Potential of partial-filling affinity capillary electrophoretic methods in biological studies
| Title: | Potential of partial-filling affinity capillary electrophoretic methods in biological studies |
| Author(s): | Kari, Eetu |
| Contributor: | University of Helsinki, Faculty of Science, Department of Chemistry |
| Discipline: | Analytical Chemistry |
| Language: | English |
| Acceptance year: | 2013 |
| Abstract: |
Biological interactions have been studied by many different techniques. One of the frequently applied techniques is affinity capillary electrophoresis (ACE), which has proven to be effective, fast and simple, especially for the elucidation of molecular non-covalent interactions and for the determination of binding constants between receptors and ligands. However, traditional ACE has disadvantages, when highly UV absorbing compounds, such as proteins are studied and when a limited amount of sample is available. Fortunately, these disadvantages can be overcome by partial-filling affinity capillary electrophoresis (PFACE), which was developed to minimize the consumption of sample. Different PFACE methods have been successfully utilized for the interaction studies between different biological compounds including proteins, ligands, D-alanine-D-alanine terminus peptides and glycopeptide antibiotics. Literature part of this M.Sc. thesis concentrates on different PFACE methods and on their utilization for the clarification of different biological interactions.
In the experimental part the applicability of two different capillary electrophoretic systems, capillary electrochromatography and PFACE, to the studies on high-density lipoprotein (HDL), apolipoprotein (apo) A-I, phospholipid transfer protein (PLTP) and cholesteryl ester transfer protein (CETP) was clarified. Because all of these biomolecules have links to the development of atherosclerosis by removing cholesterol from peripheral cells, their investigation is an important topic. Both capillary electromigration techniques demonstrated that not only apoA-I of HDL, but also lipids play a role in the interactions with PLTP and CETP.
Biologisia vuorovaikutuksia tutkitaan hyvin erilaisin tekniikoin, joista yksi yleisesti käytetty on affiniteetti kapillaarielektroforeesi (ACE). ACE on osoittautunut tehokkaaksi, nopeaksi sekä yksinkertaiseksi erityisesti molekyylien välisten, ei kovalenttisten vuorovaikutusten tutkimuksissa ja sitoutumisvakioiden määrityksissä reseptori-ligandi vuorovaikutuksille. Perinteisellä affiniteettikapillaarielektroforeesilla on kuitenkin valitettavasti myös heikkouksia, nimenomaan kun tutkitaan UV-alueella voimakkaasti absorboivia yhdisteitä, kuten proteiineja,tai kun näytettä on saatavilla vain rajoitettu määrä. Nämä ongelmat voidaan ratkaista affiniteettikapillaarielektroforeesi menetelmällä, kun käytetään osittaistäyttösysteemiä (PFACE). Ko. tekniikka on kehitetty erityisesti minimoimaan näytteenkulutusta. PFACE –menetelmiä on onnistuneesti käytetty erilaisten biologisten yhdisteiden vuorovaikutustutkimuksissa, joista mainittakoon proteiinit, ligandit, D-alaniini-D-alaniini ketjuun päättyvät peptidit ja glykopeptidiantibiootit. Tämän pro-gradu tutkielman kirjallisessa osassa keskitytään PFACE-menetelmiin ja niiden hyödyntämiseen biologisissa vuorovaikutustutkimuksissa.
Tutkielman kokeellisessa osiossa tutkitaan kahden erilaisen kapillaarielektroforeettisen menetelmän, kapillaarielektrokromatografian ja PFACE:n soveltuvuutta HDL:n, apolipoproteiini (apo) A-I:n, fosfolipidin siirtäjäproteiinin (PLTP) ja kolesteroliesterisiirtäjäproteiinin (CETP) tutkimuksiin. Näillä kaikilla biomolekyyleillä on yhteys ateroskleroosin kehittymiseen, sillä ne poistavat kolesterolia perifeerisistä soluista. Molemmat tutkimuksissa käytetyt kapillaarielektromigraatiotekniikat osoittivat, ettei HDL:ssa oleva apo A-I vuorovaikuta ainoastaan PLTP:n ja CETP:n kanssa, vaan HDL:n lipideillä on myös oma roolinsa näissä vuorovaikutuksissa.
|
Files in this item
| Files | Size | Format | View |
|---|---|---|---|
| Master's thesis Eetu Kari.pdf | 2.170Mb |
This item appears in the following Collection(s)
-
Faculty of Science [4203]