Browsing by Author "Ikonen, Elina"
Now showing items 1-2 of 2
-
Continuous Grading of Early Fibrosis in NAFLD Using Label-Free Imaging : A Proof-of- Concept Study Pirhonen, Juho; Arola, Johanna; Sädevirta, Sanja; Luukkonen, Panu; Karppinen, Sanna-Mari; Pihlajaniemi, Taina; Isomäki, Antti; Hukkanen, Mika; Yki-Järvinen, Hannele; Ikonen, Elina (2016)Maksan rasvoittumisen ajatellaan joskus olevan vain metabolisen oireyhtymän hyvälaatuinen maksamanifestaatio, vaikka se johtaa, erityisesti maksan fibrotisoituessa, kasvaneeseen kardiovaskulaarikuolleisuuteen ja pahimmillaan maksasyöpään. Tästä kansanterveydellisesti merkittävästä roolista huolimatta rasvamaksa on alidiagnosoitu ja sen patogeneettiset mekanismit ovat huonosti ymmärrettyjä, molemmat osin hyvien diagnostisten työkalujen puutteesta johtuen. Päätimme selvittää uusien non-lineaaristen kuvantamismodaliteettien soveltuvuutta rasvamaksan varhaisessa diagnostiikassa. Selvitimme 32 lihavuusleikkauspotilaan maksakudoskoepalojen kudosarkkitehtuurin perinteisin kudosvärjäysmenetelmin ja vertasimme tuloksia samojen potilaiden non-lineaarisesti kuvannettuihin näytteisiin. Kuvansimme minimaalisesti käsitellyistä jääleikkeistä coherent anti-Stokes Raman scattering (CARS) ja second harmonic generation (SHG) signaalit, joita hyödyntäen arvioimme näytteiden rasva- ja kollageenipitoisuuden. Kehitimme myös kuva-analytiikka-algoritmin, joka mahdollistaa kollageenisignaalin automatisoidun ja objektiivisen arvioimisen. Näytteistä mittaamamme SHG- ja CARS-signaalit korreloivat hyvin patologien arvioihin näytteiden fibrotisoitumis- ja rasvoittumisasteista, minkä lisäksi automatisoitu algoritmimme erotteli luotettavasti jopa varhaisen fibroosin normaalista kudoksesta. Myös terveiksi luokiteltujen näytteiden maksakudoksen keskellä esiintyi hienoa fibrillaarista SHG-signaalia. Tunnistamamme SHG-signaali oli spesifiä kolokalisoituen hyvin kollageeni-I- ja III-vasta-ainevärjäyksien kanssa. Tuloksemme osoittavat, että multimodaalisten kuvantamismenetelmien avulla voidaan tunnistaa maksan fibrillaarista kollageenia perinteisiä kudostutkimusmenetelmiä herkemmin. Kehittämämme kuva-analyysi-algoritmi puolestaan arvioi varhaisen fibroosin määrän nopeasti, objektiivisesti ja jatkuvalla skaalalla. Yhdessä nämä löydökset luovat edellytykset tutkia esimerkiksi maksan vähäisen fibroosin kliinistä merkitystä ja paranemistaipumusta isommissa potilasaineistoissa.
-
Vanharanta, Lauri; Peränen, Johan; Pfisterer, Simon; Enkavi, Giray; Vattulainen, Ilpo; Ikonen, Elina (2020)The human Niemann-Pick C1 (NPC1) gene encoding a 1278 amino acid protein is very heterogeneous. While some variants represent benign polymorphisms, NPC disease carriers and patients may possess rare variants, whose functional importance remains unknown. An NPC1 cDNA construct known as NPC1 wild-type variant (WT-V), distributed between laboratories and used as a WT control in several studies, also contains changes regarding specific amino acids compared to the NPC1 Genbank reference sequence. To improve the dissection of subtle functional differences, we generated human cells stably expressing NPC1 variants from the AAVS1 safe-harbor locus on an NPC1-null background engineered by CRISPR/Cas9 editing. We then employed high-content imaging with automated image analysis to quantitatively assess LDL-induced, time-dependent changes in lysosomal cholesterol content and lipid droplet formation. Our results indicate that the L472P change present in NPC1 WT-V compromises NPC1 functionality in lysosomal cholesterol export. All-atom molecular dynamics simulations suggest that the L472P change alters the relative position of the NPC1 middle and the C-terminal luminal domains, disrupting the recently characterized cholesterol efflux tunnel. These results reveal functional defects in NPC1 WT-V and highlight the strength of simulations and quantitative imaging upon stable protein expression in elucidating subtle differences in protein function.
Now showing items 1-2 of 2