Pienen mittakaavan oligonukleotidisynteesi on nykyään pitkälle optimoitu automaattinen prosessi. Yleensä siinä hyödynnetään fosforamidiittikemiaa. Hapetusasteella kolme trivalentissa muodossa oleva nukleosidifosforamidiitti on erittäin reaktiivinen happinukleofiilejä kohtaan internukleotidisen sidoksen muodostuessa. Reaktioskaalaa nostettaessa synteesi vaikeutuu, joten tarvitaan vaihtoehtoisia menetelmiä. Yksi mahdollisuus on soveltaa vetyfosfonaattien kemiaa.
Tutkielman kirjallinen osuus käsittelee oligonukleotidisyntetiikassa käytettävää vetyfosfonaattimenetelmää. Erityisesti tarkastelen kytkentäreaktion mekanismia, siihen vaikuttavia tekijöitä sekä mekanismitutkimuksesta saatavan tiedon soveltamista käytännön syntetiikkaan. Mekanistinen tutkimus on johtanut mm. sivutuotteiden määrän minimointiin reaktiossa ja stereoselektiivisen vetyfosfonaattikytkennän kehittämiseen.
Tutkielman kokeellisessa osassa tutkittiin mahdollisuutta käyttää vetyfosfonaattimenetelmää tai hapettavaa vetyfosfonaattikytkentää suuren mittakaavan oligonukleotidisynteesissä. Oligonukleotidi sidottiin liukoiseen ja saostettavaan polyetyleeniglykolikantajaan tai tetrapodaaliseen pentaerytritolipohjaiseen kantajaan. Tulosten perusteella vetyfosfonaattimenetelmästä saattaisi olla mahdollista kehittää toimiva synteesimetelmä kyseisten kantajamateriaalien yhteydessä käytettäväksi.
