Browsing by Subject "homologia"
Now showing items 1-3 of 3
-
(2018)We have developed a software for homology modelling by satisfaction of distance restraints using MODELLER back-end. The protocols used extend exploration of distance restraints and conformational space. We drive the models in optimization cycle towards better structures as assessed by the used metrics on DOPE score, retrospective distance restraint realization and others. Hydrogen bond networks are optimized for their size and connectivity density. The performance of the method is evaluated for its ability to reconstruct GPCR structures and an extracellular loop 2. The software is written in object-oriented Python (v.2.7) and supports easy extension with additional modules. We built a relational PostgreSQL database for the restraints to allow for data-driven machine and deep learning applications. An important part of the work was the visualization of the distance restraints with custom PyMOL scripts for three-dimensional viewing. Additionally, we automatically generate a plethora of diagnostic plots for assessing the performance of the modelling protocols. The software utilizes parallelism and is computationally practical with compute requirements on an order of magnitude lower than those typically seen in molecular dynamics simulations. The main challenges left to be solved is the evaluation of restraint goodness, assigning secondary structures, restraint interconditioning, and water and ligand placement.
-
(2017)Tässä tutkielmassa analysoin Never Alone -videopeliä ja millä tavoin se on adaptaatio Robert Nasruk Clevelandin perinteisesti suullisesti kerrotusta alaskalaisesta Inupiaq-alkuperäiskansan tarinasta Kunuuksaayuka. Tutkielman keskeisiä teemoja ovat Alaskan Inupiaq-alkuperäiskansan kulttuuriset vaikutteet videopelin henkilöhahmoihin ja keskeisiin teemoihin. Analysoin jokaista videopelin kolmeatoista lukua, sekä vertaan niitä alkuperäisen teoksen rakenteeseen ja sisältöön. Tutkimalla Inupiaq-kansan kulttuuria ja historiaa tarkoituksenani on selvittää, miten ne esitetään sekä videopelissä että alkuperäisessä tarinassa. Analyysini kohteena on videopelin kolmetoista lukua, joista jokaisessa esitetään Inupiaq-kansalle tärkeitä teemoja ja kulttuurisia arvoja. Analysoin myös, kuinka uskollinen videopelin tarina ja tapahtumat ovat alkuperäiseen tarinaan verrattuna tutkimalla mitä adaptaatioprosessissa on otettu huomioon, kun tarina on käännetty suullisen kerronnan muodosta interaktiivisen videopelin muotoon. Vertailen miten tarinan sisältöä on muutettu tarkastelemalla onko tarinallisia elementtejä muutettu, lisätty tai poistettu. Tutkielman keskeisin teoreettinen viitekehys on Robert M. Nelsonin teoria homologiasta kirjalisuudessa, jonka mukaan useat teokset voivat olla peräisin samasta lähteestä ja pitää sisällään saman perusrakenteen. Tarinasta Kunuuksaayuka on olemassa monta erilaista versiota, joista jokainen on omalla tavallaan erilainen kertojasta riippuen, mutta kaikissa tarinoissa on hahmotettavissa sama perusrakenne. Tämä tutkielma analysoi Clevelandin Kunuuksaayukan ja videopeli Never Alonen välillä olevaa homologiaa kirjallisuuden näkökulmasta. Tutkin jokaista videopelin lukua tapahtumajärjestyksessä, videopelin juonen tapahtumien kulun mukaisesti. Kiinnitän huomiota videopelin pelimekaniikkoihin ja siihen, miten tietyt pelimekaniikat heijastavat Inupiaq-kansan arvoja. Analysoin tapahtumien kulun mukaisesti videopelin yhteyttä alkuperäiseen teokseen, joka on Inupiaq-kansan jäsenen, Robert Nasruk Clevelandin, versio tarinasta Kunuuksaayuka, joka on hyvin tunnettu tarina Inupiaq-kansan keskuudessa. Inupiaq-kansan piirissä suullinen tarinankerronta on merkittävä osa heidän kulttuuriaan ja identiteettiään, ja tarinat pitävät sisällään huomattavan määrän kulttuuriperimää ja tietoa, jota välitetään uusille sukupolville tarinankerronnan kautta. Analysoin tutkimuksessani myös Cultural Insight -dokumenttivideoita, jotka ovat pelin sisällä olevia lyhyitä dokumenttivideotiedostoja, jotka kertovat Inupiaq-kansan tavoista, kulttuurista, uskomuksista ja arvoista. Videoilla Inupiaq kansan jäsenet keskustelevat arvoistaan ja kulttuuristaan aina senhetkisen teeman viitekehyksessä. Cultural Insights -videoita on yhteensä kaksikymmentäneljä ja niitä voi katsoa joko pelin aloitusvalikoista tai videopeliä pelatessa. Videot ovat aluksi lukittuja - kahta ensimmäistä lukuunottamatta - mutta vapautuvat katsottaviksi, kun pelaaja etenee pelissä tiettyyn kohtaan. Analysoin miten videot täydentävät ja puhuttelevat videopelin osien teemoja sekä miten ne antavat pelaajalle tietoa Inupiaq-kansan kulttuurista. Tarkastelen lopuksi millaisen vastaanoton Never Alone -videopeli on saanut sekä kansainvälisesti että Inupiaq-kansan keskuudessa, koska yksi pelikehittäjien tavoitteista on ollut välittää Inupiaq-kansan kulttuurista perimätietoa videopelin kautta.
-
(2023)Tutkielma keskittyy algebralliseen topologiaan ja vielä tarkemmin homologian ja kohomologian tutkimiseen. Tutkielman tavoite on todistaa Künnethin kaava tulokohomologialle, jota varten ensin esitellään homologia ja siitä johdettuna dualisaation kautta kohomologia. Homologia ja kohomologia tutkielmassa esitellään singulaarisessa muodossa. Johdannon jälkeen tutkielma aloitetaan esittelemällä kategoriateorian perusteet. Kategoria kappaleessa annetaan esimerkkejä kategorioista, joita käytetään pitkin tutkielmaa. Kategoria käsitteen esittelyn jälkeen jatketaan määrittelemään kuvaus jolla pystytään siirtymään kategoriasta toiseen eli funktorit. Funktorit jaetaan kovariantteihin ja kontravariantteihin riippuen siitä säilyttääkö se morfismien suunnan. Funktoreista esille nostetaan Hom-funktori, jonka kontravarianttia muotoa hyödyntämällä saadaan myöhemmin muodostettua kohomologia. Funktoreiden käsittelyn myötä pystytään niiden välille muodostamaan kuvauksia, jonka vuoksi esitellään luonnollinen transformaatio. Toisen luvun viimeisimpänä aihealueena käsitellään eksakteja jonoja. Toinen kappale kokoaa tarvittavat esitiedot, jotta voidaan siirtyä käsittelemään homologiaa ja kohomologiaa. Kolmas kappale käy läpi homologian ja kohomologian käsitteistöä. Homologia ja kohomologia esitellään pääasiassa singulaarisessa muodossa. Homologiasta käydään läpi peruskäsitteet, jonka jälkeen siirrytään singulaariseen homologiaan. Tässä yhteydessä määritelmään muun muassa simpleksi, jotta voidaan avata singulaarisen homologian perusteita. Singulaarisesta homologiasta edetään singulaariseen kohomologiaan, joka saadaan aiemmin esitellyn Hom-funktorin avulla homologiasta. Singulaarisen kohomologia kappaleen lopuksi esitellään vielä uusi laskutoimitus kohomologiaryhmille eli kuppitulo. Tutkielman viimeinen kappale käsittelee itse Künnethin kaavan ja sen todistuksen. Lisäksi käydään läpi muita tarvittavia esitietoja kaavan todistuksen ymmärtämiselle, jotka eivät ole vielä nousseet esille aikaisemmissa luvuissa. Tutkielma päättyy Künnethin kaavan todistukseen.
Now showing items 1-3 of 3