Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Author "Mikkola, Visa"

Sort by: Order: Results:

  • Mikkola, Visa (2020)
    Tavoitteet: Itä-Euroopassa ja Keski-Aasiassa HIV-1-infektioiden ilmaantuvuus on noussut 57 % vuosina 2000−2015. Epidemiologista dataa on edelleenkin vähän. Lisäksi se on pääosin venäjänkielistä, eikä ole saatavilla kansainvälisten tietokantojen kautta. Suunnitelma: Keräsimme näytteitä ja epidemiologista dataa 328 HIV-tartunnan saaneelta, joista 91 % asui Venäjän Eteläisen federaatiopiirin alueella ja 9 % Pohjois-Kaukasian federaatiopiirin alueella. Menetelmät: Proteaasi-käänteiskopioijaentsyymi- (PRRT) ja integraasisekvessejä (IN) käytettiin viruksen alatyypin selvittämiseen sekä resistenssimutaatioiden ja lääkeherkkyyksien analysointiin. Fylogeneettisiä analyysejä käytettiin HIV:n ala-alatyyppien A6 ja A1 erottamiseen toisistaan. Tulokset: 303 (92 %) potilaan näytteet pystyttiin analysoimaan, näistä 32 %:lla infektio oli saatu huumeiden pistoskäytön kautta, 27 %:lla heteroseksissä ja 24 % infektioista oli nosokomiaalisia eli hoidon seurauksena tulleita. Miehillä huumeiden pistoskäyttö oli yleisin syy infektioille, naisilla heteroseksi. Tutkimuksessa todettiin eniten A6-viruksia (69 %), joita esiintyi erityisesti huumeita pistämällä käyttävillä sekä heteroseksin kautta saaduissa tartunnoissa. Tätä ja tulevia tutkimuksia varten luotiin A6-pol-referenssisekvenssi. Alatyypin B infektioita esiintyi erityisesti miehillä, joilla oli ollut miesten välistä seksiä. Alatyypin G infektiot olivat yhteydessä nosokomiaaliseen infektioon. Lääkeresistenssimutaatioita havaittiin PI-, NRTI-, NNRTI- ja INI-lääkeaineryhmiä kohtaan. Spesifisten mutaatioiden esiintyvyys korreloi tiettyjen HIV:n alatyyppien kanssa. Esimerkiksi ala-alatyyppi A6 yhteydessä esiintyi merkittävästi enemmän mutaatioita NRTI A62V sekä NNRTI G190S, kun taas alatyyppiin G korreloivat NRTI-lääkeaineryhmään liittyvät mutaatiot D67N ja M41L. Näytteissä havaittiin lääkeherkkyyden alentuma: 14,5 % PI-, 29,6 % NNRTI-, 27,1 % NNRTI- ja 8,2 % INI-ryhmän lääkkeitä kohtaan. Yhteenveto: Tutkimuksessa havaittu HIV-1 alatyyppijakauma Venäjällä on merkittävästi erilainen kuin Saksassa. A6 oli yleisin tutkimuksen näytteissä havaittu alatyyppi samoin kuin muissakin Venäjälle sijoittuvissa tutkimuksissa on kuvattu. Alatyyppiä G esiintyi poikkeuksellisen paljon tämän tutkimuksen näytteissä verrattuna muihin Venäjältä julkaistuihin tutkimuksiin, mikä viittaa paikalliseen epidemiaan. HIV-1:n resistenssitestauksen yleistyminen parantaisi HIV-lääkehoidon tehokkuutta sekä toisi lisätietoa Venäjän HIV-epidemiasta. (271 sanaa)
  • Mikkola, Visa (2014)
    Satunnaisprojektio on menetelmä korkeaulotteisen datamatriisin X ∈ \R^{n × m} ulottuvuuksien vähentämiseksi. Menetelmässä alkuperäinen n-ulotteinen data kuvataan satunnaisista suunnista virittyvälle matalaulotteiselle, k << n, aliavaruudelle siten, että datavektorien väliset etäisyydet säilyvät approksimatiivisesti. Kuvauksen tekevän matriisin R∈ R^{k × n} alkiot voidaan valita esimerkiksi normaalijakaumasta ja siksi menetelmän laskennallinen toteutus saadaan hyvin kevyeksi. Tästä syystä monissa tutkimuksissa menetelmä on asetettu vastakkain perinteisen pääkomponenttianalyysin (engl. Principal component analysis, PCA) kanssa, joka on usein laskennallisesti huomattavasti vaativampi ulottuvuuksienvähentämismenetelmä. Samaa vastakkainasettelua käytetään tämän tutkielman satunnaisprojektiosta kertovassa johdantoluvussa, kun menetelmästä esitettyä teoriaa havainnollistetaan numeerisin testein. Satunnaisprojektion toimivuutta on jo tutkittu muun muassa kasvojentunnistuksen sekä kuva- ja tekstidatan ulottuvuuksien vähentämisen yhteydessä. Tutkielman pääaiheeksi on nostettu menetelmän sovellus käänteisongelmaan, jossa pyrkimyksenä on palauttaa tuntematon vektori x∈\R^n approksimatiivisesti siitä tehdyistä satunnaisista mittauksista, kun x oletetaan heikkoon kuulaan wlp(L) sisältyväks vektoriksi. Oletus tarkoittaa, että järjestettäessä vektorin x koordinaatit itseisarvoiltaan laskevaan järjestykseen, x_{arr}, suppenevat ne kohti nollaa kuulan sädettä L > 0 ja suppenemisparametria 0 < p < 1 noudattaen seuraavasti: |x_{arr}| ≤ L · l^{-\frac{1}{p}}, kun, 1 ≤ l ≤ n. Tutkielma seuraa Emmanuel Candèsin ja Terence Taon artikkelissaan Near-Optimal Signal Recovery From Random Projections: Universal Encoding Strategies? (2006) antamaa ratkaisua ongelmalle: heikkoon kuulaan wlp(L) sisältyvän vektorin x ∈ R^n ja mittausmatriisilla R ∈ R^{k× n} tehdyistä mittauksista Rx \ell_1-optimoinnilla palautetun ratkaisun ˆx välinen virhe noudattaa ylärajaa \lTwo{x-ˆ x } ≤ C_{p, α} · L · (\frac{k}{β})^{\frac{1}{2}-\frac{1}{p}}. Ylärajassa C_{p, α} on vakio ja β käytettyyn mittausmatriisiin liittyvä parametri. Tulosta ei siis suoraan johdeta yksittäiselle mittausmatriisityypille, vaan annettaan ominaisuudet, jotka omaavaa matriisia voidaan mittausmatriisina käyttää. Tukielmassa erikseen todistetaan normaalijakaumasta kehitetyn satunnaismatriisin sopivan mittausmatriisiksi parametrin β arvolla log n. Tällä matriisivalinnalla teoriaa myös esitellään numeerisesti. Esitelty virheen yläraja ja muut ongelmaa koskevat tulokset johdetaan tutkielmassa suoraan lineaarialgebran ja todennäköisyyslaskennan perusteista tuoden aiheen siten helpommin lähestyttäväksi; alkuperäisen artikkelin todistuksissa useat päättelyt on jätetty vaille tarkempia yksityiskohtia.