Browsing by Subject "microbiology"

BACKGROUND: Diet has a major influence on the human gut microbiome, which has been linked to health and disease. However, epidemiological studies on the association of a healthy diet with the gut microbiome utilizing a whole-diet approach are still scant. OBJECTIVES: To assess associations between healthy food choices and human gut microbiome composition, and to determine the strength of association with the functional potential of the microbiome. DESIGN: The study sample consisted of 4,930 participants in the FINRISK 2002 study. Food intake was assessed using a food propensity questionnaire. Intake of food items recommended to be part of a healthy diet in the Nordic Nutrition Recommendations were transformed into a healthy food choices (HFC) score. Microbial diversity (alpha diversity) and compositional differences (beta diversity) and their associations with the HFC score and its components were assessed using linear regression and permutational multivariate analysis of variance (PERMANOVA). Associations between specific taxa and HFC were analyzed using multivariate associations with linear models (MaAsLin). Functional associations were derived from KEGG orthologies (KO) with linear regression models. RESULTS: Both microbial alpha (p = 1.90x10-4) and beta diversity (p ≤ 0.001) associated with HFC score. For alpha diversity, the strongest associations were observed for fiber-rich breads, poultry, fruits, and low-fat cheeses. For beta diversity, most prominent associations were observed for vegetables followed by berries and fruits. Genera with fiber-degrading and short-chain fatty acids (SCFA) producing capacity were positively associated with the HFC score. HFC associated positively with KO-based functions such as vitamin biosynthesis and SCFA metabolism, and inversely with fatty acid biosynthesis and the sulfur relay system. CONCLUSIONS: These results from a large and representative population-based survey confirm and extend findings of other smaller-scale studies that plant and fiber-rich dietary choices are associated with a more diverse and compositionally distinct microbiome, and with a greater potential to produce SCFAs.

Tutkimuksen tarkoitus: HUS-sairaanhoitopiirin alueella hoidetaan vuosittain satoja suun alueen hammasperäisiä märkäpaiseita. Paiseiden ensisijainen hoito on hammaslääketieteellinen infektiofokukseen kohdistuva hoito, mutta sen tukena käytetään usein mikrobilääkkeitä. Mikrobilääke aloitetaan hammaslääketieteellisen hoidon yhteydessä empiirisesti, koska paisemärästä otettu viljelyvastaus valmistuu vasta myöhemmin. Siksi on tärkeää, että käytettävissä on tietoa suun paiseiden mikrobiologiasta ja mikrobien alueellisesta herkkyystilanteesta. HUS-alueella paiseiden bakteeriviljelytutkimukset tehdään HUSLAB:ssa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää neljän vuoden ajalta hammasperäisissä paiseissa todetut bakteerilöydökset sekä löydösten mikrobilääkeherkkyys. Tutkimuksessa saatua tietoa voidaan käyttää empiirisen lääkehoidon valinnan tukena suun alueen paiseissa. Materiaalit ja menetelmät: Tutkimusaineistona oli HUSLAB:ssa vuosina 2012-2015 aikana tutkitut suun märkäpaiseiden bakteeriviljelytulokset. Viljelylöydöksistä tutkittiin saadut mikrobilöydökset ja löydösten mikrobilääkeherkkyydet. Näytteitä oli yhteensä n=1239. Tulokset: Yleisin löydös oli anaerobi gram-negatiivinen sauvasekafloora (739 näytettä). Tämän jälkeen yleisimmät löydökset olivat alfahemolyyttisiin streptokokkeihin kuuluvat Streptococcus anginosus- ryhmän streptokokit (267 näytettä) ja muut Viridans-ryhmän streptokokit (233 näytettä) sekä anaerobeihin gram-positiivisiin kokkeihin kuuluva Parvimonas micra-ryhmä (261 näytettää). Myös Candida albicans oli varsin yleinen löydös (189 näytettä). Tutkimuksessa havaittiin, että anaerobi gram-negatiivinen sauvasekafloora oli merkittävässä osassa löydöksiä resistentti usein empiirisessä hoidossa käytettävälle penisilliinille, mutta herkkä metronidatsolille. Sen sijaan Viridans-ryhmän streptokokeista valtaosa oli penisilliinille herkkiä. Sen sijaan Viridans-ryhmän streptokokkien herkkyys klindamysiinille on HUS-sairaanhoitopiirin alueella jonkin verran heikentynyt. Johtopäätökset: Suun alueen paiseissa on tyypillisesti sekä aerobeja että anaerobeja bakteereja sisältävää sekaflooraa, jonka löydökset tutkituin osin ovat pääsääntöisesti herkkiä penisilliinin ja metronidatsolin yhdistelmälle. Vain harvoin näytteissä todetaan esim. Staphylococcus aureusta, johon kyseinen lääkeyhdistelmä ei tehoa. Tutkimuksen tulokset tukevat toukokuussa 2017 julkaistun päivitetyn Hammasperäiset äkilliset infektiot ja mikrobilääkkeet Käypä hoito -suosituksen suosittelemia ensisijaisia mikrobilääkkeitä akuuttien suun alueen märkäpaiseiden hoidossa.