Browsing by Author "Hakonen, Elina"

Kaupunkien ja maatalouden lähteistä johtuva vesistöjen mikrobiologinen kontaminaatio muodostaa merkittävän riskin ihmisten, eläinten ja ympäristön terveydelle. Saastumisen lähteiden tunnistaminen auttaa ymmärtämään sen luonnetta ja auttaa estämään uusia saastumisia. Mikrobilähteiden jäljitys tunnistaa tehokkaasti vesistöjen saastumisen lähteet geenimerkkien kautta, tarjoten tarkan ja herkän tavan tunnistaa mikrobiperäisen saastumisen luonnetta. Tässä tutkimuksessa valittiin 10 geenimerkkiä, jotka kohdistuivat viiteen taudinaiheuttajaan ja viiteen mikrobisaasteeseen vesiympäristöissä. Kun valittujen geenimerkkien alukkeiden ominaisuudet eivät olleet yhteneväisiä SmartChip qPCR-asetusten kanssa, suunniteltiin uudet alukkeet NCBI:n Primer BLAST -työkalulla valitun geenimerkin havaitsemiseksi. Sopivilla ominaisuuksilla varustetut alukkeet analysoitiin in silico analyysillä käyttäen primer-BLASTN työkalua, jotta alukkeiden tarkkuus kohde geeniin varmistettiin. qPCR tuotteet analysoitiin Sanger-sekvensoinnilla, jotta voitiin havaita, olivatko odotettuja. Tämä analyysi tarjosi tietoa alukkeiden mahdollisesta väärin sitoutumisesta. Tämä kymmenen alukkeen kokonaisuus suunniteltiin korkean yhteensopivuuden saavuttamiseksi SmartChip qPCR:n sykliolosuhteiden kanssa. Se luotiin myös tarkasti heijastamaan geenejä ja organismeja, jotka esiintyvät ympäristön vesinäytteissä.