Browsing by Author "Nummelin, Juho"

T-lymfosyytit ovat adaptiivisen immuunijärjestelmän keskeinen soluryhmä. Kullakin kypsällä T-lymfosyytillä on kohdeantigeeni, jonka tunnistaminen perustuu solun heterodimeeriseen pintaproteiiniin, T-solureseptoriin. T-solureseptori koostuu kahdesta proteiiniketjusta, valtaosassa tapauksia niin sanotusta alfa- ja beetaketjusta, joita ilmentäviin soluihin tässä työssä keskitytään. Koska T-solureseptorin on kyettävä tunnistamaan kohteensa hyvin spesifisesti, voi kukin ketju vuorovaikuttaa hyvin rajatun antigeenijoukon kanssa. Tästä johtuen riittävän heterogeenisen reseptorijoukon tuottaminen onkin välttämätöntä. Riittävän T-solureseptorien monimuotoisuuden takaamiseksi T-solureseptorigeenit on koodattu genomiseen DNA:han lukuisina segmentteinä, joiden pohjalta solujen kehityksen aikana muodostuvat valmiin proteiinin tuotantoon kelpaavat geenisekvenssit. Prosessiin liittyy merkittävää sattumanvaraisuutta, minkä seurauksena lopputuloksena on usein myös sekvenssejä, jotka eivät mahdollista valmiin reseptorin tuotantoa. Uuden sukupolven sekvensointimetodit mahdollistavat laajamittaisen T-solureseptorigeenien sekvenssidatan analysoinnin ja genomiseen DNA:han perustuvien menetelmien avulla on mahdollista tarkastella myös proteiinituotantoon kelpaamattomia geenejä. Tässä työssä tarkastelimme terveiden koehenkilöiden veri- sekä imusolmukenäytteistä eristettyä T-solureseptorin alfa- sekä beetaketjujen geenilokusten sekvenssidataa ja erityisesti reseptoriketjujen tuotantoon soveltuvien, eli produktiivisten, sekvenssien osuutta kaikista näytteiden sekvensseistä. Havaitsimme T-solualaryhmien välillä olevan tilastollisesti merkittäviä eroja produktiivisten alfaketjusekvenssien osuuksissa. Tämän lisäksi totesimme yllättäen myös produktiivisten alfaketjusekvenssien osuuden lisääntyvän voimakkaasti ja tilastollisesti merkittävästi iän myötä, beetaketjujen kohdalla vastaavaa korrelaatiota ei ollut havaittavissa. Jo ennestään tiedetään merkittävän osan T-soluista sisältävän kaksi proteiinin tuotantoon kelpaavaa T-solureseptorin alfaketjugeeniä. Perinteisesti ilmiön merkitys on kuitenkin oletettu vähäiseksi. Tässä työssä tekemämme havainnot herättävät kuitenkin kysymyksen tämän näkemyksen paikkansapitävyydestä ja mahdollisesta produktiivisten alfaketjusekvenssien määrästä riippuvasta T-soluihin kohdistuvasta valintapaineesta.