Skip to main content
Login | Suomeksi | På svenska | In English

Faculty of Science

 

Recent Submissions

  • Peltoniemi, Martta (2021)
    Bioortogonaaliset reaktiot ovat reaktioita, jotka eivät käytä katalyytteinä myrkyllisiä aineita, mutta tapahtuvat nopeasti ja selektiivisesti pienissä konsentraatioissafysiologisissa ympäristöissä. Tällaisia reaktioita ovat esimerkiksi Staudingerin ligaatio ja IEDDA sykloadditio. Staudingerin ligaatiossa atsidi ja fosfiini reagoivat muodostaen stabiilin amidisidoksen. Staudingerin ligaation hidas reaktionopeus ei mahdollista reaktion toteuttamista in vivo. Toinen bioortogonaalinen reaktio, jolla puolestaan on erittäin nopea kinetiikka, ja joka pystytään toteuttamaan in vivo, on IEDDA sykloadditio. Tämä reaktio tapahtuu dienofiilin ja tetratsiinin välillä muodostaen pyridatsiinin. Tämän työn tarkoituksena oli syntetisoida rodamiinijohdannainen. Rodamiinit ovat orgaanisia fluoroforeja, joiden ominaisuuksiin kuuluu muun muassa vähäinen pH herkkyys, vesiliukoisuus ja säädettävät spektriominaisuudet. Viime vuosina tutkimus on kohdistunut fluoroforeihin, joiden fluoresenssi voidaan himmentää ja kytkeä takaisin päälle. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on kehittää multimodaalinen, radioleimattu ja fluoresoiva merkkiaine, jonka fluoresenssi voidaan himmentää tetratsiinin avulla Through Bond Energy Transfer -mekanismilla, ja myöhemmin kytkeä takaisin päälle, sekä tehdä radioaktiiviseksi IEDDA sykloadditiolla radioleimatun transsyklo-okteenin kanssa. Merkkiaine voidaan liittää solukalvolle istutettuun atsidiin in vitro Staudingerin ligaatiolla. Radioaktiivisella ja fluoresoivalla merkkiaineella leimattuja soluja voidaan seurata elävässä eläimessä ensin PET kuvantamisella ja myöhemmin kudosnäytteessä fluoresenssin avulla. Tässä työssä syntetisoitiin rodamiinijohdannaisen kahden rakenneisomeerin seos. Synteesissä 3-dimetyyliaminofenolin ja 4-bromoftalaatin seosta refluksoitiin 25 tuntia propionihapon ja metaanisulfonihapon läsnäollessa. Synteesin jälkeen isomeerit erotettiin toisistaan, sillä vain molekyylin meta-asemassa oleva tetratsiini pystyy himmentämään fluoresenssin tehokkaasti. Isomeerien samankaltaisuuden ja molekyylien ominaisuuksien takia isomeerien erottaminen oli haastavaa. Erottamista ja puhdistamista yritettiin useilla eri kromatografisilla menetelmillä. Lopulta erottaminen onnistui manuaalisella nestekromatografialla, käyttäen kiinteänä faasina neutraalia aluminaa. Isomeerien tunnistamisessa ja analyysissä käytettiin LC-MS menetelmää, sekä NMR-spektrometriaa.
  • Antti, Piironen (2020)
    Tutkielmassani esittelen työkalumaisesti johdantoa modaalipelien teoriaan. Modaalipelit ovat modaalilogiikan ja modaalisen predikaattilogiikan avulla käytäviä pelejä, joissa voidaan hyödyntää klassisen peliteorian teoriaa. Modaalipelit muodostavat kielellisen raamin peleille ja toteankin että tutkielmassa tutkitaan Wittgensteinilaisia kielipelejä sekä kieltä, logiikan ollessa kieli. Tutkielma jakautuu kahteen osaan: I) Klassinen peliteoria ja II) Modaalinen Peliteoria. Ensimmäisessä osassa luon ensin historiallisen synteesin logiikan ja peliteorian kehityksen osalle, jonka jälkeen esittelen työkaluja vakiosummapeleihin sekä tasapainopeleihin. Esimerkkeinä käytän lähinnä kilpailullisia pelejä ja eräitä tunnetuimpia pelejä kuten vangin dilemma sekä tuon esille esimerkin yhteistyöpeleistä. Sen jälkeen pyrin esittämään mahdollisimman yksinkertaisesti tärkeimmät menetelmät pelien ratkaisuihin sekä tuoton maksimointiin, jotka ovat: dominoivat strategiat, sekastrategiat, Nash-tasapaino sekä min-max teorian perusteita. Tämän jälkeen todistan välttämättömät ja riittävät lauseet liittyen em. ratkaisuihin. Osassa kaksi aloitan ensin käsittelemällä työssä käytettävää logiikkaa, joka on modaalilogiikka ja modaalinen predikaattilogiikka. Käsittelemme ensin perusmääritelmät Kripke-semantiikalle, jossa esitämme esimerkkejä aleettisen, deonttisen sekä episteemisen logiikan käännöksiä lauseista. Sen jälkeen tarkastelemme modaalilogiikan totuuden asteita: validi mallissa, tautologia, K-validi jne. todistaen samalla riittävän ja välttämättömän määrän teoriaa modaalilogiikan tautologian ja validien lauseiden muodostuksesta, jotta niistä voidaan ylipäätänsäkään puhua semanttisten pelien voittostrategian olemassaolon yhteydessä. Tämän jälkeen esitän modaalisen predikaattilogiikan perusteet ja semantiikan joita käytämme todistaessamme päätuloksen semanttisen pelin voittostrategiasta. Semanttisten pelien yhteydessä pyrin esittämään määritelmän pelisäännöille, strategialle ja voittostrategialle sekä todistamaan tuloksen voittostrategian ehdosta pelaajalle II. Semanttisen pelin pyrin laatimaan niin että se kattaa klassiset semanttiset pelit (propositionaalilogiikan ja predikaattilogiikan semanttiset pelit) ja modaalilogiikan semanttiset pelit. Tämän jälkeen esitän lyhyitä esimerkkejä aiheesta. Viimeisenä esitän lyhyen luonnoksen klassisen peliteorian päälle rakentuvasta modaalipelistä käyttäen esimerkkinä Vangin Dilemmaa ja Paholaisen Asianajajaa. Mahdollisen maailman käsite vastaa sekä semanttisessa modaalipelissä että modaalisessa pelissä pelaajan aitoa tilaa johon hän on saapunut kielen käyttönsä tuloksena.
  • Odiyo, Alex Nyakumba (2019)
    Physical Vapour Deposition (PVD) is a method of thin film deposition that involves transport of materials in the gas phase through physical means. The greatest advantage of using PVD is its ability to deposit hard coatings that are almost impossible to deposit by other liquid or chemical deposition methods. The applications of PVD include semiconductor devices, cutting and drilling tools, optical coating for displays, and decorative coatings for jewellery. When PVD process is accompanied by a separate (noble) gas ion bombardment, it is termed as Ion Beam Assisted Deposition (IBAD). These two processes can be subjected to atomistic simulation as opposed to conventional experimental methods. The idea behind such a simulation is the level of control in terms of material purity, dimensionality and simulation parameters. In this simulation work, the growth and overall morphology of epitaxial growth of copper film under both PVD and IBAD is considered. The film roughness and intrinsic stress are subjected to testing under various deposition energies in PVD. The same properties are also tested under variation of bombardment energies, and bombarding rates or ion fluence in IBAD. The results show that the nature of the film growth is primarily dependent on the deposition energy. In PVD, low deposition energies lead to growth dominated by island growth, while high deposition energies are mainly layer-by-layer growth dominated. In IBAD done at a constant low atom deposition energy, a similar trend is seen with an increasing argon ion bombardment energy at 0.5 ions/nm2 fluence. Since the deposition energy of 1 eV is geared towards island growth, the conversion rate of island like structures to relatively layer-by-layer structure depends on the ion bombardment energy (IBAD case). By comparison of IBAD and PVD outcomes, it has been established that the best layered PVD film occurs at a deposition energy of 30 eV. The overall film quality (in PVD) with respect to layer-by-layer growth is much better than that deposited using IBAD at similar bombardment energy at an ion fluence 0.5 ions/nm2. However, to attain a comparable or superior layer-by-layer growth as PVD, IBAD process has to be conducted at a much higher bombardment energy (50 eV) at fluence of 0.5 ions/nm2. The other alternative is to undertake IBAD process at bombardment energy of 30 eV, and at a much higher ion fluence. At a fluence of 0.8 ions/nm2 and equivalent ion bombardment energy (30 eV) produces a far much superior structure to PVD growth. The tradeoff between which ion fluence to use in IBAD is the deposition rate. Higher ion fluence translates to slow deposition but much improved layer-by-layer structure. The stress profile shows a decreasing stress profile as a function of thickness as predicted by Stoney's equation. At non-equilibrium deposition conditions, the film is generally stressed. However, under optimal conditions for layer-by-layer growth, IBAD grown films are generally less stressed in comparison to PVD.
  • TestaaTaas, Jussi
    gjadklgjakl
  • Testaa, Jussi
    tewtastaasg