Browsing by Title

Visualization is an indispensable method in the exploration of genomic data. However, the current state of the art in genome browsers – a class of interactive visualization tools – limit the exploration by coupling the visual representations with specific file formats. Because the tools do not support the exploration of the visualization design space, they are difficult to adapt to atypical data. Moreover, although the tools provide interactivity, the implementations are often rudimentary, encumbering the exploration of the data. This thesis introduces GenomeSpy, an interactive genome visualization tool that improves upon the current state of the art by providing better support for exploration. The tool uses a visualization grammar that allows for implementing novel visualization designs, which can display the underlying data more effectively. Moreover, the tool implements GPU-accelerated interactions that better support navigation in the genomic space. For instance, smoothly animated transitions between loci or sample sets improve the perception of causality and help the users stay in the flow of exploration. The expressivity of the visualization grammar and the benefit of fluid interactions are validated with two case studies. The case studies demonstrate visualization of high-grade serous ovarian cancer data at different analysis phases. First, GenomeSpy is being used to create a tool for scrutinizing raw copy-number variation data along with segmentation results. Second, the segmentations along with point mutations are used in a GenomeSpy-based multi-sample visualization that allows for exploring and comparing both multiple data dimensions and samples at the same time. Although the focus has been on cancer research, the tool could be applied to other domains as well.

Bacteria can communicate with each other using phenomenon called quorum sensing (QS). In QS the bacteria produce and release small signaling molecules which they use to communicate. Bacteria use QS in situations where it is beneficial to act on population level. QS has an important role e.g. in the formation of virulence factors and biofilms. There are several different QS systems. Gram-negative bacteria use i.a AI-1, AI-2, AI-3, and CAI-1 systems to communicate. All QS systems are based on the accumulation of signaling molecules when the bacterial concentration increases. When the concentration of signal molecules reaches the threshold level, the system activates. The activation of the signaling system then activates the expression of the genes controlled by the QS system. AI-2 signaling is assumed to be universal. That means that bacteria can use AI-2 signaling system in interspecies communication. In AI-2 signaling bacteria produce and release 4,5-dihydroxy-2,3-pentanedione (DPD) which works as a signaling molecule in the AI-2 system. Escherichia coli and Salmonella typhimurium use an ATP binding cassette ABC-type transporter to transport DPD molecules into the cell where LsrK kinase phosphorylates the DPD molecules. The phosphorylated DPD molecules bind to the LsrR regulator protein which acts as a suppressor of the lsr operon. The binding of the phosphorylated DPD molecules releases the LsrR from the lsr promoter region enabling the expression of the lsr genes. In Vibrio harveyi the surface proteins LuxP and LuxQ form a protein complex that recognizes DPD molecules. When the DPD concentration increases, the LuxPQ complex transform from kinase to phosphatase and the reaction chain, where LuxU phosphate transfer protein transfers a phosphate group from LuxO regulator protein, activates. The dephosphorylation of of LuxO releases the LuxR transcription factor and activates the expression of QS controlled genes. The aim of this thesis was to optimize two assays which can be used to screen for compounds that disrupt AI-2 signaling. The first assay was a bioreporter based assay where V. harveyi BB120 bioreporter strain was used. The second assay was protein based LsrK assay where the LsrK activity was monitored using assay kit which measures the concentration of ATP or ADP. The concentrations of bacteria, LsrK, and DPD used in the assays were optimized. The dimethyl sulfoxide (DMSO) tolerance of both assays were tested, the stability of the kits used in the LsrK assays was tested and the reaction buffer for the LsrK assay was selected from the two tested buffer options. The selected bacterial concentration for the V. harveyi BB120 assay was 100000 CFU/ml and DPD concentration 1 µM. The selected enzyme concentration for the LsrK assay was 300 nM and DPD concentration 300 µM. The tested DMSO concentrations had no effect on the kit measuring ATP but the highest concentrations tested had a small effect on the kit measuring ADP. A buffer containing triethanolamine, magnesium chloride, and bovine serum albumin was selected as the reaction buffer for the LsrK assay. Using the optimized LsrK assay, a screening was performed for a synthesized compound library. None of the compounds showed any LsrK inhibiting activity. The optimized assay was also used to make dose-response experiment to one LsrK inhibiting compound, named FIMM000642, which was found in a separate screening. The FIMM000642 dose-response as-say was also done against glycerol kinase to see if the compound would inhibit another enzyme from the same protein family or if the compound was a specific inhibitor to LsrK. FIMM000642 inhibited also the activity of glycerol kinase.

The study explores the educational debate in Sweden by analysing how Finnish education and the Finnish school is discussed in the Swedish daily newspaper Dagens Nyheter. The aim is to investigate how education is discussed in Dagens Nyheter and in what way Finland is highlighted in the debate and what is said. The purpose is to clarify what Finland's function in the debate is. Is Sweden compared to Finland and if so, in what way? Is Finland seen as a role model or as something antiquated or something completely different? The dissertation is based on a general theory, Niklas Luhmann's systems theory and on the research theories, externalization, reference society and the role of the media in education policy by opening the contemporary diagnostic phenomenon, the Finnish school in Swedish media commentary. Previous studies have shown that it is common in today's globalized world to look at other countries in education policy and that large-scale international comparisons of education systems such as PISA (Programme for International Student Assessment) have led to other countries' results becoming reference points and legitimizing arguments in global education policy. For the empirical study, data was collected from Dagens Nyheter's digital service and archive. The material consisted of a total of 38 articles published between 2010-2018 and the news source's own search engine was utilized by using the keywords "education", "school" and "Finland". During this period, two PISA results were published in 2012 and 2015, which also significantly "heated up" the debate. After the material collection, a thematic content analysis was performed of the identified articles. The articles that highlighted Finland and Finnish education could be categorized according to three different main themes that were recurring and central to the Dagens Nyheter debate. The articles covered in Theme 1: Swedish school policy and reform debate, Theme 2: Teachers, teacher training and teacher salaries and Theme 3: PISA, learning outcomes and assessment. In addition, the function of Finland in the debate could be categorized by subcategories in which Finland's function was seen as either 1) a role model, 2) something antiquated or 3) a reference but not an influence. The study's results suggest that when Finland is seen a role model, Finland's function is a positive reference in which various good aspects of the Finnish educational system are presented and projected against the Swedish system. In addition the results show that when Finland is seen as something antiquated, it is not about Finland's function being a negative reference but more about how Sweden makes excuses to Finland's PISA success in legitimizing its own decisions. Finally, the results show that Finland's function can also be seen as a reference but not an influence when observing Finland and comparing but neither in a positive or negative sense or that Finland is seen as one among other reference countries. One can also distinguish that the education debate was "heated up" especially when new PISA results have been published and that the debate in Dagens Nyheter has been most lively during the years 2011-2012. In summary, the study results indicate that Finland is raised in the debate and has a function as a reference but that the degree of intensity varies and that it is always linked to the ever-changing dynamic between countries and who is the one referred to at that particular moment.

Syftet med avhandlingen är att tydliggöra gränsdragningen mellan administrativ process och straffprocess vid överträdelser av skattelagstiftningen genom att använda rättsdogmatisk metod. En överträdelse av skattelagstiftningen kan sanktioneras antingen i en administrativ process genom att påföra skatteförhöjning, eller i en straffprocess genom att utdöma en straffrättslig sanktion. I finsk rätt har en och samma överträdelse tidigare kunnat sanktioneras både på administrativ och straffprocessuell väg i vårt tvåspåriga sanktionssystem. Den allmänna uppfattningen har nämligen varit att de administrativa och straffprocessuella sanktionssystemen fungerar självständigt från varandra, varför en skattskyldig har både kunnat påföras skatteförhöjning och utdömas en straffrättslig sanktion för en och samma överträdelse av skattelagstiftningen. Detta förfaringssätt ändrades i och med utvecklingen i Europeiska människorättsdomstolens rättspraxis och skatteförhöjningsförfaranden började klassificeras som brottmålsförfaranden i den mening som avses i tilläggsprotokoll 7 artikel 4 i Europeiska konventionen om skydd för de mänskliga rättigheterna (EMRK). Det är således inte längre möjligt att både påföra skatteförhöjning och väcka åtal för en och samma överträdelse av skattelagstiftningen utan att strida mot ne bis in idem-förbudet i tilläggsprotokoll 7 artikel 4 i EMRK. Genom lagen om skatteförhöjning och tullhöjning som påförs genom ett särskilt beslut (781/2013) strävar man efter att i nationell rätt samordna påförandet av den administrativa påföljdsavgiften skatteförhöjning med straffrättsliga sanktioner, av respekt för ne bis in idem- förbudet. Efter den ovannämnda lagens ikraftträdande år 2013 har den centrala frågeställningen vid överträdelser av skattelagstiftningen varit när en överträdelse ska dirigeras in på linjen för en behandling i administrativ process och när en överträdelse istället ska dirigeras in på linjen för en behandling i straffprocess. Valet av process åläggs i praktiken Skatteförvaltningen och valet grundar sig sist och slutligen på om skatteförhöjning kan anses vara en tillräcklig påföljd. De kriterier som inverkar på bedömningen av skatteförhöjning som tillräcklig påföljd återfinns i SL 29 kap. 11 § 1 mom. Vid bedömningen fäster man speciellt uppmärksamhet vid gärningens klandervärdhet och man måste vara förutseende i bedömningen gällande vilken påföljd som kan förväntas i en straffprocess. Utgångspunkten i bedömningen är nämligen att en överträdelse alltid ska behandlas i en straffprocess i de fall då påföljden väntas vara fängelsestraff. Utifrån en analys av rättspraxis på området för skattebedrägeri kan konstateras att den viktigaste bedömningsgrunden vid valet av process är beloppet av den undvikna skatten som hänför sig till gärningen, men att också andra bedömningsgrunder i större utsträckning bör beaktas vid valet av process. Andra bedömningsgrunder är exempelvis sådana övriga omständigheter som visar på gärningens allvarlighet och klandervärdhet och därmed dess behov av behandling i en straffprocess. Att beakta också andra grunder än beloppet av undviken skatt är speciellt viktigt vid gränsdragningen gentemot skattebedrägeri av normalgraden (SL 29 kap. 1 §). För skattebedrägeri av normalgraden finns inte någon fastställd penningmässig gräns för beloppet av undviken skatt så som det finns för grovt skattebedrägeri (SL 29 kap. 2 §). Övriga faktorer som inverkar på gärningens grad av allvarlighet och klandervärdhet kan exempelvis vara att gärningen är en del av eller förknippad med en mer omfattande helhet av brottslighet, att det i anknytning till överträdelsen hänför sig ett näringsförbud eller att gärningen har upprepats. Bedömningen av tillräcklig påföljd grundar sig på en helhetsbedömning, i vilken fallets alla omständigheter beaktas. Bedömningen av tillräcklig påföljd och valet av process förutsätter ett effektivt myndighetssamarbete mellan de inblandade myndigheterna. Myndighetssamarbetet vid utredningen och sanktioneringen av överträdelser av skattelagstiftningen innebär i praktiken ett effektivt informationsutbyte, genom vilket en myndighet kan utnyttja sådan information som andra myndigheter besitter i myndighetens eget beslutsfattande. För valet av process vid en överträdelse av skattelagstiftningen förutsätts dessutom ett kommunikativt samarbete myndigheter emellan där gärningens grad av klandervärdhet och den förväntade påföljden i en straffprocess diskuteras med t.ex. Åklagarmyndigheten.

Detta arbete tar en titt på ett material insamlat under 1996-1997 av en samlad grupp forskare från Danmark, Sverige, Finland samt Norge där dem ställt frågor som berör samarbete inom de statliga institutioner som har på ett eller annat vis att göra med miljö handläggning. Intresset i Denna tes ligger hos de frågor som handlar om gränsöverskridande samarbete inom den finländska millä förvaltningen. För att finna sådant samarbete har attityden hos de svarande undersökts, dessa har varit en större del handläggare vid olika institutioner med Miljö handläggnings uppgifter samt en liten del med chefsposition med samma typ av handläggnings uppgifter. En ökad projektifiering av Finland har stått som basen i de frågor som använts då frågeställningen utarbetats. Med detta i tanke har sedan governance teorier tagits i bruk med policynätverk, byråkratisk/professionell förvaltning, New Public Management och nätverksledning. Den största teoribasen har dock varit det sista teoriområde som tagits upp, nämligen organisationskultur där attityder är den viktigaste ingrediensen för de frågor som ställts; Finns det gemensamma grunder för de svarandena att stå på gällande tvärvetenskapligt/tvärsektoriellt samarbete? Generella attityder gällande miljövården i Finland samt Samarbete och attityder för samarbete över tvärsektoriella/tvärvetenskapliga gränser. 850st handläggare och chefer svarade på formuläret 1997 i Finland av sammanlagt 2789 svaranden i Skandinavien. Det Finländska materialet har 242 variabler. Frekvens analyser gjordes preliminärt på de valda frågorna. I de fall där svaren visade sig antingen för komplexa för att enbart svaras med hjälp av frekvens körningar samt i de fall där frågorna var av sådan art att de kunde uppvisa svar som inte var lätta att förutses, användes PCA eller ‘Principal Components Analys’ en form av faktoranalys. Då det visades efter preliminära körningar att enbart samarbetsfrågor inte räckte till för att visa på attityder för gränsöverskridande samarbete så gjordes både frekvens körningar samt PCA analyser på hela materialet. Resultatet blev att frågorna 1, 3, 5, 9 samt 13 valdes till slut som beroende variabler med frågor 18 till 21 som specifika samarbetes frågor, frågorna 30a samt 38 som attityds frågor. Positiva attityder gällande miljövården i Finland och samarbetet över gränser, sektoriellt och vetenskapligt har visats att det finns i materialet. Samarbetet finns där med, men det är inte helt problemfritt det heller, precis som attityderna. Tvärsektoriellt/tvärvetenskapligt arbete skapar konflikter oavsett om det är kommunikations problem inom den egna organisationen eller med andra ämnes områden och det är svårt att genomföra i praktiken. Brist på resurser och ekonomi, brist på tid, politisk ovilja att ta radikala beslut för miljöns skull, motsättningar på alla nivåer även hos allmänheten. Samarbete över gränserna finns enligt materialet inom den finska miljövården bland handläggarna, inom landet och internationellt. En positiv attityd existerar för tvärsektoriellt/tvärvetenskapligt samarbete som överensstämmer med de politiska besluten och förändringarna under 1980- och 1990-talet där nya organisationella verktyg sattes i bruk för att förändra en stor och trög förvaltning till att bli mer genomskinlig och mer flexibel.

Node classification is an important problem on networks in many different contexts. Optimizing the graph embedding has great potential to help improve the classification accuracy. The purpose of this thesis is to explore how graph embeddings can be exploited in the node classification task in the context of citation networks. More specifically, this thesis looks into the impact of different kinds of embeddings on the node classification, comparing their performance. Using three different similarity functions and different dimensions for the embedding vector ranging from 1 to 800, we examined the impact of graph embeddings on accuracy in node classification using three benchmark datasets: Cora, Citeseer, and PubMed. Our experimental results indicate that there are some common tendencies in the way dimensionality impacts the graph embedding quality regardless of the graph. We also established that some network-specific hyperparameter tuning clearly affects classification accuracy.

The concept of ecological management can be seen tackling the relationship of agriculture and environment, not only from the perspective of limiting the negative effects of farming practices, but also promoting positive actions. This notion of managing and maintaining, rather than leaving alone, is currently in the core of biodiversity promotion in agricultural landscapes in Europe. The focus of this thesis are the perceptions Finnish agri-environmental actors have regarding ecological management innovation stemming from the grassroots. In this thesis I assess how i) Finnish agri-environmental actors perceive grassroots innovation, ii) weigh its barriers and enabling factors, as well as iii) envision further needs regarding these innovations. The study is based on a mixed-methods approach using both qualitative and quantitative data; a questionnaire and two focus group discussions conducted during a two-day seminar “Managing Nature - working together” 29.11.-30.11.2016 in Turku. The study was conducted in co-operation with the Finnish Environment Institute (SYKE), University of Helsinki Faculty of Agriculture and Forestry and a Horizon2020 project HNV-Link. I approached the research questions using an iterative approach, and my analysis is guided by Grounded Theory in constant comparative analysis and generating theory. The results indicate that Finnish agricultural actors acknowledge the heterogeneous nature of grassroots actors in agricultural areas. However, several common attributes are linked to innovation stemming from the grassroots such as practical, economic and local. Currently bureaucracy, lack of cooperation and the changes and challenges in the socio-cultural environment of grassroots hinder ecological management grassroots innovation. Finnish agri-environmental actors acknowledge that the challenges biodiversity in agricultural areas face, are of such magnitude that the need is rather to expand, not narrow down the actor-base for innovation.

Syftet med denna avhandling är att redogöra för den grävande journalistikens utveckling på Yles två grävande redaktioner MOT och Spotlight under det senaste decenniet. Temat för avhandlingen är aktuellt då den grävande journalistiken växer kraftigt i ett globalt samhälle som kräver globala lösningar. Mot bakgrunden av att det saknas akademisk litteratur kring delområdet har jag valt att i mitt ramverk presentera och diskutera den grävande journalistiken som fenomen och praxis. Jag har formulerat följande två forskningsfrågor: 1.Hur har de sex grävande journalisterna upplevt att den grävande journalistiken utvecklats under det senaste decenniet på de grävande redaktionerna MOT och Spotlight? 2. Finns det likheter och skillnader mellan de sex grävande journalisternas definition, erfarenheter och syn på den interna utvecklingen som skett på MOT och Spotlight under det senaste decenniet? Avhandlingens material består av sex semistrukturerade kvalitativa intervjuer med grävande journalister från de två redaktionerna samt en intervjuguide med tolv frågor fördelade på fyra delområden. Som metod användes en deduktiv kvalitativ innehållsanalys med fyra huvudkategorier (egna erfarenheter inom den grävande journalistiken, Arbetsprocesser och metoder, Internt och internationellt samarbete samt Utveckling och framtida utmaningar inom den grävande journalistiken) som ytterligare kompletterades med en jämförelse av likheter och skillnader mellan redaktionerna. Resultaten från de fyra huvudkategorierna visar att de intervjuade definierade begreppet grävande journalistik på ett liknande sätt som lyfts fram i tidigare litteratur. Vidare var ett mer teamfokuserat arbetssätt vanligt både på ett nationellt och internationellt plan. Utveckling och användning av teknologi var även framträdande i arbetssätt och format på de båda redaktionerna. Speciellt multimediala format nämndes som en stor utveckling. Som framtida utmaningar nämnde de grävande journalisterna framför allt samhällets privatisering med ogenomskinlighet som följd, stress och mental ohälsa samt svårigheterna att hitta tid och resurser för grävande journalistik på en lokal nivå. Jämförelsen mellan de två redaktionerna visade på mer likheter än skillnader. Likheterna omfattade definitionen av grävande journalistik, målsättningar, format, arbetsprocesser och en positiv inställning. Skillnader fanns i fråga om personliga upplevelser, upplevda utmaningar och styrkor, specialiseringar och hur ofta huvudprodukten publicerades.

Tutkielmassa käsittelen vihreitä joukkovelkakirjoja koskevaa sääntelyä. Vihreät joukkovelkakirjat ovat suhteellisen uusi rahoitusinstrumentti, jossa keskeisenä määrittävänä tekijänä on varojen käyttäminen ympäristöä tai kestävää kehitystä tukeviin kohteisiin. Oikeudelliselta kannalta tarkasteltaessa vihreisiin joukkovelkakirjoihin liittyy kuitenkin tärkeitä kysymyksiä, kuten millä tavalla velkakirjan ”vihreys” määritellään, miten vihreyteen liittyvistä ominaisuuksista tulisi tiedottaa sijoittajille, ja mitä mahdollisista väärinkäytöksistä seuraa. Koska vihreän joukkovelkakirjan tärkein erottava tekijä tavallisesta joukkovelkakirjasta on ympäristöllisten tavoitteiden edistäminen, edellä esitettyihin kysymyksiin vastaaminen on tärkeää toimivien vihreiden joukkovelkakirjojen markkinoiden toiminnan ja sijoittajien luottamuksen kannalta. Tutkielman tutkimusmetodi on kuvailtavissa sääntelyteoreettiseksi, ja tutkimuksessa keskitytään vihreitä joukkovelkakirjoja koskevan itsesääntelyn ja Euroopan unionin kestävää sijoittamista koskevan lainsäädäntöpaketin arviointiin. Lainsäädännön arviointi pohjautuu sääntelyteorian piirissä kehitettyihin sääntelystandardeihin, jotka olen tutkimuksessa rajannut sääntelyn vaikuttavuuteen ja kustannustehokkuuteen. Tutkielman keskeinen kysymys on se, miksi itsesääntelyn lisäksi tarvitaan oikeudellista sääntelyä. Esitän tutkimuksessa, että vaikka monet itsesääntelyyn yleisesti liitetyt edut toteutuvat myös vihreitä joukkovelkakirjoja koskevan sääntelyn kohdalla, itsesääntely ei ollut riittävä sääntelykeino sijoittajien luottamuksen turvaamiseksi. Keskeinen itsesääntelyyn liittyvä ongelma on vihreitä joukkovelkakirjoja koskevien itsesääntelynormistojen suuri lukumäärä, mistä aiheutuu sääntelyn pirstaloitumista, ja siten epäselvyyttä esimerkiksi käsitteiden tai liikkeellelaskijan velvollisuuksien osalta. Toinen ongelma on itsesääntelyn vapaaehtoisuus, ja siitä aiheutuva itsesääntelyn tosiasialliseen noudattamiseen liittyvä epävarmuus. Tutkielman johtopäätöksenä on, että EU:n lainsäädäntöpaketti on katsottavissa perustelluksi sijoittajien luottamuksen turvaamiseksi ja läpinäkyvyyden lisäämiseksi vihreiden joukkovelkakirjojen markkinoilla. Sekä sääntelyn vaikuttavuus että kustannustehokkuus ovat olleet kriteerejä, joilla lainsäädäntövaihtoehtoja on kartoitettu ja arvioitu lainvalmistelun aikana. Vaikka molempiin arviointikriteereihin liittyen sääntelyssä on tiettyjä ongelmia, esitän tutkimuksessa, että kokonaisuudessaan sääntely pyrkii korjaamaan havaitut sääntelyongelmat tarkoituksenmukaisella tavalla.

The global trends have been guiding hotels to move to a green direction for years, and nowadays hotels are expected to maintain sustainability programs as a regular feature of their business. As the topic is receiving much more attention in hospitality, it is important to consider guests reactions to sustainable practices in hotels. In addition, customer participation is important of the implementation of green practices in hotels. The objective of this study is to investigate consumers’ general attitudes toward green hotels. Specifically, the study seeks to demonstrate how consumers evaluate green practices in hotels and how a hotel’s green image influences consumer decision- making. According to the findings of this thesis, consumers are willing to stay in green hotels and prefer green hotels. Survey study results demonstrate that respondents have positive or very positive attitudes toward green hotel image. This points out that green attributes can bring more value to the brand, and differentiate it from other hotel brands. Based on the literature review and survey study, this thesis distinguished three common green hotel marketing benefits, which are new market opportunities, green brand benefits, and competitive advantage which is achieved by product enhancement. Thus, this thesis demonstrates that there is market for green hotels and the best way to attract customers is to create green hotel brands that emphasize good and consistent value of the green hotel.