Faculty of Biological and Environmental Sciences
Recent Submissions
-
(2024)Työssä kuvataan eri puolilta Suomea toukokuussa 1976 eläinsuojista kerättyjen talvehtineiden hibernaatiossa olleiden naaraiden insektaariossa munimien munien morfologiaa. Valomikroskoopilla munista määritettiin yläpinnan kirjailu, mitattiin munan kokonaispituus, yläpinnan leveys,kellukkeiden pituus sekä laskettiin kellukkeiden kaarien määrä. Munan yläpinnan kirjailuun ja yläpinnan leveyden - munan kokonaispituuden väliseen suhteeseen perustuvien määritysten avulla aineistosta oli todettavissa kaksi lajia: Anopheles messeae messeae Falleroni sekä Anopheles beklemishevi beklemishevi Stegnii & Kabanova. A. b. beklemishevi määritetään Suomesta ensimmäistä kertaa. SEM- ja TEM-kuvauksissa tutkitaan Hintonin (1968) mainitsemia piirteitä, joiden hän katsoo eroavan eri Anopheles lajeilla. Lajinmäärityksen kannalta SEM-tarkastelu ei ole tarpeellinen, sillä mainittavia eroja ei löytynyt kuin yläpintaa ympäröivän reunuksen ja kellukkeiden liittymäkohdasta. Lisäksi työssä esitetään em. lajien levinneisyys ja vertaillaan saatuja levinneisyyskarttoja vanhoihin malarian levinneisyyttä Suomessa ja muualla Pohjoismaissa käsitteleviin tietoihin.
-
(2006)Paleoekologia tutkii fossiloituneita kasveja ja eläimiä ja niiden suhdetta ympäristöönsä. Se on yksi niistä tutkimusaloista, joka pyrkii selvittämään kuinka esimerkiksi nisäkäsyhteisöjen rakenne on muuttunut aikojen kuluessa ympäristön ja muiden pitkäaikaisten muutosten seuraksena. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää, voidaanko kehittää menetelmä, joka voisi muutamalla nisäkkäisiin liittyvällä perusmuuttujalla, kuten niiden liikkumistavalla ja ravinnolla, määrittää nisäkäslajien muodostaman yhteisön rakenne sekä sen, ovatko nämä rakenteet erilaisia eri elinympäristöjen kesken. Mikäli menetelmä toimisi nykyisten nisäkäslajien tiedoilla, voisi sitä kehittää myös paleoympäristöjen ennustamiseen. Tutkimukseen valittiin kaksi menetelmää nisäkäsyhteisöjen muodostamiseksi. Ensimmäinen menetelmä pohjautui itseorganisoituvaan kartta-algoritmiin (SOM, Self-Organizing Map). Toinen perustui nisäkkäiden ryhmittelyyn liikkumismuodon ja ravinnon perusteella. Kaikki tutkimukseen valitut muuttujat olivat sellaisia, että niitä voidaan käyttää myös paleontologisissa aineistoissa. Ensimmäisen menetelmän tuloksena voidaan todeta, että itseohjautuvan kartan käyttö nisäkäsyhteisöjen muodostamiseen ei ollut toimiva. Muodostuneet yhteisörakenteet olivat hyvin abstrakteja ja niitä oli vaikea selittää. Itseohjautuvien karttojen käyttö soveltui kuitenkin muiden rakenteiden, kuten nisäkkäiden ravintoryhmien luokitteluun. Toisen menetelmän tulokset osoittavat, että on mahdollista erottaa suurin osa maalla olevista pääelinympäristöistä niillä nisäkäsyhteisöjen rakenteilla, jotka muodostettiin lajien liikkumismuodolla ja ravinnolla. Näillä kahdella muuttujalla muodostui merkitseviä eroja eri nisäkäsyhteisöjen välillä. Nämä yhteisöt toimivat hyvin myös eri pääelinympäristöjen indikaattoreina. Osoittautui, että useassa tapauksessa alueilla, joilla oli samankaltaiset ympäristöolot, vaikka sijaitsivatkit eri mantereilla, oli samankaltaiset nisäkäsyhteisöt. Jälkimmäistä menetelmää voidaan kehittää edelleen ryhmittelemällä nisäkäsyhteisöjä myös muiden muuttujien avulla. Näitä muuttujia voisivat olla esimerkiksi nisäkkäiden koko sekä hampaiden rakenne. Kehittämällä algoritmeja, jotka laskevat erikseen elinympäristöjen indikaattoreita ja myöhemmin yhdistävät niitä voisi muodostaa vielä tarkemman mallin elinympäristöjen ennustamiseen.
-
(2024)Gerbera hybrida, a common ornamental plant, has natural resistance to fungal diseases. While there may be several bioactive compounds behind this trait, this master’s thesis focuses on two of them: gerberin and parasorboside. The gerberin/parasorboside biosynthesis has been profoundly investigated by Gerbera Laboratory at University of Helsinki. Gerberin and parasorboside are polyketide derivatives, a vast group of bioactive metabolites. The pathway that produces these compounds involves several enzymes: a polyketide synthase (PKS), two polyketide reductases (PKRs) and a glycosyl transferase. For gerberin to be synthesized, it requires presence of three enzymes: (1) G2PS1 (Gerbera 2-pyrone synthase 1) which initiates the chain by synthesizing the carbon backbone, and (2) an unknown first acting reductase, that continues the chain by reduction, lactonization, and (3) addition of a sugar molecule. Parasorboside production requires also a fourth enzyme, a reductase described by Zhu et al. (2022). This master’s thesis delves into post-modification of gerberin and parasorboside intermediates by the PKRs, which have not yet been verified. Until now, there has only been PKR-candidates for this position, derived from gerbera transcriptome library. The genes behind the proposed reductases were known from previous research. The objective of this master’s thesis is to demonstrate which of the proposed reductases coexpressed along with the G2PS1-reductase will produce the desired compounds (gerberin and parasorboside) in a model plant tobacco (Nicotiana tabacum in stable transformation and Nicotiana benthamiana in transient expression). The gene combinations were constructed into plasmids via PCR and Golden Gate cloning. Enzyme production was analysed by western blot and the secondary metabolites by HPLC. The hypothesis for this work was to produce the aglycones of gerbera’s natural products gerberin and parasorboside in the model plant tobacco via constructing the plasmids carrying our genes of interest. This master's thesis documents the successful construction of double and triple fusion plasmids, their integration into agrobacteria, and subsequent transformation into stably transgenic tobacco. Gerberin production in tobacco was observed with certain gene combinations, parasorboside production was not analysed yet in this work. Through meticulous work, the desired combination of genes for gerberin synthesis was identified in both agroinfiltrated plants with co-expressed genes and stable transgenic tobacco lines expressing genes from a single transcript cleaved by 2A-peptides.
-
(2024)Major depressive disorder (MDD) is characterized by both psychological and physiological changes with debilitating consequences, that lead to significant impairments in daily functioning and overall quality of life. With limited progress in treatment outcomes, there is a growing need to identify robust biomarkers that address the physiological underpinnings of MDD. Combined transcranial magnetic stimulation (TMS) and electroencephalography (EEG) is a means of directly evaluating the function of excitatory and inhibitory systems in the stimulated area, with high spatiotemporal resolution. However, large interindividual variability and presence of artifacts in measurements limit potential use of TMS – EEG for biomarker identification. In this thesis, the aim was to identify optimized stimulation targets in the left dorsolateral prefrontal cortex (L-DLPFC), to observe TMS evoked potentials (TEPs), and to investigate whether these TEP characteristics correlate with subjective depressive symptoms. Firstly, early TEPs in the L-DLPFC (<60ms) were successfully obtained by using TMS mapping, which represent genuine neuronal activity of the stimulated area. Secondly, the present study identified an altered excitation / inhibition balance in MDD. The ratio of the second peak-to-peak over the first peak-to-peak of the TEP waveform significantly correlated with MDD symptoms, as measured by the Patient Health Questionnaire (PHQ-9) and Quick Inventory of Depressive Symptomatology (QIDS). Consequently, this altered ratio has significant potential to be used as an objective biomarker, alongside existing subjective symptom scores.