| dc.date.accessioned |
2010-11-25T11:55:02Z |
und |
| dc.date.accessioned |
2017-11-06T12:11:49Z |
|
| dc.date.available |
2010-11-25T11:55:02Z |
und |
| dc.date.available |
2017-11-06T12:11:49Z |
|
| dc.date.issued |
2010-01-29 |
|
| dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/10138/20983 |
|
| dc.publisher |
Helsingin yliopisto |
fi |
| dc.publisher |
Helsingfors universitet |
sv |
| dc.publisher |
University of Helsinki |
en |
| dc.title |
Stretching single DNA-molecules with temperature-stabilized optical tweezers |
en |
| ethesis.discipline |
Physics |
en |
| ethesis.discipline |
Fysiikka |
fi |
| ethesis.discipline |
Fysik |
sv |
| ethesis.discipline.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/3434818f-62d6-4ad2-9c9b-7a86be9cf8e6 |
|
| ethesis.department.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/3acb09b1-e6a2-4faa-b677-1a1b03285b66 |
|
| ethesis.department |
Institutionen för fysik |
sv |
| ethesis.department |
Department of Physics |
en |
| ethesis.department |
Fysiikan laitos |
fi |
| ethesis.faculty |
Matematisk-naturvetenskapliga fakulteten |
sv |
| ethesis.faculty |
Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta |
fi |
| ethesis.faculty |
Faculty of Science |
en |
| ethesis.faculty.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/8d59209f-6614-4edd-9744-1ebdaf1d13ca |
|
| ethesis.university.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/50ae46d8-7ba9-4821-877c-c994c78b0d97 |
|
| ethesis.university |
Helsingfors universitet |
sv |
| ethesis.university |
University of Helsinki |
en |
| ethesis.university |
Helsingin yliopisto |
fi |
| dct.creator |
Rahikkala, Antti |
|
| dct.issued |
2010 |
|
| dct.language.ISO639-2 |
eng |
|
| dct.abstract |
This thesis consists of two parts; in the first part we performed a single-molecule force extension measurement with 10kb long DNA-molecules from phage-λ to validate the calibration and single-molecule capability of our optical tweezers instrument. Fitting the worm-like chain interpolation formula to the data revealed that ca. 71% of the DNA tethers featured a contour length within ±15% of the expected value (3.38 µm). Only 25% of the found DNA had a persistence length between 30 and 60 nm. The correct value should be within 40 to 60 nm. In the second part we designed and built a precise temperature controller to remove thermal fluctuations that cause drifting of the optical trap. The controller uses feed-forward and PID (proportional-integral-derivative) feedback to achieve 1.58 mK precision and 0.3 K absolute accuracy. During a 5 min test run it reduced drifting of the trap from 1.4 nm/min in open-loop to 0.6 nm/min in closed-loop. |
en |
| dct.abstract |
Tämä tutkielma koostuu kahdesta osasta; ensimmäisessä osassa tutkimme optinen pinsetti-laitteistomme kalibraatiota ja soveltuvuutta yksittäismolekyylikokeisiin 10kb pituisien λ-faagista peräisin olevien DNA-molekyylien voima-venytyskokeilla. Mittauksiin sovitettiin 'worm-like chain'-interpolaatio malli, joka osoitti, että n. 71%:lla löydetyistä DNA ketjuista oli pituus 15% sisällä odotetusta pituudesta (3.38 µm). Vain 25%:lla DNA:sta oli sitkeyspituus 30-60 nm odotetun arvon ollessa 40-60 nm. Tutkielman toisessa osassa rakensimme lämpötilakontrollerin, jonka tarkoituksena oli poistaa lämpötilavaihteluiden aiheuttama 'ajelehtiminen' optisilla pinseteillä kiinnipidetyn mikroskooppisen pallon paikassa. Kontrolleri käyttää 'feedforward-' ja takaisinkytkentäsilmukoita saavuttaakseen 1.58 mK sisäisen tarkkuuden ja 0.3 K ulkoisen tarkkuuden. Viiden minuutin kokeen aikana pallo ajelehti 1.4 nm/min avoimella silmukalla ja 0.6 nm/min suljetulla silmukalla. |
fi |
| dct.language |
en |
|
| ethesis.language.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/languages/eng |
|
| ethesis.language |
English |
en |
| ethesis.language |
englanti |
fi |
| ethesis.language |
engelska |
sv |
| ethesis.supervisor |
Wallin, Anders |
|
| ethesis.supervisor |
Ziedaite, Gabija |
|
| ethesis.thesistype |
pro gradu-avhandlingar |
sv |
| ethesis.thesistype |
pro gradu -tutkielmat |
fi |
| ethesis.thesistype |
master's thesis |
en |
| ethesis.thesistype.URI |
http://data.hulib.helsinki.fi/id/thesistypes/mastersthesis |
|
| dct.identifier.urn |
URN:NBN:fi-fe201003041452 |
|
| dc.type.dcmitype |
Text |
|
| dct.rights |
This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited. |
en |
| dct.rights |
Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden. |
sv |
| dct.rights |
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty. |
fi |
