Browsing by Author "Pulkkinen, Elina"

Charcot-Marie Tooth (CMT) on perinnöllinen ääreishermoston neuropatia, joka vaurioittaa sekä motorisia että sensorisia hermoja. Sairaudesta tunnetaan useita eri alatyyppejä, jotka voidaan jakaa karkeasti demyelinoivaan tautiin, aksonaaliseen tautiin ja näiden kahden välimuotoon. Sairauden periytymismekanismit ovat hyvin monimuotoiset: CMT voi periytyä autosomaalisesti dominoivasti, autosomaalisesti resessiivisesti tai X-kromosomivälitteisesti. Patogeenisiä eli sairautta aiheuttavia geenivariantteja tunnetaan myös runsaasti, ja lisää tunnistetaan edelleen. Eksomisekvensointi on menetelmä, jolla perimästä selvitetään koko genomin sijasta ainoastaan proteiineja koodaavien alueiden eli eksomin emäsjärjestys. Koska suurin osa patogeenisistä geenivarianteista sijaitsee eksonien alueella, on tämä menetelmä käyttökelpoinen uusien mahdollisten tautigeenien tunnistamiseen. Tämän tutkielman aineistona oli 15 potilaan joukko, joka rekrytoitiin tutkimukseen HUSin neurologian poliklinikalla. Näistä potilaista tarkempaan analyysiin valittiin aineiston suuren koon vuoksi potilaat 8-15. Potilaiden kirjallisella suostumuksella heidän perimälleen suoritettiin eksomisekvensointi, ja saadusta datasta tuotettiin eksomiselainta käyttäen .tsv-tiedostot, jotka siirrettiin Exceliin. Exceliin siirrettyjen geenien listoista suodatettiin näkyviin vain OMIM-tietokannasta löytyvät geenit, jotka käytiin jokaisen potilaan kohdalla läpi OMIM- ja GnomAD-tietokantoja sekä PubMedistä löytyvää kirjallisuutta hyödyntäen. Kaikilta potilailta valittiin lähempään tarkasteluun keskimäärin yhdestä kolmeen geeniä, jotka vaikuttivat todennäköisimmiltä kandidaateilta CMT-sairauden kehittymisen kannalta. Joidenkin potilaiden kohdalla CMT:hen tai muuhun ääreishermoston neuropatiaan selkeästi liittyviä, patogeeniseltä vaikuttavia geenivariantteja ei lopulta löytynyt. Myös muutama mielenkiintoinenkin ehdokas kuitenkin nousi esiin, kuten esimerkiksi potilaan 8 MPZ-geenin heterotsygootti missense-variantti ja potilaan 14 SBF2-geenin homotsygootti nonsense-variantti. Eksomisekvensoinnilla ei vielä yksin voida todentaa aiemmin tuntemattomien varianttien patogeenisyyttä, vaan nämä on varmennettava jatkotutkimuksin sekä potilaan sukuanamneesiin ja alan kirjallisuuteen perehtymällä. Kyseinen menetelmä on silti varteenotettava työkalu ensimmäisenä askeleena uusien patogeenisten geenivarianttien löytämiseen sekä tätä myöten myös erilaisten perinnöllisten sairauksien alkuperän ja taudinkuvan syvällisempään ymmärtämiseen.