Browsing by Author "Jäntti, Laura"

Perunalla on viime vuosien aikana havaittu tummia nekroottisia oireita mukulan kuoressa ja oireiden ulkonäön perusteella oireita on alettu kutsua kuoppataudiksi. Kuoppatauti voi näyttäytyä hyvinkin eri asteisena ja sitä voivat aiheuttaa monet erilaiset mikrobit. Tässä työssä tutkin Boeremia ja Fusarium -sienten tunnistamista perunanäytteistä PCR-menetelmällä sienilaji- tai sukuspesifisten PCR-alukkeiden ja geelielektroforeesin avulla. Tutkimusmateriaalina oli kuoppaoireisista perunaeristä keväällä 2021 saatuja mukulanäytteitä. PCR-tuotteet lähetettiin sekvensoitavaksi. Saatuja DNA-sekvenssejä verrattiin geenipankissa oleviin sekvensseihin BLASTn-menetelmällä ja tuloksista pääteltiin, mitä lajia kukin näyte-DNA edusti. Sen toteamiseksi, ovatko mukuloista eristetyt sienet todella kuoppataudin (ainoita) aiheuttajia, tehtiin taudinymppäyskokeita viljelymaljoilla kasvatetuilla sienillä. Terveiden mukuloiden pintaan tehtiin kolhuja, joihin ympättiin sienikasvustoa ja mahdollisten oireiden kehitystä seurattiin usean viikon ajan. Saatuja oireita verrattiin alkuperäisissä näytteissä havaittuihin oireisiin. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää mitkä patogeenit voivat aiheuttaa siemenperunoille nekroottisia ja väriltään tummia kuoppia. Inokulointikokeen tuloksia analysoitaessa todettiin tilastollista merkitsevyyttä (p< 0.01) ensimmäisen aikapisteen mittauksissa kontrollin ja Boeremian S- ja K-isolaattien välillä sekä kontrollin ja Juxtiphoman välillä. Toisen aikapisteen mittauksissa tilastollista merkitsevyyttä (p< 0.01) todettiin myös kontrollin ja Fusariumin välillä. Tulokset viittaavat siihen, että nämä kuoppaoireisista perunoista eristetyt sienet voivat aiheuttaa tautioireita perunan mukuloissa