Browsing by Author "Kuisma, Juho"
Now showing items 1-2 of 2
-
Kuisma, Juho (2019)Fibroblast growth factor 2 (FGF2) is a protein conserved in mammals with multiple established functions in human biology. It acts as a mitogen promoting cell division and is also a known angiogenic factor. FGF2 has been linked with tumor cell proliferation due to its pro-angiogenic capability. However, in order to perform these functions FGF2 needs to be secreted outside the cell membrane. Secretion of proteins usually happens through the Golgi apparatus as a signal peptide-dependent process. FGF2 has been shown not to have a signal peptide needed for the secretion. Recently, a signal peptide-independent secretion pathway for FGF2 was suggested. The hypothesis is that FGF2 monomers bind to the intracellular leaflet of the cell membrane via interactions with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PI(4,5)P2) lipids. On the membrane surface, FGF2 monomers are then assumed to aggregate and form larger oligomers. These oligomers are thought to form a pore through which other FGF2 monomers can secrete into the extracellular space. As to FGF2-FGF2 binding needed in oligomerization, currently only one stable dimerization interface is known. In this interface, the key interaction is a disulfide bridge between cysteines C95-C95 stabilizing the complex. In this thesis, I studied the first two steps of the hypothesized secretion pathway using molecular dynamics (MD) and Monte Carlo (MC) simulations. First, I studied FGF2 binding to a cell membrane through umbrella sampling simulations and determined free energies for the membrane binding of FGF2 with different membrane concentrations of cholesterol and PI(4,5)P2 . The free energy was shown to inversely correlate with both quantities. Second, I investigated FGF2 dimerization to find new candidates for the monomer-monomer interfaces needed for FGF2 oligomerization. The dimerization was studied using atomistic MC simulations and coarse-grained MD simulations. Two new promising interfaces were identified, which could play a key role in the higher order oligomerization of FGF2 monomers.
-
Kuisma, Juho (2018)Suomen maatalouden voimakas rakennekehitys näkyy erityisesti kotieläintilojen koon kasvuna. Lisääntyneeseen työmäärään vastaaminen edellyttää tiloilta uudenlaista lähestymistapaa töiden organisointiin ja resurssien hankintaan. Oma työpanos ja investoinnit on järkevintä kohdistaa yrityksen ydintoimintoihin. Ydintoimintojen ulkopuolisia töitä, tukitoimintoja, voidaan ulkoistaa ja tehdä tilayhteistyönä tai oman työn ja edellä mainittujen keinojen yhdistelminä. Verkostoituminen on myös itsessään tehokas keino maatilan kilpailukyvyn parantamiseen. Puhtaassa verkostoitumisstrategiassa kukin tekee sitä, mihin on parhaat valmiudet, jolloin tuotannon tehokkuutta nostaa panoskäytön tehostumisen ohella erikoistumisen aikaansaama tuottavuuden kasvu. Urakoitsijat suorittavat arviolta noin 50 prosenttia maatalouden tuotannollisesta työstä Euroopan unionin alueella. Urakointiin erikoistuneiden koneasemien (contractors) tarjoamien konetyöpalveluiden merkitys Euroopan tasolla on suuri. Suomessa laajavastuinen ulkoistaminen ja peltoviljelytöiden kokonaisvastuun siirtäminen urakoitsijalle eivät ole vielä lyöneet itseään merkittävästi läpi, vaikka urakointialalla 2000-luvun kuluessa tapahtunut kehitys onkin ollut myönteistä. Puhdas ulkoistaminen on harvinaista sekä tavanomaisilla että monialaisilla tiloilla. Merkittävä enemmistö maataloustöiden urakoitsijoista on monialaisia tiloja, jotka saavat pääosan tuloistaan urakoinnin ulkopuolelta. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää peltoviljelytöiden ulkoistamispäätökseen vaikuttavia tekijöitä suomalaisilla nautakarjatiloilla. Lisäksi pyrittiin arvioimaan, kuinka suuri rooli tietoisella strategisella ajattelulla on peltoviljelytöiden organisointitavan valinnassa. Peltoviljelytöiden ulkoistamista tarkasteltiin verkostoitumalla toteutettavana kustannusjohtajuusstrategiana, jossa kotieläintila erikoistuu ydinosaamisensa mukaisesti ja hankkii ydintoiminnoille välttämättömät tukitoiminnot ostopalveluina markkinoilta. Tutkimuksen yleisenä viitekehyksenä oli siten maatilan strateginen johtaminen ja erityisesti strategisen johtamisen resurssipohjainen näkökulma. Tutkimusaineisto hankittiin teemahaastattelujen avulla, joten käytetty tutkimusote oli puhtaasti laadullinen. Tutkimuksessa haastateltiin kymmenen suomalaista nautakarjatilallista, jotka ovat kaikki organisoineet tilojensa peltoviljelytyöt eri tavoin. Tutkimus oli tapaustutkimus, jossa ulkoistamista tarkasteltiin kymmenen eri haastattelutilan kautta. Kaikki haastattelut nauhoitettiin ja litteroitiin tekstiksi. Haastatellut yrittäjät voitiin jakaa analyysivaiheessa kolmeen yleisempään tyyppiin strategiassa ja töiden organisoinnissa havaittujen yhtäläisyyksien pohjalta. Nämä yrittäjätyypit olivat ulkoistajat, yhteistyöhalukkaat ja itselliset. Ulkoistamiseen liitettyjä hyötyjä ja ongelmia etsittiin aineistosta teemoittelun avulla. Teemoittelua tehtiin ensin teoriasidonnaisesti, minkä jälkeen sitä jatkettiin aineistolähtöisesti. Suomalaisten tilojen yhteistyö- ja urakointisuhteiden tiedetään rakentuvan vahvasti henkilöiden välisen luottamuksen pohjalle. Sama voitiin todeta myös tässä tutkimuksessa. Haastatelluista yrittäjistä vain kaksi oli joskus tehnyt urakoitsijan kanssa kirjallisen sopimuksen. Urakoitsijoiden käyttö täytti useimmilla tutkituilla tiloilla taktisen ulkoistamisen tunnuspiirteet. Tälle ovat ominaisia useiden toimittajien kanssa tehtävät löyhät ostosopimukset, joilla pyritään jo olemassa olevan, identifioidun ongelman ratkaisemiseen. Ainoastaan kolmen ulkoistajat-tyypin yrittäjän kohdalla voitiin peltoviljelytöiden ulkoistamista pitää harkittuna strategisena valintana. Tulokset antavat viitteitä siitä, että niin maatalousyrittäjien kuin urakoitsijoiden kustannustietoisuutta olisi syytä lisätä. Urakointiyrityksen määrätietoinen kehittäminen on vaikeaa toimialalla, jolla alihinnoittelu on yleistä. Kokonaisurakointipalveluiden yleistyminen Suomessa vaatisi myös erikoistumis- ja arvoketjuajattelun laajempaa omaksumista niin maatalousyrittäjien kuin urakoitsijoidenkin keskuudessa.
Now showing items 1-2 of 2