Browsing by Subject "Bacterial DNA"

G-streptokokkeja kuuluu pääasiassa kolmeen streptokokkilajiin [1, 9, 20, 25], jotka ovat fysiologisilta ja geneettisiltä ominaisuuksiltaan sekä taudinaiheuttamiskyvyltään toisistaan poikkeavia [9, 12, 15, 20, 21, 27, 33]. Näistä erityisesti yksi, Streptococcus dysgalactiae alalaji equisimilis (SDSE), on noussut ihmisen merkittäväksi taudinaiheuttajaksi viimeisen kolmen vuosikymmenen aikana [22, 48, 64, 65]. Erityisesti SDSE:n aiheuttamien ihon ja ihonalaiskudosten tulehduksien esiintyvyys on kasvanut voimakkaasti [53]. Epidemiologiset havainnot SDSE-infektioiden esiintyvyyden kasvusta ovat johtaneet molekyyligeneettisiin tutkimuksiin lajin ominaisuuksista, niiden alkuperästä sekä yhteydestä taudinaiheuttamiskykyyn [20, 34, 43, 46, 50, 55]. Vakuuttavimmat todisteet on kerätty SDSE:n ja sen lähisukulaisen, vakavan taudinaiheuttajan, Streptococcus pyogeneksen eli A-streptokokin välisestä geneettisen materiaalin siirrosta, mikä on mahdollistanut SDSE:n nousun kyvykkääksi taudinaiheuttajaksi A-streptokokin rinnalle [15, 17, 18, 33, 38, 46, 52, 63]. Lisäksi Streptococcus pyogeneksen diagnostiikkaan nykyään tarjolla olevat antigeenin osoitustekniikkaa hyödyntävät pikatestit rajoittavat yhtä lailla oireisten SDSE-infektioiden tunnistamista ja hoitamista [15, 36, 65, 78, 79, 80]. Edeltävät seikat ovat luoneet G-streptokokin osalta tarpeen uusien, nopeampien diagnostisten menetelmien kehittämiselle perinteisen bakteeriviljelyn lisäksi [78, 79, 81, 82]. Tutkimuksessa keräsimme sadanviidenkymmenen bakteerikannan aineiston, joka sisälsi sekä nielu- että veriviljelyistä eristettyjä suuripesäkkeisiä beeta- eli täyshemolyyttisiä G-streptokokkeja. Kantojen deoksiribonukleiinihappo eli DNA eristettiin, puhdistettiin ja yhdisteltiin näytekokonaisuuksiksi geenimonistusta eli -sekvenointia varten. Käytettyjen menetelmien toimivuutta arvioitiin jatkuvasti kokeellisen osuuden aikana, ja epäpuhtaat sekä riittämättömät näytteet hylättiin yhdistelmäsekvenoinnista. Kuten tavoitteena oli, geeni-informaatiosta löydettiin eri kannoissa yleisiä, mahdollisimman vähän muuntelua sisältäviä alueita tulevaisuuden diagnostisia tutkimuksia varten. (185 sanaa)