Browsing by Subject "rotavirus"
Now showing items 1-5 of 5
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2012)Vasikkaripuli on nautojen yleisin sairaus neonataalikaudella. Perinteisesti vasikkaripulia on hoidettu mm. nesteyttämällä vasikkaa joko suun kautta tai huonompikuntoista potilasta eläinlääkärin toimesta, ja varmuuden vuoksi eläinlääkäri on laittanut vasikan antibioottikuurille. Sen hyödystä ei kuitenkaan ole selkeää konsensusta, ja tämän työn tarkoituksena on kerätä yhteen tieto, joka maailmalla alle kolmen viikon ikäisten vasikoiden ripulin antibioottihoidosta on olemassa. Vasikkaripuli on vanha sairaus, jota koskeva perustutkimus on pääasiassa vuosikymmeniä vanhaa. Suomen erityinen tautitilanne, jossa esimerkiksi salmonella on erittäin harvinainen tuotantoeläimillä, vaikeuttaa kansainvälisen kirjallisuuden soveltamista suomalaiseen ympäristöön. Myös erilaiset perinteet antibioottien käytössä ja osin sen seurauksena muokkautuneet patogeenien antibioottiresistenssitilanteet hankaloittavat kirjallisuudessa mainittujen antibioottisuositusten käyttämistä sellaisenaan. Suomessa tavallisimmin vasikkaripulin hoitoon käytetty trimetopriimi-sulfonamidi mainitaan myös kansainvälisessä kirjallisuudessa ensisijaisten hoitojen joukossa. Meillä ei sen sijaan ole totuttu käyttämään amoksisilliinia tai amoksisilliini-klavulaanihappoa nautojen hoidossa lainkaan, mutta ne nousevat esiin hoitosuosituksissa. Erilaisten lääkityssäännösten vuoksi suomalaisissa ohjeissa toissijainen valinta, fluorokinolonit, on maailmalla se viimeinen vaihtoehto. Suomessa ei taas juurikaan käytetä kolmannen tai neljännen polven kefalosporiineja, jotka ovat toisissa maissa kovassa käytössä. Tässä työssä pyrittiin myös etsimään kirjallisuudesta tietoa pohjoismaisesta erikoisuudesta, dihydrostreptomysiinistä, mutta suun kautta annettuna siitä ei löytynyt yhtään tieteellistä artikkelia. Myöskään tämän vanhan lääkkeen käyttöönottotutkimuksia ei löytynyt. Vasikkaripuli ei vaadi läheskään aina antibioottihoitoa, vaan nesteterapia on ensimmäinen ja tärkein hoitomuoto olosuhdekorjauksen ohella. Antibiootteja käytetään vain huonokuntoisille potilaille, joilla on ripulin lisäksi yleisoireita, esimerkiksi alentunut imurefleksi, yli 6 % dehydraatio, kuume, apaattisuus tai heikkous, tai sen ulosteissa on limaa. Huolehtimalla, että vasikka saa riittävästi vasta-aineita ternimaidosta, vältetään suuri osa ripuleista kokonaan. Antibioottien käyttö vasikkaripulin hoidossa on yleistä, mutta kasvava huoli lääkejäämistä lihassa ja antibioottiresistenssin kehittymisestä on ohjannut ajatuksia probioottien suuntaan. Niistä tehtyjä tutkimuksia ei eläinlääketieteellisestä kirjallisuudesta vielä juuri löydy, mutta ne ovat mielenkiintoinen lisätutkimuksen kohde tuleville vuosille.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2007)Rotaviruses are double-stranded RNA-viruses. They are members of the family Reoviridae and are the cause of severe gastroenteritis in young humans and animals. Primary infection is the most severe and reinfections usually produce only mild symptoms. Worldwide about 600 000 children die every year from rotavirus infection, and this figure represents about 5 % of all deaths in children younger than five years. Virtually all children will be infected by the time they reach one year of age. Because primary infection is so severe, rotavirus vaccines have been developed. Surveillance studies are needed to monitor the vaccine impact on circulating viral strains. It is important to know whether some strains disappear and new strains, possibly from animals, emerge. This rotavirus genotyping study is part of a long-term European surveillance study, which tries to define and monitor rotavirus types circulating in Europe. Proteins VP4, VP6 and VP7 are the primary antigens of rotaviruses. Rotavirus is classified into serogroups A-G based on inner layer protein VP6. Group A-C rotaviruses are human pathogenes. Most human rotavirus diseases are caused by group A rotavirus. The group A rotaviruses are further classified into G and P types based on the outer layer proteins VP4 and VP7. 15 G and 14 P types have been identified in humans. In this study we established G and P types for 200 rotavirus samples by using nested-PCR. Materials consisted of stool samples originated from HUSLAB virology department and Kuopio University Hospital. Rotavirus positive stool samples taken from children during years 2005-2007. RNA was extracted from stool suspensions and it was translated to DNA and amplified by nested-PCR. As first step RNA was transcripted to cDNA by reverse transcription. cDNA was amplified from gene segment areas that code for VP4 and VP7 proteins. As second step these PCR-products were amplified using G and P type-specific primers. Final PCR products were G and P typed by using agarose electrophoresis. We find that most common G types in 2005-2007 were G1 and G9; other G types was also found. Most common P type was P[8], which constituted 90 % of all viruses. The most common G and P combinations were G1P[8] and G9P[8]. In epidemic season 2006-2007 the most common G types in Helsinki were G1 and G9. In Kuopio predominant stains were G2 and G9. The most common G and P combinations in epidemic season 2006-2007 were G1P[8] and G9P[8] in Helsinki and G9P[8] and G2P[4] in Kuopio. In recent years the most common G types in Europe have been G1-G4 and G9. Finnish genotype distribution is mainly congruent with G and P types in other European countries.
-
(2014)Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) assay is widely used for the detection of RNA viruses in environmental water samples. However, a major limitation of using RT-qPCR assay to quantify virus titers is its inability to discriminate between infectious and non-infectious viruses, resulting in overestimation of viral infectivity. Thus, the aim of this study was to develop a reliable molecular method for rotavirus detection with information on viral infectivity, and which may contribute to the development of molecular detection methods for correct estimation of infectivity of non-cultivable viruses. In experimental work, the potential of using propidium monoazide (PMA) or RNase treatment prior to RT-qPCR assay was evaluated to measure the infectivity of human rotavirus. In brief, original human rotavirus (HRV) stock was produced by propagating viruses in MA-104 cells. The virus stocks (including HRV stock A and B) were thermally treated at 80 °C at different time points. The virus titer was measured by (1) cell culture-based infectivity assay, (2) RT-qPCR assay, and (3) RT-qPCR assay with PMA or RNase pretreatment. The result of cell culture-based infectivity assay showed that heat exposure for 5 min at 80 °C was sufficient to inactivate the HRV, while RT-qPCR assay alone overestimated the viral infectivity. The results of RT-qPCR assay with pre-treatments showed that, for thermally-inactivated HRV stock A, similar level of false-positive results was reduced with PMA treatment regardless of inactivation time (ranges from 1.04 to 1.18 log10 PCR-units), while higher reduction level was observed with RNase treatment (ranges from 2.64 to 2.89 log10 PCR-units). On the other hand, the effects of both pre-treatments on thermally-inactivated HRV stock B were negligible. In conclusion, both PMA and RNase pre-treatments eliminated the false-positive results of RT-qPCR assay to some extent in defined conditions, while the discrepancy between the infectivity assay and RT-qPCR assay even with PMA or RNase treatment was observed. In order to confirm the potential of using RT-qPCR assay combined with pre-treatments to measure the infectivity of rotavirus, further studies on optimization of PMA and RNase treatments and production of optimal virus stock would be necessary.
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2012)
-
(University of HelsinkiHelsingin yliopistoHelsingfors universitet, 2008)Vasikkaripulit muodostavat hengitystiesairauksien ohella tärkeimmät vasikoiden terveyttä uhkaavat sairaudet. Vasikkaripuli on monisyytauti. Ruokinnalliset tekijät kuten juottovirheet, äkilliset ruokinnan muutokset, vasikan ruoansulatukselle sopimaton tai pilaantunut rehu voi aiheuttaa vasikoille ripulia. Tartunnallisia vasikkaripulin aiheuttajia ovat mm. bakteerit, virukset ja suolistoloiset. Suomessa tärkeimpiä ripulinaiheuttajia ovat rotavirus, Eimeria-suvun kokkidit, koronavirus, Salmonella sp., kryptosporidit ja F5-positiivinen Escherichia coli. Yleensä ripulinäytteestä todetaan vain yksi taudinaiheuttaja, mutta myös useampi aiheuttaja voi esiintyä näytteessä yhtäaikaisesti usein lisäten ripulin vakavuutta. Myös terveillä eläimillä voidaan todeta tartunnallisia ripulinaiheuttajia ja siten optimaalisilla olosuhteilla ja hyvällä vasikan vastustuskyvyllä voidaan ehkäistä ripulin esiintymistä. Evirassa vasikkaripulinäytteitä tutkitaan Eviran Kuopion tutkimusyksikössä (Elintarviketurvallisuusvirasto, ent. EELA), jossa on käytössä vasikkaripulitutkimuspaketti. Tutkimuksen hintaan kuuluu 3-5 ulostenäytteen tutkiminen ja näytteistä tutkitaan ikäkaudelle tyypillisimmät ripulinaiheuttajat sekä aina salmonella. Tässä tutkielmassa käsitellään Eviraan vuosina 2002 – 4/2006 saapuneiden vasikkaripulinäytteiden tuloksia ja vasikkaripulitutkimuspaketin käyttöä. Kaikkiaan lähetettiin 286 näytelähetystä, jotka sisälsivät keskimäärin 2,5 näytettä. Eniten näytteitä tuli lypsykarjatiloilta, mutta myös lihantuotanto- ja emolehmätiloilta lähetettiin lähes 90 näytelähetystä. Eniten näytteitä lähettivät keskisuuret ja suuret tilat. Näytelähetyksistä 60 % todettiin tartunnallisia ripulinaiheuttajia ja näissä lähetyksissä oli keskimäärin 2,6 näytettä kun taas negatiiviseksi jääneet näytelähetykset sisälsivät keskimäärin 2,2 näytettä. Yleisimmiksi taudinaiheuttajiksi 708 vastaanotetusta näytteestä todettiin rotavirus (36 %) ja Eimeria-suvun kokkidit (13 %). Muita todettuja taudinaiheuttajia olivat koronavirus (3 %), sukkulamadon munat (2 %), kryptosporidit (0,7 %) ja salmonella (0,1 %). Saatujen tulosten valossa sekä rotaviruksen että kokkidien merkitys on suurempi lihan- kuin maidontuotantotiloilla. Rotaviruksen prevalenssi on noussut Suomessa viimeisten kymmenen vuoden aikana. Merkittävänä syynä tähän on todennäköisesti tuotantotilojen koon suureneminen. Suuremmassa eläinryhmässä tautipaine on suuri usein melko ahtaiden elinolojen seurauksena. Yksittäisen vasikan sairastuminen myös huomataan myöhemmin vasikkakasvattamossa kuin maidontuotantotilalla, jossa vasikoita on kerrallaan vähemmän. Voi olla, että sairaan vasikan eristäminen tapahtuu tarkkailun vaikeuden vuoksi vasikkakasvattamossa myöhemmin, jolloin suurempi osa vasikoista ehtii infektoitua. Vasikkaripulin ennalta ehkäisemisen kannalta on tärkeää hyvästä hygieniasta ja elinolosuhteista huolehtiminen sekä riittävä ja oikea-aikainen ternimaidonjuotto. Ripuloivan vasikan hyvällä tukihoidolla on vasikan selviytymisen kannalta usein suuri merkitys, eikä vasikan eristämistä muista infektioiden leviämisen rajoittamiseksi tule unohtaa. Epidemiatilanteissa tulisi taudinaiheuttaja aina selvittää yhteistyössä eläinlääkärin kanssa. Vastaavien taudinpurkausten välttämiseksi voidaan harkita rokotteen käyttöönottoa, tai muita toimenpiteitä (esim. laidunkierto) taudinaiheuttajasta riippuen.
Now showing items 1-5 of 5