Browsing by Subject "Whole exome sequencing (WES)"

Ihmisen pituuden vaihtelusta 80 % voidaan selittää geneettisillä tekijöillä ja pituus määräytyy polygeenisesti. Nykytutkimus selittää kuitenkin vain osan ihmisen pituuden perinnöllisyydestä, mutta toisaalta on jo tunnistettu suuri määrä lyhytkasvuisuutta aiheuttavia monogeenisiä variantteja. Lisätutkimusta siis tarvitaan. Tämän tutkielman tarkoituksena on löytää mahdollisia potilaan lyhytkasvuisuutta selittäviä variantteja eksomisekvensoinnin avulla. Lyhytkasvuisen potilaan ja hänen normaalipituisten vanhempiensa DNA-näytteet eksomisekvensoitiin (trio-analyysi) ja sekvensoinnin yhteydessä tehtiin ei-diagnostiseksi osoittautunut kopiolukumuutosanalyysi. Tulokset analysoitiin periytymismallikohtaisesti ja variantteja rajattiin pois frekvenssiin perustuen tietokoneohjelman avulla sekä manuaalisesti tietokantahakujen perusteella. Variantteja priorisoitiin edelleen laskennallisesti tietokantoja hyödyntäen, visuaalisesti tietokoneohjelman avulla ja tiedonhaun jälkeen. Variantit, joissa valmiin proteiinin rakenne ei muuttunut, rajattiin lisäksi pois. Jäljelle jääneistä varianteista suoritettiin kattava tiedonhaku useita tietokantoja hyödyntäen ja eksomisekvensointitulos varmistettiin lisäksi Sanger-sekvensoinnilla. Trio-analyysin jälkeen jäljellä oli 121 varianttia, joiden määrä saatiin pudotettua kolmeen edellä kuvatun priorisoinnin avulla. Yhden variantin osalta tiedonhaku tuki mahdollista yhteyttä lyhytkasvuisuuteen, kahden muun osalta tiedonhaku ei tuottanut tulosta. Tulosten perustella kyseinen variantti voisi aiheuttaa lyhytkasvuisuutta monogeenisesti. Ilman tarkempia funktionaalisia tutkimuksia ei kuitenkaan voida varmasti todeta löydettyjen varianttien olevan lyhytkasvuisuuden takana, toisaalta yhtäkään kolmesta identifioidusta variantista ei voi rajata pois ja lyhytkasvuisuus voi johtua muista tekijöistä. Tutkielma kartuttaa tietoa lyhytkasvuisuuden periytyvyydestä ja laajentaa ymmärrystämme monogeenisistä syistä lyhytkasvuisuuden aiheuttajina. Kuitenkaan kausaliteettia ei voi osoittaa tämän tutkielman avulla, vaan lisätutkimuksen tarve on ilmeinen.