Browsing by Subject "HIV"

Now showing items 1-4 of 4

Etelä-Venäjän HIV-1:n molekyyliepidemiologiaa vuosina 2000−2014

Mikkola, Visa (2020)

Tavoitteet: Itä-Euroopassa ja Keski-Aasiassa HIV-1-infektioiden ilmaantuvuus on noussut 57 % vuosina 2000−2015. Epidemiologista dataa on edelleenkin vähän. Lisäksi se on pääosin venäjänkielistä, eikä ole saatavilla kansainvälisten tietokantojen kautta. Suunnitelma: Keräsimme näytteitä ja epidemiologista dataa 328 HIV-tartunnan saaneelta, joista 91 % asui Venäjän Eteläisen federaatiopiirin alueella ja 9 % Pohjois-Kaukasian federaatiopiirin alueella. Menetelmät: Proteaasi-käänteiskopioijaentsyymi- (PRRT) ja integraasisekvessejä (IN) käytettiin viruksen alatyypin selvittämiseen sekä resistenssimutaatioiden ja lääkeherkkyyksien analysointiin. Fylogeneettisiä analyysejä käytettiin HIV:n ala-alatyyppien A6 ja A1 erottamiseen toisistaan. Tulokset: 303 (92 %) potilaan näytteet pystyttiin analysoimaan, näistä 32 %:lla infektio oli saatu huumeiden pistoskäytön kautta, 27 %:lla heteroseksissä ja 24 % infektioista oli nosokomiaalisia eli hoidon seurauksena tulleita. Miehillä huumeiden pistoskäyttö oli yleisin syy infektioille, naisilla heteroseksi. Tutkimuksessa todettiin eniten A6-viruksia (69 %), joita esiintyi erityisesti huumeita pistämällä käyttävillä sekä heteroseksin kautta saaduissa tartunnoissa. Tätä ja tulevia tutkimuksia varten luotiin A6-pol-referenssisekvenssi. Alatyypin B infektioita esiintyi erityisesti miehillä, joilla oli ollut miesten välistä seksiä. Alatyypin G infektiot olivat yhteydessä nosokomiaaliseen infektioon. Lääkeresistenssimutaatioita havaittiin PI-, NRTI-, NNRTI- ja INI-lääkeaineryhmiä kohtaan. Spesifisten mutaatioiden esiintyvyys korreloi tiettyjen HIV:n alatyyppien kanssa. Esimerkiksi ala-alatyyppi A6 yhteydessä esiintyi merkittävästi enemmän mutaatioita NRTI A62V sekä NNRTI G190S, kun taas alatyyppiin G korreloivat NRTI-lääkeaineryhmään liittyvät mutaatiot D67N ja M41L. Näytteissä havaittiin lääkeherkkyyden alentuma: 14,5 % PI-, 29,6 % NNRTI-, 27,1 % NNRTI- ja 8,2 % INI-ryhmän lääkkeitä kohtaan. Yhteenveto: Tutkimuksessa havaittu HIV-1 alatyyppijakauma Venäjällä on merkittävästi erilainen kuin Saksassa. A6 oli yleisin tutkimuksen näytteissä havaittu alatyyppi samoin kuin muissakin Venäjälle sijoittuvissa tutkimuksissa on kuvattu. Alatyyppiä G esiintyi poikkeuksellisen paljon tämän tutkimuksen näytteissä verrattuna muihin Venäjältä julkaistuihin tutkimuksiin, mikä viittaa paikalliseen epidemiaan. HIV-1:n resistenssitestauksen yleistyminen parantaisi HIV-lääkehoidon tehokkuutta sekä toisi lisätietoa Venäjän HIV-epidemiasta. (271 sanaa)
HIV integrase binding sites in host cell genome

Rossi, Katriina (2020)

HIV-1 is a lentivirus causing a serious immunodeficiency disease called AIDS to almost 38 million people in the world. Like all retroviruses, HIV has an ability to insert a copy of its genome into the host cell DNA thus having a lifelong effect on the host cell. Two identical copies of single-stranded RNA are first reverse transcribed, and then a protein called integrase inserts the DNA into the genome of T-cells of the human immune system. Studies have shown that in some retroviruses the integrase protein has a unique integration pattern favoring certain areas of the host cell genome. For example, active transcription units or promoter units are found to attract integration activity. On the other hand, with nuclear localization signals in its structure and an ability to attach to the human genome, it raises a question if the integrase could have additional functions. Regulating certain gene expression levels could support viral replication and the survival of the virus. The aim of the study was to determine whether integration sites differ from integrase genomic contact sites, which could be an indication of integrase’s additional role. Study was started by method optimization. Two chromatin fragmentation methods, sonication and endo-exonuclease treatment, were tested in order to achieve optimal sized DNA fragments for ChIP-sequencing. Two cell lines were infected with HIV-1. Genomic DNA was collected for integration site sequencing. Integrase genomic contact sites were studied with ChIP-sequencing. Next generation sequencing for both, integration sites and integrase genomic contact sites, was carried out by an outsource biotechnology company. Sequences were processed with bioinformatics platforms, such as Galaxy and Homer. Study of the effects of transfected integrase was also initiated by transfection method optimization. Treatment with endo-exonuclease resulted in correctly sized DNA fragments when DNA was first purified. In a cell lysate, a correct ratio of MNase and cells was not found, although several cell lysis methods and buffers were tried. This is why actual integrase genomic contact site samples were fragmented by sonication. In MRC-5 cell line, integration site sequencing resulted in over 2 M reads with 289 aligned, unique integration sites. Integrase genomic contact site sequencing resulted in 1.8E+6 Bowtie mapped reads. A brief analysis of the sequences including sequence visualization, comparison of localization in the genome and GO terms, showed that integrase genomic contact sites have certain patterns that differ from integration sites. Therefore, it was confirmed that the study is repeatable, as the results were in line with the study conducted several years earlier. These results also suggest that method optimization had been successful. As bioinformatics methods were used with default parameters only, more attention should be payed when sequences are analyzed more deeply. This will offer a more thorough understanding of the functions of integrase.
Hiv-tartunnan yhteys somalialais- ja venäläistaustaisten maahanmuuttajien terveys- ja palvelukokemuksiin

Rautila, Kanerva (2018)

Tutkimuksessa selvitettiin hiv-tartunnan saaneiden somalialais- ja venäläistaustaisten maahanmuuttajien terveydentilaa, elämänlaatua, terveyspalvelujen käyttöä sekä syrjintä- ja hoitokokemuksia Suomessa verrattuna maahanmuuttajiin, joilla ei ole todettu hiv-infektiota. Tutkimuksen kirjallisuuskatsauksessa käydään läpi hiv-infektioiden esiintyvyyttä maahanmuuttajilla Suomessa ja Euroopassa, testaus- ja seulontakäytäntöjä sekä tarkastellaan hiv-infektion vaikutusta elämänlaatuun ja mielenterveyteen. Hiv-positiiviset maahanmuuttajat ovat ryhmä, josta on niukalti tutkimustietoa Suomessa. Kyseessä on havainnoiva poikkileikkaustutkimus, jossa haastateltiin Helsingin Yliopistollisen sairaalan infektiotautien poliklinikan hiv-positiivisia maahanmuuttajataustaisia potilaita rakenteellisen kyselykaavakkeen avulla. Tietoja verrattiin Terveyden ja hyvinvoinninlaitoksen Maahanmuuttajien terveys ja hyvinvointi tutkimuksen aineiston hiv-negatiivisten maahanmuuttajiin. Tutkimuksessa selvisi, ettei hiv-infektio ollut merkittävä hiv-positiivisten maahanmuuttajien elämänlaatuun tai syrjintäkokemuksiin vaikuttava tekijä. Hiv-infektio sen sijaan vaikutti tutkittavien tyytyväisyyteen omaan terveyteensä sekä selviytymiseen päivittäisistä toimista. Lisäksi hiv-positiiviset käyttivät ja kokivat enemmän tarvetta mielenterveyspalveluille ja heillä oli enemmän vakavia masennus- ja ahdistusoireita kuin hiv-negatiivisilla maahanmuuttajilla. Tutkimuksessa korostui erityisesti hiv-positiivisten maahanmuuttajamiesten riski masennus- ja ahdistusoireisiin. Hiv-positiiviset tutkittavat olivat kuitenkin tyytyväisempiä saamaansa hoitoon ja kokivat vähemmän tyydyttymätöntä lääkärinhoidon tarvetta. Tutkimus onnistui saamaan tietoa ryhmästä, josta on hyvin vähän tutkimustietoa saatavilla Suomessa. Toisaalta tutkimuksen pieni otoskoko ja tutkittujen maahanmuuttajaryhmien kulttuuriset erityispiirteet rajoittavat tulosten yleistettävyyttä. Jatkotutkimuksissa tulisi selvittää mitkä tekijät lisäävät hiv-positiivisten maahanmuuttajien riskiä sairastua mielenterveysongelmiin, miten niitä voitaisiin ehkäistä sekä miten mielenterveyspalveluja voitaisiin kehittää. (193 sanaa)
Queer-miestaiteilijoiden veriesitykset AIDS-diskurssin luennan kohteina : somaattisten fiktioiden tuottamia havaintoja ”homoruumiista”

Hallikainen, Niko (2017)

Tutkielmani käsittelee verta esittävien queer-miestaiteilijoiden esitysten kulttuurisia luentoja AIDS- diskurssin kautta. Tutkimuskohteeni ovat kolme soolomuotoista esitystaideteosta, joiden tekijät ovat queer- miehiä ja joissa tekijä-esiintyjät työskentelevät suoneniskennän keinoin verensä kanssa esitystilassa. Näiden esitysten rinnalla tutkimuskohteitani ovat myös näistä teoksista tuotetut puheet ja esitellyt anekdoottimaiset tapauskertomukset, esitysten kielellisinä jatkeina, jotka osallistavat ja myös alistavat ne tiettyihin diskursseihin. Tutkin kielen ja tulkintojen kautta AIDS-diskurssia, jonka kautta esiintyjien ruumista havainnoidaan ja määritellään. Tutkielmani paljastaa AIDS-diskurssin mahdollistamat keinot tuottaa heteronormatiivista ruumiinpolitiikkaa. Tutkimuksellinen lähtökohtani on jäljittää ja elävöittää se tutkimukselleni perustavanlaatuinen problematiikkaa, miten jäljittää AIDS-diskurssin kaltainen valtava abstraktinen kompleksi. Tutkimuskysymykseni on, miten puheet näistä esityksistä voidaan jäljittää AIDS-diskurssiin ja miten AIDS- diskurssi tulee reflektoineeksi normatiivisen kulttuurin ohjeita lukea näitä esityksiä. Kysyn; miten historialliset luennat sairaista ruumiista ohjaavat kulttuurisia tapojamme käsittää vähemmistöön kategorisoidut ruumiit; miten homoseksuaalisuus asemoidaan yhteiskunnassa; miten identiteettipoliittiset kategoriat jäsentävät katsehavaintoamme ja sen käännöstä kieleksi? Tutkimusmenetelmäni näiden kysymysten tutkimiseen on diskurssianalyyttinen, ja teoreettinen viitekehykseni on poikkitieteellinen rakennelma, joka suuntautuu psykoanalyysin, ruumiinfilosofian, queer-teorian, havainnon ja representaation teorioiden sekä niin kulttuurisen kuin kliinisen kritiikin kentille. Päädyn tutkimuksessani arvioimaan kriittisesti normatiivisia tapojamme jäsentää itseys ja toiseus katsehavainnon ja kielen tasoilla. Tutkimuksessani itsen ja toisen normatiiviset kategoriat suhteutuvat analogisesti muihin normatiivisiin yleisjaotteluihin kuten merkatun ja merkityksenantajan vastakkaisuuteen, jolla heteroseksuaalinen ideologia vahvistaa hegemonisuuttaan ja toteuttaa väkivaltaista toiseuttamisen politiikkaansa. Käsittelemiäni heteronormatiivisuuden ideologisia prosesseja ovat eri kategoristen subjektiviteettien ylläpito identiteettipoliittisin ehdoin sekä kompleksisemmin kulttuurisesti ohjatut tulkinnat ruumiin ulkoisen ja sisäisyyden välisyydestä. Jälkimmäisellä viittaan tutkimukseni lopulliseen argumenttiin somaattisista fiktioista, joilla viittaan tulkintojen tuotantoon toisen sisäisyydestä toisen ulkoisen ruumiinkuvallisuuden ja kulttuuristen normatiivisten lukuohjeiden perusteella. Tukea väitteilleni antavat käsittelemäni sairaista ja muista vähemmistökulttuureista tuotetut historialliset tulkinnat ja kertomukset. Pyrin pitkin tutkimusta myös havainnollistamaan ehdotuksia siitä, miten tehdä konkreettisesti töitä AIDS-diskurssin kaltaista hegemonista valtarakennelmaa vastaan. Tutkielmani on kokonaisuudessaan peruste lopulliselle väittämälleni, että meidän kunkin pitäisi katsovana ja kielellisenä subjektina pidättäytyä tuottamasta luonteeltaan aina väkivaltaisia tulkintoja toisten sisäisyydestä.

Now showing items 1-4 of 4

Browsing by Subject "HIV"

Yhteystiedot

HELSINGIN YLIOPISTO