Browsing by Subject "mlva"

Patogeeninen Yersinia enterocolitica aiheuttaa yersinioosiksi kutsuttua suolistoinfektiota ja se voi aiheuttaa myös pitkäaikaisia jälkitauteja. Yersinia on kolmanneksi yleisin elintarvikevälitteinen bakteerizoonoosi Euroopassa kampylobakteerin ja salmonellan jälkeen. Suomessa yersiniatartuntoja raportoidaan vuosittain 500–700 ja esiintyvyys on Euroopan tasolla väkilukuun suhteutetuna korkea. Tartunnat ovat yleensä yksittäisiä, epidemioita esiintyy harvoin. Y. enterocolitica on gramnegatiivinen fakultatiivisesti anaerobi kokkoidi sauvabakteeri. Se on psykrotrofinen eli kykenee lisääntymään myös jääkaappilämpötilassa. Yersinian tärkeimpänä tartuntalähteenä pidetään yleisesti raakaa tai huonosti kypsennettyä sianlihaa, johon se päätyy taudinaiheuttajamikrobia kantavista oireettomista sioista teurastusprosessin aikana. Jopa kahdella kolmasosalla sioista patogeeninen Y. enterocolitica -bakteeri on saatu eristettyä teurastamolla otetuista nielurisanäytteistä. Bakteeria on havaittu erittyvän sian ulosteeseen noin joka kymmenellä sialla vaihtelevasti riippuen ainakin sian kasvuvaiheesta. Pääosa sioista eristetyistä patogeenisistä Y. enterocolitica kannoista kuuluu Suomessa biotyyppiin 4 ja serotyyppiin O:3. Tutkimuksessa tutkittiin 38 eri tilalta yhteensä 394 sikaa, jotka jakautuivat 10 teuraskuljetukseen. Sioista kerättiin ulostenäytteet ennen kuljetusta tiloilla, välittömästi kuljetuksen jälkeen ja teurastamolla lepoajan jälkeen ennen teurastusta. Yhteensä kerättiin 1139 näytettä, joista 206 näytteestä eristettiin Y. enterocolitica 4/O:3 kanta. Kantojen genotyypit määritettiin MLVA (multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis) menetelmällä. Aiemmissa tutkimuksissa on havaittu, että eri tiloilta tulevien sikojen yersiniakannat eroavat toisistaan niiden MLVA-profiilien perusteella ja menetelmää on pidetty soveltuvana myös Yersinia enterocolitica epidemioiden tutkimiseen. Tutkimuksessa havaittiin muutoksia yksittäisten sikojen yersinian erityksessä. Kuljetuksen jälkeen havaittiin yersinian tilastollisesti merkitsevä korkeampi esiintyvyys sian ulosteessa verrattuna tiloilla ja teurastamolla lepoajan jälkeen otettuihin näytteisiin. Samoin kuljetuksen jälkeen havaittiin enemmän erilaisia MLVA-profiileiltaan eroavia yersinia-kantoja, joita ei tavattu tiloilla otetuissa näytteissä. Teurastamolla lepoajan jälkeen havaittiin muutoksia yksittäisten sikojen erittämissä yersiniakannoissa ja myös täysin uusia kantoja, joita ei havaittu tiloilla eikä kuljetuksen jälkeen otetuissa näytteissä. Kokonaisuudessaan havaittiin yhteensä 64 ainakin yhden toistojakson erolla yhdessä lokuksessa toisistaan eroavaa MLVA-profiilia. Joidenkin muutosten havaittiin liittyvän samassa kuljetuksissa olleisiin toisten tilojen sikoihin. Tulosten perusteella yersinian tarttumista teuraskuljetusten aikana toisten saman kuljetuksen tilojen sioista toisiin voidaan pitää mahdollisena. Tartunta voi olla myös peräisin esimerkiksi yersinialla saastuneesta ympäristöstä kuljetusautossa tai teurastamon navetassa. Tutkimuksessa ei havaittu merkitystä kuljetuksen pituudella yersinian erittymisessä ulosteeseen. Lepoajan pituuden vaikutuksessa yersinian esiintymiseen ilmeni tarve tarkemmalle tutkimukselle. Menetelmän osalta on esitetty, että MLVA-profiililtaan yhden kopioluvun ero yhdessä tai tai kahdessa lokuksessa voidaan tulkita kantojen olevan samaa alkuperää. Jatkotutkimuksen tarve paitsi menetelmän tulkintarajojen kehittämiseksi myös havaintojen vahvistamiseksi ja selittämiseksi nousi esille.