksia ja lainsäädäntöä laadittaessa olisi käytettävissä mahdollisimman luotettavaa ja tarkkaa tietoa. Epävarmuutta mikrobiologisessa riskinarvioinnissa ovat lisänneet etenkin kuluttajavaiheen osalta puutteelliset tiedot sellaisista käsittelyistä, joilla on vaikutuksia kulutettavan elintarvikkeen mikrobiologiseen tilaan ja siten myös kuluttajan altistumiselle mikrobiologisille vaaroille. Kuluttajien elintarvikkeiden käsittelyä on tutkittu aikaisemmin kysely- ja tarkkailumenetelmien avulla. Tutkimustieto kuluttajien elintarvikkeiden käsittelyä koskien on kuitenkin osittain huonosti riskinarviointiin soveltuvaa, sillä tietoja on vain vähäisessä määrin saatavilla elintarvikekohtaisesti ja vielä vähemmän juuri Suomen tilannetta koskien. Sovelletun 24-tunnin haastattelumenetelmän avulla saadaan kerättyä tietoja sekä kuluttajavaiheen käsittelyiden vaikutuksista elintarvikkeen mikrobiologiseen tilaan elintarvikekohtaisesti, että tiedot nautitun elintarvikkeen määrästä. Kumpaakin edellä mainittua tietoa tarvitaan altistumisen arvioinnissa, joka on riskinarvioinnin ja siten myös riskianalyysin keskeinen osa. Altistumisen arvioinnissa tarvittavan ruoankäyttötiedon keräämiseen muun muassa EFSA suosittelee käyttämään 24 -tunnin haastattelumenetelmää. Hypoteesina oli 24 tunnin haastattelumenetelmän hyvä soveltuminen mikrobiologisessa riskinarvioinnissa tarvittavien altistumistietojen keräämiseen. 24-tunnin haastattelumenetelmän kehittäminen mikrobiologisten riskien arvioinnin mahdollistamiseksi aloitettiin alkukeväällä 2016 ja kehitetty menetelmä pilotoitiin keväällä 2016. Mikrobiologiseen riskinarviointiin tarvittavien keskeisimpien tietojen keräämiseksi valikoidut kysymykset järjestettiin vuokaavioihin haastattelun järjestelmällisen kulun helpottamiseksi. Haastatteluihin haastattelijana toiminut lisensiaatin tutkielman tekijä valmistautui perehtymällä 24-tunnin haastattelumenetelmään teoreettisesti ja käytännössä. Haastattelut suoritettiin yhdessä kirjaajan kanssa noin kuukauden aikana. Haastateltavana pilottitutkimuksessa oli yhteensä 19 Eviran työntekijää. Menetelmän avulla saatiin kohtuullisessa ajassa (keskimäärin 51 minuuttia) kerättyä hyvin tarkkaa tietoa kuluttajien tavoista käsitellä elintarvikkeita. 24-tunnin haastattelumenetelmää voidaan käyttää mikrobiologisessa riskinarvioinnissa altistumistietojen hankkimiseen, mutta menetelmän käyttämiseen liittyy haasteita pääasiassa sen vaatimien haastattelijaresurssien takia. Kehitetyn menetelmän soveltaminen riskinarvioinnissa on jo aloitettu ja sitä tullaan kehittämään edelleen.

BACKGROUND: Diet has a major influence on the human gut microbiome, which has been linked to health and disease. However, epidemiological studies on the association of a healthy diet with the gut microbiome utilizing a whole-diet approach are still scant. OBJECTIVES: To assess associations between healthy food choices and human gut microbiome composition, and to determine the strength of association with the functional potential of the microbiome. DESIGN: The study sample consisted of 4,930 participants in the FINRISK 2002 study. Food intake was assessed using a food propensity questionnaire. Intake of food items recommended to be part of a healthy diet in the Nordic Nutrition Recommendations were transformed into a healthy food choices (HFC) score. Microbial diversity (alpha diversity) and compositional differences (beta diversity) and their associations with the HFC score and its components were assessed using linear regression and permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA). Associations between specific taxa and HFC were analyzed using multivariate associations with linear models (MaAsLin). Functional associations were derived from KEGG orthologies (KO) with linear regression models. RESULTS: Both microbial alpha (p = 1.90x10-4) and beta diversity (p ≤ 0.001) associated with HFC score. For alpha diversity, the strongest associations were observed for fiber-rich breads, poultry, fruits, and low-fat cheeses. For beta diversity, most prominent associations were observed for vegetables followed by berries and fruits. Genera with fiber-degrading and short-chain fatty acids (SCFA) producing capacity were positively associated with the HFC score. HFC associated positively with KO-based functions such as vitamin biosynthesis and SCFA metabolism, and inversely with fatty acid biosynthesis and the sulfur relay system. CONCLUSIONS: These results from a large and representative population-based survey confirm and extend findings of other smaller-scale studies that plant and fiber-rich dietary choices are associated with a more diverse and compositionally distinct microbiome, and with a greater potential to produce SCFAs.

Elintarvikehyönteisten kulutus on yleistynyt länsimaissa viimeisen viiden vuoden aikana. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on esitellä uusin tieteellinen tieto elintarvikehyönteistuotannon riskitekijöistä. Työssä esitellään todellinen kaksitäpläsirkan (Gryllus bimacultus) tuotantoketju kasvatuslaitokselta valmiiksi kuivatuotteeksi. Valmistusketjun omavalvontaan tutustutaan mikrobiologisten ja kemiallisten analyysien näkökulmasta ja lopputuotteen turvallisuutta arvioidaan vastaavilla analyyseillä. Työssä esitellään myös salmonellavapauden osoittaminen kasvatuslaitoksella positiivisen löydöksen jälkeen. Kuivatun lopputuotteen analyysien, kuten raskasmetallien, mykotoksiinien tai tutkittujen patogeenisten mikrobien, osalta ei ilmennyt laatua heikentäviä vaaratekijöitä, vaikkakin tuotteen vesipitoisuuden havaittiin vaihtelevan. Havaintoon liittyen kehitettiin tuotantoketjun omavalvontaa tuotantolaitoksen ilmankosteuden seurannan ja raja-arvojen osalta. Tuontihyönteisistä löydetyn salmonellalöydöksen jälkeen kontaminaatioita ei havaittu kotimaisesta kasvatuslaitoksesta tai tuotetuista hyönteisistä otetuista näytteistä, joten salmonellan leviäminen kasvatuslaitoksen sisällä vaikuttaa epätodennäköiseltä. Kontaminaation lähtöpisteeksi epäillyltä ulkomaiselta kasvatuslaitokselta salmonellaa löytyi jatkotutkimuksissa munitusastiasta, jollaisesta myös alkuperäinen löydös oli tehty. Elintarvikehyönteisten riskinarviointi perustuu yhä kohtuullisen pieneen määrään kokemusta ja tutkimusta. Suuri osa kaksitäpläsirkan elintarviketurvallisuuteen ja prosessointiin liittyvästä tutkimustiedosta on jouduttu johtamaan toisista hyönteisistä, kuten kotisirkasta (Acheta domesticus), saadusta tiedosta. Tarve uudelle tutkimukselle on suuri ja useat perusasiatkin, kuten säilyvyysaika ja olosuhdevaatimukset, perustuvat vähäiseen tietoon. Tuotaessa hyönteisiä ulkomailta on tehtävä kohdennetusti patogeenien analyysejä, jotta voidaan estää kontaminaatioiden mahdollista leviämistä tuotantolaitoksiin.

Microbiology is included in the subject of biology in lower secondary school as part of the National Core Curriculum for Basic Education (POPS). Microbiology teaching has traditionally relied on inquiry-based methods and practical work, where inquiry is highlighted in POPS. In this study, a survey of teachers investigated microbiology teaching and inquiry-based methods in lower secondary school. The study focused on these areas: 1. What groups of microbes are mentioned and in what biological contexts? 2. What methods are used in teaching microbiology? 3. How much are inquiry-based methods used and does the amount vary regionally? 4. What type of inquiry-based teaching is used? and 5. What are the potential limitations in delivering inquiry-based teaching? The data were collected by an online survey for biology teachers in lower secondary schools around Finland and 36 responses were received. The data were analyzed mainly by qualitative content analysis which was supported by quantitative and regional analysis. According to the results, the coverage of microbial diversity is wide in biology teaching but Archea may receive less attention. Microbiology is taught well in many biological contexts but least in the context of evolution and development of life. The teaching methods are diverse, and many different practical activities are carried out. Inquiry-based methods were utilized by 97.2% of teachers and the amount does not vary regionally. Structured inquiry is used the most in microbiology teaching and the majority of the teachers found inquiry-based methods valuable. The amount of inquiry is limited by a lack of time, size and heterogeneity of the student groups, lack of equipment and workspace. The results indicated that the teaching of microbiology in lower secondary school is diverse and inquiry-based methods are common, but limitations were expressed. Solutions in response to these concerns could be, for instance, virtual activities, improved learning materials and more collaboration between universities and schools which is now poor. There are so far no other published studies about this in Finland. In the future, it would be interesting to study further how inquiry-based methods and the teacher’s self-efficacy and own training in these areas affect the outcomes of microbiology education. Such research could then be used to improve teacher education to address the limitations presented in this thesis.