Browsing by Subject "QuPath"

Digitaalisella analyysillä tarkoitan tässä yhteydessä kudosnäytteiden analysoimista tietokoneavusteisesti: immunohistologisesti värjätty näytelasi skannataan ja tiedosto avataan tietokoneelle ladatussa ohjelmistossa, jossa se analysoidaan. Ohjelma tunnistaa soluja sekä värisävyeroja. Tutkijat haluavat mennä kohti digitaalista analyysia, koska sen uskotaan olevan objektiivisempaa ja tehokkaampaa kuin manuaalisen visuaalisen analyysin, varsinkin suurien aineistojen kohdalla. Tutkimuksessa selvitin immunohistologisten näytteiden digitaalisen analysoinnin nykytilaa ja mahdollisuuksia tulevaisuudessa. Tavoitteenani oli saada kuva digitaalisen analysoinnin käytöstä, ja kirjallisuuskatsauksen sekä haastattelujen perusteella valita analysointiohjelmisto suupatologian tutkimusryhmän käyttöön. Tutkimuksessa haastattelin tutkijoita Oulun ja Helsingin yliopistoista, osallistuin aihetta käsitelleeseen kahteen seminaariin, laadin kirjallisuuskatsauksen sekä perehdyin ohjelmistojen käyttöön. Ohjelmistojen käyttö on kansainvälisesti laajaa, ja tutkijakunnassa suositaan kaupallisten ohjelmien sijaan nk. open-source ilmaisohjelmistoja, kuten ImageJtä, CellProfileriä tai Icyä. Haastattelujen ja kirjallisuuskatsauksen perusteella valikoin testikäyttöön QuPath-ohjelmiston. Testasin ohjelmiston toimivuutta vertaamalla digitaalista analyysia tutkijoiden silmämääräisesti tekemään immunohistologiseen analyysiin kymmenestä kielisyöpänäytteestä. Tein ohjelmalle seikkaperäiset analysointiohjeet suomeksi ja englanniksi. Kolme tutkijaa käytti ohjeideni mukaan ohjelmaa ja antoi siitä kommenttinsa. Ohjelman käyttö oli heidän mielestään helppoa, mutta sen avulla kokonaisten kudosnäytteiden analyysi oli hankala: tutkijan tuli valita analysoitava alue, mikä saattoi vaikuttaa tuloksiin. Tutkijoiden mukaan ohjelma sopii hyvin mikroarray- tyyppisiin, pelkästään kasvainkudoksen soluja sisältävien kudosnäytteiden immunovärjäyksien analyyseihin. Sen sijaan sen käyttö on hankalampaa kokonaisissa kudosleikkeissä, joissa antigeenin sijainnissa on gradienttieroa eri kasvainvyöhykkeiden alueilla. Se ei myöskään sovellu tapauksiin, joissa tulisi analysoida antigeenin tarkka sijainti suhteessa soluun.