Browsing by Subject "Sipulinnäivete"

Fusarium oxysporum aiheuttaa sipulinnäivetettä, joka on huomattava sipulisatojen tuhoaja Suomessa ja muualla maailmassa. Useista virulenteista F. oxysporum f.sp. cepae -kannoista on löydetty Secreted In Xylem -geenejä (SIX), jotka koodaavat pieniä eritettyjä proteiineja, oletettuja virulenssitekijöitä. Tämä maisterintutkielma koostuu kolmesta osasta: 1) virulenssigeenien SIX3, SIX5, SIX7, SIX9, SIX10, SIX12, SIX14 ja C5 määrittäminen F. oxysporum -isolaateista PCR:llä ja geelielektroforeesilla, 2) virulenssigeenien ilmentymisen määrittäminen infektoiduissa sipulin juurissa RT-RT-PCR -menetelmällä ja 3) sienen asuttamiskyvyn tutkiminen infektoiduissa sipulintaimissa qPCR-menetelmällä. SIX-geenien määritys tehtiin 22 F. oxysporum -isolaatista, joista 12 oli todettu aiemmassa tutkimuksessa aggressiivisesti tautia aiheuttaviksi, 8 lievästi tautia aiheuttaviksi ja 2 ei-patogeenisiksi. Aggressiivisista isolaateista kuudelta löytyivät kaikki testatut geenit, viideltä osa, mutta muista geneettisesti poikkeavalta isolaatilta 006 ei ainuttakaan. Myöhemmin todettiin, että osa työssä käytetyistä DNA-näytteistä oli vaurioituneita, mikä vaikutti tuloksiin. Uuden tutkimuksen mukaan lievästi virulentilla isolaatilla 220a ja kaikilla muilla aggressiivisilla isolaateilla paitsi isolaatilla 006 oli kaikki tutkitut SIX-geenit. Ei-patogeenisilta isolaateilta ei todettu näitä geenejä. F. oxysporum -isolaateilla tartutetuista sipulinsiemenistä kasvatettiin kasvihuoneessa taimia, joissa patogeeniset isolaatit aiheuttivat tautioireita. Taimista kahdessa eri aikapisteessä kerätyistä näytteistä eristettyä RNA:ta ja DNA:ta analysoitiin RT-RT-PCR- ja qPCR-menetelmillä. F. oxysporum -sienen suhteellinen määrä sipulin juurissa lisääntyi aikapisteiden välillä. Ei-patogeeniset isolaatit asuttivat sipulin juuria hitaammin kuin patogeeniset isolaatit. Lievästi virulentti isolaatti 220a oli hidas asuttaja, vaikka siltä löytyivät kaikki tutkitut SIX-geenit. Aggressiivisissa isolaateissa 260pc, 262 ja 263 SIX3 ja SIX9 ilmentyivät sienen kasvaessa sipulintaimissa, mutta eivät sienen kasvaessa elatusmaljalla. Isolaatissa 220a näiden geenien ilmentyminen oli heikompaa. Lineaarinen korrelaatio näiden geenien ilmentymisen tason ja sienen määrän välillä oli heikosti positiivinen. Vaikka SIX-geenien voidaan olettaa avustavan F. oxysporum f.sp. cepae -sientä asuttamaan sipulin juuria, niin SIX-geenit tai niiden puute eivät silti yksinään selitä sienen asuttamiskykyä tai virulenssia.