Browsing by Subject "ycf1"

Elintarvikeväärennösten havaitsemiseen käytetään DNA-pohjaisia tunnistusmenetelmiä. DNA-viivakoodaus on tunnistusmenetelmä, jolla pystytään toteamaan laji tuntemattomasta näytteestä lyhyen DNA-jakson eli viivakoodin perusteella. Tämänhetkiset viivakoodit kasveilla sisältävät nukleotiditasolla vähän lajien välisiä eroja, mikä heikentää näytteiden erottelukykyä ja näytteen oikeaa tunnistamista. Viivakoodien erottelukykyä arvioitiin eri puolukoiden (Vaccinium) suvun lajien kesken. Arviointi tehtiin viivakoodeista matK, ycf1, rpoC1 ja ITS. Puolukoiden suvulle ei löydetty viivakoodia, joka kykenisi tunnistamaan täydellisesti näytteitä lajitasolla. Kloroplastiset viivakoodit matK ja rpoC1 onnistuivat parhaiten PCR:ssa, monistamisessa ja sekvensoinnissa. Genomisen viivakoodin, ITS:n monistamisessa ilmeni häiriötä näytteissä, joissa oli vähän DNA:ta. Avoin lukukehys ycf1 puuttuu puolukoiden (Vaccinium) suvulta, mikä esti viivakoodin käyttämistä. DNA-viivakoodeista matK kykeni tunnistamaan BLAST-tietokantavertailussa seitsemän 14:sta näytteestä ja BOLD-tietokantavertailussa yhdeksän näytettä 14:sta näytteestä. ITS kykeni tunnistamaan BLAST-tietokantavertailussa kahdeksan näytettä 14:sta näytteestä. ITS:lle ei ollut riittävästi vastaavuuksia BOLD-tietokannassa ja rpoC1:lle ei kummassakaan tietokannassa. Sekvenssilinjauksessa matK ja rpoC1 olivat lajien välillä hyvin samankaltaisia. ITS sisälsi lajien välillä enemmän variaatiota, mutta tietokannoista puuttui vastaavia sekvenssejä, mistä syystä positiivisia tunnistuksia saatiin heikosti. DNA-viivakoodauksessa kasveilla kahden viivakoodin käyttö on edelleen suositeltavaa lajitason tunnistuksen tarkentamiseksi. Reaaliaikaisella PCR:lla (qPCR) pystytään spesifisesti toteamaan lajin läsnäolo näytteessä havaitsemalla DNA-jaksoja, jotka ovat ainutlaatuisia kohdelajin perimässä. Spesifinen tunnistusmenetelmä pyrittiin luomaan mustikalle (Vaccinium myrtillus) sijoittamalla alukkeet ja koetin lokuksille dfr ja MADS-box. Mustikan spesifisen menetelmän kehittelyssä ei saavutettu täydellistä spesifisyyttä. Mustikan lisäksi myös lajit V. praestans, V. smallii ja V. ovalifolium tuottivat positiivisen signaalin dfr-geenille suunnitelluilla alukkeilla ja koettimella. Positiivista ekspressiota tuottaneet lajit sisälsivät oletettavasti samankaltaisen dfr-geenin, jolle mustikalle spesifiset alukkeet ja koetin sitoutuivat. Spesifinen menetelmä kykeni kuitenkin sulkemaan pois muiden kasvisukujen näytteet sekä suurimman osan puolukoiden suvun näytteistä. Menetelmää voidaan hienosäätää kun dfr-geenin sekvenssi saadaan selville positiivisen signaalin antaneista lajeista tai kun muita suuremman muuntelun alueita paljastuu sekvensoinnin tuloksena.