Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Browsing by Subject "digitaalinen dermatiitti"

Sort by: Order: Results:

  • Hintikka, Tuomas P. (2020)
    Nautojen (Bos taurus) sorkka-alueen ihotulehdus (DD) on ympäri maailman levinnyt sairaus, jota on myös havaittu muilla sorkkaeläimillä. Nykytiedon mukaan nautojen DD on bakteeri-, ei virus- tai sienitauti. Se aiheuttaa haavoja, vaurioita ja känsiä. DD leviää helposti ja aiheuttaa eläimelle myös kipua, heikentää sen yleiskuntoa ja hyvinvointia sekä aiheuttaa tuotantotappioita. Keski-Euroopassa ja Yhdysvalloissa DD:n on havaittu leviävän lähes epidemialuonteisesti, kun taas Pohjoismaissa sitä on tavattu yksittäisissä karjoissa. Taudin etiologiasta, esiintyvyydestä ja parhaasta mahdollisesta hoitomuodosta on eri teorioita. Nykytiedon ja tieteellisen kirjallisuuden mukaan merkittävimpinä DD:n aiheuttajabakteereina pidetään eri Treponema-bakteerilajeja. Uusimpien tutkimusten perusteella taudin vakavuuteen vaikuttaa eri Treponema-lajien yhteisvaikutus keskenään tai muiden bakteereiden kanssa. Tämän tutkielman tavoite oli pystyttää bakteerien 16S rRNA-geenin rinnakkaissekvensointiin perustuva metataksonomiatyövuo bakteereiden tunnistamiseksi. Tutkielmassa vertailtiin kahta eri DNA-eristysmenetelmää, kahta sekvensointityövuota ja kahta bioinformatiikan analyysimenetelmää. Näytemateriaalina oli suomalaisten nautojen sorkka-alueen ihosta otetut biopsianäytteet (n=10). Viisi näytteistä oli terveestä M0-naudasta ja viisi M2-naudasta. Tuloksena havaittiin pieniä määriä Spirochaetaceae-bakteeriperheen sekvenssejä kahdesta M0 -diagnosoduista naudasta. Kaikista M2 - diagnoosin naudoista havaittiin runsaasti Spirochaetaceae - sekvenssejä. Lisäselvityksiä Treponema-bakteerien luotettavasta lajitason tunnistamisesta sekä niiden roolista taudissa tarvitaan. Bovine (Bos taurus) digital dermatitis (DD) of the foot is a widespead disease around the world, and it has also been diagnosed with several other hoofed ruminants. According to current knowledge, bovine digital dermatitis is a bacterial disease, not a viral or fungal disease. It causes ulcers, lesions, and raised calluses. DD spreads easily, and it can cause pain to the animal, weaken its overall health and well-being, as well as cause loss of production. DD has been almost epidemic in Central Europe, as well as in the United States of America, whereas in Scandinavia it has only been encountered in individual herds. According to current knowledge and the scientific literature, the most important bacteria responsible for DD are Treponema species. Recent studies suggest that the severity of the disease is affected by the interaction of different Treponema species with each other or with other bacteria. The aim of this thesis was to set up a metataxonomic pipeline for the parallel sequencing of the 16S rRNA bacterial gene, in order to identify the bacteria. Two different DNA extraction methods, two different sequencing pipelines, and two different bioinformatics pipelines were evaluated in this thesis. Sample material was biopsy samples of the skin of the Finnish bovine hoof (n=10). Five of the samples were from healthy M0 cattle and five from M2 cattle (acute active ulcerative lesions). As a result, small amounts of Spirochaetaceae bacterial family sequences were detected in two M0 diagnostic cattle . Abundant Spirochaetaceae sequences were found in all bovine diagnosed with M2. Further studies on the reliable species identification of Treponema bacteria and their role in the disease are needed.
  • Saarela, Tiia (University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2017)
    Naudan sorkka-alueen ihotulehdus (DD) on ulkomailla merkittävin tarttuva sorkkasairaus naudoilla. Suomessa tauti ei ole vielä merkittävä ongelma nautakarjoissa. Tauti aiheuttaa tyypillisesti mansikkamaisen ja ulseroivan muutoksen sorkan takaosaan kantapallojen väliin. Parantunut leesio on ruven peittämä, kun taas kroonistuneessa muutoksessa iho paksuuntuu ja voi esiintyä ihon liikakasvua. Taudin patogeneesiä ja altistavia tekijöitä on tutkittu paljon vuosien saatossa. Useissa tutkimuksissa on esitetty taudin aiheuttajaksi Treponema-suvun bakteereja, jotka aiheuttavat taudin sille suotuisissa olosuhteissa. Altistavista tekijöistä on useita tutkimuksia ulkomailta, mutta suomalaisista karjoista tehdyt tutkimukset puuttuvat. Ulkomaisissa tutkimuksissa on todettu, että sorkan ja jalan likaisuus ja kosteus altistavat sairastumiselle. Lisäksi karjan suuri koko ja ostoeläimet ovat lisänneet sairastumisriskiä. Työn tavoitteena on kuvailla, minkälaisissa pihatoissa sorkka-alueen ihotulehdusta Suomessa esiintyy. Lisäksi tavoitteena on selvittää, miten tilan hoitokäytännöt kuten sorkkahoito ja eläinten ulkoilu on järjestetty tautitiloilla verrattuna muihin tiloihin. Oletuksena on, että niillä tiloilla, joilla tautia on esiintynyt, on eroja rakennusratkaisuissa ja hoitokäytännöissä verrattuna niihin tiloihin, joilla tautia ei ole ollut. Tutkimuksella pyritään kartoittamaan mitä nämä erot ovat. Tutkimus suoritettiin kyselytutkimuksena 1134 tilalle, joista kyselyyn vastasi yhteensä 385 tilaa. Näistä tiloista tutkimukseen hyväksyttiin 360 tilaa, joilla oli pihattonavetta ja yli 50 lehmää. Tuottajat vastasivat kyselyyn, jossa oli kysymyskokonaisuuksia liittyen tilan perustietoihin, navetan rakenteisiin, hoitokäytäntöihin ja tilalla esiintyneisiin sorkkasairauksiin ja niiden oireisiin. Tiedot sijoitettiin Excel-taulukkoon, josta omiin taulukoihinsa eriteltiin tilat, joilla oli esiintynyt sorkkasyyliä tai mansikkamaisia muutoksia sorkan kannalla sekä tilat joilla kyseisiä muutoksia ei ollut esiintynyt. Kyseiset muutokset valittiin tutkimukseen, koska ne ovat todennäköisesti parhaiten tunnistettavat sorkka-alueen ihotulehduksen muutokset. Näistä tiedostoista laskettiin eri muuttujien määrät ja prosenttiosuudet vertailua varten. Mansikkamaisia muutoksia oli esiintynyt kaikkiaan 24 tilalla mikä on 6,7 % kaikista tiloista. Sorkkasyyliä oli esiintynyt yhteensä 48 tilalla, mikä on 13,3 % kaikista tiloista. Tutkimuksen tuloksena havaittiin, että eri rakenneratkaisujen välillä oli eroja suhteissa kun verrattiin tautitiloja tiloihin, joilla kyseisiä muutoksia ei ollut esiintynyt. Tiloilla, joilla oli esiintynyt mansikkamaisia muutoksia tai sorkkasyyliä, oli suhteessa useammin ostoeläimiä, hiehot ulkopuolisella kasvattajalla, aperuokinta ja eläimet pääsivät suhteessa harvemmalla tilalla ulkoilemaan kuin verrokkitiloilla. Näillä tiloilla myös eläinmäärä oli keskimäärin suurempi. Tiloilla, joilla oli esiintynyt mansikkamaisia muutoksia, oli myös suhteessa useammin viileä pihatto, kiinteä lattia pihatossa ja luonnollinen ilmanvaihto ilman alapoistoa. Sorkkasyylätiloilla tulokset rakenteista olivat samansuuntaiset lukuun ottamatta kiinteää lattiaa, jota oli näillä tiloilla harvemmin suhteessa verrokkitiloihin. Johtopäätöksenä voimme todeta, että tautitiloilla tiettyjä rakenneratkaisuja ja hoitokäytäntöjä esiintyy suhteessa useammin kuin verrokkitiloilla, joilla tautia ei ole esiintynyt. Tuloksista ei voida kuitenkaan vetää johtopäätöksiä siitä altistavatko nämä yksittäiset rakenteet taudille. Tämä vaatisi tietojen analysoinnin tilastotieteen ohjelmalla, jolloin tulosten merkittävyyttä pystyttäisiin arvioimaan. Tuloksia tulkitessa tulee ottaa huomioon diagnoosin epävarmuus, joka johtuu siitä, että taudin ja sen aiheuttama muutokset on helppo sekoittaa muihin sorkka-alueen muutoksiin. Lisäksi on huomioitava se, että tietyt muuttujat voivat aiheuttaa vääristymiä tuloksiin esiintymällä yleensä yhdessä. Tulosten perusteella pystytään kuitenkin kuvailemaan, minkälaisilla tiloilla tautia todennäköisimmin Suomessa esiintyy ja millaisilla tiloilla on suurentunut riski saada sorkka-alueen ihotulehdus